# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.010 0.735 0.001 0.019 0.046 0.001 0.001 0.002 0.119 0.060 0.002 0.008 2 N 0.001 0.018 0.765 0.001 0.024 0.098 0.001 0.001 0.001 0.045 0.046 0.001 0.003 3 K 0.001 0.004 0.458 0.001 0.064 0.372 0.001 0.001 0.001 0.034 0.065 0.001 0.001 4 D 0.001 0.001 0.184 0.002 0.103 0.524 0.001 0.001 0.001 0.056 0.128 0.001 0.001 5 K 0.001 0.004 0.097 0.001 0.097 0.554 0.001 0.001 0.005 0.030 0.203 0.004 0.004 6 L 0.002 0.010 0.240 0.001 0.038 0.577 0.001 0.002 0.021 0.037 0.053 0.005 0.014 7 R 0.001 0.015 0.111 0.010 0.041 0.716 0.001 0.007 0.017 0.032 0.032 0.006 0.010 8 Y 0.001 0.003 0.036 0.008 0.057 0.735 0.001 0.034 0.033 0.023 0.030 0.014 0.025 9 A 0.001 0.001 0.030 0.034 0.040 0.808 0.001 0.010 0.016 0.015 0.020 0.005 0.019 10 I 0.002 0.003 0.043 0.018 0.016 0.814 0.002 0.008 0.014 0.023 0.017 0.025 0.016 11 L 0.002 0.003 0.042 0.005 0.009 0.844 0.001 0.003 0.004 0.015 0.030 0.008 0.035 12 K 0.001 0.002 0.061 0.016 0.012 0.764 0.001 0.002 0.002 0.038 0.065 0.026 0.009 13 E 0.003 0.002 0.210 0.004 0.020 0.576 0.001 0.002 0.005 0.042 0.096 0.013 0.027 14 I 0.008 0.024 0.309 0.010 0.030 0.355 0.003 0.002 0.007 0.052 0.066 0.036 0.097 15 F 0.006 0.025 0.366 0.010 0.028 0.176 0.002 0.005 0.018 0.082 0.044 0.145 0.093 16 E 0.007 0.018 0.289 0.035 0.041 0.153 0.001 0.006 0.009 0.118 0.213 0.035 0.074 17 G 0.004 0.008 0.316 0.014 0.026 0.055 0.001 0.002 0.009 0.199 0.267 0.056 0.042 18 N 0.003 0.021 0.469 0.005 0.023 0.025 0.001 0.001 0.012 0.267 0.067 0.013 0.094 19 T 0.001 0.019 0.544 0.004 0.009 0.014 0.001 0.001 0.026 0.230 0.027 0.109 0.014 20 P 0.001 0.020 0.582 0.002 0.015 0.008 0.001 0.001 0.022 0.147 0.125 0.003 0.075 21 L 0.002 0.080 0.566 0.005 0.018 0.011 0.004 0.005 0.023 0.159 0.089 0.023 0.015 22 S 0.001 0.039 0.629 0.001 0.032 0.008 0.001 0.001 0.013 0.156 0.083 0.011 0.025 23 E 0.001 0.012 0.186 0.007 0.307 0.041 0.001 0.001 0.002 0.162 0.274 0.002 0.006 24 N 0.001 0.004 0.095 0.006 0.261 0.046 0.001 0.001 0.002 0.116 0.464 0.003 0.002 25 D 0.006 0.018 0.203 0.002 0.378 0.041 0.003 0.001 0.020 0.131 0.135 0.014 0.047 26 I 0.024 0.045 0.239 0.015 0.071 0.059 0.023 0.010 0.119 0.110 0.113 0.075 0.097 27 G 0.049 0.070 0.289 0.010 0.033 0.015 0.018 0.005 0.071 0.177 0.123 0.081 0.059 28 V 0.009 0.087 0.517 0.001 0.004 0.013 0.007 0.001 0.038 0.159 0.022 0.066 0.075 29 T 0.001 0.022 0.887 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.010 0.034 0.010 0.002 0.020 30 E 0.001 0.001 0.019 0.001 0.105 0.706 0.001 0.001 0.001 0.015 0.153 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.014 0.001 0.095 0.756 0.001 0.001 0.001 0.025 0.110 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.060 0.896 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.002 33 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 40 L 0.001 0.004 0.011 0.001 0.013 0.935 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.001 0.001 41 K 0.001 0.005 0.057 0.002 0.057 0.701 0.001 0.001 0.001 0.033 0.142 0.001 0.002 42 R 0.001 0.003 0.082 0.002 0.051 0.289 0.001 0.001 0.001 0.117 0.448 0.005 0.002 43 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.013 0.046 0.001 0.001 0.001 0.035 0.887 0.001 0.002 44 G 0.001 0.005 0.158 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.229 0.583 0.006 0.002 45 Y 0.010 0.015 0.787 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.013 0.062 0.019 0.033 0.050 46 I 0.066 0.024 0.212 0.003 0.002 0.002 0.017 0.002 0.045 0.016 0.008 0.131 0.471 47 I 0.123 0.005 0.085 0.253 0.009 0.003 0.032 0.003 0.043 0.022 0.006 0.291 0.126 48 G 0.354 0.002 0.030 0.019 0.003 0.001 0.060 0.001 0.037 0.007 0.005 0.122 0.359 49 V 0.301 0.003 0.042 0.012 0.001 0.001 0.083 0.002 0.023 0.004 0.002 0.331 0.195 50 H 0.132 0.009 0.031 0.004 