# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.369 0.155 0.170 0.189 0.045 0.017 0.024 0.009 0.014 0.008 0.001 2 N 0.213 0.068 0.206 0.130 0.035 0.134 0.112 0.017 0.062 0.021 0.001 3 K 0.708 0.036 0.051 0.129 0.008 0.020 0.029 0.006 0.009 0.005 0.001 4 D 0.672 0.023 0.057 0.139 0.011 0.033 0.045 0.008 0.009 0.002 0.001 5 K 0.834 0.013 0.011 0.122 0.002 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 6 L 0.851 0.044 0.062 0.025 0.004 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 7 R 0.958 0.012 0.008 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.944 0.025 0.010 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 A 0.946 0.022 0.007 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 I 0.912 0.037 0.017 0.020 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 L 0.918 0.022 0.021 0.024 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 12 K 0.932 0.021 0.016 0.019 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.934 0.016 0.014 0.023 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.897 0.021 0.013 0.059 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 F 0.653 0.085 0.058 0.148 0.016 0.015 0.008 0.003 0.013 0.001 0.001 16 E 0.378 0.113 0.124 0.307 0.012 0.017 0.016 0.003 0.027 0.002 0.001 17 G 0.098 0.010 0.045 0.053 0.053 0.003 0.114 0.397 0.002 0.225 0.001 18 N 0.161 0.048 0.132 0.373 0.025 0.067 0.145 0.021 0.020 0.006 0.001 19 T 0.025 0.431 0.287 0.002 0.062 0.016 0.019 0.001 0.154 0.002 0.001 20 P 0.114 0.007 0.693 0.013 0.001 0.069 0.001 0.001 0.002 0.001 0.101 21 L 0.140 0.182 0.496 0.067 0.017 0.070 0.006 0.004 0.016 0.001 0.001 22 S 0.041 0.341 0.385 0.023 0.141 0.030 0.004 0.004 0.022 0.009 0.001 23 E 0.733 0.063 0.076 0.076 0.014 0.012 0.010 0.003 0.010 0.003 0.001 24 N 0.340 0.016 0.042 0.481 0.009 0.023 0.056 0.011 0.019 0.002 0.001 25 D 0.201 0.076 0.202 0.237 0.021 0.121 0.089 0.008 0.042 0.001 0.002 26 I 0.171 0.277 0.267 0.234 0.022 0.012 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 27 G 0.057 0.064 0.120 0.033 0.215 0.008 0.057 0.236 0.011 0.199 0.001 28 V 0.033 0.541 0.316 0.018 0.052 0.025 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 29 T 0.059 0.466 0.256 0.041 0.085 0.053 0.004 0.001 0.031 0.005 0.001 30 E 0.592 0.158 0.117 0.039 0.033 0.024 0.011 0.003 0.017 0.006 0.001 31 D 0.694 0.048 0.076 0.091 0.014 0.039 0.019 0.004 0.012 0.002 0.001 32 Q 0.783 0.034 0.020 0.127 0.006 0.011 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 33 F 0.761 0.034 0.045 0.108 0.007 0.015 0.013 0.007 0.007 0.003 0.001 34 D 0.772 0.025 0.029 0.089 0.008 0.027 0.036 0.003 0.011 0.002 0.001 35 D 0.759 0.035 0.032 0.129 0.014 0.011 0.011 0.003 0.005 0.001 0.001 36 A 0.891 0.024 0.023 0.042 0.006 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 37 V 0.918 0.030 0.012 0.027 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 38 N 0.902 0.011 0.013 0.044 0.002 0.011 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 39 F 0.838 0.022 0.018 0.098 0.004 0.008 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 40 L 0.705 0.067 0.100 0.090 0.007 0.017 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 41 K 0.714 0.061 0.090 0.075 0.011 0.019 0.017 0.004 0.007 0.003 0.001 