# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.392 0.252 0.155 0.112 0.061 0.024 0.003 2 N 0.392 0.260 0.175 0.109 0.048 0.014 0.002 3 K 0.330 0.330 0.199 0.101 0.032 0.008 0.001 4 D 0.347 0.241 0.170 0.135 0.076 0.027 0.004 5 K 0.148 0.292 0.290 0.169 0.075 0.024 0.003 6 L 0.031 0.046 0.102 0.244 0.342 0.213 0.022 7 R 0.059 0.163 0.233 0.275 0.182 0.079 0.009 8 Y 0.035 0.051 0.084 0.174 0.314 0.295 0.047 9 A 0.042 0.071 0.142 0.267 0.244 0.185 0.048 10 I 0.068 0.058 0.072 0.124 0.203 0.346 0.130 11 L 0.057 0.060 0.086 0.150 0.212 0.284 0.149 12 K 0.146 0.210 0.198 0.209 0.136 0.080 0.022 13 E 0.153 0.228 0.201 0.204 0.124 0.071 0.020 14 I 0.057 0.098 0.118 0.196 0.256 0.226 0.049 15 F 0.091 0.140 0.166 0.204 0.221 0.152 0.026 16 E 0.299 0.261 0.197 0.143 0.070 0.026 0.005 17 G 0.351 0.215 0.159 0.140 0.087 0.040 0.008 18 N 0.389 0.260 0.166 0.114 0.051 0.017 0.003 19 T 0.333 0.239 0.169 0.134 0.078 0.039 0.009 20 P 0.366 0.255 0.156 0.113 0.066 0.034 0.010 21 L 0.219 0.191 0.175 0.187 0.140 0.068 0.020 22 S 0.316 0.251 0.181 0.134 0.071 0.035 0.012 23 E 0.220 0.275 0.222 0.158 0.081 0.035 0.009 24 N 0.215 0.216 0.197 0.178 0.120 0.061 0.013 25 D 0.177 0.238 0.217 0.180 0.120 0.057 0.011 26 I 0.075 0.077 0.115 0.198 0.251 0.227 0.056 27 G 0.136 0.152 0.178 0.208 0.164 0.128 0.033 28 V 0.117 0.102 0.110 0.162 0.204 0.226 0.079 29 T 0.164 0.164 0.178 0.205 0.157 0.096 0.036 30 E 0.263 0.331 0.201 0.117 0.056 0.026 0.006 31 D 0.258 0.235 0.172 0.144 0.106 0.066 0.020 32 Q 0.079 0.138 0.177 0.223 0.213 0.145 0.025 33 F 0.066 0.066 0.106 0.217 0.287 0.218 0.042 34 D 0.210 0.296 0.235 0.156 0.069 0.028 0.006 35 D 0.152 0.217 0.233 0.211 0.117 0.059 0.012 36 A 0.062 0.063 0.085 0.134 0.241 0.334 0.081 37 V 0.045 0.055 0.100 0.186 0.282 0.272 0.061 38 N 0.099 0.218 0.250 0.228 0.131 0.062 0.012 39 F 0.056 0.066 0.103 0.205 0.292 0.234 0.044 40 L 0.027 0.034 0.049 0.124 0.257 0.393 0.115 41 K 0.107 0.244 0.251 0.208 0.119 0.058 0.012 42 R 0.085 0.166 0.212 0.259 0.191 0.072 0.015 43 E 0.053 0.118 0.164 0.220 0.216 0.173 0.056 44 G 0.048 0.108 0.150 0.204 0.220 0.211 0.059 45 Y 0.014 0.024 0.067 0.186 0.312 0.303 0.093 46 I 0.020 0.023 0.029 0.058 0.142 0.424 0.303 47 I 0.018 0.023 0.030 0.068 0.151 0.383 0.327 48 G 0.023 0.040 0.062 0.107 0.192 0.333 0.242 49 V 0.012 0.019 0.032 0.085 0.227 0.398 0.226 50 H 0.014 0.047 0.092 0.195 0.282 0.297 0.073 51 Y 0.034 0.089 0.143 0.239 0.296 0.176 