# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.003 0.018 0.021 0.029 0.008 0.087 0.471 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.182 0.043 0.040 0.058 0.001 2 N 0.002 0.003 0.009 0.014 0.050 0.006 0.073 0.480 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.020 0.098 0.046 0.076 0.095 0.001 3 K 0.001 0.001 0.012 0.005 0.007 0.002 0.015 0.411 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.487 0.012 0.012 0.014 0.001 4 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.061 0.841 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.056 0.005 0.003 0.005 0.001 5 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.061 0.848 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.052 0.008 0.004 0.005 0.001 6 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.005 0.002 0.016 0.881 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.050 0.008 0.008 0.005 0.001 7 R 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.004 0.013 0.906 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 0.002 0.002 0.002 0.001 8 Y 0.002 0.003 0.001 0.004 0.004 0.009 0.029 0.890 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.028 0.004 0.002 0.002 0.001 9 A 0.002 0.004 0.002 0.006 0.005 0.006 0.034 0.862 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.037 0.008 0.004 0.006 0.001 10 I 0.005 0.004 0.008 0.010 0.008 0.008 0.028 0.802 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.004 0.055 0.012 0.011 0.008 0.001 11 L 0.013 0.007 0.014 0.020 0.019 0.020 0.077 0.486 0.091 0.012 0.001 0.004 0.006 0.022 0.012 0.008 0.134 0.018 0.021 0.014 0.001 12 K 0.005 0.008 0.010 0.023 0.031 0.020 0.239 0.323 0.035 0.015 0.001 0.002 0.004 0.012 0.023 0.011 0.137 0.028 0.028 0.046 0.001 13 E 0.003 0.004 0.020 0.022 0.049 0.017 0.117 0.302 0.019 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.013 0.140 0.118 0.068 0.068 0.002 14 I 0.004 0.003 0.021 0.017 0.080 0.015 0.083 0.180 0.023 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.031 0.212 0.096 0.106 0.083 0.001 15 F 0.003 0.003 0.038 0.043 0.052 0.017 0.113 0.085 0.020 0.009 0.001 0.001 0.002 0.005 0.061 0.021 0.164 0.054 0.126 0.180 0.001 16 E 0.002 0.001 0.016 0.019 0.075 0.011 0.109 0.026 0.018 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.031 0.338 0.062 0.085 0.165 0.001 17 G 0.001 0.001 0.021 0.025 0.035 0.008 0.242 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.027 0.094 0.067 0.162 0.266 0.001 18 N 0.001 0.002 0.028 0.017 0.086 0.002 0.104 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.044 0.084 0.237 0.170 0.185 0.001 19 T 0.002 0.003 0.118 0.057 0.051 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.042 0.030 0.032 0.028 0.220 0.390 0.001 20 P 0.003 0.003 0.034 0.026 0.301 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.034 0.055 0.152 0.059 0.184 0.117 0.002 21 L 0.003 0.006 0.114 0.089 0.048 0.007 0.068 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.211 0.028 0.094 0.057 0.066 0.183 0.001 22 S 0.002 0.002 0.019 0.023 0.087 0.002 0.020 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.043 0.021 0.026 0.188 0.538 0.001 23 E 0.001 0.001 0.030 0.007 0.042 0.001 0.023 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.022 0.650 0.062 0.037 0.072 0.001 24 N 0.002 0.004 0.023 0.016 0.018 0.035 0.751 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.008 0.041 0.021 0.015 0.028 0.001 25 D 0.013 0.014 0.069 0.038 0.077 0.005 0.223 0.012 0.002 0.001 0.004 0.005 0.008 0.007 0.035 0.043 0.069 0.142 0.168 0.057 0.006 26 I 0.016 0.025 0.042 0.027 0.259 0.001 0.024 0.005 0.001 0.001 0.010 0.009 0.029 0.015 0.068 0.103 0.025 0.027 0.162 0.144 0.008 27 G 0.033 0.040 0.200 0.138 0.051 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.018 0.015 0.026 0.029 0.211 0.033 0.027 0.038 0.061 0.046 0.015 28 V 0.029 0.027 0.030 0.042 0.282 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.014 0.011 0.038 0.037 0.072 0.229 0.030 0.017 0.055 0.066 0.007 29 T 0.015 0.016 0.063 0.072 0.080 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.011 0.014 0.021 0.034 0.123 0.050 0.009 0.012 0.136 0.315 0.006 30 E 0.001 0.001 0.016 0.005 0.034 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 0.026 0.778 0.038 0.007 0.019 0.001 31 D 0.002 0.003 0.009 0.009 0.008 0.033 0.429 0.350 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.023 0.009 0.063 0.010 0.017 0.020 0.001 32 Q 0.002 0.002 0.009 0.006 0.016 0.007 0.216 0.440 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.159 0.060 0.029 0.025 0.001 33 F 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.003 