# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.498 0.078 0.130 0.202 0.028 0.017 0.026 0.006 0.010 0.006 0.001 2 N 0.188 0.069 0.159 0.158 0.025 0.194 0.103 0.006 0.089 0.008 0.001 3 K 0.828 0.017 0.030 0.091 0.004 0.009 0.012 0.003 0.003 0.002 0.001 4 D 0.709 0.012 0.042 0.152 0.004 0.021 0.047 0.007 0.005 0.001 0.001 5 K 0.873 0.013 0.011 0.088 0.002 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 6 L 0.869 0.039 0.050 0.026 0.003 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 7 R 0.962 0.011 0.007 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.955 0.017 0.008 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.963 0.012 0.006 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.955 0.014 0.009 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.953 0.011 0.013 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.979 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.957 0.007 0.007 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.938 0.012 0.008 0.037 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 F 0.700 0.058 0.037 0.161 0.010 0.010 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 16 E 0.396 0.085 0.108 0.352 0.012 0.010 0.015 0.003 0.018 0.001 0.001 17 G 0.104 0.011 0.046 0.056 0.054 0.002 0.089 0.402 0.001 0.235 0.001 18 N 0.144 0.067 0.144 0.334 0.028 0.088 0.151 0.015 0.021 0.007 0.002 19 T 0.027 0.386 0.311 0.004 0.070 0.017 0.017 0.001 0.166 0.002 0.001 20 P 0.118 0.010 0.670 0.009 0.001 0.083 0.001 0.001 0.004 0.001 0.104 21 L 0.108 0.201 0.483 0.072 0.024 0.079 0.008 0.003 0.020 0.001 0.002 22 S 0.040 0.339 0.355 0.025 0.178 0.026 0.005 0.006 0.017 0.009 0.001 23 E 0.671 0.107 0.086 0.081 0.020 0.013 0.005 0.003 0.010 0.003 0.001 24 N 0.362 0.036 0.071 0.371 0.016 0.032 0.071 0.008 0.028 0.003 0.001 25 D 0.213 0.081 0.169 0.239 0.024 0.113 0.116 0.009 0.034 0.001 0.003 26 I 0.210 0.199 0.262 0.283 0.015 0.010 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 27 G 0.053 0.024 0.084 0.038 0.110 0.007 0.079 0.461 0.004 0.140 0.001 28 V 0.040 0.513 0.316 0.029 0.048 0.035 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 29 T 0.050 0.535 0.191 0.053 0.111 0.028 0.004 0.001 0.020 0.008 0.001 30 E 0.437 0.251 0.138 0.036 0.083 0.022 0.008 0.002 0.016 0.006 0.001 31 D 0.483 0.079 0.134 0.111 0.037 0.085 0.020 0.005 0.041 0.002 0.002 32 Q 0.739 0.039 0.023 0.145 0.009 0.017 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 33 F 0.720 0.047 0.047 0.123 0.009 0.025 0.012 0.003 0.012 0.003 0.001 34 D 0.717 0.029 0.031 0.107 0.009 0.036 0.054 0.004 0.012 0.001 0.001 35 D 0.693 0.046 0.043 0.111 0.024 0.025 0.042 0.005 0.009 0.001 0.001 36 A 0.865 0.042 0.022 0.049 0.008 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 37 V 0.907 0.043 0.015 0.021 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 38 N 0.887 0.020 0.012 0.046 0.003 0.011 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 39 F 0.879 0.015 0.010 0.076 0.003 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 40 L 0.738 0.045 0.081 0.105 0.004 0.015 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 41 K 0.680 0.062 0.101 0.084 0.014 0.019 0.022 0.006 0.008 0.003 0.001 42 R 0.557 