# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.189 0.057 0.030 0.018 0.012 0.021 0.066 0.009 0.001 0.005 0.593 2 N 0.090 0.011 0.008 0.009 0.007 0.008 0.146 0.009 0.001 0.005 0.708 3 K 0.099 0.006 0.038 0.012 0.003 0.005 0.072 0.001 0.001 0.011 0.753 4 D 0.014 0.005 0.001 0.005 0.002 0.002 0.362 0.001 0.001 0.002 0.607 5 K 0.052 0.020 0.002 0.010 0.002 0.003 0.212 0.001 0.001 0.015 0.684 6 L 0.052 0.195 0.002 0.017 0.008 0.019 0.328 0.001 0.001 0.014 0.364 7 R 0.041 0.329 0.001 0.025 0.027 0.066 0.384 0.006 0.001 0.016 0.107 8 Y 0.037 0.887 0.001 0.007 0.004 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.052 9 A 0.012 0.956 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 10 I 0.012 0.940 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.026 11 L 0.032 0.875 0.006 0.007 0.006 0.024 0.003 0.011 0.001 0.001 0.035 12 K 0.018 0.883 0.005 0.010 0.007 0.020 0.004 0.011 0.001 0.001 0.042 13 E 0.105 0.632 0.003 0.010 0.014 0.023 0.005 0.047 0.001 0.001 0.159 14 I 0.160 0.597 0.022 0.011 0.020 0.017 0.009 0.030 0.001 0.001 0.132 15 F 0.079 0.562 0.019 0.045 0.044 0.060 0.017 0.021 0.001 0.001 0.151 16 E 0.047 0.208 0.023 0.041 0.048 0.084 0.050 0.020 0.001 0.002 0.476 17 G 0.107 0.106 0.015 0.041 0.029 0.065 0.052 0.015 0.001 0.004 0.565 18 N 0.212 0.049 0.032 0.040 0.024 0.045 0.107 0.015 0.001 0.012 0.464 19 T 0.116 0.015 0.040 0.033 0.031 0.033 0.135 0.003 0.001 0.006 0.589 20 P 0.003 0.001 0.003 0.005 0.004 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.969 21 L 0.024 0.003 0.001 0.046 0.089 0.182 0.240 0.001 0.001 0.008 0.406 22 S 0.160 0.017 0.001 0.031 0.058 0.067 0.166 0.001 0.001 0.010 0.488 23 E 0.108 0.074 0.001 0.039 0.047 0.062 0.114 0.003 0.001 0.012 0.539 24 N 0.182 0.039 0.004 0.019 0.031 0.050 0.354 0.003 0.001 0.052 0.265 25 D 0.384 0.034 0.012 0.031 0.031 0.034 0.234 0.007 0.001 0.057 0.176 26 I 0.137 0.057 0.075 0.051 0.043 0.059 0.200 0.006 0.001 0.022 0.351 27 G 0.052 0.023 0.022 0.076 0.127 0.140 0.192 0.003 0.001 0.011 0.352 28 V 0.032 0.013 0.018 0.083 0.104 0.187 0.109 0.001 0.001 0.006 0.446 29 T 0.010 0.011 0.002 0.073 0.163 0.278 0.157 0.001 0.001 0.002 0.304 30 E 0.011 0.010 0.001 0.037 0.033 0.050 0.069 0.001 0.001 0.004 0.785 31 D 0.022 0.018 0.001 0.011 0.010 0.026 0.443 0.001 0.001 0.017 0.451 32 Q 0.122 0.030 0.004 0.018 0.015 0.023 0.520 0.005 0.001 0.049 0.213 33 F 0.228 0.276 0.009 0.024 0.010 0.018 0.187 0.005 0.001 0.020 0.223 34 D 0.042 0.414 0.005 0.012 0.010 