# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.116 0.206 0.076 0.004 0.048 0.102 0.340 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.008 0.001 0.009 0.005 0.002 0.017 0.010 0.018 0.008 2 N 0.019 0.145 0.159 0.165 0.005 0.084 0.072 0.288 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.005 0.003 0.003 0.009 0.004 0.009 0.012 3 K 0.009 0.023 0.203 0.020 0.002 0.480 0.022 0.220 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.002 4 D 0.001 0.006 0.066 0.016 0.001 0.019 0.119 0.763 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.007 0.018 0.039 0.009 0.001 0.057 0.174 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 6 L 0.004 0.044 0.076 0.031 0.001 0.081 0.032 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.006 0.001 0.005 0.002 0.006 0.004 7 R 0.006 0.011 0.047 0.011 0.002 0.045 0.031 0.787 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.006 0.008 0.001 0.010 0.005 0.012 0.005 8 Y 0.001 0.006 0.019 0.008 0.001 0.018 0.023 0.883 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.006 0.002 0.003 0.009 9 A 0.002 0.013 0.037 0.013 0.001 0.019 0.029 0.804 0.004 0.001 0.002 0.005 0.006 0.005 0.001 0.007 0.021 0.004 0.004 0.005 0.007 0.012 10 I 0.005 0.032 0.100 0.022 0.001 0.015 0.028 0.655 0.005 0.002 0.004 0.005 0.006 0.007 0.003 0.012 0.032 0.008 0.005 0.009 0.016 0.029 11 L 0.011 0.033 0.258 0.024 0.002 0.018 0.072 0.411 0.004 0.004 0.007 0.011 0.009 0.007 0.003 0.014 0.030 0.018 0.006 0.016 0.023 0.022 12 K 0.037 0.044 0.261 0.032 0.004 0.025 0.196 0.225 0.004 0.004 0.006 0.008 0.005 0.006 0.004 0.014 0.028 0.026 0.009 0.013 0.019 0.029 13 E 0.109 0.082 0.222 0.039 0.008 0.039 0.144 0.153 0.006 0.004 0.006 0.008 0.007 0.008 0.005 0.014 0.018 0.046 0.025 0.008 0.012 0.036 14 I 0.028 0.201 0.233 0.104 0.003 0.021 0.063 0.099 0.005 0.003 0.006 0.007 0.007 0.009 0.007 0.015 0.011 0.053 0.044 0.008 0.012 0.063 15 F 0.025 0.291 0.208 0.158 0.008 0.016 0.058 0.042 0.004 0.004 0.008 0.012 0.008 0.007 0.005 0.014 0.024 0.022 0.022 0.009 0.017 0.039 16 E 0.026 0.205 0.252 0.273 0.010 0.015 0.070 0.012 0.004 0.004 0.005 0.006 0.003 0.004 0.005 0.009 0.005 0.023 0.027 0.005 0.015 0.020 17 G 0.231 0.086 0.120 0.127 0.058 0.013 0.239 0.011 0.005 0.002 0.006 0.009 0.007 0.006 0.004 0.013 0.009 0.006 0.026 0.005 0.009 0.010 18 N 0.075 0.232 0.168 0.115 0.013 0.020 0.142 0.004 0.004 0.003 0.009 0.008 0.003 0.009 0.013 0.010 0.029 0.002 0.086 0.011 0.013 0.032 19 T 0.003 0.485 0.029 0.295 0.011 0.008 0.008 0.004 0.005 0.002 0.003 0.009 0.005 0.003 0.002 0.016 0.011 0.012 0.059 0.012 0.012 0.008 20 P 0.005 0.091 0.161 0.530 0.012 0.041 0.009 0.007 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.005 0.014 0.007 0.005 0.011 0.010 0.002 0.004 0.069 21 L 0.006 0.197 0.133 0.137 0.006 0.008 0.136 0.025 0.009 0.007 0.015 0.060 0.007 0.015 0.003 0.020 0.026 0.022 0.016 0.065 0.059 0.027 22 S 0.005 0.434 0.024 0.338 0.006 0.009 0.010 0.008 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.006 0.010 0.008 