# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.670 0.188 0.086 0.039 0.012 0.003 0.001 2 N 0.670 0.189 0.082 0.040 0.015 0.004 0.001 3 K 0.554 0.248 0.118 0.056 0.018 0.005 0.001 4 D 0.549 0.240 0.112 0.060 0.027 0.011 0.001 5 K 0.318 0.271 0.200 0.140 0.057 0.014 0.001 6 L 0.131 0.107 0.139 0.230 0.238 0.139 0.015 7 R 0.179 0.215 0.215 0.205 0.122 0.057 0.006 8 Y 0.191 0.147 0.160 0.181 0.182 0.124 0.015 9 A 0.134 0.121 0.147 0.212 0.216 0.148 0.023 10 I 0.124 0.090 0.118 0.171 0.205 0.222 0.070 11 L 0.077 0.068 0.084 0.146 0.220 0.327 0.078 12 K 0.168 0.199 0.223 0.224 0.123 0.052 0.011 13 E 0.285 0.252 0.194 0.133 0.076 0.049 0.010 14 I 0.149 0.114 0.139 0.219 0.201 0.153 0.024 15 F 0.228 0.183 0.168 0.192 0.152 0.068 0.008 16 E 0.481 0.267 0.129 0.080 0.031 0.010 0.002 17 G 0.524 0.234 0.121 0.076 0.031 0.011 0.002 18 N 0.499 0.251 0.142 0.075 0.024 0.007 0.001 19 T 0.441 0.216 0.149 0.108 0.058 0.024 0.004 20 P 0.477 0.237 0.132 0.087 0.043 0.020 0.004 21 L 0.323 0.179 0.147 0.155 0.118 0.065 0.013 22 S 0.447 0.255 0.140 0.092 0.043 0.019 0.004 23 E 0.408 0.239 0.148 0.114 0.060 0.025 0.006 24 N 0.333 0.225 0.173 0.139 0.079 0.042 0.010 25 D 0.228 0.214 0.193 0.177 0.116 0.060 0.012 26 I 0.159 0.117 0.132 0.178 0.187 0.166 0.061 27 G 0.224 0.201 0.173 0.163 0.117 0.092 0.029 28 V 0.176 0.124 0.131 0.174 0.179 0.158 0.058 29 T 0.257 0.233 0.178 0.163 0.100 0.055 0.013 30 E 0.326 0.298 0.177 0.113 0.054 0.026 0.007 31 D 0.328 0.224 0.159 0.138 0.087 0.049 0.015 32 Q 0.144 0.199 0.210 0.216 0.141 0.077 0.012 33 F 0.071 0.082 0.130 0.230 0.255 0.194 0.038 34 D 0.242 0.301 0.224 0.142 0.062 0.024 0.005 35 D 0.211 0.254 0.215 0.168 0.095 0.046 0.010 36 A 0.087 0.094 0.109 0.175 0.229 0.254 0.052 37 V 0.054 0.068 0.116 0.214 0.263 0.236 0.049 38 N 0.189 0.276 0.232 0.164 0.083 0.046 0.011 39 F 0.113 0.129 0.148 0.203 0.198 0.170 0.038 40 L 0.073 0.071 0.096 0.186 0.266 0.251 0.056 41 K 0.240 0.280 0.209 0.151 0.079 0.034 0.009 42 R 0.308 0.235 0.176 0.149 0.085 0.037 0.010 43 E 0.168 0.183 0.184 0.178 0.145 0.112 0.030 44 G 0.156 0.166 0.172 0.189 0.156 0.124 0.037 45 Y 0.088 0.087 0.129 0.206 0.219 0.201 0.069 46 I 0.044 0.041 0.047 0.083 0.170 0.381 0.235 47 I 0.045 0.037 0.054 0.102 0.180 0.335 0.246 48 G 0.102 0.097 0.109 0.135 0.163 0.239 0.154 49 V 0.107 0.084 0.089 0.144 0.199 0.244 0.133 50 H 0.065 0.103 0.149 0.229 0.229 0.183 0.041 51 Y 0.107 0.120 0.153 0.220 0.225 0.146 