# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.327 0.141 0.085 0.116 0.075 0.066 0.067 0.046 0.037 0.025 0.014 2 N 0.160 0.149 0.054 0.108 0.088 0.089 0.114 0.083 0.070 0.055 0.030 3 K 0.093 0.091 0.085 0.164 0.173 0.144 0.123 0.063 0.040 0.018 0.008 4 D 0.256 0.135 0.115 0.141 0.110 0.087 0.086 0.036 0.022 0.009 0.003 5 K 0.034 0.057 0.156 0.292 0.214 0.120 0.079 0.026 0.013 0.005 0.002 6 L 0.033 0.018 0.059 0.035 0.029 0.039 0.118 0.146 0.202 0.187 0.134 7 R 0.004 0.011 0.093 0.127 0.139 0.186 0.232 0.109 0.060 0.028 0.009 8 Y 0.005 0.023 0.318 0.111 0.084 0.099 0.157 0.084 0.065 0.039 0.016 9 A 0.010 0.017 0.176 0.108 0.099 0.113 0.189 0.113 0.081 0.057 0.035 10 I 0.005 0.011 0.085 0.044 0.039 0.043 0.134 0.139 0.194 0.184 0.122 11 L 0.003 0.008 0.116 0.043 0.036 0.041 0.114 0.132 0.186 0.179 0.141 12 K 0.009 0.022 0.255 0.166 0.179 0.142 0.130 0.050 0.031 0.013 0.005 13 E 0.030 0.043 0.197 0.111 0.120 0.148 0.186 0.081 0.048 0.025 0.012 14 I 0.011 0.019 0.071 0.056 0.050 0.063 0.149 0.145 0.190 0.153 0.093 15 F 0.022 0.022 0.053 0.041 0.048 0.077 0.187 0.153 0.163 0.130 0.103 16 E 0.102 0.123 0.204 0.201 0.141 0.088 0.068 0.034 0.021 0.012 0.007 17 G 0.275 0.151 0.100 0.109 0.094 0.080 0.085 0.044 0.031 0.019 0.011 18 N 0.176 0.134 0.071 0.146 0.109 0.084 0.091 0.061 0.051 0.042 0.035 19 T 0.129 0.135 0.052 0.090 0.095 0.094 0.128 0.082 0.079 0.065 0.051 20 P 0.315 0.169 0.073 0.142 0.095 0.069 0.059 0.030 0.023 0.015 0.010 21 L 0.069 0.038 0.021 0.043 0.054 0.069 0.135 0.122 0.153 0.149 0.147 22 S 0.143 0.199 0.109 0.181 0.117 0.074 0.068 0.038 0.031 0.020 0.018 23 E 0.292 0.112 0.064 0.140 0.108 0.085 0.077 0.047 0.034 0.024 0.017 24 N 0.224 0.136 0.085 0.145 0.118 0.096 0.088 0.045 0.031 0.018 0.013 25 D 0.097 0.108 0.067 0.161 0.134 0.116 0.130 0.077 0.055 0.036 0.019 26 I 0.067 0.057 0.027 0.075 0.077 0.081 0.140 0.117 0.128 0.127 0.104 27 G 0.255 0.154 0.079 0.121 0.091 0.077 0.085 0.047 0.041 0.028 0.022 28 V 0.050 0.052 0.029 0.080 0.091 0.100 0.154 0.122 0.123 0.107 0.093 29 T 0.072 0.191 0.083 0.180 0.132 0.097 0.101 0.058 0.041 0.026 0.018 30 E 0.248 0.133 0.084 0.177 0.149 0.100 0.061 0.023 0.014 0.006 0.003 31 D 0.431 0.127 0.103 0.128 0.079 0.053 0.044 0.017 0.010 0.005 0.004 32 Q 0.020 0.055 0.075 0.149 0.137 0.154 0.188 0.093 0.065 0.041 0.022 33 F 0.015 0.015 0.042 0.031 0.033 0.051 0.168 0.164 0.189 0.166 0.125 34 D 0.055 0.060 0.182 0.244 0.187 0.130 0.078 0.032 0.018 0.010 0.005 35 D 0.024 0.064 0.193 