0.015 0.094 0.006 0.001 0.007 0.394 35 D 0.049 0.397 0.003 0.001 0.002 0.002 0.037 0.003 0.001 0.002 0.502 36 A 0.053 0.714 0.004 0.002 0.004 0.009 0.060 0.008 0.001 0.004 0.141 37 V 0.027 0.837 0.002 0.003 0.012 0.021 0.028 0.012 0.001 0.003 0.055 38 N 0.027 0.881 0.002 0.001 0.003 0.006 0.011 0.006 0.001 0.001 0.063 39 F 0.054 0.883 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.045 40 L 0.073 0.858 0.004 0.001 0.003 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.039 41 K 0.056 0.760 0.018 0.005 0.011 0.018 0.012 0.034 0.001 0.002 0.086 42 R 0.110 0.601 0.020 0.005 0.012 0.020 0.013 0.033 0.001 0.002 0.185 43 E 0.238 0.256 0.016 0.023 0.036 0.037 0.032 0.090 0.001 0.005 0.266 44 G 0.251 0.047 0.081 0.061 0.064 0.058 0.050 0.034 0.001 0.012 0.343 45 Y 0.035 0.015 0.165 0.284 0.186 0.160 0.054 0.003 0.001 0.003 0.095 46 I 0.004 0.005 0.007 0.360 0.166 0.258 0.033 0.001 0.001 0.001 0.166 47 I 0.001 0.001 0.001 0.444 0.197 0.299 0.012 0.001 0.001 0.001 0.043 48 G 0.002 0.002 0.001 0.424 0.160 0.255 0.030 0.001 0.001 0.001 0.125 49 V 0.004 0.002 0.001 0.355 0.193 0.253 0.026 0.001 0.001 0.002 0.162 50 H 0.002 0.001 0.001 0.194 0.224 0.374 0.040 0.001 0.001 0.002 0.161 51 Y 0.007 0.002 0.001 0.131 0.197 0.321 0.066 0.001 0.001 0.005 0.270 52 S 0.023 0.006 0.001 0.084 0.138 0.206 0.182 0.001 0.001 0.009 0.349 53 D 0.021 0.005 0.002 0.023 0.022 0.040 0.113 0.001 0.001 0.008 0.764 54 D 0.065 0.008 0.003 0.013 0.019 0.027 0.340 0.001 0.001 0.029 0.495 55 R 0.292 0.018 0.005 0.008 0.010 0.015 0.326 0.001 0.001 0.029 0.296 56 P 0.026 0.020 0.003 0.004 0.004 0.006 0.058 0.001 0.001 0.003 0.875 57 H 0.054 0.029 0.003 0.011 0.045 0.046 0.199 0.001 0.001 0.009 0.604 58 L 0.178 0.077 0.005 0.015 0.038 0.073 0.152 0.001 0.001 0.008 0.453 59 Y 0.038 0.160 0.002 0.048 0.207 0.238 0.042 0.003 0.001 0.002 0.261 60 K 0.055 0.154 0.002 0.039 0.085 0.257 0.061 0.004 0.001 0.004 0.339 61 L 0.079 0.191 0.009 0.059 0.074 0.136 0.027 0.017 0.001 0.003 0.406 62 G 0.138 0.138 0.020 0.130 0.109 0.189 0.044 0.013 0.001 0.005 0.213 63 P 0.002 0.003 0.004 0.008 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.965 64 E 0.019 0.008 0.001 0.072 0.075 0.125 0.091 0.003 0.001 0.003 0.601 65 L 0.388 0.028 0.005 0.048 0.035 0.054 0.077 0.003 0.001 0.011 0.352 66 T 0.096 0.208 0.002 0.125 0.100 0.114 0.111 0.006 0.001 0.004 0.233 67 E 0.071 0.065 0.006 0.043 0.022 0.039 0.100 0.003 0.001 0.006 0.647 68 K 0.108 0.046 0.003 0.022 0.015 0.034 0.421 0.005 