# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.154 0.076 0.032 0.088 0.044 0.090 0.297 0.091 0.066 0.022 2 N 0.120 0.168 0.096 0.014 0.173 0.008 0.013 0.131 0.052 0.135 0.090 3 K 0.008 0.029 0.011 0.006 0.019 0.007 0.016 0.594 0.271 0.033 0.006 4 D 0.013 0.034 0.016 0.004 0.029 0.005 0.023 0.636 0.156 0.074 0.010 5 K 0.003 0.013 0.006 0.003 0.007 0.004 0.015 0.786 0.112 0.049 0.003 6 L 0.009 0.009 0.002 0.001 0.013 0.001 0.005 0.870 0.073 0.012 0.005 7 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.929 0.047 0.004 0.001 8 Y 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.917 0.052 0.010 0.002 9 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.933 0.043 0.004 0.001 10 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.937 0.044 0.005 0.001 11 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.838 0.128 0.013 0.002 12 K 0.004 0.009 0.001 0.001 0.008 0.004 0.018 0.832 0.118 0.004 0.001 13 E 0.008 0.007 0.003 0.001 0.013 0.003 0.041 0.839 0.078 0.005 0.002 14 I 0.008 0.009 0.006 0.008 0.008 0.037 0.148 0.658 0.095 0.020 0.004 15 F 0.055 0.036 0.016 0.014 0.045 0.019 0.065 0.445 0.126 0.134 0.044 16 E 0.012 0.220 0.111 0.096 0.052 0.104 0.137 0.133 0.056 0.069 0.010 17 G 0.029 0.089 0.106 0.173 0.056 0.044 0.046 0.048 0.042 0.275 0.090 18 N 0.113 0.061 0.056 0.042 0.099 0.022 0.043 0.049 0.076 0.279 0.160 19 T 0.014 0.461 0.320 0.016 0.118 0.006 0.017 0.025 0.013 0.006 0.004 20 P 0.080 0.394 0.108 0.012 0.185 0.013 0.033 0.059 0.044 0.042 0.031 21 L 0.124 0.215 0.090 0.024 0.174 0.025 0.045 0.084 0.084 0.071 0.064 22 S 0.027 0.290 0.307 0.054 0.103 0.018 0.015 0.063 0.056 0.046 0.020 23 E 0.046 0.052 0.020 0.020 0.068 0.045 0.119 0.375 0.203 0.036 0.016 24 N 0.079 0.076 0.044 0.021 0.092 0.019 0.028 0.099 0.112 0.305 0.124 25 D 0.220 0.086 0.015 0.008 0.243 0.008 0.025 0.082 0.060 0.162 0.090 26 I 0.141 0.161 0.042 0.020 0.226 0.016 0.030 0.065 0.095 0.123 0.081 27 G 0.036 0.147 0.192 0.145 0.069 0.057 0.026 0.032 0.050 0.204 0.040 28 V 0.220 0.205 0.046 0.009 0.347 0.006 0.018 0.040 0.018 0.036 0.054 29 T 0.018 0.535 0.279 0.016 0.085 0.003 0.002 0.026 0.009 0.020 0.007 30 E 0.009 0.015 0.006 0.003 0.017 0.005 0.010 0.517 0.389 0.023 0.006 31 D 0.017 0.020 0.013 0.002 0.031 0.002 0.012 0.698 0.160 0.032 0.013 32 Q 0.008 0.010 0.003 0.001 0.008 0.002 0.009 0.710 0.139 0.106 0.004 33 F 0.012 0.021 0.008 0.003 0.024 0.003 0.008 0.738 0.119 0.058 0.006 34 D 0.006 0.017 0.006 0.005 