0.197 0.166 0.140 0.126 0.047 0.025 0.013 0.006 36 A 0.006 0.008 0.030 0.030 0.029 0.039 0.119 0.134 0.202 0.218 0.185 37 V 0.006 0.006 0.030 0.031 0.040 0.083 0.231 0.159 0.170 0.146 0.097 38 N 0.011 0.035 0.241 0.204 0.155 0.115 0.107 0.059 0.040 0.023 0.011 39 F 0.006 0.017 0.050 0.056 0.066 0.106 0.217 0.160 0.144 0.112 0.067 40 L 0.013 0.011 0.033 0.031 0.024 0.026 0.078 0.120 0.214 0.239 0.211 41 K 0.014 0.028 0.048 0.140 0.182 0.189 0.202 0.093 0.060 0.029 0.015 42 R 0.024 0.051 0.138 0.144 0.134 0.140 0.156 0.086 0.070 0.039 0.018 43 E 0.060 0.073 0.056 0.140 0.130 0.120 0.170 0.104 0.076 0.047 0.024 44 G 0.120 0.068 0.038 0.088 0.081 0.091 0.148 0.132 0.113 0.079 0.043 45 Y 0.010 0.024 0.024 0.073 0.106 0.136 0.213 0.171 0.124 0.076 0.044 46 I 0.006 0.009 0.013 0.027 0.028 0.047 0.114 0.158 0.203 0.204 0.189 47 I 0.006 0.007 0.007 0.024 0.031 0.047 0.149 0.194 0.228 0.183 0.125 48 G 0.013 0.019 0.015 0.040 0.038 0.053 0.118 0.155 0.206 0.190 0.153 49 V 0.008 0.011 0.007 0.024 0.029 0.043 0.099 0.146 0.231 0.220 0.182 50 H 0.017 0.029 0.015 0.083 0.105 0.125 0.184 0.159 0.137 0.088 0.057 51 Y 0.016 0.030 0.015 0.060 0.082 0.096 0.171 0.163 0.161 0.125 0.080 52 S 0.088 0.083 0.040 0.145 0.133 0.114 0.132 0.095 0.084 0.051 0.034 53 D 0.225 0.134 0.045 0.167 0.127 0.102 0.089 0.047 0.033 0.020 0.011 54 D 0.126 0.147 0.048 0.151 0.119 0.108 0.117 0.076 0.056 0.036 0.018 55 R 0.047 0.077 0.026 0.133 0.147 0.144 0.156 0.101 0.078 0.054 0.037 56 P 0.096 0.063 0.028 0.087 0.091 0.098 0.136 0.118 0.124 0.094 0.064 57 H 0.031 0.056 0.032 0.138 0.164 0.164 0.196 0.106 0.069 0.031 0.014 58 L 0.018 0.019 0.021 0.051 0.047 0.057 0.125 0.162 0.193 0.183 0.124 59 Y 0.009 0.015 0.019 0.086 0.118 0.128 0.188 0.160 0.139 0.089 0.051 60 K 0.068 0.122 0.155 0.213 0.148 0.104 0.095 0.047 0.030 0.013 0.006 61 L 0.012 0.016 0.011 0.037 0.051 0.073 0.159 0.178 0.189 0.169 0.106 62 G 0.088 0.203 0.056 0.163 0.139 0.104 0.105 0.063 0.043 0.024 0.013 63 P 0.320 0.168 0.070 0.131 0.102 0.068 0.064 0.033 0.024 0.013 0.007 64 E 0.422 0.178 0.076 0.137 0.084 0.046 0.034 0.011 0.006 0.003 0.002 65 L 0.039 0.043 0.027 0.067 0.067 0.085 0.151 0.142 0.159 0.131 0.088 66 T 0.070 0.093 0.076 0.154 0.146 0.134 0.142 0.079 0.058 0.030 0.017 67 E 0.348 0.151 0.197 0.118 0.063 0.045 0.039 0.018 0.011 0.006 0.004 68 K 0.125 0.165 0.109 0.193 0.143 0.106 0.092 0.036 0.018 0.010 0.004 69 G 0.251 0.122 0.051 0.093 0.080 0.080 0.095 0.065 0.067 0.054 0.043 70 E 0.108 0.114 