0.169 0.104 0.077 0.026 0.022 0.021 0.004 0.017 0.002 0.001 43 E 0.309 0.148 0.175 0.265 0.024 0.017 0.040 0.003 0.016 0.003 0.001 44 G 0.041 0.019 0.040 0.032 0.170 0.001 0.071 0.510 0.002 0.114 0.001 45 Y 0.048 0.479 0.334 0.029 0.056 0.031 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 46 I 0.022 0.366 0.499 0.002 0.004 0.085 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 47 I 0.214 0.273 0.062 0.369 0.013 0.029 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 48 G 0.009 0.161 0.108 0.006 0.639 0.006 0.036 0.016 0.005 0.013 0.001 49 V 0.030 0.734 0.116 0.014 0.061 0.020 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 50 H 0.039 0.517 0.225 0.027 0.065 0.078 0.005 0.001 0.040 0.002 0.001 51 Y 0.065 0.401 0.189 0.091 0.107 0.057 0.016 0.004 0.066 0.004 0.001 52 S 0.226 0.174 0.243 0.123 0.121 0.032 0.014 0.015 0.016 0.034 0.001 53 D 0.282 0.068 0.093 0.291 0.058 0.048 0.115 0.012 0.021 0.011 0.001 54 D 0.175 0.059 0.105 0.453 0.023 0.059 0.080 0.012 0.026 0.003 0.003 55 R 0.079 0.298 0.316 0.007 0.029 0.021 0.029 0.001 0.218 0.002 0.001 56 P 0.240 0.005 0.612 0.012 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 57 H 0.186 0.191 0.231 0.087 0.083 0.067 0.088 0.018 0.043 0.004 0.001 58 L 0.454 0.186 0.180 0.105 0.013 0.039 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 59 Y 0.260 0.310 0.211 0.086 0.069 0.021 0.014 0.003 0.021 0.005 0.001 60 K 0.264 0.156 0.421 0.037 0.024 0.054 0.019 0.002 0.020 0.001 0.002 61 L 0.299 0.116 0.315 0.217 0.009 0.028 0.004 0.001 0.008 0.001 0.002 62 G 0.080 0.046 0.249 0.007 0.137 0.003 0.025 0.036 0.032 0.384 0.001 63 P 0.454 0.007 0.438 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 64 E 0.448 0.077 0.319 0.093 0.011 0.025 0.007 0.004 0.013 0.001 0.001 65 L 0.293 0.125 0.397 0.100 0.013 0.051 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 66 T 0.350 0.260 0.163 0.118 0.059 0.022 0.006 0.003 0.014 0.004 0.001 67 E 0.303 0.245 0.232 0.077 0.064 0.032 0.011 0.005 0.026 0.004 0.001 68 K 0.215 0.141 0.380 0.155 0.033 0.019 0.022 0.005 0.026 0.003 0.001 69 G 0.117 0.019 0.075 0.021 0.096 0.005 0.057 0.301 0.004 0.305 0.001 70 E 0.643 0.096 0.146 0.065 0.023 0.011 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 71 N 0.428 0.088 0.115 0.176 0.022 0.059 0.066 0.012 0.031 0.003 0.001 72 Y 0.683 0.087 0.071 0.090 0.020 0.018 0.013 0.002 0.014 0.001 0.001 73 L 0.592 0.125 0.164 0.060 0.013 0.028 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 74 K 0.650 0.126 0.106 0.058 0.025 0.016 0.007 0.002 0.008 0.002 0.001 75 E 0.646 0.113 0.113 0.070 0.019 0.017 0.008 0.002 0.009 0.002 0.001 76 N 0.087 0.029 0.041 0.623 0.013 0.010 0.161 0.010 0.023 0.002 0.001 77 G 0.024 0.010 0.098 0.015 0.061 0.005 0.177 0.492 0.002 0.115 0.001 78 T 0.209 0.312 0.308 0.073 0.053 0.030 0.002 0.001 0.008 0.005 0.001 79 W 0.578 0.098 0.141 0.101 0.022 0.029 0.010 0.003 0.013 0.005 0.001 80 S 0.735 0.050 0.099 0.061 0.024 0.014 0.003 0.003 0.006 0.003 0.001 81 K 0.904 0.019 0.023 0.035 0.006 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 82 A 0.915 0.009 0.029 0.036 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.866 0.026 0.034 0.053 0.007 0.006 