# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.014 0.011 0.032 0.213 0.714 2 N 0.010 0.011 0.006 0.049 0.143 0.781 3 K 0.002 0.002 0.049 0.781 0.069 0.097 4 D 0.002 0.001 0.036 0.904 0.036 0.022 5 K 0.001 0.001 0.023 0.961 0.011 0.004 6 L 0.002 0.001 0.011 0.964 0.010 0.012 7 R 0.001 0.001 0.004 0.988 0.003 0.003 8 Y 0.003 0.001 0.003 0.984 0.005 0.005 9 A 0.003 0.001 0.002 0.988 0.003 0.003 10 I 0.005 0.001 0.003 0.982 0.006 0.003 11 L 0.007 0.001 0.008 0.969 0.011 0.005 12 K 0.008 0.001 0.019 0.952 0.014 0.006 13 E 0.010 0.001 0.020 0.946 0.015 0.009 14 I 0.015 0.004 0.027 0.855 0.038 0.061 15 F 0.028 0.014 0.035 0.571 0.131 0.220 16 E 0.030 0.014 0.024 0.177 0.313 0.443 17 G 0.020 0.008 0.023 0.043 0.433 0.474 18 N 0.026 0.017 0.015 0.009 0.442 0.491 19 T 0.068 0.043 0.012 0.006 0.354 0.517 20 P 0.078 0.030 0.015 0.006 0.354 0.518 21 L 0.067 0.063 0.032 0.009 0.292 0.536 22 S 0.063 0.052 0.041 0.014 0.483 0.346 23 E 0.015 0.011 0.446 0.062 0.369 0.096 24 N 0.016 0.011 0.316 0.110 0.428 0.120 25 D 0.014 0.016 0.387 0.096 0.412 0.075 26 I 0.020 0.016 0.115 0.149 0.439 0.260 27 G 0.014 0.015 0.029 0.048 0.320 0.575 28 V 0.020 0.038 0.009 0.049 0.223 0.660 29 T 0.024 0.038 0.011 0.068 0.187 0.673 30 E 0.004 0.003 0.244 0.540 0.144 0.065 31 D 0.009 0.004 0.275 0.481 0.173 0.057 32 Q 0.010 0.005 0.220 0.635 0.104 0.026 33 F 0.013 0.008 0.044 0.771 0.075 0.089 34 D 0.007 0.005 0.020 0.754 0.122 0.093 35 D 0.001 0.001 0.017 0.953 0.020 0.009 36 A 0.001 0.001 0.010 0.975 0.009 0.004 37 V 0.001 0.001 0.011 0.969 0.012 0.006 38 N 0.003 0.001 0.012 0.942 0.023 0.018 39 F 0.021 0.003 0.032 0.891 0.033 0.020 40 L 0.049 0.004 0.060 0.787 0.071 0.029 41 K 0.047 0.003 0.051 0.787 0.100 0.012 42 R 0.052 0.004 0.031 0.745 0.144 0.024 43 E 0.051 0.003 0.020 0.450 0.331 0.145 44 G 0.109 0.003 0.006 0.013 0.275 0.594 45 Y 0.687 0.012 0.004 0.004 0.055 0.238 46 I 0.959 0.002 0.001 0.001 0.011 0.027 47 I 0.941 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 48 G 0.917 0.001 0.001 0.001 0.016 0.064 49 V 0.910 0.004 0.001 0.002 0.020 0.064 50 H 0.860 0.009 0.001 0.003 0.037 0.090 51 Y 0.660 0.016 0.009 0.004 0.143 0.167 52 S 0.321 0.012 0.040 0.008 0.388 0.232 53 D 0.092 0.012 0.061 0.012 0.587 0.235 54 D 0.046 0.026 0.051 0.052 0.538 0.287 55 R 0.053 0.021 0.052 0.099 0.501 0.275 56 P 0.049 0.009 0.077 0.298 0.401 0.167 57 H 0.078 0.022 0.102 0.406 0.250 0.143 58 L 0.186 0.026 0.118 0.428 0.145 0.097 59 Y 0.303 0.015 0.071 0.430 0.090 0.091 60 K 0.278 0.024 0.030 0.366 0.172 0.131 61 L 0.142 0.030 0.012 0.374 0.184 0.258 62 G 0.047 0.007 0.011 0.089 0.389 0.458 63 P 0.022 0.002 0.149 0.353 0.348 0.127 64 E 0.038 0.010 0.214 0.469 0.193 0.076 65 L 0.085 0.032 0.161 0.422 0.201 0.098 66 T 0.074 0.019 0.038 0.461 0.168 0.240 67 E 0.055 0.007 0.034 0.546 0.210 0.148 68 K 0.026 0.004 0.027 0.622 0.222 