0.112 0.201 0.155 0.120 0.097 0.040 0.028 0.016 0.009 71 N 0.109 0.169 0.218 0.196 0.120 0.076 0.062 0.024 0.015 0.007 0.004 72 Y 0.034 0.040 0.045 0.093 0.106 0.120 0.198 0.145 0.113 0.068 0.038 73 L 0.030 0.023 0.027 0.051 0.067 0.086 0.169 0.149 0.154 0.135 0.110 74 K 0.043 0.097 0.167 0.241 0.194 0.114 0.078 0.034 0.020 0.009 0.004 75 E 0.157 0.139 0.176 0.191 0.122 0.094 0.067 0.027 0.015 0.008 0.004 76 N 0.159 0.169 0.105 0.174 0.120 0.088 0.095 0.046 0.025 0.014 0.006 77 G 0.457 0.149 0.055 0.086 0.067 0.056 0.056 0.030 0.022 0.014 0.009 78 T 0.166 0.320 0.141 0.178 0.093 0.047 0.031 0.011 0.007 0.004 0.002 79 W 0.114 0.077 0.064 0.103 0.096 0.108 0.165 0.101 0.084 0.055 0.033 80 S 0.318 0.194 0.129 0.168 0.088 0.048 0.034 0.012 0.006 0.003 0.001 81 K 0.214 0.193 0.152 0.202 0.115 0.062 0.040 0.012 0.006 0.002 0.001 82 A 0.122 0.065 0.142 0.120 0.090 0.113 0.146 0.081 0.060 0.040 0.021 83 Y 0.043 0.045 0.176 0.138 0.131 0.143 0.185 0.072 0.041 0.018 0.007 84 K 0.053 0.080 0.380 0.235 0.118 0.061 0.044 0.017 0.007 0.003 0.001 85 T 0.031 0.115 0.220 0.188 0.135 0.112 0.103 0.045 0.026 0.016 0.006 86 I 0.016 0.026 0.207 0.065 0.070 0.097 0.202 0.114 0.106 0.064 0.033 87 K 0.119 0.099 0.459 0.174 0.080 0.034 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 88 E 0.024 0.064 0.324 0.268 0.161 0.087 0.054 0.013 0.004 0.002 0.001 89 I 0.014 0.019 0.272 0.051 0.037 0.042 0.121 0.110 0.140 0.120 0.075 90 K 0.010 0.019 0.183 0.159 0.181 0.174 0.178 0.058 0.026 0.009 0.003 91 D 0.020 0.048 0.532 0.213 0.101 0.046 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 92 W 0.007 0.025 0.111 0.116 0.153 0.185 0.220 0.093 0.052 0.028 0.010 93 I 0.013 0.016 0.076 0.031 0.031 0.046 0.178 0.174 0.207 0.147 0.081 94 K 0.031 0.092 0.251 0.265 0.187 0.087 0.054 0.019 0.008 0.004 0.001 95 L 0.035 0.070 0.233 0.120 0.097 0.087 0.121 0.087 0.080 0.050 0.021 96 E 0.131 0.148 0.195 0.183 0.134 0.079 0.072 0.029 0.018 0.007 0.003 97 H 0.119 0.125 0.104 0.139 0.114 0.101 0.135 0.071 0.051 0.028 0.012 98 H 0.147 0.142 0.124 0.170 0.125 0.090 0.082 0.050 0.037 0.022 0.010 99 H 0.157 0.134 0.102 0.143 0.114 0.099 0.115 0.060 0.043 0.024 0.011 100 H 0.139 0.114 0.080 0.150 0.131 0.100 0.114 0.071 0.053 0.032 0.015 101 H 0.171 0.117 0.084 0.140 0.109 0.100 0.112 0.068 0.053 0.031 0.014 102 H 0.124 0.098 0.084 0.148 0.121 0.114 0.133 0.075 0.055 0.031 0.016 103 M 0.097 0.076 0.085 0.103 0.100 0.101 0.138 0.108 0.093 0.066 0.033 104 N 0.124 0.187 0.117 