42 R 0.580 0.148 0.088 0.094 0.031 0.018 0.019 0.005 0.013 0.004 0.001 43 E 0.331 0.125 0.181 0.271 0.022 0.019 0.025 0.003 0.019 0.004 0.001 44 G 0.044 0.022 0.050 0.038 0.154 0.002 0.074 0.493 0.003 0.119 0.001 45 Y 0.062 0.473 0.325 0.029 0.047 0.036 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 46 I 0.024 0.383 0.463 0.003 0.004 0.097 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 47 I 0.213 0.290 0.092 0.305 0.009 0.040 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 48 G 0.011 0.142 0.118 0.006 0.607 0.009 0.051 0.031 0.009 0.016 0.001 49 V 0.028 0.735 0.106 0.016 0.077 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 50 H 0.036 0.570 0.210 0.023 0.059 0.066 0.004 0.001 0.028 0.003 0.001 51 Y 0.064 0.422 0.202 0.070 0.090 0.064 0.025 0.005 0.054 0.003 0.001 52 S 0.237 0.206 0.247 0.112 0.098 0.043 0.011 0.009 0.021 0.015 0.001 53 D 0.335 0.043 0.062 0.408 0.027 0.028 0.065 0.008 0.018 0.006 0.001 54 D 0.187 0.072 0.094 0.436 0.031 0.040 0.096 0.012 0.028 0.002 0.002 55 R 0.084 0.284 0.301 0.004 0.022 0.027 0.033 0.001 0.242 0.001 0.001 56 P 0.275 0.003 0.578 0.017 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 57 H 0.224 0.202 0.232 0.070 0.058 0.082 0.067 0.018 0.041 0.003 0.001 58 L 0.399 0.245 0.193 0.091 0.013 0.034 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 59 Y 0.224 0.400 0.178 0.047 0.087 0.024 0.010 0.003 0.021 0.006 0.001 60 K 0.276 0.154 0.351 0.054 0.022 0.093 0.018 0.002 0.027 0.001 0.002 61 L 0.269 0.163 0.262 0.238 0.020 0.027 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 62 G 0.053 0.020 0.145 0.004 0.104 0.002 0.021 0.042 0.013 0.597 0.001 63 P 0.392 0.006 0.479 0.019 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.087 64 E 0.434 0.107 0.285 0.086 0.014 0.034 0.013 0.005 0.016 0.003 0.002 65 L 0.314 0.151 0.365 0.077 0.014 0.052 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 66 T 0.396 0.245 0.141 0.099 0.059 0.029 0.007 0.004 0.015 0.004 0.001 67 E 0.400 0.184 0.197 0.083 0.039 0.041 0.018 0.004 0.030 0.004 0.001 68 K 0.311 0.144 0.287 0.170 0.019 0.021 0.018 0.003 0.025 0.002 0.001 69 G 0.192 0.021 0.100 0.034 0.087 0.011 0.056 0.277 0.008 0.214 0.001 70 E 0.697 0.072 0.113 0.069 0.015 0.012 0.005 0.003 0.005 0.008 0.001 71 N 0.500 0.069 0.109 0.174 0.017 0.045 0.053 0.011 0.019 0.002 0.001 72 Y 0.660 0.082 0.071 0.108 0.015 0.025 0.016 0.002 0.020 0.001 0.001 73 L 0.540 0.147 0.195 0.051 0.013 0.033 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 74 K 0.550 0.140 0.143 0.092 0.025 0.023 0.009 0.002 0.011 0.003 0.001 75 E 0.534 0.113 0.189 0.088 0.024 0.017 0.013 0.004 0.011 0.006 0.001 76 N 0.118 0.018 0.058 0.533 0.011 0.014 0.199 0.016 0.025 0.007 0.001 77 G 0.029 0.009 0.085 0.013 0.048 0.008 0.155 0.537 0.003 0.113 0.001 78 T 0.228 0.249 0.329 0.090 0.044 0.039 0.002 0.002 0.012 0.003 0.001 79 W 0.602 0.099 0.141 0.069 0.019 0.028 0.014 0.006 0.017 0.004 0.001 80 S 0.796 0.035 0.083 0.042 0.015 0.012 0.005 0.004 0.004 0.004 0.001 81 K 0.873 0.022 0.024 0.058 0.006 0.007 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 82 A 0.899 0.015 0.033 0.036 0.004 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 83 Y 0.854 0.037 0.037 0.046 0.006 