0.015 0.011 0.028 0.794 0.090 0.024 0.004 35 D 0.006 0.009 0.004 0.001 0.009 0.001 0.009 0.693 0.136 0.124 0.007 36 A 0.004 0.009 0.003 0.001 0.007 0.002 0.010 0.868 0.072 0.022 0.002 37 V 0.006 0.008 0.001 0.001 0.013 0.002 0.007 0.851 0.094 0.014 0.003 38 N 0.010 0.009 0.003 0.001 0.015 0.004 0.016 0.857 0.068 0.014 0.004 39 F 0.007 0.007 0.003 0.002 0.009 0.003 0.012 0.850 0.076 0.028 0.003 40 L 0.014 0.018 0.005 0.003 0.023 0.006 0.024 0.766 0.112 0.024 0.005 41 K 0.029 0.033 0.016 0.005 0.023 0.011 0.053 0.623 0.140 0.053 0.015 42 R 0.018 0.033 0.029 0.021 0.029 0.044 0.140 0.496 0.119 0.061 0.010 43 E 0.034 0.295 0.102 0.089 0.092 0.042 0.098 0.123 0.050 0.051 0.022 44 G 0.101 0.057 0.052 0.068 0.071 0.025 0.009 0.036 0.064 0.362 0.156 45 Y 0.066 0.415 0.064 0.008 0.346 0.008 0.013 0.036 0.019 0.018 0.008 46 I 0.575 0.028 0.005 0.002 0.276 0.002 0.003 0.004 0.002 0.007 0.097 47 I 0.060 0.037 0.016 0.179 0.106 0.282 0.220 0.034 0.018 0.024 0.023 48 G 0.240 0.134 0.068 0.019 0.435 0.006 0.005 0.007 0.006 0.033 0.047 49 V 0.260 0.146 0.020 0.006 0.477 0.006 0.005 0.012 0.006 0.012 0.051 50 H 0.257 0.120 0.030 0.005 0.432 0.004 0.009 0.011 0.008 0.033 0.093 51 Y 0.211 0.153 0.047 0.027 0.219 0.016 0.017 0.025 0.043 0.102 0.140 52 S 0.050 0.180 0.153 0.114 0.138 0.069 0.050 0.074 0.092 0.060 0.022 53 D 0.032 0.062 0.046 0.046 0.053 0.048 0.112 0.229 0.209 0.134 0.028 54 D 0.041 0.065 0.068 0.034 0.049 0.020 0.058 0.076 0.097 0.432 0.060 55 R 0.056 0.301 0.192 0.038 0.178 0.015 0.026 0.111 0.037 0.024 0.023 56 P 0.062 0.192 0.052 0.010 0.146 0.020 0.042 0.277 0.135 0.039 0.025 57 H 0.084 0.109 0.061 0.012 0.120 0.010 0.027 0.335 0.121 0.082 0.038 58 L 0.065 0.041 0.012 0.009 0.071 0.016 0.029 0.462 0.195 0.075 0.027 59 Y 0.059 0.147 0.036 0.015 0.137 0.031 0.059 0.309 0.130 0.055 0.023 60 K 0.132 0.060 0.028 0.007 0.129 0.011 0.072 0.324 0.082 0.112 0.042 61 L 0.054 0.159 0.143 0.091 0.087 0.052 0.076 0.114 0.059 0.122 0.041 62 G 0.048 0.122 0.195 0.229 0.071 0.043 0.022 0.100 0.053 0.072 0.045 63 P 0.026 0.267 0.128 0.018 0.101 0.015 0.020 0.264 0.121 0.032 0.009 64 E 0.080 0.174 0.049 0.005 0.187 0.007 0.032 0.278 0.072 0.079 0.035 65 L 0.154 0.067 0.018 0.009 0.151 0.013 0.028 0.277 0.117 0.100 0.067 66 T 0.038 0.183 0.150 0.043 0.093 0.031 0.044 0.269 0.079 0.051 0.021 67 E 0.038 0.043 0.032 0.019 0.048 0.019 0.046 0.493 0.137 0.098 0.026 68 K 0.023 0.153 0.130 0.071 0.047 0.053 0.106 0.289 0.063 0.048 