# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0327/T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.034 0.084 0.075 0.004 0.038 0.009 0.009 0.003 0.004 0.069 0.114 0.479 0.005 0.006 0.027 2 N 0.005 0.007 0.016 0.012 0.003 0.141 0.005 0.004 0.001 0.002 0.065 0.095 0.631 0.003 0.005 0.005 3 K 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.138 0.061 0.750 0.003 0.002 0.003 4 D 0.001 0.011 0.002 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.221 0.729 0.001 0.003 0.001 5 K 0.003 0.003 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.904 0.001 0.001 0.037 6 L 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.946 0.001 0.001 0.001 7 R 0.001 0.006 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.001 0.002 0.001 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 9 A 0.001 0.004 0.030 0.035 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.875 0.004 0.002 0.034 10 I 0.003 0.006 0.031 0.048 0.007 0.044 0.025 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.759 0.047 0.007 0.011 11 L 0.002 0.045 0.049 0.043 0.009 0.058 0.037 0.016 0.001 0.001 0.034 0.006 0.551 0.073 0.044 0.031 12 K 0.005 0.051 0.034 0.050 0.003 0.032 0.016 0.025 0.008 0.004 0.065 0.028 0.503 0.015 0.095 0.066 13 E 0.051 0.032 0.080 0.022 0.006 0.022 0.049 0.005 0.015 0.006 0.057 0.050 0.395 0.042 0.018 0.150 14 I 0.081 0.076 0.187 0.048 0.006 0.033 0.030 0.014 0.005 0.001 0.043 0.084 0.283 0.018 0.050 0.041 15 F 0.010 0.018 0.095 0.015 0.134 0.050 0.283 0.004 0.004 0.004 0.026 0.024 0.099 0.192 0.008 0.036 16 E 0.017 0.088 0.088 0.052 0.023 0.019 0.102 0.191 0.003 0.002 0.046 0.028 0.059 0.036 0.230 0.016 17 G 0.009 0.064 0.060 0.066 0.004 0.053 0.020 0.054 0.172 0.089 0.019 0.042 0.055 0.005 0.079 0.209 18 N 0.355 0.128 0.169 0.130 0.001 0.005 0.007 0.003 0.042 0.008 0.011 0.012 0.018 0.001 0.007 0.102 19 T 0.245 0.020 0.374 0.120 0.002 0.146 0.011 0.001 0.003 0.005 0.006 0.040 0.016 0.001 0.002 0.008 20 P 0.023 0.092 0.373 0.182 0.011 0.146 0.006 0.004 0.002 0.001 0.125 0.007 0.016 0.002 0.001 0.011 21 L 0.005 0.233 0.044 0.662 0.002 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.030 0.003 0.001 0.001 0.002 22 S 0.001 0.002 0.007 0.013 0.010 0.936 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 23 E 0.001 0.008 0.002 0.003 0.002 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 0.956 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 24 N 0.001 0.039 0.003 0.011 0.001 0.003 0.001 0.007 0.007 0.001 0.006 0.896 0.008 0.001 0.016 0.001 25 D 0.018 0.009 0.075 0.013 0.013 0.005 0.157 0.001 0.025 0.004 0.005 0.006 0.086 0.183 0.012 0.390 26 I 0.080 0.022 0.545 0.038 0.001 0.006 0.035 0.032 0.002 0.001 0.006 0.008 0.045 0.002 0.154 0.025 27 G 0.031 0.037 0.358 0.103 0.003 0.042 0.013 0.003 0.048 0.043 0.006 0.005 0.031 0.002 0.002 0.271 28 V 0.324 0.054 0.083 0.477 0.003 0.013 0.004 0.002 0.001 0.002 0.010 0.007 0.011 0.001 0.001 0.007 29 T 0.002 0.007 0.020 0.023 0.005 0.901 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.016 0.014 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.007 0.002 0.004 0.001 0.054 0.001 0.003 0.001 0.001 0.897 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 31 D 0.001 0.022 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.924 0.019 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.004 0.002 0.014 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.027 0.081 0.806 0.002 0.002 0.038 33 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.040 0.902 0.001 0.001 0.001 34 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.064 0.908 0.001 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.973 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.005 0.001 0.014 40 L 0.001 0.001 0.029 0.006 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.010 0.015 0.013 41 K 0.001 0.002 0.013 0.002 0.006 0.019 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.887 0.022 0.009 0.016 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.935 0.001 0.002 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.978 0.001 44 G 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.944 45 Y 0.940 0.005 0.034 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 I 0.010 0.001 0.298 0.025 0.064 0.570 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 47 I 0.001 0.685 0.018 0.161 0.001 0.007 0.001 0.104 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 48 G 0.001 0.007 0.004 0.859 0.001 0.010 0.001 0.001 0.088 0.007 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 49 V 0.139 0.009 0.564 0.263 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 50 