0.008 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 84 K 0.903 0.024 0.026 0.029 0.004 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 85 T 0.881 0.030 0.032 0.036 0.006 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 86 I 0.950 0.010 0.013 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 K 0.981 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.950 0.008 0.007 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.919 0.011 0.012 0.046 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 90 K 0.921 0.020 0.018 0.027 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 91 D 0.823 0.015 0.018 0.098 0.010 0.011 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 92 W 0.814 0.029 0.031 0.106 0.005 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 93 I 0.662 0.145 0.090 0.051 0.015 0.014 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 94 K 0.560 0.103 0.176 0.046 0.007 0.066 0.015 0.002 0.023 0.001 0.001 95 L 0.548 0.140 0.163 0.077 0.014 0.030 0.005 0.002 0.018 0.002 0.001 96 E 0.619 0.100 0.120 0.078 0.018 0.027 0.015 0.005 0.012 0.006 0.001 97 H 0.390 0.104 0.089 0.207 0.035 0.049 0.075 0.008 0.038 0.005 0.001 98 H 0.389 0.121 0.119 0.166 0.040 0.044 0.069 0.011 0.033 0.007 0.001 99 H 0.374 0.134 0.122 0.186 0.036 0.049 0.057 0.011 0.025 0.006 0.001 100 H 0.437 0.111 0.107 0.185 0.030 0.043 0.047 0.009 0.027 0.005 0.001 101 H 0.440 0.124 0.113 0.180 0.031 0.033 0.046 0.007 0.021 0.004 0.001 102 H 0.356 0.119 0.120 0.206 0.027 0.063 0.058 0.007 0.041 0.003 0.001 103 M 0.311 0.208 0.230 0.149 0.035 0.026 0.015 0.004 0.016 0.005 0.001 104 N 0.142 0.093 0.282 0.112 0.037 0.159 0.071 0.010 0.080 0.015 0.001 105 K 0.738 0.029 0.055 0.108 0.007 0.015 0.029 0.005 0.008 0.005 0.001 106 D 0.650 0.021 0.049 0.164 0.008 0.028 0.061 0.010 0.007 0.001 0.001 107 K 0.779 0.023 0.018 0.150 0.004 0.008 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 108 L 0.691 0.094 0.130 0.046 0.008 0.015 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 109 R 0.868 0.042 0.037 0.028 0.005 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 110 Y 0.902 0.041 0.023 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 111 A 0.925 0.026 0.014 0.020 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 112 I 0.907 0.037 0.020 0.020 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 113 L 0.918 0.021 0.025 0.020 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 114 K 0.945 0.016 0.013 0.015 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 E 0.925 0.015 0.015 0.032 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 116 I 0.878 0.021 0.016 0.075 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 F 0.621 0.099 0.078 0.137 0.018 0.017 0.009 0.003 0.016 0.002 0.001 118 E 0.392 0.108 0.164 0.248 0.015 0.022 0.020 0.003 0.025 0.003 0.001 119 G 0.124 0.012 0.050 0.063 0.055 0.003 0.090 0.382 0.002 0.218 0.001 120 N 0.161 0.058 0.159 0.341 0.027 0.072 0.136 0.015 0.024 0.005 0.002 121 T 0.024 0.421 0.302 0.002 0.048 0.017 0.020 0.001 0.163 0.001 0.001 122 P 0.110 0.007 0.723 0.012 0.001 0.068 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 123 L 0.184 0.215 0.426 0.071 0.019 0.060 0.004 0.003 0.017 0.001 0.001 124 S 