0.001 0.017 0.329 69 G 0.384 0.034 0.014 0.014 0.012 0.018 0.269 0.012 0.001 0.045 0.197 70 E 0.075 0.108 0.106 0.018 0.008 0.011 0.157 0.002 0.001 0.010 0.506 71 N 0.008 0.053 0.002 0.014 0.020 0.021 0.172 0.001 0.001 0.003 0.708 72 Y 0.142 0.099 0.002 0.011 0.024 0.035 0.120 0.002 0.001 0.009 0.556 73 L 0.114 0.425 0.004 0.020 0.035 0.103 0.083 0.004 0.001 0.005 0.208 74 K 0.055 0.485 0.003 0.018 0.041 0.097 0.037 0.007 0.001 0.004 0.252 75 E 0.132 0.493 0.003 0.004 0.011 0.020 0.020 0.010 0.001 0.002 0.306 76 N 0.232 0.398 0.004 0.009 0.011 0.012 0.025 0.074 0.001 0.002 0.234 77 G 0.383 0.175 0.050 0.012 0.007 0.006 0.055 0.046 0.001 0.014 0.252 78 T 0.093 0.070 0.279 0.010 0.009 0.010 0.202 0.004 0.001 0.006 0.317 79 W 0.015 0.054 0.013 0.023 0.011 0.023 0.139 0.002 0.001 0.002 0.718 80 S 0.037 0.140 0.003 0.062 0.023 0.037 0.145 0.002 0.001 0.007 0.546 81 K 0.042 0.187 0.002 0.005 0.005 0.007 0.169 0.002 0.001 0.008 0.573 82 A 0.106 0.561 0.003 0.015 0.012 0.024 0.102 0.009 0.001 0.008 0.160 83 Y 0.086 0.728 0.003 0.013 0.006 0.013 0.024 0.009 0.001 0.004 0.115 84 K 0.032 0.828 0.003 0.004 0.004 0.005 0.014 0.004 0.001 0.001 0.106 85 T 0.034 0.806 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.010 0.001 0.001 0.126 86 I 0.045 0.882 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.050 87 K 0.027 0.841 0.005 0.002 0.003 0.006 0.014 0.008 0.001 0.001 0.093 88 E 0.051 0.803 0.006 0.001 0.003 0.005 0.012 0.009 0.001 0.001 0.110 89 I 0.077 0.848 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.050 90 K 0.025 0.862 0.005 0.003 0.004 0.009 0.006 0.009 0.001 0.001 0.076 91 D 0.051 0.669 0.004 0.003 0.006 0.007 0.011 0.025 0.001 0.001 0.224 92 W 0.170 0.706 0.007 0.004 0.004 0.006 0.006 0.018 0.001 0.001 0.078 93 I 0.100 0.678 0.022 0.011 0.021 0.021 0.018 0.017 0.001 0.002 0.111 94 K 0.054 0.501 0.042 0.019 0.032 0.066 0.040 0.008 0.001 0.002 0.238 95 L 0.054 0.397 0.008 0.034 0.079 0.127 0.018 0.010 0.001 0.001 0.271 96 E 0.066 0.336 0.005 0.039 0.057 0.082 0.038 0.010 0.001 0.002 0.365 97 H 0.078 0.212 0.011 0.030 0.054 0.097 0.100 0.015 0.001 0.006 0.397 98 H 0.130 0.152 0.018 0.041 0.031 0.049 0.103 0.013 0.001 0.007 0.455 99 H 0.121 0.119 0.011 0.023 0.021 0.029 0.148 0.007 0.001 0.008 0.512 100 H 0.100 0.088 0.013 0.020 0.022 0.041 0.112 0.005 0.001 0.010 0.589 101 H 0.121 0.101 0.011 0.016 0.025 0.033 0.124 0.005 0.001 0.005 0.559 102 H 0.168 0.081 0.006 0.012 0.020 0.027 0.093 0.008 0.001 0.007 0.577 