0.018 69 G 0.034 0.053 0.077 0.128 0.036 0.031 0.015 0.167 0.075 0.311 0.073 70 E 0.036 0.122 0.032 0.021 0.095 0.041 0.061 0.426 0.128 0.030 0.011 71 N 0.078 0.051 0.028 0.010 0.075 0.010 0.029 0.380 0.121 0.143 0.073 72 Y 0.030 0.090 0.042 0.014 0.089 0.017 0.051 0.486 0.111 0.058 0.011 73 L 0.096 0.190 0.031 0.006 0.206 0.006 0.023 0.304 0.071 0.040 0.026 74 K 0.033 0.075 0.164 0.030 0.032 0.019 0.046 0.407 0.133 0.036 0.025 75 E 0.007 0.043 0.036 0.040 0.021 0.120 0.360 0.310 0.046 0.013 0.004 76 N 0.018 0.500 0.216 0.059 0.087 0.005 0.006 0.008 0.006 0.067 0.028 77 G 0.067 0.057 0.075 0.100 0.041 0.048 0.021 0.035 0.036 0.319 0.200 78 T 0.057 0.373 0.142 0.018 0.176 0.010 0.019 0.108 0.039 0.034 0.024 79 W 0.098 0.100 0.043 0.017 0.133 0.014 0.016 0.233 0.165 0.121 0.061 80 S 0.035 0.130 0.056 0.026 0.078 0.031 0.047 0.386 0.140 0.054 0.017 81 K 0.023 0.028 0.020 0.005 0.032 0.003 0.015 0.575 0.215 0.067 0.016 82 A 0.009 0.029 0.018 0.009 0.018 0.014 0.047 0.686 0.130 0.035 0.004 83 Y 0.037 0.042 0.011 0.004 0.048 0.006 0.017 0.545 0.153 0.107 0.031 84 K 0.024 0.068 0.020 0.004 0.060 0.006 0.032 0.648 0.102 0.024 0.012 85 T 0.021 0.133 0.034 0.003 0.055 0.002 0.009 0.614 0.081 0.043 0.006 86 I 0.015 0.007 0.002 0.001 0.016 0.002 0.004 0.746 0.184 0.018 0.006 87 K 0.002 0.010 0.003 0.001 0.007 0.003 0.016 0.845 0.110 0.003 0.001 88 E 0.012 0.011 0.004 0.001 0.014 0.001 0.017 0.865 0.055 0.016 0.003 89 I 0.007 0.006 0.002 0.002 0.009 0.005 0.013 0.771 0.147 0.035 0.003 90 K 0.004 0.009 0.002 0.003 0.007 0.007 0.022 0.815 0.120 0.009 0.002 91 D 0.013 0.017 0.007 0.002 0.020 0.003 0.026 0.749 0.098 0.059 0.007 92 W 0.009 0.013 0.004 0.003 0.015 0.007 0.029 0.789 0.102 0.026 0.003 93 I 0.057 0.055 0.008 0.002 0.101 0.003 0.010 0.597 0.111 0.036 0.019 94 K 0.063 0.072 0.017 0.003 0.099 0.005 0.025 0.548 0.097 0.052 0.019 95 L 0.056 0.063 0.023 0.009 0.081 0.009 0.037 0.546 0.111 0.042 0.023 96 E 0.029 0.067 0.036 0.026 0.055 0.052 0.123 0.440 0.116 0.041 0.014 97 H 0.095 0.078 0.030 0.014 0.099 0.015 0.050 0.292 0.118 0.152 0.057 98 H 0.077 0.111 0.045 0.021 0.132 0.026 0.055 0.250 0.121 0.115 0.046 99 H 0.088 0.118 0.050 0.020 0.123 0.019 0.037 0.204 0.126 0.151 0.064 100 H 0.088 0.079 0.033 0.016 0.119 0.017 0.044 0.254 0.177 0.126 0.047 101 H 0.056 0.094 0.046 0.023 0.100 0.030 0.070 0.285 0.161 0.097 0.038 102 H 0.098 0.087 0.038 0.012 0.132 0.014 0.046 0.238 0.104 0.168 0.063 103 M 0.074 0.157 0.061 