0.083 0.005 0.010 0.009 0.020 23 E 0.011 0.035 0.535 0.091 0.014 0.189 0.022 0.013 0.006 0.002 0.005 0.007 0.006 0.003 0.004 0.012 0.009 0.009 0.002 0.007 0.007 0.013 24 N 0.032 0.043 0.099 0.047 0.019 0.009 0.574 0.086 0.005 0.002 0.005 0.008 0.003 0.006 0.003 0.009 0.016 0.006 0.007 0.006 0.009 0.006 25 D 0.100 0.153 0.096 0.094 0.010 0.048 0.185 0.072 0.007 0.003 0.010 0.008 0.010 0.005 0.011 0.026 0.074 0.004 0.017 0.011 0.015 0.041 26 I 0.012 0.340 0.107 0.203 0.002 0.014 0.058 0.014 0.003 0.007 0.008 0.006 0.005 0.011 0.012 0.036 0.011 0.009 0.035 0.017 0.050 0.040 27 G 0.138 0.098 0.026 0.045 0.092 0.012 0.097 0.016 0.005 0.005 0.013 0.019 0.008 0.015 0.008 0.031 0.011 0.028 0.182 0.040 0.077 0.036 28 V 0.005 0.302 0.065 0.198 0.001 0.013 0.015 0.008 0.008 0.007 0.007 0.007 0.005 0.011 0.017 0.033 0.010 0.003 0.151 0.014 0.034 0.089 29 T 0.006 0.411 0.031 0.311 0.024 0.016 0.008 0.018 0.005 0.003 0.003 0.026 0.012 0.006 0.004 0.014 0.006 0.026 0.009 0.027 0.024 0.009 30 E 0.005 0.011 0.303 0.026 0.008 0.589 0.006 0.022 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 31 D 0.003 0.013 0.069 0.013 0.002 0.029 0.283 0.569 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 32 Q 0.018 0.096 0.036 0.039 0.002 0.154 0.146 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.007 0.002 33 F 0.005 0.035 0.086 0.047 0.001 0.208 0.016 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 34 D 0.001 0.004 0.033 0.007 0.001 0.056 0.018 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 35 D 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.015 0.025 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.002 0.018 0.003 0.001 0.016 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.002 0.020 0.003 0.001 0.011 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.009 0.021 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.005 0.030 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.002 0.007 0.065 0.009 0.001 0.012 0.027 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 41 K 0.010 0.024 0.170 0.012 0.001 0.018 0.036 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.003 0.002 0.006 0.015 42 R 0.005 0.013 0.622 0.015 0.001 0.006 0.105 0.194 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.002 0.002 0.003 0.005 43 E 0.069 0.017 0.126 0.023 0.002 0.006 0.719 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 44 G 0.728 0.010 0.019 0.005 0.048 0.005 0.106 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.004 0.001 0.046 0.001 0.005 0.002 45 Y 0.007 0.038 0.021 0.024 0.001 0.003 0.006 0.004 0.009 0.006 0.013 0.011 0.020 0.014 0.009 0.031 0.074 0.001 0.656 0.005 0.010 0.038 46 I 0.002 0.094 0.016 0.018 0.001 0.002 0.004 0.001 0.019 0.057 0.047 0.051 0.065 0.025 0.021 0.070 0.240 0.011 0.034 0.015 0.069 0.140 47 I 0.005 0.032 0.023 0.016 0.002 0.002 0.004 0.001 0.044 0.044 0.060 0.073 0.070 0.052 0.042 0.122 0.120 0.009 0.174 0.013 0.042 0.051 48 G 0.012 0.026 0.007 0.008 0.005 0.003 0.012 0.001 0.028 0.059 0.097 