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 84 K 0.880 0.029 0.037 0.030 0.006 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 85 T 0.867 0.034 0.039 0.039 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 86 I 0.942 0.012 0.015 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 K 0.981 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.922 0.009 0.009 0.050 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 89 I 0.863 0.019 0.026 0.077 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 K 0.910 0.021 0.028 0.021 0.004 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 91 D 0.687 0.017 0.025 0.217 0.011 0.013 0.021 0.003 0.004 0.001 0.001 92 W 0.766 0.046 0.057 0.100 0.008 0.010 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 93 I 0.445 0.290 0.122 0.066 0.024 0.020 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 94 K 0.454 0.132 0.228 0.044 0.008 0.071 0.020 0.002 0.038 0.002 0.001 95 L 0.558 0.138 0.153 0.072 0.015 0.035 0.007 0.002 0.018 0.001 0.001 96 E 0.555 0.119 0.127 0.097 0.028 0.030 0.021 0.005 0.013 0.004 0.001 97 H 0.338 0.121 0.102 0.221 0.050 0.042 0.079 0.012 0.029 0.004 0.001 98 H 0.297 0.163 0.138 0.167 0.051 0.045 0.084 0.015 0.032 0.007 0.001 99 H 0.301 0.192 0.131 0.150 0.044 0.056 0.076 0.010 0.034 0.006 0.001 100 H 0.400 0.150 0.109 0.171 0.036 0.042 0.051 0.009 0.027 0.004 0.001 101 H 0.392 0.146 0.119 0.183 0.033 0.040 0.051 0.008 0.023 0.004 0.001 102 H 0.352 0.153 0.122 0.163 0.037 0.055 0.069 0.007 0.038 0.004 0.001 103 M 0.381 0.160 0.196 0.167 0.032 0.028 0.014 0.003 0.014 0.004 0.001 104 N 0.124 0.086 0.238 0.121 0.031 0.222 0.059 0.005 0.103 0.009 0.002 105 K 0.816 0.015 0.029 0.102 0.005 0.008 0.016 0.003 0.003 0.002 0.001 106 D 0.648 0.012 0.044 0.198 0.004 0.022 0.057 0.009 0.005 0.001 0.001 107 K 0.834 0.018 0.014 0.113 0.003 0.005 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 108 L 0.787 0.057 0.080 0.048 0.005 0.012 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 109 R 0.913 0.026 0.021 0.026 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 110 Y 0.930 0.022 0.018 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.951 0.013 0.011 0.014 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.957 0.012 0.008 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 L 0.946 0.012 0.017 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 K 0.976 0.005 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 E 0.944 0.008 0.010 0.029 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.917 0.013 0.010 0.053 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 F 0.625 0.079 0.062 0.178 0.012 0.015 0.009 0.002 0.017 0.001 0.001 118 E 0.386 0.096 0.141 0.302 0.015 0.013 0.020 0.004 0.020 0.002 0.001 119 G 0.116 0.012 0.050 0.061 0.053 0.002 0.072 0.371 0.001 0.262 0.001 120 N 0.154 0.069 0.160 0.305 0.027 0.084 0.153 0.017 0.023 0.007 0.002 121 T 0.023 0.415 0.315 0.003 0.046 0.017 0.014 0.001 0.165 0.001 0.001 122 P 0.097 0.008 0.730 0.006 0.001 0.077 0.001 0.001 0.003 0.001 0.078 123 L 0.159 0.227 0.409 0.087 0.022 0.068 0.005 0.002 0.019 0.001 0.002 124 S 0.060 0.345 0.326 0.036 0.159 0.030 0.007 0.007 0.020 0.011 0.001 125 E 0.577 0.140 