0.001 0.001 0.043 0.002 0.024 0.006 0.003 0.251 0.495 51 Y 0.090 0.010 0.198 0.014 0.005 0.001 0.010 0.002 0.043 0.029 0.013 0.209 0.377 52 S 0.014 0.016 0.415 0.018 0.024 0.010 0.004 0.001 0.020 0.091 0.206 0.045 0.137 53 D 0.001 0.006 0.202 0.017 0.053 0.010 0.001 0.001 0.003 0.255 0.429 0.011 0.014 54 D 0.001 0.012 0.241 0.009 0.027 0.011 0.001 0.001 0.003 0.401 0.273 0.010 0.011 55 R 0.002 0.012 0.580 0.007 0.013 0.008 0.001 0.001 0.003 0.276 0.048 0.035 0.016 56 P 0.004 0.022 0.518 0.022 0.031 0.021 0.001 0.001 0.008 0.122 0.130 0.008 0.113 57 H 0.036 0.045 0.207 0.016 0.038 0.031 0.013 0.010 0.024 0.081 0.080 0.374 0.047 58 L 0.062 0.021 0.160 0.033 0.045 0.039 0.031 0.033 0.025 0.035 0.035 0.054 0.427 59 Y 0.076 0.030 0.183 0.080 0.049 0.059 0.023 0.031 0.034 0.036 0.031 0.267 0.101 60 K 0.049 0.018 0.202 0.009 0.036 0.068 0.008 0.013 0.052 0.049 0.028 0.111 0.355 61 L 0.011 0.012 0.263 0.185 0.034 0.064 0.002 0.003 0.013 0.225 0.068 0.071 0.049 62 G 0.003 0.003 0.496 0.047 0.015 0.026 0.001 0.001 0.005 0.275 0.053 0.050 0.026 63 P 0.002 0.006 0.605 0.022 0.022 0.038 0.001 0.001 0.010 0.118 0.078 0.005 0.092 64 E 0.018 0.050 0.182 0.003 0.021 0.061 0.016 0.017 0.065 0.102 0.060 0.376 0.029 65 L 0.011 0.043 0.313 0.002 0.042 0.152 0.016 0.020 0.064 0.080 0.054 0.014 0.188 66 T 0.005 0.026 0.441 0.016 0.040 0.241 0.006 0.005 0.054 0.078 0.029 0.035 0.024 67 E 0.004 0.009 0.146 0.002 0.065 0.589 0.002 0.002 0.039 0.045 0.056 0.011 0.031 68 K 0.001 0.007 0.103 0.001 0.048 0.533 0.001 0.001 0.004 0.094 0.193 0.009 0.006 69 G 0.001 0.005 0.127 0.002 0.043 0.445 0.001 0.001 0.003 0.093 0.271 0.001 0.007 70 E 0.001 0.005 0.065 0.001 0.061 0.784 0.001 0.001 0.001 0.024 0.058 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.102 0.782 0.001 0.001 0.001 0.010 0.087 0.001 0.001 72 Y 0.001 0.001 0.025 0.001 0.106 0.753 0.001 0.001 0.001 0.012 0.101 0.001 0.001 73 L 0.001 0.008 0.125 0.001 0.134 0.644 0.001 0.001 0.007 0.019 0.057 0.001 0.004 74 K 0.001 0.007 0.128 0.001 0.074 0.645 0.001 0.001 0.002 0.051 0.085 0.005 0.001 75 E 0.001 0.003 0.050 0.001 0.046 0.560 0.001 0.001 0.001 0.057 0.282 0.001 0.002 76 N 0.001 0.009 0.297 0.001 0.017 0.351 0.001 0.001 0.002 0.168 0.149 0.003 0.002 77 G 0.001 0.004 0.068 0.001 0.027 0.792 0.001 0.001 0.001 0.030 0.076 0.001 0.002 78 T 0.001 0.010 0.022 0.001 0.023 0.867 0.001 0.001 0.001 0.033 0.043 0.001 0.001 79 W 0.001 0.001 0.016 0.001 0.022 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 86 I 0.001 0.002 0.010 0.001 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 87 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.036 0.001 0.012 0.912 0.001 0.001 0.003 0.008 0.024 0.001 0.001 90 K 0.001 0.002 0.028 0.001 0.042 0.847 0.001 0.001 0.001 0.006 0.071 0.001 0.002 91 D 0.001 0.002 0.049 0.002 0.053 0.680 0.001 0.001 0.001 0.044 0.164 0.004 0.001 92 W 0.001 0.005 0.144 0.001 0.070 0.545 0.001 0.006 0.025 0.061 0.127 0.001 0.013 93 I 0.003 0.046 0.361 0.003 0.021 0.175 0.004 0.012 0.088 0.162 0.058 0.056 0.010 94 K 0.002 0.051 0.467 0.009 0.040 0.155 0.002 0.009 0.047 0.089 0.049 0.006 0.075 95 L 0.002 0.017 0.247 0.009 0.115 0.353 0.002 0.015 0.049 0.088 0.072 0.013 0.017 96 E 0.005 0.017 0.198 0.005 0.129 0.307 0.004 0.024 0.056 0.077 0.113 0.030 0.036 97 H 0.002 0.016 0.209 0.007 0.154 0.273 0.002 0.009 0.048 0.111 0.122 0.008 0.037 98 H 0.002 0.027 0.229 0.008 0.158 0.254 0.001 0.004 0.025 0.086 0.193 0.006 0.008 99 H 0.002 0.015 0.253 0.003 0.162 0.146 0.001 0.004 0.013 0.107 0.271 0.010 0.013 100 H 0.003 0.026 0.231 0.002 0.107 0.104 0.002 0.003 0.007 0.132 0.349 0.012 0.023 101 H 0.002 0.046 0.413 0.002 0.059 0.068 0.001 0.001 0.006 0.172 0.208 0.005 0.016 102 H 0.001 0.011 0.627 0.001 0.023 0.029 0.001 0.001 0.003 0.260 0.038 0.004 0.003