0.063 0.321 0.367 0.031 0.130 0.036 0.007 0.006 0.025 0.013 0.001 125 E 0.663 0.083 0.097 0.095 0.018 0.014 0.011 0.003 0.013 0.004 0.001 126 N 0.366 0.026 0.063 0.414 0.016 0.025 0.057 0.011 0.018 0.003 0.001 127 D 0.204 0.076 0.206 0.243 0.019 0.120 0.084 0.006 0.041 0.001 0.002 128 I 0.178 0.278 0.257 0.236 0.025 0.012 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 129 G 0.062 0.081 0.132 0.036 0.230 0.010 0.053 0.181 0.012 0.202 0.001 130 V 0.040 0.542 0.313 0.021 0.050 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 131 T 0.065 0.452 0.267 0.038 0.079 0.054 0.005 0.001 0.035 0.005 0.001 132 E 0.627 0.129 0.118 0.040 0.030 0.021 0.009 0.003 0.015 0.007 0.001 133 D 0.708 0.041 0.067 0.102 0.015 0.032 0.018 0.004 0.010 0.002 0.001 134 Q 0.734 0.044 0.029 0.151 0.008 0.012 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 135 F 0.695 0.047 0.063 0.131 0.009 0.018 0.014 0.006 0.011 0.003 0.001 136 D 0.756 0.027 0.039 0.087 0.009 0.025 0.040 0.003 0.010 0.002 0.001 137 D 0.747 0.033 0.036 0.126 0.016 0.013 0.018 0.005 0.005 0.001 0.001 138 A 0.874 0.020 0.024 0.060 0.005 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 139 V 0.870 0.047 0.025 0.039 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 140 N 0.879 0.014 0.018 0.049 0.004 0.012 0.017 0.002 0.005 0.001 0.001 141 F 0.847 0.031 0.021 0.078 0.005 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 142 L 0.753 0.061 0.077 0.077 0.006 0.014 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 143 K 0.731 0.061 0.091 0.063 0.010 0.018 0.013 0.003 0.008 0.003 0.001 144 R 0.617 0.125 0.094 0.084 0.023 0.016 0.018 0.005 0.014 0.003 0.001 145 E 0.341 0.097 0.207 0.271 0.017 0.016 0.024 0.003 0.018 0.005 0.001 146 G 0.042 0.014 0.043 0.033 0.100 0.002 0.106 0.560 0.003 0.095 0.001 147 Y 0.075 0.414 0.371 0.035 0.041 0.038 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 148 I 0.034 0.444 0.403 0.005 0.006 0.077 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 149 I 0.121 0.415 0.134 0.211 0.021 0.042 0.005 0.001 0.050 0.001 0.001 150 G 0.015 0.119 0.154 0.007 0.552 0.010 0.049 0.055 0.009 0.028 0.001 151 V 0.035 0.711 0.125 0.018 0.077 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 152 H 0.048 0.538 0.249 0.025 0.042 0.064 0.004 0.001 0.026 0.003 0.001 153 Y 0.084 0.420 0.234 0.066 0.073 0.056 0.018 0.004 0.042 0.003 0.001 154 S 0.258 0.227 0.215 0.108 0.093 0.040 0.011 0.007 0.025 0.014 0.001 155 D 0.396 0.044 0.066 0.369 0.026 0.024 0.047 0.006 0.015 0.005 0.001 156 D 0.187 0.068 0.088 0.447 0.030 0.043 0.090 0.012 0.030 0.002 0.002 157 R 0.083 0.281 0.334 0.005 0.023 0.026 0.028 0.001 0.217 0.001 0.001 158 P 0.288 0.003 0.587 0.015 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 159 H 0.271 0.191 0.246 0.070 0.044 0.076 0.047 0.013 0.037 0.003 0.001 160 L 0.473 0.196 0.173 0.092 0.012 0.033 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 161 Y 0.313 0.319 0.174 0.063 0.069 0.024 0.010 0.003 0.019 0.006 0.001 162 K 0.363 0.132 0.299 0.068 0.021 0.069 0.020 0.002 0.023 0.001 0.001 163 L 0.309 0.144 0.244 0.242 0.016 0.025 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 164 G 0.062 0.020 0.150 0.004 0.096 0.002 0.019 0.041 0.013 0.593 0.001 