0.027 0.125 0.038 0.060 0.219 0.097 0.098 0.043 104 N 0.139 0.153 0.104 0.019 0.207 0.010 0.015 0.093 0.043 0.125 0.093 105 K 0.014 0.045 0.017 0.009 0.030 0.009 0.018 0.540 0.257 0.052 0.011 106 D 0.017 0.036 0.015 0.005 0.033 0.007 0.027 0.602 0.159 0.084 0.015 107 K 0.008 0.020 0.008 0.004 0.014 0.006 0.020 0.748 0.112 0.056 0.005 108 L 0.025 0.032 0.009 0.002 0.040 0.002 0.007 0.772 0.072 0.026 0.013 109 R 0.007 0.007 0.002 0.002 0.010 0.004 0.014 0.881 0.058 0.011 0.003 110 Y 0.013 0.012 0.003 0.001 0.019 0.002 0.006 0.868 0.056 0.015 0.005 111 A 0.006 0.009 0.003 0.001 0.012 0.003 0.014 0.904 0.043 0.005 0.002 112 I 0.007 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.918 0.042 0.008 0.002 113 L 0.009 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.805 0.135 0.024 0.004 114 K 0.005 0.013 0.002 0.002 0.010 0.005 0.020 0.805 0.130 0.005 0.002 115 E 0.012 0.011 0.005 0.001 0.020 0.003 0.043 0.808 0.084 0.010 0.003 116 I 0.013 0.014 0.009 0.009 0.014 0.039 0.135 0.633 0.100 0.028 0.005 117 F 0.086 0.041 0.020 0.016 0.064 0.019 0.052 0.393 0.115 0.134 0.060 118 E 0.012 0.173 0.110 0.121 0.044 0.115 0.135 0.147 0.062 0.071 0.009 119 G 0.021 0.091 0.112 0.213 0.048 0.055 0.050 0.060 0.047 0.241 0.062 120 N 0.120 0.054 0.048 0.037 0.096 0.022 0.044 0.049 0.073 0.290 0.168 121 T 0.014 0.459 0.322 0.017 0.118 0.005 0.015 0.027 0.012 0.005 0.004 122 P 0.090 0.388 0.101 0.010 0.209 0.010 0.027 0.058 0.038 0.038 0.031 123 L 0.130 0.213 0.089 0.023 0.183 0.026 0.041 0.084 0.078 0.071 0.061 124 S 0.033 0.298 0.296 0.049 0.115 0.017 0.015 0.068 0.045 0.042 0.022 125 E 0.059 0.057 0.023 0.024 0.079 0.041 0.094 0.361 0.194 0.047 0.022 126 N 0.070 0.097 0.060 0.029 0.092 0.026 0.036 0.131 0.124 0.244 0.092 127 D 0.201 0.070 0.015 0.009 0.192 0.010 0.034 0.126 0.074 0.178 0.090 128 I 0.130 0.190 0.051 0.022 0.219 0.017 0.028 0.068 0.090 0.114 0.071 129 G 0.040 0.144 0.178 0.137 0.074 0.058 0.025 0.040 0.051 0.210 0.044 130 V 0.228 0.201 0.047 0.008 0.335 0.006 0.016 0.045 0.021 0.040 0.053 131 T 0.023 0.491 0.284 0.021 0.095 0.004 0.003 0.034 0.011 0.024 0.010 132 E 0.014 0.024 0.010 0.005 0.025 0.007 0.015 0.515 0.347 0.029 0.008 133 D 0.022 0.029 0.019 0.003 0.039 0.004 0.015 0.640 0.171 0.042 0.017 134 Q 0.012 0.017 0.005 0.002 0.013 0.003 0.012 0.685 0.135 0.110 0.007 135 F 0.019 0.033 0.014 0.004 0.035 0.004 0.011 0.677 0.122 0.073 0.009 136 D 0.009 0.029 0.012 0.009 0.023 0.017 0.036 0.720 0.103 0.036 