0.023 52 S 0.185 0.233 0.234 0.200 0.108 0.035 0.005 53 D 0.439 0.283 0.157 0.081 0.029 0.009 0.002 54 D 0.423 0.260 0.150 0.094 0.047 0.021 0.005 55 R 0.211 0.226 0.222 0.187 0.107 0.041 0.006 56 P 0.168 0.196 0.174 0.179 0.154 0.104 0.024 57 H 0.104 0.145 0.161 0.199 0.192 0.153 0.045 58 L 0.058 0.118 0.178 0.227 0.215 0.159 0.045 59 Y 0.067 0.076 0.111 0.221 0.279 0.196 0.050 60 K 0.143 0.232 0.251 0.202 0.109 0.051 0.012 61 L 0.146 0.158 0.162 0.195 0.191 0.125 0.023 62 G 0.277 0.282 0.210 0.138 0.064 0.024 0.005 63 P 0.264 0.226 0.179 0.157 0.105 0.056 0.013 64 E 0.305 0.284 0.191 0.123 0.059 0.029 0.008 65 L 0.100 0.108 0.136 0.236 0.246 0.148 0.026 66 T 0.204 0.292 0.244 0.155 0.069 0.028 0.007 67 E 0.438 0.312 0.141 0.069 0.028 0.010 0.002 68 K 0.437 0.277 0.163 0.083 0.030 0.008 0.002 69 G 0.263 0.197 0.188 0.197 0.114 0.037 0.004 70 E 0.333 0.281 0.207 0.121 0.045 0.012 0.001 71 N 0.379 0.354 0.162 0.075 0.024 0.005 0.001 72 Y 0.152 0.192 0.237 0.256 0.125 0.036 0.002 73 L 0.148 0.107 0.137 0.250 0.255 0.098 0.004 74 K 0.388 0.341 0.181 0.070 0.016 0.003 0.001 75 E 0.575 0.289 0.093 0.033 0.008 0.002 0.001 76 N 0.391 0.267 0.199 0.099 0.036 0.007 0.001 77 G 0.591 0.189 0.113 0.066 0.030 0.010 0.001 78 T 0.500 0.261 0.128 0.070 0.030 0.010 0.002 79 W 0.212 0.131 0.155 0.222 0.196 0.076 0.008 80 S 0.250 0.237 0.204 0.180 0.092 0.033 0.004 81 K 0.273 0.334 0.212 0.112 0.047 0.019 0.004 82 A 0.137 0.136 0.167 0.237 0.209 0.102 0.012 83 Y 0.192 0.121 0.153 0.255 0.203 0.069 0.006 84 K 0.286 0.369 0.200 0.102 0.032 0.011 0.001 85 T 0.134 0.251 0.274 0.225 0.088 0.026 0.002 86 I 0.029 0.043 0.073 0.226 0.364 0.243 0.022 87 K 0.225 0.341 0.235 0.140 0.047 0.011 0.001 88 E 0.151 0.338 0.287 0.157 0.052 0.014 0.001 89 I 0.034 0.051 0.112 0.254 0.359 0.179 0.011 90 K 0.123 0.269 0.299 0.212 0.079 0.017 0.001 91 D 0.333 0.356 0.160 0.093 0.041 0.016 0.002 92 W 0.083 0.178 0.285 0.275 0.135 0.041 0.004 93 I 0.054 0.037 0.067 0.219 0.362 0.233 0.027 94 K 0.209 0.353 0.243 0.132 0.045 0.015 0.003 95 L 0.289 0.225 0.167 0.152 0.114 0.047 0.005 96 E 0.295 0.289 0.218 0.129 0.050 0.016 0.002 97 H 0.296 0.231 0.190 0.163 0.088 0.029 0.003 98 H 0.462 0.225 0.145 0.096 0.051 0.018 0.003 99 H 0.400 0.227 0.143 0.125 0.072 0.029 0.004 100 H 0.318 0.226 0.185 0.147 0.080 0.037 0.007 101 H 0.296 0.244 0.177 0.145 0.089 0.042 0.007 102 H 0.252 0.237 0.195 0.163 0.101 0.044 0.008 103 M 0.194 0.182 0.186 0.207 