0.164 0.114 0.093 0.087 0.049 0.034 0.021 0.010 105 K 0.114 0.109 0.123 0.181 0.159 0.122 0.097 0.045 0.030 0.014 0.006 106 D 0.307 0.147 0.148 0.140 0.084 0.064 0.059 0.025 0.016 0.007 0.003 107 K 0.063 0.081 0.174 0.277 0.173 0.107 0.077 0.027 0.014 0.006 0.002 108 L 0.029 0.021 0.066 0.038 0.036 0.051 0.129 0.152 0.190 0.168 0.120 109 R 0.007 0.021 0.102 0.135 0.139 0.184 0.212 0.100 0.059 0.030 0.012 110 Y 0.009 0.029 0.258 0.139 0.115 0.121 0.150 0.073 0.059 0.034 0.014 111 A 0.024 0.030 0.168 0.130 0.119 0.135 0.177 0.090 0.063 0.039 0.023 112 I 0.007 0.013 0.067 0.053 0.052 0.063 0.155 0.145 0.185 0.159 0.101 113 L 0.003 0.006 0.061 0.033 0.035 0.054 0.144 0.155 0.198 0.178 0.132 114 K 0.009 0.023 0.292 0.225 0.200 0.125 0.079 0.026 0.014 0.005 0.002 115 E 0.030 0.056 0.257 0.137 0.139 0.142 0.139 0.051 0.028 0.014 0.007 116 I 0.007 0.013 0.040 0.044 0.047 0.072 0.170 0.158 0.198 0.157 0.092 117 F 0.014 0.015 0.033 0.035 0.053 0.094 0.228 0.171 0.159 0.118 0.081 118 E 0.125 0.172 0.301 0.203 0.101 0.046 0.029 0.012 0.006 0.003 0.002 119 G 0.360 0.135 0.085 0.107 0.094 0.078 0.074 0.031 0.020 0.012 0.006 120 N 0.235 0.154 0.065 0.137 0.095 0.074 0.083 0.053 0.043 0.034 0.026 121 T 0.137 0.161 0.054 0.106 0.108 0.107 0.122 0.069 0.060 0.045 0.029 122 P 0.305 0.169 0.074 0.143 0.098 0.072 0.062 0.031 0.023 0.014 0.008 123 L 0.058 0.032 0.017 0.038 0.054 0.072 0.150 0.137 0.161 0.149 0.132 124 S 0.121 0.225 0.128 0.205 0.126 0.068 0.057 0.028 0.020 0.012 0.010 125 E 0.362 0.134 0.070 0.159 0.110 0.069 0.047 0.022 0.013 0.008 0.004 126 N 0.287 0.147 0.096 0.144 0.106 0.083 0.068 0.031 0.020 0.011 0.008 127 D 0.106 0.131 0.081 0.185 0.144 0.108 0.114 0.058 0.039 0.023 0.011 128 I 0.061 0.053 0.025 0.072 0.082 0.094 0.166 0.128 0.128 0.113 0.077 129 G 0.311 0.190 0.092 0.128 0.085 0.060 0.060 0.028 0.022 0.014 0.010 130 V 0.035 0.035 0.023 0.059 0.076 0.090 0.157 0.136 0.145 0.132 0.113 131 T 0.095 0.288 0.095 0.194 0.123 0.076 0.063 0.029 0.019 0.011 0.007 132 E 0.288 0.132 0.083 0.186 0.143 0.087 0.049 0.017 0.009 0.004 0.002 133 D 0.553 0.139 0.086 0.089 0.051 0.033 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 134 Q 0.037 0.097 0.107 0.195 0.150 0.141 0.139 0.060 0.038 0.022 0.012 135 F 0.025 0.022 0.033 0.039 0.051 0.086 0.203 0.169 0.162 0.127 0.081 136 D 0.130 0.120 0.276 0.227 0.125 0.064 0.036 0.012 0.007 0.003 0.002 137 D 0.050 0.103 0.258 0.240 0.146 0.096 0.065 0.022 0.012 0.006 0.003 138 A 0.014 0.016 0.026 0.042 