0.007 137 D 0.011 0.016 0.009 0.002 0.015 0.002 0.010 0.645 0.139 0.140 0.012 138 A 0.006 0.014 0.005 0.002 0.010 0.003 0.013 0.834 0.082 0.028 0.003 139 V 0.012 0.017 0.002 0.002 0.024 0.003 0.009 0.807 0.099 0.020 0.005 140 N 0.018 0.014 0.004 0.002 0.025 0.004 0.018 0.815 0.073 0.020 0.007 141 F 0.009 0.012 0.005 0.003 0.014 0.004 0.014 0.830 0.076 0.029 0.004 142 L 0.020 0.026 0.006 0.003 0.036 0.006 0.023 0.746 0.101 0.027 0.006 143 K 0.035 0.037 0.021 0.006 0.027 0.011 0.046 0.627 0.125 0.049 0.018 144 R 0.018 0.035 0.032 0.023 0.031 0.043 0.125 0.514 0.108 0.059 0.011 145 E 0.029 0.360 0.131 0.094 0.095 0.039 0.072 0.097 0.033 0.034 0.016 146 G 0.092 0.044 0.043 0.066 0.053 0.025 0.010 0.043 0.060 0.389 0.175 147 Y 0.079 0.363 0.064 0.011 0.333 0.012 0.020 0.053 0.027 0.027 0.011 148 I 0.543 0.038 0.008 0.003 0.281 0.003 0.005 0.009 0.003 0.011 0.096 149 I 0.082 0.071 0.029 0.169 0.141 0.217 0.164 0.038 0.023 0.035 0.032 150 G 0.232 0.139 0.082 0.031 0.374 0.010 0.007 0.010 0.008 0.049 0.057 151 V 0.266 0.149 0.021 0.006 0.455 0.007 0.007 0.015 0.008 0.015 0.052 152 H 0.235 0.149 0.039 0.006 0.414 0.005 0.010 0.016 0.009 0.034 0.080 153 Y 0.234 0.148 0.044 0.021 0.229 0.012 0.016 0.032 0.043 0.093 0.128 154 S 0.054 0.174 0.136 0.117 0.133 0.073 0.046 0.085 0.098 0.061 0.024 155 D 0.032 0.071 0.054 0.057 0.058 0.053 0.108 0.251 0.189 0.105 0.024 156 D 0.042 0.058 0.062 0.031 0.047 0.019 0.055 0.083 0.099 0.440 0.063 157 R 0.062 0.312 0.190 0.034 0.192 0.012 0.023 0.098 0.031 0.022 0.024 158 P 0.069 0.204 0.047 0.009 0.160 0.018 0.035 0.259 0.133 0.040 0.025 159 H 0.089 0.112 0.060 0.009 0.126 0.009 0.026 0.318 0.127 0.086 0.038 160 L 0.076 0.045 0.013 0.009 0.075 0.015 0.032 0.445 0.187 0.072 0.031 161 Y 0.064 0.155 0.035 0.015 0.148 0.032 0.057 0.277 0.129 0.061 0.026 162 K 0.148 0.068 0.029 0.007 0.150 0.009 0.061 0.291 0.079 0.115 0.043 163 L 0.068 0.174 0.147 0.077 0.101 0.044 0.061 0.111 0.055 0.114 0.047 164 G 0.051 0.131 0.207 0.222 0.080 0.040 0.020 0.101 0.048 0.061 0.041 165 P 0.027 0.231 0.097 0.014 0.100 0.013 0.019 0.315 0.140 0.034 0.009 166 E 0.079 0.154 0.048 0.004 0.171 0.006 0.028 0.316 0.076 0.082 0.034 167 L 0.135 0.062 0.017 0.007 0.129 0.011 0.025 0.343 0.123 0.093 0.054 168 T 0.038 0.161 0.117 0.036 0.087 0.032 0.047 0.325 0.086 0.050 0.020 169 E 0.044 0.048 0.033 0.021 0.055 0.023 0.056 0.475 0.117 0.099 0.027 170 K 0.026 0.171 0.163 0.076 0.052 0.049 0.087 0.251 0.053 0.051 0.020 