0.098 69 G 0.057 0.011 0.030 0.398 0.287 0.217 70 E 0.049 0.008 0.051 0.655 0.124 0.114 71 N 0.043 0.006 0.050 0.744 0.080 0.077 72 Y 0.040 0.006 0.066 0.771 0.064 0.053 73 L 0.061 0.011 0.049 0.662 0.123 0.093 74 K 0.056 0.010 0.066 0.614 0.213 0.041 75 E 0.044 0.005 0.035 0.643 0.222 0.052 76 N 0.013 0.004 0.019 0.544 0.276 0.144 77 G 0.015 0.009 0.004 0.036 0.235 0.700 78 T 0.038 0.030 0.009 0.089 0.094 0.740 79 W 0.064 0.029 0.074 0.333 0.162 0.338 80 S 0.041 0.007 0.077 0.478 0.181 0.216 81 K 0.014 0.003 0.099 0.802 0.054 0.028 82 A 0.016 0.002 0.058 0.862 0.041 0.021 83 Y 0.017 0.002 0.052 0.845 0.054 0.030 84 K 0.041 0.006 0.024 0.795 0.060 0.074 85 T 0.035 0.007 0.006 0.838 0.020 0.095 86 I 0.002 0.001 0.002 0.985 0.003 0.007 87 K 0.005 0.001 0.005 0.979 0.006 0.005 88 E 0.008 0.001 0.008 0.972 0.008 0.003 89 I 0.008 0.001 0.009 0.970 0.009 0.004 90 K 0.009 0.001 0.020 0.925 0.029 0.018 91 D 0.019 0.001 0.050 0.768 0.089 0.074 92 W 0.126 0.006 0.039 0.623 0.086 0.120 93 I 0.308 0.013 0.026 0.442 0.059 0.152 94 K 0.492 0.018 0.028 0.232 0.067 0.163 95 L 0.309 0.008 0.049 0.246 0.126 0.263 96 E 0.192 0.008 0.061 0.168 0.214 0.357 97 H 0.191 0.014 0.103 0.145 0.311 0.235 98 H 0.162 0.019 0.077 0.086 0.373 0.282 99 H 0.159 0.018 0.075 0.107 0.325 0.316 100 H 0.151 0.020 0.116 0.067 0.393 0.252 101 H 0.135 0.018 0.118 0.079 0.402 0.247 102 H 0.100 0.027 0.099 0.076 0.395 0.303 103 M 0.060 0.040 0.033 0.072 0.356 0.438 104 N 0.026 0.016 0.014 0.073 0.315 0.556 105 K 0.003 0.001 0.094 0.726 0.118 0.057 106 D 0.004 0.001 0.067 0.833 0.071 0.025 107 K 0.003 0.001 0.048 0.912 0.029 0.007 108 L 0.010 0.003 0.016 0.918 0.026 0.027 109 R 0.008 0.001 0.008 0.960 0.010 0.012 110 Y 0.013 0.001 0.007 0.958 0.010 0.011 111 A 0.013 0.001 0.005 0.969 0.007 0.007 112 I 0.016 0.001 0.006 0.962 0.008 0.007 113 L 0.012 0.001 0.006 0.964 0.009 0.008 114 K 0.011 0.001 0.013 0.957 0.011 0.007 115 E 0.013 0.001 0.014 0.950 0.012 0.010 116 I 0.019 0.003 0.020 0.885 0.031 0.042 117 F 0.029 0.009 0.024 0.710 0.113 0.115 118 E 0.030 0.009 0.026 0.320 0.315 0.300 119 G 0.017 0.005 0.019 0.062 0.453 0.443 120 N 0.021 0.011 0.014 0.014 0.443 0.497 121 T 0.056 0.028 0.009 0.005 0.317 0.586 122 P 0.077 0.024 0.013 0.007 0.290 0.589 123 L 0.082 0.054 0.034 0.012 0.257 0.562 124 S 0.097 0.046 0.041 0.015 0.410 0.391 125 E 0.033 0.012 0.389 0.054 0.381 0.131 126 N 0.035 0.011 0.293 0.079 0.431 0.151 127 D 0.034 0.014 0.341 0.069 0.433 0.109 128 I 0.054 0.018 0.114 0.101 0.416 0.297 129 G 0.045 0.018 0.034 0.045 0.306 0.553 130 V 0.056 0.053 0.011 0.051 0.207 0.622 131 T 0.064 0.042 0.012 0.068 0.186 0.628 132 E 0.008 0.003 0.272 0.531 0.129 0.058 133 D 0.012 0.003 0.298 0.505 0.142 0.040 134 Q 0.013 0.004 0.256 0.610 0.093 0.024 135 F 0.015 0.005 0.051 0.805 0.059 0.065 136 D 0.012 0.004 0.034 0.771 0.101 0.078 137 D 0.003 