# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.008 0.006 0.006 0.973 2 N 0.012 0.014 0.008 0.078 0.008 0.035 0.845 3 K 0.009 0.005 0.042 0.457 0.091 0.134 0.261 4 D 0.007 0.001 0.030 0.587 0.093 0.149 0.133 5 K 0.009 0.002 0.012 0.895 0.025 0.029 0.029 6 L 0.015 0.003 0.002 0.929 0.010 0.005 0.036 7 R 0.014 0.001 0.002 0.955 0.006 0.005 0.018 8 Y 0.022 0.001 0.002 0.958 0.004 0.005 0.007 9 A 0.045 0.001 0.003 0.934 0.004 0.005 0.009 10 I 0.044 0.001 0.004 0.926 0.003 0.012 0.010 11 L 0.050 0.001 0.005 0.903 0.005 0.015 0.021 12 K 0.042 0.001 0.010 0.916 0.008 0.010 0.013 13 E 0.040 0.001 0.012 0.915 0.006 0.017 0.009 14 I 0.024 0.003 0.014 0.901 0.007 0.038 0.013 15 F 0.051 0.013 0.018 0.694 0.036 0.124 0.062 16 E 0.058 0.010 0.025 0.371 0.120 0.264 0.152 17 G 0.043 0.007 0.015 0.090 0.216 0.358 0.271 18 N 0.024 0.011 0.019 0.030 0.340 0.149 0.426 19 T 0.030 0.010 0.003 0.005 0.440 0.015 0.499 20 P 0.063 0.052 0.006 0.006 0.089 0.056 0.727 21 L 0.039 0.048 0.011 0.008 0.119 0.045 0.729 22 S 0.048 0.015 0.020 0.016 0.097 0.047 0.758 23 E 0.023 0.006 0.193 0.088 0.154 0.450 0.085 24 N 0.036 0.005 0.143 0.059 0.107 0.531 0.119 25 D 0.077 0.016 0.146 0.037 0.191 0.123 0.411 26 I 0.167 0.071 0.053 0.047 0.151 0.111 0.400 27 G 0.167 0.045 0.020 0.028 0.138 0.140 0.462 28 V 0.097 0.069 0.006 0.019 0.093 0.020 0.696 29 T 0.092 0.036 0.004 0.022 0.046 0.013 0.786 30 E 0.022 0.006 0.129 0.543 0.061 0.168 0.072 31 D 0.009 0.002 0.167 0.530 0.046 0.192 0.054 32 Q 0.008 0.005 0.191 0.594 0.030 0.113 0.059 33 F 0.010 0.006 0.058 0.719 0.045 0.065 0.097 34 D 0.006 0.002 0.038 0.811 0.033 0.077 0.033 35 D 0.008 0.003 0.029 0.823 0.028 0.078 0.031 36 A 0.009 0.002 0.017 0.923 0.006 0.028 0.016 37 V 0.012 0.002 0.017 0.925 0.008 0.023 0.012 38 N 0.008 0.001 0.015 0.906 0.008 0.047 0.014 39 F 0.007 0.001 0.015 0.919 0.006 0.040 0.011 40 L 0.020 0.005 0.015 0.899 0.011 0.035 0.016 41 K 0.032 0.003 0.039 0.759 0.018 0.109 0.039 42 R 0.065 0.004 0.041 0.603 0.075 0.136 0.077 43 E 0.050 0.005 0.030 0.236 0.120 0.476 0.082 44 G 0.066 0.002 0.009 0.015 0.144 0.689 0.075 45 Y 0.545 0.013 0.004 0.004 0.067 0.027 0.341 46 I 0.921 0.010 0.001 0.001 0.011 0.002 0.054 47 I 0.916 0.001 0.002 0.002 0.012 0.003 0.064 48 G 0.900 0.002 0.003 0.002 0.020 0.007 0.067 49 V 0.890 0.004 0.002 0.003 0.012 0.007 0.083 50 H 0.811 0.027 0.002 0.004 0.023 0.011 0.121 51 Y 0.501 0.024 0.006 0.006 0.054 0.039 0.370 52 S 0.141 