# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.620 0.008 0.010 0.013 0.017 0.036 0.006 0.002 0.059 0.202 2 N 0.020 0.903 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.014 0.045 3 K 0.016 0.919 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.017 0.032 4 D 0.008 0.929 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.017 0.026 5 K 0.003 0.956 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.020 6 L 0.004 0.970 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.012 7 R 0.008 0.952 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.012 0.012 8 Y 0.012 0.873 0.004 0.004 0.003 0.005 0.008 0.003 0.002 0.047 0.040 9 A 0.056 0.430 0.162 0.007 0.008 0.008 0.025 0.012 0.067 0.145 0.081 10 I 0.317 0.302 0.030 0.005 0.008 0.011 0.038 0.030 0.018 0.072 0.167 11 L 0.177 0.160 0.005 0.005 0.006 0.013 0.049 0.012 0.005 0.032 0.536 12 K 0.072 0.060 0.006 0.010 0.006 0.020 0.069 0.002 0.002 0.025 0.726 13 E 0.019 0.016 0.007 0.015 0.024 0.076 0.079 0.003 0.002 0.046 0.713 14 I 0.065 0.008 0.006 0.016 0.021 0.039 0.080 0.004 0.002 0.065 0.693 15 F 0.286 0.005 0.002 0.019 0.011 0.016 0.059 0.005 0.001 0.074 0.522 16 E 0.068 0.001 0.001 0.009 0.003 0.007 0.079 0.001 0.001 0.024 0.807 17 G 0.007 0.001 0.001 0.008 0.006 0.012 0.097 0.002 0.001 0.014 0.853 18 N 0.013 0.002 0.001 0.013 0.012 0.016 0.139 0.003 0.001 0.022 0.781 19 T 0.019 0.001 0.001 0.025 0.042 0.048 0.178 0.005 0.001 0.056 0.625 20 P 0.033 0.004 0.001 0.039 0.028 0.038 0.131 0.001 0.001 0.049 0.675 21 L 0.010 0.002 0.002 0.058 0.025 0.061 0.162 0.002 0.001 0.035 0.641 22 S 0.539 0.052 0.002 0.023 0.016 0.024 0.071 0.011 0.002 0.066 0.195 23 E 0.209 0.016 0.005 0.028 0.007 0.016 0.126 0.005 0.002 0.077 0.510 24 N 0.015 0.006 0.001 0.029 0.039 0.116 0.129 0.004 0.001 0.038 0.622 25 D 0.028 0.009 0.001 0.058 0.074 0.185 0.122 0.002 0.001 0.075 0.447 26 I 0.007 0.003 0.001 0.072 0.194 0.165 0.092 0.001 0.001 0.038 0.428 27 G 0.008 0.004 0.001 0.044 0.204 0.278 0.072 0.001 0.001 0.040 0.349 28 V 0.004 0.009 0.001 0.045 0.107 0.108 0.082 0.002 0.001 0.023 0.618 29 T 0.147 0.619 0.002 0.009 0.016 0.021 0.028 0.019 0.001 0.033 0.107 30 E 0.166 0.620 0.002 0.005 0.002 0.003 0.017 0.004 0.001 0.037 0.144 31 D 0.015 0.294 0.003 0.015 0.009 0.015 0.063 0.003 0.001 0.190 0.392 32 Q 0.010 0.756 0.002 0.003 0.005 0.005 0.015 0.003 0.001 0.145 0.058 33 F 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 0.018 34 D 0.013 0.471 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.460 0.040 35 D 0.002 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.059 0.025 36 A 0.005 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.003 0.009 37 V 0.012 0.941 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.011 0.016 38 N 0.046 0.795 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.021 0.118 39 F 0.025 0.497 0.044 0.002 0.001 0.001 0.040 0.012 0.028 0.158 0.191 40 L 0.145 0.044 0.321 0.002 0.001 0.001 0.036 0.022 0.194 0.127 0.109 41 K 0.401 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.062 0.008 0.006 0.050 0.457 42 R 0.055 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.065 0.001 0.001 0.015 0.855 43 E 0.008 0.002 0.001 0.017 0.001 0.005 0.152 0.001 0.001 0.021 0.791 44 G 0.004 0.001 0.001 0.043 0.027 0.083 0.135 0.002 0.001 0.078 0.625 45 Y 0.012 0.002 0.001 0.130 0.067 0.120 0.085 0.002 0.001 0.114 0.468 46 I 0.007 0.001 0.001 0.250 0.050 0.082 0.066 0.001 0.001 0.058 0.484 47 I 0.003 0.001 0.001 0.335 0.138 0.224 0.041 0.001 0.001 0.068 0.188 48 G 0.004 0.001 0.001 0.193 0.087 0.153 0.070 0.001 0.001 0.051 0.440 49 V 0.001 0.001 0.001 0.196 0.261 0.221 0.048 0.001 0.001 0.029 0.243 50 H 0.009 0.001 0.001 0.223 0.085 0.164 0.098 0.001 0.001 0.051 