103 M 0.177 0.091 0.025 0.021 0.028 0.062 0.112 0.005 0.001 0.009 0.470 104 N 0.081 0.040 0.005 0.016 0.025 0.032 0.215 0.008 0.001 0.005 0.574 105 K 0.057 0.019 0.011 0.011 0.005 0.008 0.045 0.002 0.001 0.005 0.836 106 D 0.022 0.019 0.002 0.005 0.003 0.004 0.361 0.001 0.001 0.005 0.579 107 K 0.122 0.047 0.004 0.010 0.004 0.006 0.329 0.003 0.001 0.030 0.447 108 L 0.095 0.341 0.006 0.013 0.007 0.012 0.208 0.003 0.001 0.012 0.303 109 R 0.045 0.547 0.002 0.016 0.018 0.035 0.179 0.005 0.001 0.009 0.143 110 Y 0.035 0.852 0.001 0.005 0.004 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.087 111 A 0.022 0.914 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.048 112 I 0.017 0.917 0.002 0.002 0.004 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.038 113 L 0.026 0.884 0.005 0.006 0.007 0.023 0.004 0.008 0.001 0.001 0.038 114 K 0.016 0.881 0.003 0.007 0.007 0.015 0.004 0.011 0.001 0.001 0.056 115 E 0.092 0.696 0.003 0.006 0.010 0.013 0.005 0.035 0.001 0.001 0.140 116 I 0.142 0.673 0.017 0.007 0.012 0.012 0.008 0.024 0.001 0.001 0.104 117 F 0.071 0.647 0.019 0.028 0.029 0.041 0.015 0.020 0.001 0.001 0.128 118 E 0.060 0.296 0.019 0.029 0.033 0.058 0.039 0.026 0.001 0.002 0.438 119 G 0.150 0.146 0.016 0.027 0.020 0.042 0.042 0.021 0.001 0.004 0.531 120 N 0.250 0.064 0.042 0.031 0.018 0.031 0.085 0.019 0.001 0.010 0.449 121 T 0.106 0.018 0.044 0.029 0.024 0.027 0.124 0.004 0.001 0.005 0.617 122 P 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.973 123 L 0.029 0.005 0.001 0.043 0.065 0.139 0.245 0.001 0.001 0.008 0.465 124 S 0.185 0.020 0.001 0.031 0.043 0.055 0.163 0.001 0.001 0.010 0.490 125 E 0.118 0.079 0.001 0.041 0.039 0.050 0.099 0.003 0.001 0.010 0.558 126 N 0.178 0.049 0.004 0.020 0.028 0.045 0.326 0.003 0.001 0.038 0.309 127 D 0.332 0.043 0.010 0.030 0.029 0.036 0.236 0.008 0.001 0.047 0.230 128 I 0.154 0.073 0.058 0.047 0.038 0.053 0.181 0.007 0.001 0.021 0.367 129 G 0.069 0.032 0.019 0.057 0.090 0.097 0.211 0.005 0.001 0.013 0.406 130 V 0.056 0.022 0.026 0.064 0.076 0.137 0.111 0.002 0.001 0.008 0.498 131 T 0.015 0.018 0.003 0.065 0.130 0.220 0.158 0.002 0.001 0.003 0.387 132 E 0.019 0.014 0.002 0.029 0.027 0.042 0.068 0.001 0.001 0.005 0.794 133 D 0.041 0.026 0.002 0.012 0.012 0.029 0.383 0.001 0.001 0.017 0.477 134 Q 0.166 0.035 0.006 0.017 0.015 0.021 0.428 0.006 0.001 0.042 0.263 135 F 0.232 0.208 0.011 0.025 0.011 0.019 0.204 0.006 0.001 0.021 0.264 136 D 0.053 0.289 0.006 0.015 0.013 0.017 0.122 0.007 