0.016 0.017 0.007 0.198 0.163 0.458 53 D 0.040 0.012 0.017 0.006 0.372 0.369 0.183 54 D 0.028 0.008 0.020 0.011 0.431 0.226 0.275 55 R 0.044 0.010 0.017 0.034 0.515 0.033 0.347 56 P 0.101 0.024 0.059 0.128 0.129 0.111 0.447 57 H 0.272 0.051 0.086 0.163 0.101 0.106 0.220 58 L 0.409 0.036 0.112 0.172 0.044 0.071 0.154 59 Y 0.513 0.015 0.098 0.123 0.059 0.067 0.125 60 K 0.506 0.020 0.067 0.117 0.063 0.104 0.123 61 L 0.349 0.043 0.031 0.074 0.144 0.111 0.249 62 G 0.076 0.011 0.016 0.012 0.156 0.024 0.704 63 P 0.023 0.005 0.175 0.059 0.109 0.430 0.199 64 E 0.048 0.020 0.180 0.078 0.108 0.423 0.143 65 L 0.091 0.039 0.135 0.079 0.108 0.086 0.461 66 T 0.081 0.028 0.043 0.121 0.071 0.081 0.575 67 E 0.067 0.019 0.072 0.253 0.169 0.244 0.174 68 K 0.041 0.009 0.047 0.152 0.130 0.475 0.145 69 G 0.045 0.006 0.049 0.090 0.231 0.336 0.243 70 E 0.075 0.017 0.054 0.189 0.164 0.108 0.394 71 N 0.126 0.038 0.053 0.325 0.114 0.105 0.240 72 Y 0.169 0.025 0.075 0.363 0.070 0.067 0.231 73 L 0.233 0.033 0.066 0.373 0.060 0.076 0.158 74 K 0.134 0.011 0.095 0.339 0.074 0.152 0.195 75 E 0.068 0.015 0.053 0.357 0.080 0.363 0.063 76 N 0.011 0.003 0.011 0.098 0.080 0.738 0.060 77 G 0.016 0.004 0.005 0.031 0.407 0.166 0.372 78 T 0.071 0.063 0.007 0.093 0.149 0.036 0.580 79 W 0.083 0.038 0.022 0.454 0.091 0.075 0.237 80 S 0.042 0.005 0.034 0.683 0.056 0.052 0.128 81 K 0.029 0.004 0.061 0.794 0.029 0.045 0.038 82 A 0.025 0.002 0.053 0.833 0.013 0.043 0.031 83 Y 0.041 0.004 0.040 0.825 0.019 0.038 0.034 84 K 0.061 0.006 0.032 0.773 0.041 0.053 0.034 85 T 0.070 0.007 0.019 0.761 0.023 0.067 0.052 86 I 0.018 0.003 0.015 0.919 0.008 0.017 0.021 87 K 0.007 0.001 0.014 0.949 0.008 0.013 0.008 88 E 0.009 0.001 0.014 0.934 0.005 0.027 0.011 89 I 0.005 0.001 0.018 0.939 0.004 0.017 0.015 90 K 0.013 0.001 0.034 0.886 0.018 0.025 0.024 91 D 0.023 0.001 0.040 0.807 0.033 0.068 0.027 92 W 0.039 0.003 0.028 0.797 0.026 0.077 0.031 93 I 0.110 0.010 0.017 0.665 0.046 0.084 0.068 94 K 0.180 0.009 0.018 0.446 0.053 0.112 0.182 95 L 0.176 0.012 0.033 0.429 0.062 0.066 0.222 96 E 0.150 0.010 0.037 0.340 0.080 0.102 0.282 97 H 0.114 0.013 0.057 0.249 0.145 0.173 0.249 98 H 0.102 0.014 0.056 0.161 0.167 0.174 0.326 99 H 0.086 0.016 0.070 0.158 0.185 0.217 0.268 100 H 0.070 0.014 0.102 0.173 0.143 0.213 0.284 101 H 0.080 0.014 0.102 0.161 0.149 0.237 0.257 102 H 0.093 0.028 0.086 0.167 0.127 0.199 0.299 103 M 0.089 0.032 0.047 0.168 0.155 