0.117 0.102 0.024 0.014 0.006 0.003 0.013 0.004 0.001 126 N 0.317 0.047 0.094 0.340 0.026 0.032 0.099 0.012 0.029 0.005 0.001 127 D 0.213 0.076 0.187 0.233 0.022 0.114 0.107 0.009 0.033 0.002 0.003 128 I 0.195 0.220 0.257 0.283 0.019 0.009 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 129 G 0.061 0.037 0.107 0.042 0.152 0.008 0.073 0.342 0.006 0.171 0.001 130 V 0.052 0.521 0.308 0.030 0.050 0.024 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 131 T 0.059 0.513 0.210 0.053 0.096 0.033 0.004 0.001 0.025 0.007 0.001 132 E 0.562 0.165 0.124 0.035 0.069 0.017 0.007 0.003 0.012 0.007 0.001 133 D 0.608 0.047 0.088 0.130 0.026 0.050 0.020 0.006 0.023 0.001 0.002 134 Q 0.702 0.045 0.027 0.173 0.010 0.015 0.007 0.002 0.017 0.001 0.001 135 F 0.590 0.079 0.081 0.171 0.013 0.030 0.014 0.003 0.014 0.003 0.001 136 D 0.675 0.034 0.045 0.096 0.014 0.036 0.079 0.005 0.013 0.003 0.001 137 D 0.661 0.046 0.055 0.130 0.031 0.023 0.034 0.007 0.010 0.001 0.001 138 A 0.858 0.030 0.022 0.069 0.006 0.006 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 139 V 0.875 0.050 0.026 0.032 0.005 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 140 N 0.857 0.019 0.016 0.058 0.004 0.012 0.023 0.002 0.007 0.001 0.001 141 F 0.863 0.024 0.016 0.077 0.004 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 142 L 0.737 0.058 0.083 0.092 0.004 0.015 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 143 K 0.695 0.069 0.111 0.064 0.013 0.018 0.015 0.004 0.009 0.003 0.001 144 R 0.594 0.148 0.101 0.074 0.022 0.019 0.019 0.004 0.017 0.003 0.001 145 E 0.324 0.122 0.182 0.273 0.022 0.013 0.040 0.003 0.017 0.003 0.001 146 G 0.041 0.013 0.040 0.028 0.106 0.001 0.086 0.573 0.002 0.111 0.001 147 Y 0.063 0.413 0.387 0.034 0.049 0.033 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 148 I 0.031 0.459 0.408 0.004 0.007 0.068 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 149 I 0.128 0.416 0.089 0.265 0.028 0.027 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 150 G 0.011 0.121 0.142 0.008 0.599 0.007 0.045 0.036 0.005 0.025 0.001 151 V 0.035 0.721 0.126 0.015 0.069 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 152 H 0.044 0.547 0.225 0.026 0.056 0.061 0.004 0.001 0.034 0.002 0.001 153 Y 0.078 0.441 0.213 0.081 0.082 0.044 0.010 0.003 0.045 0.003 0.001 154 S 0.218 0.243 0.216 0.103 0.121 0.028 0.013 0.010 0.023 0.026 0.001 155 D 0.349 0.067 0.109 0.253 0.058 0.038 0.085 0.010 0.016 0.013 0.002 156 D 0.191 0.052 0.098 0.474 0.021 0.051 0.070 0.014 0.023 0.003 0.003 157 R 0.081 0.294 0.352 0.007 0.025 0.019 0.021 0.001 0.196 0.002 0.001 158 P 0.275 0.005 0.597 0.011 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 159 H 0.241 0.191 0.232 0.092 0.068 0.057 0.063 0.016 0.036 0.003 0.001 160 L 0.487 0.183 0.166 0.097 0.013 0.032 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 161 Y 0.313 0.283 0.191 0.093 0.062 0.022 0.011 0.003 0.018 0.004 0.001 162 K 0.319 0.151 0.361 0.048 0.027 0.048 0.022 0.002 0.019 0.001 0.001 163 L 0.321 0.122 0.267 0.242 0.009 0.024 0.004 0.001 0.009 0.001 0.002 164 G 0.084 0.029 0.194 0.005 0.102 0.002 0.018 0.041 0.019 0.505 0.001 165 P 0.529 0.005 0.368 0.016 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 