0.075 0.087 0.039 0.099 0.069 0.126 0.050 0.034 0.031 0.050 0.081 49 V 0.002 0.049 0.008 0.011 0.001 0.002 0.003 0.001 0.028 0.035 0.040 0.073 0.058 0.038 0.047 0.096 0.058 0.059 0.013 0.223 0.058 0.094 50 H 0.004 0.138 0.010 0.061 0.004 0.002 0.003 0.002 0.011 0.048 0.030 0.020 0.030 0.017 0.042 0.039 0.010 0.356 0.003 0.052 0.056 0.063 51 Y 0.012 0.144 0.097 0.098 0.010 0.023 0.009 0.003 0.017 0.025 0.030 0.036 0.027 0.028 0.025 0.065 0.024 0.033 0.007 0.062 0.106 0.117 52 S 0.012 0.256 0.112 0.184 0.025 0.009 0.034 0.008 0.009 0.010 0.012 0.025 0.012 0.009 0.006 0.029 0.011 0.127 0.009 0.037 0.044 0.021 53 D 0.067 0.066 0.321 0.157 0.038 0.095 0.096 0.011 0.006 0.003 0.007 0.009 0.006 0.006 0.003 0.019 0.011 0.011 0.008 0.018 0.022 0.017 54 D 0.098 0.111 0.168 0.042 0.034 0.029 0.402 0.011 0.003 0.002 0.003 0.007 0.002 0.007 0.002 0.010 0.005 0.003 0.014 0.012 0.021 0.015 55 R 0.007 0.297 0.061 0.312 0.010 0.066 0.017 0.013 0.006 0.002 0.004 0.004 0.004 0.004 0.001 0.024 0.020 0.004 0.098 0.015 0.023 0.007 56 P 0.008 0.084 0.178 0.478 0.014 0.037 0.022 0.043 0.006 0.002 0.003 0.004 0.006 0.007 0.005 0.012 0.019 0.002 0.010 0.006 0.008 0.045 57 H 0.018 0.155 0.059 0.056 0.004 0.021 0.187 0.108 0.016 0.008 0.012 0.019 0.011 0.012 0.011 0.039 0.042 0.023 0.083 0.030 0.056 0.030 58 L 0.008 0.133 0.070 0.084 0.001 0.027 0.047 0.088 0.020 0.007 0.017 0.014 0.025 0.023 0.016 0.053 0.061 0.017 0.059 0.021 0.035 0.173 59 Y 0.008 0.065 0.051 0.030 0.005 0.009 0.030 0.055 0.022 0.011 0.020 0.059 0.017 0.022 0.008 0.074 0.079 0.103 0.023 0.125 0.114 0.068 60 K 0.020 0.090 0.173 0.053 0.007 0.021 0.091 0.043 0.027 0.009 0.016 0.025 0.025 0.016 0.030 0.063 0.027 0.051 0.014 0.023 0.047 0.130 61 L 0.028 0.117 0.165 0.111 0.007 0.014 0.127 0.010 0.015 0.018 0.016 0.019 0.012 0.019 0.006 0.053 0.039 0.030 0.008 0.077 0.081 0.027 62 G 0.149 0.108 0.056 0.118 0.208 0.023 0.063 0.009 0.007 0.005 0.009 0.013 0.010 0.013 0.005 0.030 0.034 0.006 0.024 0.045 0.050 0.015 63 P 0.006 0.181 0.136 0.362 0.005 0.055 0.021 0.015 0.007 0.016 0.010 0.005 0.009 0.011 0.017 0.019 0.018 0.005 0.043 0.012 0.020 0.027 64 E 0.025 0.149 0.079 0.099 0.015 0.020 0.099 0.066 0.016 0.011 0.015 0.034 0.031 0.018 0.007 0.047 0.055 0.036 0.019 0.039 0.064 0.055 65 L 0.014 0.222 0.073 0.122 0.001 0.032 0.036 0.041 0.012 0.008 0.021 0.013 0.015 0.023 0.050 0.038 0.019 0.011 0.068 0.014 0.034 0.130 66 T 0.010 0.201 0.059 0.082 0.009 0.025 0.024 0.060 0.015 0.020 0.021 0.114 0.036 0.037 0.011 0.042 0.015 0.040 0.035 0.033 0.079 0.033 67 E 0.011 0.110 0.363 0.092 0.012 0.097 0.033 0.079 0.011 0.005 0.011 0.016 0.013 0.014 0.022 0.023 0.004 0.009 0.017 0.014 0.016 0.028 68 K 0.026 0.101 0.172 0.193 0.010 0.028 0.261 0.101 0.005 0.005 0.005 0.010 0.008 0.011 0.004 0.014 0.004 0.002 0.004 0.011 0.017 0.007 69 G 0.271 0.058 0.059 0.052 0.127 0.121 0.134 0.091 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 0.011 0.015 0.025 0.004 70 E 0.007 0.033 0.242 0.026 0.002 0.371 0.020 0.248 