0.045 0.069 0.159 0.143 0.179 0.172 0.134 139 V 0.012 0.010 0.030 0.045 0.068 0.141 0.260 0.156 0.139 0.090 0.049 140 N 0.033 0.082 0.360 0.227 0.124 0.073 0.053 0.023 0.014 0.007 0.003 141 F 0.009 0.023 0.056 0.082 0.095 0.132 0.213 0.141 0.117 0.084 0.048 142 L 0.019 0.014 0.027 0.030 0.030 0.038 0.099 0.129 0.204 0.215 0.194 143 K 0.030 0.054 0.089 0.205 0.206 0.173 0.138 0.053 0.031 0.013 0.007 144 R 0.039 0.076 0.210 0.173 0.138 0.131 0.114 0.054 0.037 0.020 0.009 145 E 0.143 0.130 0.083 0.172 0.131 0.102 0.109 0.057 0.037 0.023 0.012 146 G 0.188 0.101 0.051 0.105 0.093 0.095 0.124 0.092 0.073 0.049 0.028 147 Y 0.011 0.033 0.028 0.092 0.127 0.148 0.201 0.147 0.107 0.067 0.038 148 I 0.008 0.013 0.015 0.035 0.040 0.064 0.134 0.153 0.188 0.181 0.169 149 I 0.010 0.013 0.013 0.046 0.058 0.077 0.181 0.180 0.188 0.140 0.093 150 G 0.036 0.044 0.030 0.086 0.077 0.085 0.138 0.135 0.147 0.125 0.097 151 V 0.013 0.017 0.011 0.035 0.044 0.060 0.118 0.145 0.208 0.194 0.156 152 H 0.046 0.073 0.034 0.138 0.149 0.138 0.163 0.105 0.080 0.047 0.028 153 Y 0.020 0.031 0.018 0.059 0.081 0.096 0.173 0.156 0.157 0.127 0.083 154 S 0.141 0.139 0.064 0.174 0.136 0.097 0.102 0.058 0.045 0.026 0.017 155 D 0.358 0.153 0.060 0.156 0.099 0.066 0.053 0.025 0.016 0.009 0.005 156 D 0.246 0.203 0.067 0.138 0.091 0.076 0.073 0.042 0.030 0.020 0.012 157 R 0.051 0.087 0.030 0.124 0.137 0.139 0.161 0.105 0.079 0.053 0.034 158 P 0.248 0.121 0.050 0.113 0.098 0.086 0.094 0.065 0.058 0.041 0.027 159 H 0.066 0.104 0.060 0.174 0.169 0.134 0.146 0.069 0.046 0.021 0.011 160 L 0.021 0.019 0.021 0.049 0.051 0.066 0.143 0.164 0.189 0.168 0.111 161 Y 0.011 0.018 0.023 0.104 0.141 0.151 0.201 0.140 0.109 0.066 0.036 162 K 0.104 0.140 0.247 0.205 0.122 0.076 0.058 0.025 0.015 0.006 0.003 163 L 0.009 0.015 0.012 0.037 0.058 0.096 0.197 0.182 0.167 0.140 0.086 164 G 0.077 0.174 0.049 0.128 0.123 0.107 0.128 0.084 0.066 0.042 0.023 165 P 0.379 0.155 0.081 0.128 0.093 0.060 0.052 0.023 0.017 0.009 0.005 166 E 0.432 0.188 0.102 0.136 0.073 0.034 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 167 L 0.017 0.023 0.017 0.042 0.050 0.077 0.167 0.164 0.186 0.155 0.103 168 T 0.052 0.078 0.073 0.171 0.174 0.160 0.151 0.069 0.043 0.019 0.010 169 E 0.304 0.153 0.313 0.108 0.051 0.031 0.023 0.009 0.005 0.002 0.002 170 K 0.128 0.182 0.125 0.203 0.138 0.097 0.077 0.027 0.012 0.007 0.003 171 G 0.195 0.100 0.030 0.065 0.069 0.087 0.123 0.090 0.098 0.081 0.062 172 E 0.137 0.132 0.115 0.222 0.160 