171 G 0.039 0.062 0.090 0.135 0.041 0.032 0.015 0.178 0.066 0.267 0.074 172 E 0.042 0.123 0.027 0.018 0.102 0.034 0.048 0.428 0.130 0.036 0.013 173 N 0.082 0.051 0.028 0.009 0.078 0.009 0.026 0.425 0.111 0.116 0.065 174 Y 0.030 0.070 0.035 0.011 0.078 0.015 0.046 0.550 0.105 0.049 0.011 175 L 0.089 0.164 0.026 0.006 0.190 0.007 0.023 0.355 0.073 0.044 0.024 176 K 0.039 0.071 0.129 0.024 0.035 0.017 0.045 0.458 0.124 0.034 0.025 177 E 0.008 0.041 0.040 0.041 0.021 0.112 0.304 0.358 0.054 0.017 0.005 178 N 0.018 0.517 0.211 0.063 0.091 0.007 0.007 0.012 0.006 0.046 0.021 179 G 0.057 0.047 0.055 0.084 0.034 0.043 0.018 0.044 0.044 0.382 0.193 180 T 0.058 0.345 0.127 0.015 0.173 0.011 0.023 0.144 0.045 0.037 0.022 181 W 0.101 0.097 0.040 0.013 0.133 0.010 0.013 0.272 0.152 0.109 0.060 182 S 0.037 0.129 0.049 0.023 0.081 0.031 0.046 0.401 0.136 0.049 0.017 183 K 0.030 0.034 0.023 0.005 0.039 0.003 0.015 0.594 0.180 0.059 0.018 184 A 0.010 0.033 0.021 0.009 0.019 0.013 0.041 0.701 0.114 0.033 0.004 185 Y 0.042 0.041 0.010 0.004 0.052 0.006 0.016 0.566 0.141 0.091 0.031 186 K 0.024 0.057 0.016 0.004 0.052 0.007 0.030 0.663 0.108 0.027 0.012 187 T 0.021 0.111 0.033 0.002 0.053 0.002 0.009 0.632 0.081 0.049 0.006 188 I 0.021 0.010 0.002 0.001 0.020 0.002 0.004 0.733 0.172 0.026 0.008 189 K 0.003 0.012 0.003 0.002 0.008 0.004 0.019 0.824 0.119 0.004 0.001 190 E 0.016 0.014 0.006 0.001 0.018 0.001 0.016 0.843 0.057 0.023 0.005 191 I 0.008 0.008 0.003 0.003 0.010 0.005 0.011 0.749 0.156 0.043 0.003 192 K 0.005 0.012 0.003 0.004 0.008 0.009 0.024 0.806 0.118 0.009 0.002 193 D 0.014 0.016 0.007 0.002 0.020 0.003 0.026 0.736 0.101 0.065 0.009 194 W 0.009 0.015 0.005 0.003 0.017 0.008 0.033 0.772 0.103 0.030 0.004 195 I 0.065 0.072 0.009 0.003 0.120 0.004 0.010 0.551 0.102 0.042 0.022 196 K 0.079 0.069 0.017 0.003 0.108 0.005 0.023 0.513 0.097 0.061 0.024 197 L 0.059 0.069 0.025 0.010 0.092 0.009 0.032 0.511 0.119 0.048 0.026 198 E 0.033 0.073 0.037 0.027 0.064 0.052 0.121 0.411 0.123 0.043 0.015 199 H 0.101 0.078 0.032 0.015 0.102 0.014 0.050 0.260 0.130 0.161 0.059 200 H 0.084 0.114 0.046 0.022 0.141 0.027 0.062 0.200 0.131 0.122 0.051 201 H 0.090 0.118 0.045 0.021 0.133 0.024 0.051 0.161 0.137 0.155 0.064 202 H 0.097 0.103 0.043 0.021 0.136 0.022 0.059 0.159 0.138 0.163 0.060 203 H 0.076 0.128 0.073 0.032 0.123 0.027 0.061 0.139 0.121 0.162 0.059 204 H 0.084 0.199 0.111 0.031 0.164 0.020 0.037 0.134 0.084 0.088 0.048