0.001 0.033 0.912 0.036 0.015 138 A 0.006 0.001 0.018 0.939 0.024 0.012 139 V 0.007 0.001 0.022 0.924 0.030 0.017 140 N 0.014 0.001 0.024 0.877 0.044 0.039 141 F 0.060 0.004 0.044 0.798 0.052 0.042 142 L 0.123 0.007 0.055 0.691 0.071 0.052 143 K 0.134 0.006 0.054 0.660 0.112 0.034 144 R 0.125 0.005 0.043 0.582 0.178 0.065 145 E 0.106 0.004 0.027 0.301 0.373 0.189 146 G 0.226 0.004 0.008 0.014 0.321 0.428 147 Y 0.702 0.010 0.004 0.005 0.064 0.215 148 I 0.941 0.003 0.001 0.002 0.017 0.036 149 I 0.925 0.002 0.001 0.002 0.017 0.053 150 G 0.904 0.001 0.001 0.002 0.023 0.068 151 V 0.904 0.004 0.001 0.003 0.023 0.065 152 H 0.852 0.011 0.002 0.004 0.037 0.094 153 Y 0.659 0.021 0.010 0.006 0.146 0.159 154 S 0.273 0.013 0.039 0.009 0.447 0.218 155 D 0.071 0.009 0.063 0.014 0.627 0.217 156 D 0.041 0.023 0.057 0.053 0.545 0.282 157 R 0.052 0.021 0.052 0.091 0.462 0.322 158 P 0.041 0.009 0.099 0.313 0.344 0.194 159 H 0.054 0.019 0.118 0.461 0.215 0.134 160 L 0.120 0.021 0.139 0.496 0.138 0.085 161 Y 0.220 0.012 0.094 0.483 0.099 0.092 162 K 0.234 0.018 0.040 0.385 0.173 0.150 163 L 0.116 0.026 0.015 0.436 0.147 0.259 164 G 0.047 0.007 0.010 0.080 0.327 0.529 165 P 0.015 0.002 0.166 0.370 0.310 0.138 166 E 0.030 0.008 0.224 0.464 0.199 0.074 167 L 0.065 0.028 0.178 0.442 0.205 0.081 168 T 0.067 0.018 0.053 0.502 0.182 0.178 169 E 0.059 0.008 0.049 0.440 0.279 0.164 170 K 0.037 0.006 0.041 0.419 0.352 0.145 171 G 0.084 0.013 0.033 0.184 0.402 0.283 172 E 0.088 0.011 0.090 0.384 0.212 0.215 173 N 0.092 0.009 0.105 0.528 0.139 0.127 174 Y 0.113 0.010 0.127 0.551 0.107 0.092 175 L 0.140 0.022 0.066 0.515 0.127 0.129 176 K 0.142 0.018 0.079 0.449 0.252 0.060 177 E 0.095 0.007 0.044 0.472 0.297 0.084 178 N 0.030 0.004 0.024 0.380 0.399 0.162 179 G 0.046 0.011 0.005 0.034 0.361 0.544 180 T 0.098 0.032 0.009 0.089 0.110 0.662 181 W 0.157 0.038 0.045 0.273 0.149 0.338 182 S 0.088 0.008 0.062 0.422 0.184 0.236 183 K 0.044 0.004 0.109 0.686 0.096 0.061 184 A 0.054 0.003 0.078 0.734 0.083 0.048 185 Y 0.047 0.003 0.054 0.757 0.085 0.054 186 K 0.104 0.009 0.030 0.621 0.097 0.139 187 T 0.081 0.010 0.012 0.696 0.038 0.162 188 I 0.011 0.001 0.008 0.953 0.009 0.019 189 K 0.018 0.001 0.016 0.935 0.015 0.016 190 E 0.029 0.001 0.021 0.917 0.019 0.013 191 I 0.020 0.001 0.018 0.928 0.020 0.013 192 K 0.021 0.001 0.032 0.865 0.048 0.033 193 D 0.031 0.001 0.061 0.730 0.107 0.070 194 W 0.111 0.006 0.044 0.624 0.099 0.116 195 I 0.234 0.011 0.035 0.494 0.076 0.150 196 K 0.375 0.015 0.032 0.304 0.082 0.192 197 L 0.255 0.006 0.057 0.254 0.133 0.294 198 E 0.240 0.009 0.057 0.163 0.200 0.331 199 H 0.237 0.017 0.073 0.187 0.245 0.241 200 H 0.165 0.017 0.055 0.114 0.325 0.324 201 H 0.176 0.015 0.039 0.079 0.292 0.398 202 H 0.124 0.020 0.028 0.056 0.266 0.506 203 H 0.069 0.025 0.010 0.044 0.177 0.676 204 H 0.022 0.004 0.001 0.005 0.061 0.907