0.114 0.072 0.024 0.015 0.007 0.003 173 N 0.159 0.192 0.270 0.178 0.092 0.049 0.035 0.012 0.007 0.003 0.002 174 Y 0.018 0.027 0.034 0.084 0.106 0.134 0.224 0.155 0.115 0.067 0.037 175 L 0.019 0.015 0.017 0.035 0.052 0.086 0.188 0.169 0.162 0.144 0.113 176 K 0.037 0.090 0.213 0.244 0.190 0.109 0.069 0.025 0.014 0.005 0.003 177 E 0.146 0.141 0.225 0.193 0.111 0.084 0.058 0.021 0.011 0.006 0.003 178 N 0.166 0.161 0.087 0.167 0.120 0.090 0.103 0.050 0.030 0.018 0.009 179 G 0.414 0.121 0.046 0.082 0.073 0.072 0.077 0.044 0.035 0.023 0.013 180 T 0.145 0.326 0.132 0.173 0.098 0.054 0.040 0.015 0.010 0.006 0.003 181 W 0.058 0.051 0.039 0.079 0.085 0.109 0.187 0.129 0.123 0.085 0.054 182 S 0.290 0.154 0.110 0.181 0.112 0.067 0.050 0.018 0.011 0.005 0.002 183 K 0.208 0.197 0.179 0.204 0.108 0.054 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 184 A 0.065 0.052 0.086 0.096 0.084 0.122 0.179 0.118 0.096 0.066 0.036 185 Y 0.031 0.032 0.082 0.113 0.129 0.161 0.229 0.109 0.068 0.034 0.014 186 K 0.086 0.108 0.450 0.183 0.087 0.042 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 187 T 0.022 0.101 0.177 0.192 0.141 0.130 0.124 0.053 0.031 0.019 0.009 188 I 0.009 0.013 0.051 0.036 0.054 0.096 0.230 0.162 0.167 0.114 0.067 189 K 0.217 0.119 0.380 0.169 0.067 0.027 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 190 E 0.023 0.070 0.362 0.270 0.149 0.076 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 191 I 0.007 0.009 0.069 0.026 0.026 0.047 0.161 0.161 0.199 0.174 0.122 192 K 0.019 0.027 0.151 0.211 0.209 0.174 0.140 0.042 0.019 0.006 0.002 193 D 0.029 0.056 0.671 0.147 0.057 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 194 W 0.007 0.021 0.096 0.110 0.140 0.193 0.243 0.097 0.054 0.029 0.011 195 I 0.017 0.017 0.056 0.029 0.033 0.056 0.205 0.194 0.199 0.132 0.062 196 K 0.042 0.113 0.336 0.272 0.141 0.057 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 197 L 0.030 0.053 0.227 0.098 0.094 0.098 0.142 0.095 0.086 0.055 0.023 198 E 0.146 0.156 0.185 0.176 0.123 0.073 0.072 0.033 0.022 0.009 0.004 199 H 0.117 0.112 0.107 0.130 0.115 0.107 0.146 0.076 0.051 0.028 0.011 200 H 0.114 0.146 0.124 0.179 0.131 0.094 0.088 0.054 0.037 0.023 0.010 201 H 0.164 0.135 0.100 0.140 0.119 0.095 0.107 0.061 0.044 0.024 0.011 202 H 0.221 0.124 0.082 0.136 0.105 0.082 0.098 0.063 0.047 0.029 0.014 203 H 0.195 0.155 0.077 0.141 0.113 0.087 0.092 0.058 0.045 0.026 0.012 204 H 0.282 0.162 0.060 0.126 0.096 0.074 0.074 0.051 0.040 0.024 0.011