H 0.003 0.012 0.101 0.767 0.013 0.087 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 51 Y 0.005 0.035 0.020 0.426 0.214 0.255 0.006 0.007 0.001 0.002 0.021 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 52 S 0.003 0.204 0.008 0.156 0.078 0.313 0.009 0.067 0.006 0.010 0.105 0.029 0.005 0.004 0.002 0.001 53 D 0.007 0.123 0.016 0.075 0.010 0.146 0.006 0.106 0.063 0.029 0.241 0.124 0.018 0.002 0.023 0.010 54 D 0.041 0.403 0.096 0.089 0.001 0.011 0.004 0.008 0.080 0.009 0.048 0.099 0.025 0.002 0.011 0.071 55 R 0.217 0.026 0.366 0.120 0.005 0.074 0.020 0.002 0.008 0.004 0.013 0.058 0.054 0.003 0.005 0.025 56 P 0.023 0.051 0.562 0.120 0.003 0.097 0.004 0.010 0.001 0.001 0.051 0.012 0.057 0.001 0.002 0.006 57 H 0.008 0.171 0.052 0.472 0.007 0.091 0.004 0.005 0.010 0.002 0.045 0.064 0.057 0.003 0.001 0.008 58 L 0.013 0.039 0.119 0.590 0.012 0.038 0.007 0.007 0.003 0.001 0.026 0.029 0.104 0.002 0.005 0.006 59 Y 0.007 0.022 0.198 0.397 0.030 0.092 0.010 0.014 0.004 0.005 0.027 0.020 0.149 0.004 0.004 0.016 60 K 0.016 0.034 0.044 0.218 0.284 0.084 0.066 0.017 0.004 0.005 0.051 0.014 0.067 0.077 0.003 0.014 61 L 0.010 0.167 0.068 0.321 0.005 0.031 0.007 0.180 0.007 0.004 0.019 0.026 0.039 0.002 0.105 0.010 62 G 0.018 0.048 0.103 0.245 0.004 0.137 0.009 0.006 0.102 0.091 0.020 0.024 0.079 0.001 0.005 0.109 63 P 0.389 0.050 0.095 0.201 0.002 0.044 0.004 0.004 0.003 0.002 0.110 0.030 0.056 0.001 0.001 0.008 64 E 0.015 0.119 0.175 0.468 0.004 0.053 0.003 0.002 0.004 0.001 0.021 0.090 0.036 0.002 0.001 0.007 65 L 0.007 0.032 0.085 0.569 0.014 0.112 0.008 0.003 0.001 0.001 0.018 0.023 0.119 0.001 0.003 0.006 66 T 0.002 0.030 0.022 0.056 0.031 0.516 0.007 0.007 0.001 0.003 0.062 0.031 0.226 0.002 0.001 0.003 67 E 0.004 0.026 0.008 0.021 0.042 0.032 0.024 0.020 0.002 0.003 0.544 0.069 0.140 0.058 0.003 0.003 68 K 0.003 0.021 0.010 0.019 0.001 0.029 0.001 0.097 0.005 0.004 0.035 0.348 0.221 0.001 0.201 0.004 69 G 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.009 0.009 0.072 0.023 0.762 0.003 0.001 0.098 70 E 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.143 0.758 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.051 0.929 0.001 0.002 0.001 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.970 0.002 0.001 0.007 73 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.976 0.001 0.002 0.001 74 K 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.946 0.020 0.003 0.009 75 E 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.589 0.291 0.037 0.038 76 N 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.749 0.002 0.171 0.024 77 G 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.030 0.876 0.001 0.001 0.044 78 T 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.092 0.806 0.001 0.001 0.001 79 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.086 0.882 0.001 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.060 0.933 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 0.002 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 87 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 88 E 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.950 0.013 0.001 0.021 89 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.954 0.004 0.009 0.003 90 K 0.001 0.008 0.007 0.002 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.912 0.015 0.004 0.009 91 D 0.004 0.010 0.005 0.015 0.001 0.012 0.011 0.002 0.001 0.001 0.014 0.019 0.845 0.006 0.041 0.015 92 W 0.010 0.045 0.096 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.001 0.004 0.008 0.225 0.012 0.015 0.544 93 I 0.120 0.012 0.417 0.134 0.001 0.011 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.207 0.005 0.009 0.040 94 K 0.014 0.026 0.362 0.108 0.012 0.244 0.019 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.178 0.004 0.002 0.014 95 L 0.006 0.091 0.018 0.200 0.024 0.194 0.012 0.011 0.002 0.002 0.297 0.018 0.109 0.008 0.003 0.007 96 E 0.007 0.206 0.054 0.179 0.027 0.047 0.021 0.028 0.015 0.003 0.047 0.237 0.087 0.015 0.015 0.011 97 H 0.014 0.039 0.106 0.160 0.021 0.087 0.037 0.035 0.019 0.011 0.052 0.050 0.281 0.013 0.036 0.038 98 H 0.032 0.070 0.187 0.102 0.022 0.058 0.044 0.029 0.018 0.012 0.079 0.054 0.186 0.021 0.024 0.063 99 H 0.061 0.057 0.107 0.136 0.024 0.080 0.041 0.037 0.018 0.012 0.068 0.084 0.184 0.021 0.032 0.039 100 H 0.035 0.076 0.159 0.125 0.039 0.067 0.051 0.027 0.022 0.014 0.064 0.061 0.149 0.029 0.025 0.055 101 H 0.044 0.074 0.116 0.124 0.049 0.089 0.065 0.038 0.017 0.013 0.054 0.072 0.141 0.030 0.034 0.041 102 H 0.032 0.079 0.121 0.091 0.027 0.108 0.043 0.058 0.021 0.019 0.090 0.071 0.138 0.017 0.042 0.042