0.154 0.068 0.009 104 N 0.467 0.281 0.151 0.069 0.024 0.006 0.001 105 K 0.422 0.327 0.159 0.069 0.019 0.004 0.001 106 D 0.527 0.259 0.128 0.060 0.020 0.004 0.001 107 K 0.250 0.360 0.230 0.113 0.037 0.009 0.001 108 L 0.057 0.063 0.120 0.263 0.309 0.172 0.015 109 R 0.079 0.222 0.260 0.245 0.137 0.052 0.005 110 Y 0.044 0.083 0.141 0.239 0.270 0.196 0.027 111 A 0.047 0.093 0.166 0.272 0.248 0.150 0.023 112 I 0.047 0.055 0.088 0.152 0.257 0.332 0.070 113 L 0.046 0.055 0.088 0.174 0.265 0.303 0.068 114 K 0.148 0.261 0.249 0.195 0.103 0.038 0.006 115 E 0.132 0.261 0.255 0.210 0.101 0.036 0.006 116 I 0.033 0.075 0.123 0.235 0.309 0.200 0.025 117 F 0.070 0.127 0.189 0.255 0.243 0.104 0.010 118 E 0.381 0.322 0.175 0.084 0.029 0.007 0.001 119 G 0.410 0.251 0.159 0.112 0.051 0.016 0.002 120 N 0.384 0.271 0.176 0.111 0.044 0.013 0.001 121 T 0.297 0.268 0.197 0.142 0.068 0.024 0.003 122 P 0.347 0.282 0.175 0.115 0.057 0.021 0.003 123 L 0.167 0.179 0.201 0.227 0.164 0.055 0.006 124 S 0.395 0.285 0.175 0.096 0.037 0.011 0.002 125 E 0.369 0.313 0.185 0.094 0.031 0.007 0.001 126 N 0.289 0.276 0.215 0.142 0.061 0.017 0.002 127 D 0.214 0.294 0.239 0.158 0.072 0.022 0.002 128 I 0.075 0.093 0.157 0.258 0.262 0.138 0.016 129 G 0.146 0.221 0.225 0.201 0.126 0.070 0.011 130 V 0.089 0.106 0.142 0.231 0.253 0.155 0.023 131 T 0.218 0.252 0.222 0.174 0.092 0.035 0.005 132 E 0.283 0.349 0.215 0.104 0.038 0.011 0.001 133 D 0.402 0.298 0.161 0.084 0.038 0.015 0.003 134 Q 0.125 0.239 0.247 0.215 0.124 0.045 0.004 135 F 0.066 0.076 0.137 0.269 0.289 0.148 0.016 136 D 0.312 0.336 0.205 0.100 0.035 0.011 0.002 137 D 0.225 0.301 0.242 0.148 0.059 0.022 0.003 138 A 0.085 0.094 0.128 0.205 0.255 0.206 0.028 139 V 0.060 0.079 0.147 0.232 0.267 0.186 0.029 140 N 0.183 0.316 0.245 0.155 0.068 0.029 0.005 141 F 0.085 0.105 0.145 0.236 0.254 0.153 0.021 142 L 0.036 0.047 0.080 0.180 0.298 0.301 0.058 143 K 0.229 0.332 0.226 0.129 0.056 0.023 0.005 144 R 0.206 0.277 0.234 0.175 0.082 0.022 0.004 145 E 0.170 0.224 0.214 0.186 0.123 0.068 0.017 146 G 0.119 0.190 0.198 0.197 0.159 0.114 0.023 147 Y 0.040 0.054 0.119 0.236 0.292 0.216 0.042 148 I 0.053 0.058 0.071 0.114 0.203 0.359 0.142 149 I 0.031 0.039 0.054 0.112 0.211 0.378 0.175 150 G 0.040 0.067 0.110 0.171 0.237 0.270 0.105 151 V 0.020 0.028 0.049 0.120 0.286 0.379 0.117 152 H 0.029 0.089 0.158 0.247 0.264 0.184 0.028 153 Y 0.050 0.120 0.195 0.273 0.255 0.100 0.008 154 S 0.346 