0.029 52 S 0.292 0.284 0.196 0.140 0.061 0.023 0.004 53 D 0.460 0.271 0.138 0.082 0.034 0.012 0.003 54 D 0.526 0.243 0.114 0.071 0.032 0.012 0.002 55 R 0.416 0.270 0.167 0.099 0.037 0.011 0.001 56 P 0.501 0.232 0.123 0.080 0.042 0.019 0.004 57 H 0.252 0.237 0.202 0.170 0.092 0.042 0.005 58 L 0.198 0.162 0.167 0.197 0.165 0.098 0.013 59 Y 0.239 0.186 0.169 0.189 0.133 0.072 0.012 60 K 0.344 0.266 0.182 0.113 0.057 0.031 0.008 61 L 0.255 0.148 0.152 0.181 0.150 0.098 0.016 62 G 0.411 0.272 0.158 0.092 0.043 0.020 0.003 63 P 0.485 0.211 0.119 0.089 0.057 0.032 0.007 64 E 0.516 0.258 0.128 0.066 0.023 0.008 0.001 65 L 0.249 0.167 0.174 0.199 0.137 0.065 0.009 66 T 0.356 0.295 0.194 0.100 0.037 0.015 0.003 67 E 0.566 0.239 0.101 0.057 0.026 0.009 0.002 68 K 0.548 0.262 0.116 0.054 0.016 0.004 0.001 69 G 0.298 0.226 0.187 0.165 0.089 0.033 0.004 70 E 0.340 0.268 0.203 0.126 0.049 0.013 0.001 71 N 0.381 0.302 0.168 0.099 0.038 0.010 0.001 72 Y 0.160 0.189 0.215 0.232 0.142 0.057 0.006 73 L 0.132 0.125 0.143 0.234 0.235 0.120 0.011 74 K 0.376 0.328 0.176 0.088 0.025 0.006 0.001 75 E 0.530 0.256 0.120 0.064 0.023 0.007 0.001 76 N 0.447 0.266 0.154 0.084 0.035 0.013 0.001 77 G 0.451 0.233 0.153 0.102 0.045 0.015 0.002 78 T 0.370 0.268 0.172 0.115 0.055 0.018 0.002 79 W 0.154 0.137 0.157 0.218 0.198 0.124 0.013 80 S 0.358 0.285 0.188 0.113 0.041 0.013 0.001 81 K 0.463 0.300 0.135 0.069 0.025 0.008 0.001 82 A 0.251 0.169 0.156 0.198 0.146 0.075 0.005 83 Y 0.265 0.179 0.188 0.185 0.123 0.055 0.004 84 K 0.350 0.318 0.184 0.098 0.036 0.013 0.002 85 T 0.235 0.252 0.211 0.165 0.093 0.041 0.004 86 I 0.091 0.101 0.136 0.225 0.243 0.183 0.020 87 K 0.281 0.307 0.219 0.117 0.050 0.022 0.004 88 E 0.407 0.252 0.157 0.111 0.051 0.020 0.003 89 I 0.225 0.175 0.166 0.189 0.144 0.091 0.010 90 K 0.377 0.249 0.185 0.123 0.051 0.013 0.001 91 D 0.469 0.311 0.134 0.060 0.020 0.006 0.001 92 W 0.217 0.184 0.205 0.225 0.123 0.042 0.003 93 I 0.153 0.100 0.121 0.222 0.247 0.142 0.015 94 K 0.349 0.352 0.190 0.081 0.022 0.005 0.001 95 L 0.445 0.235 0.145 0.114 0.047 0.013 0.001 96 E 0.478 0.270 0.144 0.077 0.024 0.006 0.001 97 H 0.511 0.233 0.139 0.081 0.028 0.007 0.001 98 H 0.599 0.222 0.099 0.053 0.020 0.006 0.001 99 H 0.521 0.231 0.121 0.077 0.035 0.013 0.001 100 H 0.436 0.229 0.157 0.105 0.051 0.020 0.003 101 H 0.453 0.266 0.146 0.083 0.037 0.014 0.002 102 H 0.449 0.251 0.149 0.095 0.039 0.014 0.002 103 M 0.401 0.220 0.168 0.126 