0.001 0.009 0.469 137 D 0.055 0.294 0.003 0.002 0.003 0.004 0.067 0.004 0.001 0.004 0.564 138 A 0.063 0.567 0.005 0.004 0.007 0.015 0.110 0.010 0.001 0.008 0.211 139 V 0.042 0.741 0.003 0.006 0.018 0.031 0.057 0.014 0.001 0.006 0.081 140 N 0.036 0.835 0.002 0.002 0.006 0.011 0.019 0.007 0.001 0.001 0.080 141 F 0.061 0.850 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.065 142 L 0.081 0.823 0.005 0.003 0.006 0.007 0.007 0.015 0.001 0.001 0.053 143 K 0.067 0.702 0.018 0.007 0.015 0.026 0.017 0.032 0.001 0.002 0.113 144 R 0.099 0.567 0.020 0.008 0.015 0.025 0.017 0.028 0.001 0.002 0.219 145 E 0.198 0.281 0.014 0.019 0.029 0.035 0.038 0.055 0.001 0.006 0.325 146 G 0.253 0.077 0.052 0.043 0.052 0.053 0.060 0.030 0.001 0.013 0.366 147 Y 0.082 0.052 0.147 0.161 0.144 0.144 0.084 0.005 0.001 0.006 0.176 148 I 0.011 0.023 0.011 0.227 0.171 0.279 0.046 0.001 0.001 0.002 0.229 149 I 0.004 0.009 0.001 0.284 0.232 0.363 0.020 0.001 0.001 0.001 0.086 150 G 0.008 0.012 0.002 0.234 0.179 0.285 0.043 0.001 0.001 0.002 0.233 151 V 0.012 0.010 0.003 0.199 0.208 0.284 0.036 0.001 0.001 0.003 0.243 152 H 0.006 0.004 0.001 0.123 0.210 0.365 0.053 0.001 0.001 0.003 0.233 153 Y 0.015 0.005 0.002 0.101 0.179 0.281 0.076 0.001 0.001 0.006 0.332 154 S 0.037 0.012 0.002 0.068 0.107 0.159 0.187 0.002 0.001 0.009 0.416 155 D 0.032 0.007 0.003 0.018 0.015 0.025 0.109 0.001 0.001 0.007 0.783 156 D 0.085 0.010 0.004 0.013 0.015 0.022 0.318 0.002 0.001 0.026 0.506 157 R 0.323 0.017 0.006 0.008 0.008 0.012 0.307 0.002 0.001 0.026 0.290 158 P 0.019 0.014 0.003 0.004 0.003 0.005 0.052 0.001 0.001 0.002 0.898 159 H 0.038 0.023 0.002 0.011 0.033 0.038 0.202 0.001 0.001 0.006 0.646 160 L 0.205 0.080 0.003 0.015 0.033 0.062 0.147 0.001 0.001 0.008 0.446 161 Y 0.055 0.221 0.002 0.043 0.145 0.183 0.049 0.004 0.001 0.002 0.297 162 K 0.083 0.193 0.003 0.025 0.051 0.149 0.058 0.004 0.001 0.004 0.430 163 L 0.125 0.224 0.010 0.048 0.053 0.095 0.028 0.019 0.001 0.003 0.396 164 G 0.174 0.151 0.021 0.090 0.075 0.136 0.053 0.017 0.001 0.005 0.276 165 P 0.002 0.003 0.005 0.007 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.968 166 E 0.022 0.009 0.001 0.050 0.049 0.077 0.101 0.003 0.001 0.003 0.687 167 L 0.447 0.031 0.005 0.034 0.024 0.038 0.070 0.003 0.001 0.010 0.339 168 T 0.105 0.226 0.002 0.095 0.080 0.095 0.115 0.006 0.001 0.004 0.272 169 E 0.090 0.079 0.006 0.036 0.022 0.038 0.097 0.003 0.001 0.006 0.624 170 K 0.141 0.068 0.004 0.024 0.018 0.036 0.311 0.006 