166 E 0.513 0.072 0.256 0.105 0.009 0.021 0.006 0.003 0.011 0.001 0.001 167 L 0.346 0.129 0.345 0.105 0.012 0.043 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 168 T 0.427 0.224 0.158 0.101 0.045 0.022 0.005 0.003 0.012 0.003 0.001 169 E 0.422 0.184 0.188 0.087 0.050 0.027 0.010 0.005 0.022 0.004 0.001 170 K 0.254 0.110 0.292 0.248 0.024 0.016 0.024 0.004 0.025 0.002 0.001 171 G 0.105 0.016 0.081 0.023 0.068 0.005 0.084 0.362 0.004 0.252 0.001 172 E 0.633 0.092 0.163 0.067 0.020 0.009 0.004 0.003 0.003 0.007 0.001 173 N 0.397 0.086 0.152 0.160 0.025 0.059 0.072 0.014 0.032 0.003 0.001 174 Y 0.705 0.081 0.076 0.090 0.016 0.014 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 175 L 0.587 0.135 0.158 0.062 0.014 0.028 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 176 K 0.611 0.140 0.125 0.065 0.023 0.017 0.006 0.001 0.009 0.002 0.001 177 E 0.635 0.111 0.132 0.067 0.018 0.016 0.008 0.002 0.009 0.002 0.001 178 N 0.121 0.031 0.054 0.572 0.013 0.011 0.161 0.012 0.023 0.002 0.001 179 G 0.030 0.008 0.087 0.014 0.051 0.004 0.143 0.536 0.002 0.123 0.001 180 T 0.232 0.297 0.304 0.079 0.045 0.027 0.002 0.001 0.008 0.004 0.001 181 W 0.501 0.133 0.174 0.096 0.031 0.030 0.010 0.003 0.014 0.007 0.001 182 S 0.701 0.064 0.116 0.060 0.024 0.018 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 183 K 0.882 0.023 0.031 0.041 0.007 0.004 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 184 A 0.891 0.013 0.034 0.047 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 185 Y 0.833 0.030 0.048 0.064 0.007 0.008 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 186 K 0.865 0.028 0.041 0.037 0.007 0.006 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 187 T 0.821 0.043 0.051 0.054 0.009 0.010 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 188 I 0.916 0.014 0.024 0.035 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 189 K 0.973 0.003 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 E 0.914 0.009 0.011 0.051 0.005 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 191 I 0.848 0.014 0.023 0.102 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 192 K 0.918 0.016 0.027 0.020 0.004 0.004 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 193 D 0.760 0.011 0.021 0.167 0.009 0.009 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 194 W 0.828 0.022 0.036 0.095 0.003 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 195 I 0.600 0.162 0.105 0.079 0.015 0.016 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 196 K 0.587 0.093 0.146 0.057 0.008 0.049 0.026 0.003 0.028 0.002 0.001 197 L 0.593 0.124 0.142 0.073 0.012 0.029 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 198 E 0.591 0.114 0.115 0.097 0.026 0.024 0.015 0.004 0.012 0.003 0.001 199 H 0.367 0.136 0.112 0.205 0.048 0.037 0.053 0.009 0.030 0.004 0.001 200 H 0.301 0.169 0.142 0.202 0.041 0.044 0.054 0.009 0.031 0.005 0.001 201 H 0.300 0.174 0.133 0.181 0.044 0.053 0.064 0.009 0.035 0.006 0.001 202 H 0.269 0.183 0.159 0.206 0.039 0.048 0.047 0.008 0.034 0.004 0.001 203 H 0.203 0.156 0.194 0.227 0.034 0.061 0.067 0.012 0.038 0.005 0.001 204 H 0.183 0.196 0.249 0.126 0.075 0.039 0.063 0.021 0.026 0.021 0.001