0.157 0.351 104 N 0.053 0.015 0.026 0.150 0.105 0.119 0.531 105 K 0.015 0.004 0.062 0.459 0.097 0.184 0.179 106 D 0.013 0.001 0.042 0.541 0.103 0.199 0.101 107 K 0.021 0.004 0.024 0.780 0.048 0.066 0.056 108 L 0.046 0.009 0.007 0.838 0.019 0.013 0.069 109 R 0.055 0.003 0.004 0.869 0.012 0.011 0.045 110 Y 0.087 0.002 0.006 0.869 0.010 0.009 0.017 111 A 0.099 0.002 0.005 0.860 0.008 0.008 0.019 112 I 0.113 0.003 0.007 0.829 0.007 0.017 0.024 113 L 0.073 0.002 0.008 0.860 0.008 0.016 0.032 114 K 0.051 0.001 0.016 0.892 0.010 0.012 0.019 115 E 0.044 0.001 0.019 0.899 0.008 0.017 0.013 116 I 0.027 0.003 0.018 0.897 0.008 0.033 0.014 117 F 0.051 0.014 0.022 0.709 0.035 0.108 0.062 118 E 0.042 0.007 0.029 0.381 0.087 0.351 0.103 119 G 0.026 0.004 0.015 0.094 0.159 0.511 0.191 120 N 0.022 0.008 0.020 0.037 0.354 0.182 0.377 121 T 0.036 0.010 0.004 0.007 0.451 0.013 0.478 122 P 0.101 0.059 0.009 0.011 0.093 0.054 0.673 123 L 0.090 0.074 0.015 0.013 0.124 0.053 0.631 124 S 0.094 0.019 0.022 0.017 0.102 0.052 0.693 125 E 0.048 0.008 0.195 0.075 0.170 0.383 0.121 126 N 0.057 0.005 0.145 0.051 0.129 0.476 0.137 127 D 0.106 0.013 0.158 0.039 0.197 0.165 0.322 128 I 0.230 0.053 0.059 0.049 0.134 0.111 0.365 129 G 0.245 0.043 0.023 0.033 0.118 0.129 0.409 130 V 0.150 0.068 0.009 0.029 0.088 0.023 0.634 131 T 0.142 0.034 0.007 0.040 0.046 0.019 0.712 132 E 0.037 0.006 0.124 0.505 0.067 0.156 0.105 133 D 0.015 0.002 0.161 0.492 0.060 0.203 0.068 134 Q 0.014 0.006 0.203 0.530 0.041 0.131 0.075 135 F 0.020 0.008 0.073 0.636 0.059 0.073 0.131 136 D 0.011 0.003 0.058 0.741 0.038 0.101 0.049 137 D 0.014 0.004 0.049 0.737 0.042 0.107 0.048 138 A 0.018 0.003 0.035 0.858 0.010 0.045 0.031 139 V 0.031 0.003 0.034 0.848 0.017 0.040 0.027 140 N 0.027 0.002 0.030 0.824 0.015 0.072 0.029 141 F 0.027 0.002 0.027 0.859 0.011 0.052 0.022 142 L 0.054 0.010 0.021 0.827 0.018 0.042 0.028 143 K 0.061 0.004 0.044 0.685 0.024 0.122 0.061 144 R 0.084 0.004 0.048 0.570 0.078 0.143 0.074 145 E 0.054 0.004 0.038 0.204 0.101 0.522 0.076 146 G 0.064 0.002 0.012 0.013 0.154 0.673 0.081 147 Y 0.521 0.017 0.006 0.005 0.068 0.031 0.353 148 I 0.898 0.015 0.002 0.002 0.013 0.003 0.067 149 I 0.900 0.003 0.004 0.002 0.016 0.006 0.069 150 G 0.865 0.003 0.006 0.003 0.028 0.013 0.081 151 V 0.857 0.006 0.004 0.004 0.017 0.010 0.103 152 H 0.776 0.031 0.004 0.006 0.029 0.015 0.140 153 Y 0.473 0.027 0.008 0.010 0.061 0.040 0.381 154 S 0.153 0.018 