0.001 0.015 0.378 171 G 0.313 0.046 0.014 0.017 0.017 0.024 0.254 0.014 0.001 0.039 0.263 172 E 0.093 0.096 0.088 0.020 0.012 0.017 0.150 0.002 0.001 0.011 0.511 173 N 0.014 0.052 0.003 0.019 0.029 0.031 0.164 0.002 0.001 0.004 0.683 174 Y 0.141 0.082 0.003 0.016 0.032 0.047 0.113 0.003 0.001 0.009 0.552 175 L 0.107 0.276 0.005 0.031 0.055 0.139 0.103 0.004 0.001 0.006 0.274 176 K 0.060 0.326 0.004 0.031 0.065 0.134 0.056 0.007 0.001 0.004 0.313 177 E 0.130 0.339 0.003 0.010 0.021 0.038 0.035 0.009 0.001 0.003 0.411 178 N 0.219 0.288 0.006 0.014 0.017 0.024 0.051 0.044 0.001 0.005 0.333 179 G 0.317 0.128 0.035 0.015 0.010 0.011 0.090 0.031 0.001 0.017 0.347 180 T 0.113 0.070 0.164 0.013 0.013 0.015 0.227 0.004 0.001 0.009 0.373 181 W 0.022 0.064 0.012 0.024 0.016 0.031 0.167 0.002 0.001 0.003 0.658 182 S 0.043 0.145 0.003 0.048 0.026 0.040 0.142 0.003 0.001 0.008 0.543 183 K 0.050 0.198 0.003 0.006 0.007 0.011 0.168 0.002 0.001 0.009 0.546 184 A 0.102 0.477 0.004 0.013 0.014 0.029 0.136 0.009 0.001 0.009 0.206 185 Y 0.103 0.656 0.004 0.015 0.009 0.018 0.037 0.012 0.001 0.006 0.142 186 K 0.039 0.770 0.005 0.005 0.005 0.007 0.023 0.005 0.001 0.002 0.139 187 T 0.038 0.760 0.004 0.002 0.004 0.006 0.015 0.011 0.001 0.001 0.159 188 I 0.053 0.847 0.004 0.003 0.003 0.004 0.008 0.008 0.001 0.001 0.071 189 K 0.031 0.809 0.005 0.002 0.004 0.007 0.021 0.008 0.001 0.001 0.113 190 E 0.058 0.779 0.006 0.001 0.003 0.005 0.016 0.010 0.001 0.001 0.122 191 I 0.077 0.844 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.052 192 K 0.027 0.855 0.005 0.003 0.003 0.007 0.007 0.010 0.001 0.001 0.080 193 D 0.051 0.679 0.004 0.002 0.005 0.006 0.012 0.023 0.001 0.001 0.215 194 W 0.157 0.722 0.007 0.003 0.004 0.005 0.006 0.018 0.001 0.001 0.077 195 I 0.098 0.697 0.020 0.009 0.017 0.018 0.019 0.018 0.001 0.002 0.103 196 K 0.056 0.538 0.039 0.016 0.028 0.054 0.037 0.009 0.001 0.002 0.221 197 L 0.058 0.461 0.009 0.032 0.064 0.102 0.017 0.012 0.001 0.001 0.244 198 E 0.070 0.355 0.006 0.040 0.061 0.087 0.036 0.012 0.001 0.002 0.331 199 H 0.085 0.198 0.012 0.029 0.062 0.099 0.085 0.017 0.001 0.005 0.407 200 H 0.151 0.149 0.017 0.043 0.041 0.059 0.085 0.017 0.001 0.006 0.433 201 H 0.126 0.094 0.012 0.027 0.028 0.039 0.122 0.008 0.001 0.007 0.536 202 H 0.101 0.054 0.013 0.019 0.023 0.037 0.122 0.005 0.001 0.009 0.618 203 H 0.121 0.044 0.012 0.016 0.023 0.032 0.115 0.004 0.001 0.006 0.626 204 H 0.077 0.030 0.006 0.013 0.015 0.024 0.094 0.002 0.001 0.005 0.733