0.297 0.195 0.110 0.041 0.009 0.001 155 D 0.612 0.245 0.091 0.038 0.011 0.003 0.001 156 D 0.576 0.237 0.110 0.053 0.018 0.005 0.001 157 R 0.317 0.277 0.208 0.132 0.052 0.013 0.001 158 P 0.284 0.242 0.185 0.151 0.094 0.039 0.006 159 H 0.153 0.209 0.223 0.203 0.137 0.065 0.011 160 L 0.087 0.132 0.189 0.239 0.214 0.121 0.018 161 Y 0.099 0.120 0.170 0.252 0.231 0.113 0.015 162 K 0.185 0.291 0.255 0.159 0.075 0.030 0.005 163 L 0.133 0.147 0.182 0.239 0.199 0.090 0.010 164 G 0.272 0.292 0.217 0.135 0.060 0.020 0.003 165 P 0.273 0.243 0.199 0.157 0.090 0.034 0.005 166 E 0.402 0.323 0.159 0.076 0.029 0.010 0.002 167 L 0.096 0.132 0.198 0.293 0.209 0.068 0.005 168 T 0.273 0.333 0.222 0.117 0.042 0.012 0.001 169 E 0.530 0.295 0.114 0.044 0.014 0.003 0.001 170 K 0.512 0.271 0.134 0.062 0.018 0.003 0.001 171 G 0.295 0.226 0.205 0.178 0.077 0.018 0.001 172 E 0.362 0.316 0.203 0.088 0.026 0.005 0.001 173 N 0.385 0.359 0.167 0.067 0.019 0.003 0.001 174 Y 0.102 0.180 0.255 0.283 0.144 0.034 0.001 175 L 0.079 0.115 0.194 0.304 0.237 0.069 0.002 176 K 0.432 0.348 0.155 0.052 0.012 0.002 0.001 177 E 0.579 0.273 0.099 0.038 0.009 0.002 0.001 178 N 0.466 0.272 0.153 0.075 0.028 0.006 0.001 179 G 0.500 0.241 0.143 0.077 0.030 0.008 0.001 180 T 0.441 0.307 0.142 0.075 0.027 0.007 0.001 181 W 0.137 0.116 0.165 0.268 0.229 0.079 0.007 182 S 0.224 0.276 0.245 0.168 0.067 0.019 0.002 183 K 0.289 0.364 0.210 0.098 0.031 0.008 0.001 184 A 0.130 0.137 0.182 0.251 0.214 0.080 0.006 185 Y 0.133 0.128 0.204 0.281 0.200 0.053 0.002 186 K 0.329 0.393 0.184 0.072 0.018 0.004 0.001 187 T 0.165 0.275 0.265 0.199 0.077 0.018 0.001 188 I 0.032 0.059 0.121 0.269 0.340 0.169 0.010 189 K 0.350 0.357 0.180 0.083 0.025 0.006 0.001 190 E 0.231 0.345 0.252 0.130 0.035 0.007 0.001 191 I 0.052 0.069 0.143 0.280 0.324 0.127 0.005 192 K 0.259 0.334 0.250 0.118 0.034 0.006 0.001 193 D 0.462 0.329 0.128 0.057 0.019 0.005 0.001 194 W 0.156 0.200 0.258 0.238 0.117 0.030 0.002 195 I 0.147 0.090 0.128 0.267 0.263 0.099 0.006 196 K 0.392 0.374 0.161 0.056 0.013 0.003 0.001 197 L 0.391 0.225 0.157 0.130 0.074 0.022 0.002 198 E 0.469 0.268 0.142 0.077 0.032 0.010 0.001 199 H 0.415 0.233 0.160 0.124 0.053 0.013 0.001 200 H 0.522 0.222 0.133 0.080 0.034 0.009 0.001 201 H 0.574 0.224 0.107 0.064 0.025 0.006 0.001 202 H 0.585 0.228 0.110 0.054 0.018 0.005 0.001 203 H 0.639 0.194 0.096 0.049 0.017 0.004 0.001 204 H 0.712 0.166 0.074 0.033 0.012 0.003 0.001