165 P 0.465 0.005 0.419 0.020 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 166 E 0.497 0.096 0.234 0.101 0.012 0.029 0.011 0.005 0.013 0.002 0.001 167 L 0.385 0.144 0.301 0.090 0.013 0.043 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 168 T 0.437 0.220 0.150 0.088 0.046 0.029 0.007 0.003 0.015 0.004 0.001 169 E 0.460 0.155 0.180 0.088 0.033 0.035 0.016 0.004 0.026 0.004 0.001 170 K 0.340 0.117 0.258 0.204 0.017 0.018 0.018 0.003 0.022 0.002 0.001 171 G 0.170 0.019 0.100 0.036 0.071 0.011 0.074 0.303 0.008 0.207 0.001 172 E 0.669 0.072 0.138 0.069 0.017 0.011 0.006 0.003 0.005 0.010 0.001 173 N 0.488 0.073 0.136 0.150 0.020 0.045 0.054 0.011 0.020 0.002 0.001 174 Y 0.720 0.072 0.069 0.093 0.011 0.016 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 175 L 0.595 0.134 0.161 0.050 0.012 0.028 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 176 K 0.573 0.129 0.150 0.082 0.020 0.022 0.007 0.002 0.011 0.003 0.001 177 E 0.584 0.101 0.169 0.081 0.019 0.015 0.011 0.004 0.011 0.004 0.001 178 N 0.163 0.020 0.068 0.523 0.010 0.013 0.159 0.012 0.025 0.007 0.001 179 G 0.032 0.007 0.066 0.012 0.042 0.006 0.160 0.569 0.003 0.104 0.001 180 T 0.253 0.251 0.307 0.099 0.036 0.035 0.003 0.001 0.012 0.003 0.001 181 W 0.505 0.133 0.191 0.070 0.024 0.032 0.013 0.005 0.019 0.007 0.001 182 S 0.725 0.058 0.113 0.050 0.019 0.017 0.005 0.003 0.006 0.003 0.001 183 K 0.845 0.033 0.037 0.056 0.009 0.007 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 184 A 0.876 0.018 0.044 0.041 0.005 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 185 Y 0.815 0.043 0.052 0.057 0.008 0.011 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 186 K 0.871 0.030 0.035 0.037 0.006 0.006 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 187 T 0.819 0.045 0.054 0.049 0.009 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 188 I 0.930 0.011 0.019 0.030 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 189 K 0.972 0.005 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 E 0.930 0.010 0.011 0.037 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 191 I 0.898 0.009 0.014 0.066 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 192 K 0.913 0.021 0.023 0.024 0.003 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 193 D 0.840 0.010 0.016 0.091 0.008 0.010 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 194 W 0.850 0.017 0.022 0.098 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 195 I 0.716 0.107 0.081 0.053 0.012 0.012 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 196 K 0.637 0.072 0.139 0.053 0.007 0.050 0.019 0.002 0.018 0.001 0.001 197 L 0.570 0.136 0.153 0.078 0.014 0.025 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 198 E 0.623 0.102 0.114 0.082 0.019 0.025 0.013 0.004 0.012 0.004 0.001 199 H 0.419 0.115 0.096 0.186 0.037 0.045 0.054 0.007 0.037 0.005 0.001 200 H 0.367 0.119 0.121 0.218 0.035 0.043 0.051 0.009 0.030 0.005 0.001 201 H 0.338 0.140 0.130 0.221 0.038 0.042 0.050 0.009 0.026 0.005 0.001 202 H 0.292 0.137 0.150 0.233 0.037 0.045 0.063 0.011 0.027 0.005 0.001 203 H 0.224 0.157 0.179 0.216 0.036 0.058 0.069 0.014 0.040 0.005 0.001 204 H 0.187 0.212 0.236 0.112 0.067 0.049 0.065 0.013 0.043 0.014 0.001