0.062 0.021 0.002 104 N 0.642 0.225 0.085 0.036 0.010 0.002 0.001 105 K 0.548 0.265 0.119 0.050 0.014 0.003 0.001 106 D 0.663 0.221 0.076 0.029 0.008 0.002 0.001 107 K 0.355 0.311 0.195 0.103 0.031 0.005 0.001 108 L 0.142 0.124 0.167 0.261 0.219 0.083 0.005 109 R 0.165 0.253 0.242 0.197 0.102 0.038 0.003 110 Y 0.136 0.149 0.182 0.218 0.193 0.110 0.011 111 A 0.125 0.159 0.189 0.231 0.185 0.099 0.011 112 I 0.064 0.077 0.119 0.194 0.250 0.247 0.049 113 L 0.043 0.055 0.083 0.161 0.263 0.339 0.055 114 K 0.124 0.248 0.269 0.217 0.102 0.035 0.005 115 E 0.166 0.273 0.260 0.180 0.082 0.033 0.005 116 I 0.052 0.083 0.133 0.260 0.282 0.176 0.014 117 F 0.098 0.151 0.206 0.278 0.201 0.062 0.004 118 E 0.488 0.323 0.120 0.051 0.014 0.003 0.001 119 G 0.498 0.268 0.137 0.071 0.020 0.005 0.001 120 N 0.434 0.298 0.167 0.076 0.020 0.004 0.001 121 T 0.341 0.255 0.193 0.131 0.060 0.018 0.002 122 P 0.420 0.260 0.150 0.100 0.049 0.019 0.003 123 L 0.233 0.191 0.186 0.194 0.134 0.055 0.006 124 S 0.457 0.263 0.145 0.087 0.035 0.011 0.001 125 E 0.524 0.256 0.121 0.067 0.025 0.006 0.001 126 N 0.385 0.261 0.181 0.112 0.044 0.014 0.002 127 D 0.245 0.257 0.215 0.164 0.086 0.031 0.003 128 I 0.126 0.120 0.158 0.225 0.215 0.134 0.023 129 G 0.184 0.226 0.204 0.183 0.119 0.072 0.013 130 V 0.121 0.112 0.144 0.215 0.221 0.156 0.031 131 T 0.260 0.262 0.203 0.162 0.080 0.030 0.004 132 E 0.377 0.319 0.170 0.088 0.033 0.011 0.002 133 D 0.433 0.254 0.149 0.099 0.045 0.017 0.003 134 Q 0.184 0.260 0.235 0.188 0.095 0.034 0.003 135 F 0.078 0.093 0.153 0.264 0.260 0.138 0.015 136 D 0.284 0.331 0.208 0.115 0.045 0.015 0.002 137 D 0.226 0.272 0.225 0.161 0.079 0.032 0.005 138 A 0.098 0.124 0.143 0.208 0.227 0.177 0.023 139 V 0.045 0.071 0.136 0.250 0.274 0.193 0.031 140 N 0.179 0.285 0.245 0.166 0.079 0.039 0.008 141 F 0.079 0.109 0.139 0.219 0.231 0.190 0.032 142 L 0.059 0.072 0.110 0.216 0.283 0.226 0.034 143 K 0.256 0.298 0.209 0.141 0.067 0.025 0.004 144 R 0.346 0.268 0.178 0.126 0.058 0.020 0.004 145 E 0.285 0.248 0.185 0.139 0.085 0.048 0.010 146 G 0.185 0.202 0.199 0.188 0.131 0.081 0.015 147 Y 0.110 0.108 0.147 0.213 0.216 0.170 0.036 148 I 0.057 0.060 0.071 0.118 0.201 0.344 0.150 149 I 0.048 0.049 0.071 0.120 0.195 0.338 0.179 150 G 0.095 0.106 0.130 0.165 0.184 0.222 0.099 151 V 0.085 0.079 0.091 0.155 0.225 0.264 0.102 152 H 0.082 0.138 0.194 0.245 0.198 0.125 0.018 153 Y 0.101 0.130 0.176 0.252 0.223 0.106 0.011 154 S 0.393 