0.019 0.011 0.183 0.140 0.477 155 D 0.038 0.010 0.022 0.010 0.331 0.392 0.197 156 D 0.026 0.007 0.025 0.015 0.403 0.280 0.245 157 R 0.041 0.008 0.020 0.042 0.479 0.030 0.380 158 P 0.082 0.019 0.073 0.176 0.116 0.117 0.418 159 H 0.218 0.042 0.112 0.234 0.086 0.119 0.189 160 L 0.351 0.032 0.123 0.246 0.039 0.070 0.138 161 Y 0.442 0.014 0.111 0.198 0.055 0.072 0.109 162 K 0.399 0.016 0.071 0.215 0.056 0.119 0.124 163 L 0.246 0.031 0.036 0.143 0.143 0.148 0.254 164 G 0.058 0.010 0.013 0.026 0.176 0.031 0.687 165 P 0.018 0.004 0.135 0.139 0.101 0.411 0.193 166 E 0.038 0.018 0.160 0.183 0.092 0.367 0.142 167 L 0.075 0.031 0.139 0.200 0.082 0.093 0.380 168 T 0.071 0.023 0.049 0.284 0.063 0.092 0.418 169 E 0.039 0.010 0.060 0.464 0.115 0.199 0.113 170 K 0.026 0.007 0.043 0.304 0.086 0.414 0.122 171 G 0.032 0.006 0.047 0.192 0.156 0.314 0.255 172 E 0.050 0.009 0.062 0.307 0.124 0.123 0.325 173 N 0.086 0.020 0.062 0.445 0.095 0.101 0.191 174 Y 0.120 0.020 0.072 0.522 0.052 0.059 0.154 175 L 0.172 0.030 0.058 0.507 0.051 0.067 0.115 176 K 0.103 0.009 0.087 0.476 0.053 0.126 0.147 177 E 0.050 0.008 0.050 0.458 0.067 0.312 0.055 178 N 0.010 0.002 0.014 0.123 0.074 0.717 0.061 179 G 0.016 0.003 0.006 0.046 0.389 0.190 0.350 180 T 0.085 0.052 0.007 0.111 0.114 0.035 0.595 181 W 0.139 0.041 0.017 0.409 0.076 0.048 0.271 182 S 0.072 0.005 0.033 0.635 0.053 0.041 0.162 183 K 0.056 0.004 0.065 0.729 0.042 0.045 0.058 184 A 0.046 0.003 0.068 0.756 0.020 0.053 0.055 185 Y 0.065 0.006 0.051 0.751 0.026 0.047 0.055 186 K 0.075 0.005 0.038 0.738 0.041 0.058 0.044 187 T 0.072 0.006 0.022 0.760 0.024 0.065 0.051 188 I 0.029 0.004 0.013 0.888 0.013 0.021 0.033 189 K 0.013 0.001 0.012 0.931 0.011 0.018 0.014 190 E 0.021 0.003 0.015 0.894 0.009 0.034 0.024 191 I 0.011 0.002 0.022 0.907 0.007 0.021 0.030 192 K 0.021 0.001 0.044 0.846 0.022 0.030 0.036 193 D 0.033 0.002 0.055 0.755 0.041 0.081 0.034 194 W 0.054 0.003 0.039 0.742 0.033 0.089 0.039 195 I 0.158 0.014 0.021 0.583 0.059 0.086 0.080 196 K 0.193 0.009 0.019 0.430 0.048 0.120 0.182 197 L 0.171 0.010 0.033 0.417 0.054 0.072 0.244 198 E 0.147 0.011 0.038 0.330 0.064 0.101 0.309 199 H 0.122 0.012 0.071 0.236 0.110 0.169 0.280 200 H 0.109 0.012 0.069 0.177 0.130 0.156 0.349 201 H 0.077 0.013 0.090 0.135 0.175 0.187 0.324 202 H 0.056 0.016 0.060 0.098 0.176 0.237 0.358 203 H 0.035 0.019 0.029 0.060 0.056 0.164 0.637 204 H 0.004 0.001 0.002 0.004 0.009 0.004 0.977