0.367 51 Y 0.034 0.001 0.002 0.075 0.072 0.112 0.095 0.005 0.002 0.059 0.544 52 S 0.409 0.004 0.001 0.022 0.011 0.013 0.071 0.003 0.001 0.052 0.413 53 D 0.019 0.001 0.001 0.012 0.005 0.012 0.124 0.001 0.001 0.027 0.798 54 D 0.016 0.008 0.001 0.014 0.014 0.021 0.115 0.003 0.001 0.017 0.791 55 R 0.062 0.013 0.001 0.026 0.110 0.097 0.144 0.015 0.001 0.069 0.462 56 P 0.016 0.032 0.001 0.053 0.081 0.135 0.102 0.004 0.001 0.058 0.517 57 H 0.017 0.017 0.002 0.103 0.184 0.366 0.056 0.003 0.001 0.067 0.183 58 L 0.019 0.006 0.004 0.160 0.144 0.167 0.081 0.001 0.001 0.052 0.364 59 Y 0.047 0.004 0.002 0.172 0.170 0.268 0.065 0.002 0.001 0.083 0.185 60 K 0.038 0.003 0.002 0.117 0.064 0.143 0.109 0.002 0.001 0.063 0.459 61 L 0.055 0.015 0.002 0.057 0.041 0.084 0.136 0.007 0.001 0.029 0.573 62 G 0.071 0.023 0.002 0.025 0.045 0.049 0.141 0.013 0.001 0.078 0.553 63 P 0.016 0.032 0.001 0.045 0.090 0.140 0.125 0.008 0.001 0.058 0.486 64 E 0.042 0.057 0.004 0.069 0.101 0.191 0.086 0.004 0.002 0.079 0.365 65 L 0.023 0.027 0.025 0.084 0.106 0.094 0.078 0.004 0.008 0.058 0.494 66 T 0.309 0.059 0.003 0.035 0.035 0.055 0.072 0.012 0.002 0.085 0.332 67 E 0.290 0.057 0.003 0.027 0.010 0.015 0.059 0.006 0.002 0.100 0.432 68 K 0.015 0.169 0.003 0.024 0.005 0.012 0.093 0.002 0.001 0.014 0.661 69 G 0.019 0.616 0.002 0.006 0.017 0.022 0.040 0.014 0.001 0.006 0.258 70 E 0.052 0.662 0.001 0.008 0.047 0.024 0.023 0.013 0.001 0.017 0.152 71 N 0.027 0.690 0.004 0.014 0.021 0.025 0.027 0.007 0.002 0.054 0.129 72 Y 0.106 0.396 0.030 0.022 0.021 0.027 0.049 0.016 0.010 0.157 0.167 73 L 0.212 0.269 0.023 0.031 0.010 0.012 0.069 0.018 0.011 0.105 0.240 74 K 0.136 0.037 0.004 0.023 0.015 0.020 0.094 0.005 0.002 0.238 0.426 75 E 0.018 0.174 0.004 0.026 0.005 0.014 0.070 0.004 0.001 0.062 0.623 76 N 0.058 0.204 0.007 0.010 0.011 0.021 0.073 0.010 0.002 0.119 0.484 77 G 0.031 0.519 0.009 0.012 0.014 0.024 0.046 0.009 0.003 0.089 0.246 78 T 0.063 0.732 0.002 0.003 0.005 0.009 0.023 0.005 0.001 0.017 0.142 79 W 0.051 0.759 0.007 0.008 0.007 0.011 0.016 0.014 0.002 0.013 0.111 80 S 0.094 0.638 0.002 0.009 0.005 0.010 0.035 0.008 0.001 0.039 0.159 81 K 0.049 0.270 0.013 0.023 0.016 0.017 0.076 0.006 0.004 0.291 0.234 82 A 0.034 0.596 0.007 0.021 0.009 0.013 0.059 0.011 0.002 0.045 0.203 83 Y 0.108 0.465 0.008 0.025 0.012 0.017 0.047 0.009 0.003 0.100 0.207 84 K 0.028 0.458 0.007 0.035 0.025 0.024 0.069 0.006 0.002 0.090 0.258 85 T 0.007 0.824 0.001 0.003 0.003 0.006 0.017 0.005 0.001 0.006 0.126 86 I 0.038 0.846 0.004 0.003 0.003 0.004 0.007 0.015 0.001 0.022 0.057 87 K 0.024 0.806 0.007 0.004 0.002 0.002 0.012 0.004 0.004 0.062 0.074 88 E 0.081 0.505 0.085 0.004 0.003 0.005 0.034 0.010 0.038 0.095 0.140 89 I 0.273 0.346 0.045 0.008 0.005 0.006 0.027 0.060 0.019 0.053 0.159 90 K 0.357 0.041 0.003 0.006 0.004 0.005 0.063 0.008 0.003 0.046 0.464 91 D 0.027 0.030 0.001 0.026 0.006 0.016 0.096 0.002 0.001 0.020 0.775 92 W 0.017 0.035 0.004 0.019 0.005 0.015 0.099 0.001 0.001 0.026 0.778 93 I 0.045 0.029 0.005 0.024 0.078 0.064 0.142 0.019 0.002 0.074 0.517 94 K 0.115 0.079 0.004 0.021 0.012 0.024 0.090 0.006 0.003 0.039 0.607 95 L 0.210 0.039 0.003 0.018 0.020 0.031 0.072 0.012 0.001 0.053 0.540 96 E 0.091 0.043 0.002 0.031 0.016 0.034 0.098 0.004 0.001 0.046 0.633 97 H 0.029 0.025 0.005 0.031 0.013 0.030 0.096 0.003 0.002 0.029 0.737 98 H 0.114 0.021 0.004 0.028 0.035 0.037 0.082 0.009 0.002 0.062 0.606 99 H 0.098 0.006 0.001 0.012 0.013 0.016 0.081 0.004 0.001 0.041 0.727 100 H 0.042 0.006 0.001 0.013 0.013 0.020 0.100 0.002 0.001 0.030 0.774 101 H 0.024 0.008 0.001 0.012 0.012 0.019 0.122 0.002 0.001 0.026 0.773 102 H 0.036 0.010 0.001 0.012 0.026 0.030 0.148 0.008 0.001 0.042 0.687