0.314 0.167 0.088 0.029 0.008 0.001 155 D 0.561 0.261 0.106 0.051 0.017 0.005 0.001 156 D 0.590 0.243 0.097 0.048 0.017 0.004 0.001 157 R 0.399 0.286 0.176 0.099 0.033 0.007 0.001 158 P 0.451 0.244 0.141 0.093 0.049 0.019 0.003 159 H 0.230 0.252 0.221 0.175 0.087 0.031 0.003 160 L 0.142 0.140 0.170 0.229 0.202 0.106 0.010 161 Y 0.158 0.180 0.195 0.225 0.158 0.075 0.009 162 K 0.288 0.293 0.206 0.123 0.057 0.027 0.005 163 L 0.162 0.139 0.179 0.233 0.182 0.095 0.011 164 G 0.274 0.281 0.205 0.137 0.069 0.030 0.004 165 P 0.398 0.233 0.151 0.114 0.068 0.030 0.005 166 E 0.514 0.289 0.123 0.054 0.015 0.004 0.001 167 L 0.172 0.158 0.205 0.255 0.156 0.050 0.004 168 T 0.318 0.321 0.210 0.105 0.035 0.010 0.001 169 E 0.624 0.242 0.082 0.036 0.012 0.003 0.001 170 K 0.538 0.274 0.120 0.052 0.013 0.002 0.001 171 G 0.254 0.229 0.214 0.187 0.090 0.025 0.002 172 E 0.353 0.291 0.204 0.109 0.035 0.007 0.001 173 N 0.379 0.338 0.172 0.082 0.024 0.004 0.001 174 Y 0.112 0.170 0.229 0.264 0.163 0.057 0.004 175 L 0.110 0.134 0.175 0.270 0.226 0.081 0.004 176 K 0.438 0.320 0.156 0.067 0.016 0.003 0.001 177 E 0.636 0.227 0.086 0.038 0.011 0.002 0.001 178 N 0.508 0.273 0.130 0.060 0.022 0.006 0.001 179 G 0.386 0.252 0.184 0.118 0.046 0.012 0.001 180 T 0.351 0.292 0.185 0.113 0.047 0.012 0.001 181 W 0.104 0.118 0.168 0.255 0.230 0.115 0.009 182 S 0.281 0.298 0.219 0.133 0.051 0.017 0.002 183 K 0.355 0.320 0.179 0.098 0.036 0.011 0.002 184 A 0.150 0.158 0.176 0.233 0.185 0.091 0.006 185 Y 0.110 0.149 0.216 0.266 0.185 0.070 0.004 186 K 0.302 0.355 0.202 0.099 0.032 0.009 0.001 187 T 0.123 0.242 0.260 0.222 0.112 0.039 0.002 188 I 0.032 0.063 0.122 0.265 0.319 0.186 0.013 189 K 0.256 0.364 0.223 0.108 0.038 0.011 0.002 190 E 0.285 0.319 0.217 0.128 0.040 0.010 0.001 191 I 0.077 0.101 0.155 0.276 0.264 0.121 0.006 192 K 0.263 0.292 0.242 0.145 0.048 0.010 0.001 193 D 0.437 0.347 0.141 0.055 0.015 0.004 0.001 194 W 0.142 0.165 0.213 0.268 0.159 0.051 0.003 195 I 0.134 0.112 0.157 0.257 0.231 0.103 0.007 196 K 0.401 0.353 0.165 0.061 0.015 0.004 0.001 197 L 0.402 0.211 0.155 0.138 0.070 0.022 0.002 198 E 0.493 0.257 0.139 0.074 0.027 0.009 0.001 199 H 0.482 0.225 0.144 0.095 0.040 0.012 0.001 200 H 0.571 0.220 0.112 0.064 0.024 0.008 0.001 201 H 0.596 0.213 0.103 0.059 0.022 0.007 0.001 202 H 0.623 0.208 0.100 0.049 0.016 0.004 0.001 203 H 0.689 0.187 0.075 0.036 0.011 0.003 0.001 204 H 0.745 0.157 0.060 0.027 0.008 0.002 0.001