0.034 0.617 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.213 0.030 0.032 0.023 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.155 0.001 0.002 0.003 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.907 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 0.007 0.003 0.003 0.001 41 K 0.003 0.001 0.009 0.005 0.005 0.011 0.061 0.710 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.127 0.008 0.007 0.005 0.001 42 R 0.003 0.002 0.005 0.011 0.005 0.008 0.120 0.040 0.424 0.165 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.167 0.019 0.007 0.010 0.001 43 E 0.001 0.002 0.003 0.008 0.028 0.002 0.580 0.008 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 0.108 0.020 0.044 0.154 0.001 44 G 0.005 0.007 0.021 0.009 0.055 0.001 0.116 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.011 0.023 0.653 0.041 0.026 0.003 45 Y 0.074 0.087 0.183 0.108 0.084 0.002 0.009 0.005 0.002 0.001 0.011 0.010 0.032 0.053 0.075 0.077 0.027 0.025 0.065 0.048 0.022 46 I 0.101 0.133 0.031 0.025 0.237 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.042 0.037 0.094 0.093 0.069 0.021 0.007 0.003 0.030 0.006 0.063 47 I 0.098 0.163 0.098 0.086 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.041 0.069 0.073 0.208 0.017 0.004 0.002 0.006 0.008 0.041 48 G 0.096 0.163 0.018 0.055 0.160 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.089 0.041 0.123 0.070 0.037 0.040 0.003 0.005 0.009 0.006 0.082 49 V 0.123 0.155 0.094 0.067 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.047 0.034 0.076 0.063 0.179 0.034 0.003 0.003 0.008 0.009 0.027 50 H 0.155 0.152 0.073 0.123 0.191 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.052 0.032 0.038 0.042 0.008 0.007 0.033 0.022 0.022 51 Y 0.070 0.059 0.088 0.137 0.254 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.017 0.016 0.108 0.048 0.028 0.024 0.050 0.075 0.004 52 S 0.012 0.012 0.085 0.084 0.100 0.003 0.025 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.005 0.008 0.089 0.036 0.062 0.035 0.128 0.300 0.002 53 D 0.004 0.003 0.028 0.034 0.093 0.004 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 0.033 0.346 0.050 0.096 0.207 0.001 54 D 0.003 0.004 0.022 0.016 0.071 0.007 0.426 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.018 0.082 0.160 0.046 0.106 0.001 55 R 0.010 0.011 0.178 0.079 0.048 0.003 0.029 0.010 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.036 0.018 0.074 0.051 0.187 0.249 0.002 56 P 0.018 0.029 0.034 0.032 0.402 0.004 0.027 0.023 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.004 0.022 0.043 0.173 0.052 0.059 0.056 0.003 57 H 0.051 0.077 0.183 0.152 0.085 0.011 0.084 0.057 0.002 0.001 0.007 0.010 0.020 0.012 0.079 0.020 0.055 0.021 0.033 0.034 0.006 58 L 0.077 0.120 0.037 0.078 0.331 0.003 0.040 0.033 0.002 0.001 0.010 0.014 0.035 0.022 0.030 0.042 0.036 0.026 0.030 0.024 0.008 59 Y 0.100 0.103 0.172 0.155 0.073 0.006 0.031 0.035 0.003 0.001 0.015 0.016 0.041 0.036 0.090 0.020 0.041 0.014 0.019 0.021 0.008 60 K 0.111 0.110 0.050 0.123 0.200 0.005 0.043 0.020 0.005 0.002 0.014 0.017 0.033 0.027 0.047 0.037 0.053 0.020 0.038 0.033 0.012 61 L 0.063 0.069 0.073 0.087 0.166 0.003 0.067 0.012 0.004 0.002 0.009 0.010 0.026 0.020 0.115 0.034 0.077 0.035 0.043 0.082 0.006 62 G 0.020 0.032 0.091 0.107 0.085 0.002 0.024 0.017 0.003 0.001 0.011 0.008 0.010 0.011 0.053 0.028 0.055 0.048 0.156 0.229 0.009 63 P 0.011 0.021 0.034 0.022 0.248 0.004 0.030 0.044 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.042 0.065 0.250 0.067 0.046 0.093 0.003 64 E 0.019 0.039 0.118 0.085 0.058 0.030 0.121 0.160 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.009 0.088 0.022 0.108 0.030 0.037 0.053 0.003 65 L 0.037 0.035 0.038 0.052 0.221 0.007 0.081 0.096 0.004 0.001 0.007 0.008 0.013 0.013 0.041 0.052 0.118 0.046 0.075 0.049 0.005 66 T 0.022 0.023 0.094 0.084 0.070 0.006 0.062 0.128 0.006 0.002 0.006 0.006 0.012 0.016 0.125 0.031 0.108 0.038 0.077 0.083 0.004 67 E 0.016 0.012 0.022 0.049 0.077 0.005 0.065 0.085 0.018 0.003 0.003 0.005 0.007 0.010 0.036 0.031 0.387 0.050 0.048 0.069 0.001 68 K 0.003 0.004 0.013 0.016 0.043 0.008 0.258 0.139 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.016 0.295 0.040 0.030 0.097 0.001 69 G 0.003 0.005 0.009 0.009 0.054 0.007 0.263 0.230 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.021 0.076 0.178 0.051 0.070 0.001 70 E 0.005 0.003 0.095 0.012 0.013 0.002 0.012 0.334 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.004 0.411 0.021 0.038 0.019 0.001 71 N 0.003 0.006 0.006 0.007 0.027 0.018 0.046 0.728 