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.022 0.005 0.005 0.004 71 N 0.002 0.026 0.081 0.010 0.002 0.017 0.161 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 72 Y 0.004 0.023 0.064 0.012 0.001 0.061 0.143 0.667 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.006 73 L 0.003 0.021 0.118 0.011 0.001 0.049 0.077 0.693 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.003 0.004 0.003 74 K 0.002 0.010 0.079 0.006 0.001 0.012 0.102 0.765 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 75 E 0.007 0.027 0.171 0.021 0.001 0.016 0.173 0.563 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 76 N 0.089 0.045 0.264 0.075 0.003 0.086 0.291 0.121 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 77 G 0.510 0.027 0.040 0.009 0.051 0.108 0.128 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.003 0.001 78 T 0.007 0.105 0.089 0.068 0.002 0.228 0.033 0.277 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.171 0.001 0.002 0.004 79 W 0.004 0.034 0.068 0.043 0.001 0.215 0.022 0.592 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 80 S 0.001 0.007 0.017 0.009 0.001 0.126 0.014 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.024 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.008 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.015 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.002 0.004 0.179 0.002 0.001 0.002 0.037 0.770 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.005 0.007 0.117 0.004 0.001 0.004 0.089 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.010 0.021 0.620 0.014 0.001 0.025 0.187 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 93 I 0.019 0.304 0.239 0.127 0.002 0.086 0.019 0.157 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.007 0.005 0.002 0.016 0.001 0.002 0.002 94 K 0.008 0.056 0.143 0.523 0.010 0.018 0.022 0.187 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 95 L 0.008 0.128 0.155 0.095 0.005 0.081 0.227 0.213 0.006 0.003 0.005 0.007 0.003 0.005 0.002 0.009 0.008 0.012 0.005 0.004 0.013 0.005 96 E 0.014 0.087 0.238 0.087 0.007 0.029 0.258 0.212 0.005 0.001 0.003 0.007 0.006 0.005 0.002 0.011 0.005 0.004 0.002 0.002 0.004 0.011 97 H 0.026 0.122 0.214 0.053 0.004 0.032 0.279 0.157 0.006 0.003 0.007 0.008 0.005 0.007 0.008 0.016 0.010 0.013 0.004 0.004 0.011 0.012 98 H 0.047 0.126 0.233 0.080 0.014 0.044 0.180 0.111 0.008 0.005 0.008 0.012 0.008 0.014 0.006 0.021 0.015 0.011 0.016 0.006 0.020 0.015 99 H 0.044 0.136 0.239 0.106 0.012 0.036 0.133 0.095 0.009 0.005 0.011 0.013 0.010 0.013 0.008 0.021 0.013 0.012 0.029 0.008 0.019 0.028 100 H 0.041 0.162 0.226 0.095 0.011 0.039 0.121 0.073 0.010 0.006 0.010 0.016 0.013 0.016 0.008 0.029 0.017 0.016 0.035 0.008 0.023 0.027 101 H 0.039 0.176 0.199 0.124 0.011 0.038 0.147 0.042 0.008 0.005 0.009 0.020 0.010 0.016 0.008 0.023 0.011 0.008 0.038 0.012 0.024 0.030 102 H 0.030 0.263 0.150 0.164 0.020 0.050 0.063 0.035 0.009 0.006 0.009 0.017 0.011 0.014 0.006 0.026 0.014 0.014 0.041 0.012 0.027 0.020