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.004 0.115 0.007 0.007 0.010 0.001 72 Y 0.001 0.004 0.004 0.006 0.013 0.007 0.070 0.792 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.059 0.011 0.003 0.008 0.001 73 L 0.003 0.004 0.005 0.009 0.010 0.003 0.024 0.800 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.004 0.091 0.016 0.006 0.006 0.001 74 K 0.002 0.003 0.006 0.005 0.006 0.019 0.073 0.771 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.066 0.005 0.004 0.007 0.001 75 E 0.004 0.003 0.005 0.008 0.013 0.016 0.317 0.317 0.112 0.012 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.005 0.130 0.020 0.011 0.011 0.001 76 N 0.003 0.003 0.010 0.013 0.021 0.007 0.237 0.191 0.017 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.016 0.123 0.070 0.124 0.135 0.001 77 G 0.002 0.002 0.018 0.006 0.018 0.006 0.067 0.255 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.007 0.292 0.164 0.065 0.074 0.001 78 T 0.002 0.004 0.015 0.009 0.035 0.017 0.067 0.482 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.027 0.132 0.049 0.054 0.084 0.001 79 W 0.001 0.003 0.013 0.009 0.019 0.006 0.041 0.573 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 0.213 0.028 0.024 0.032 0.001 80 S 0.001 0.001 0.005 0.006 0.004 0.007 0.029 0.827 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.075 0.005 0.012 0.010 0.001 81 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.014 0.062 0.761 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.111 0.007 0.007 0.010 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.113 0.705 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.105 0.017 0.010 0.014 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.003 0.043 0.707 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.132 0.019 0.043 0.018 0.001 84 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.009 0.020 0.847 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.088 0.005 0.005 0.009 0.001 85 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.045 0.815 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.070 0.008 0.008 0.015 0.001 86 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.011 0.775 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.161 0.006 0.011 0.008 0.001 87 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.026 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.053 0.004 0.002 0.006 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.006 0.056 0.793 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.070 0.010 0.011 0.014 0.001 89 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.003 0.034 0.637 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.205 0.020 0.017 0.016 0.001 90 K 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.006 0.100 0.722 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.104 0.011 0.012 0.011 0.001 91 D 0.001 0.001 0.003 0.010 0.009 0.039 0.116 0.611 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.082 0.034 0.020 0.035 0.001 92 W 0.002 0.002 0.004 0.009 0.029 0.006 0.196 0.305 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.012 0.245 0.068 0.058 0.028 0.001 93 I 0.005 0.004 0.043 0.049 0.014 0.006 0.055 0.262 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.020 0.009 0.122 0.053 0.200 0.136 0.001 94 K 0.001 0.002 0.003 0.006 0.098 0.012 0.087 0.339 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.045 0.154 0.080 0.050 0.095 0.001 95 L 0.002 0.002 0.033 0.031 0.014 0.012 0.068 0.381 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.009 0.188 0.030 0.078 0.073 0.001 96 E 0.002 0.002 0.011 0.011 0.053 0.015 0.095 0.348 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.014 0.255 0.040 0.055 0.064 0.001 97 H 0.002 0.003 0.016 0.022 0.032 0.015 0.330 0.208 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.018 0.144 0.043 0.064 0.066 0.001 98 H 0.004 0.004 0.030 0.030 0.047 0.011 0.166 0.148 0.012 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.028 0.017 0.173 0.119 0.098 0.097 0.001 99 H 0.004 0.004 0.037 0.036 0.058 0.014 0.118 0.131 0.011 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.029 0.028 0.189 0.076 0.121 0.131 0.001 100 H 0.004 0.006 0.039 0.047 0.088 0.015 0.135 0.081 0.012 0.004 0.002 0.002 0.004 0.006 0.039 0.029 0.172 0.072 0.106 0.133 0.001 101 H 0.004 0.006 0.039 0.049 0.096 0.008 0.140 0.059 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.047 0.032 0.147 0.072 0.109 0.170 0.001 102 H 0.005 0.007 0.056 0.051 0.106 0.007 0.085 0.057 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.006 0.051 0.039 0.113 0.097 0.130 0.171 0.002