# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.002 0.981 2 N 0.016 0.017 0.033 0.553 0.003 0.035 0.342 3 K 0.005 0.002 0.042 0.796 0.027 0.044 0.083 4 D 0.004 0.001 0.033 0.867 0.018 0.053 0.024 5 K 0.003 0.001 0.016 0.914 0.011 0.033 0.022 6 L 0.004 0.003 0.006 0.938 0.010 0.019 0.020 7 R 0.007 0.001 0.006 0.950 0.009 0.015 0.012 8 Y 0.013 0.001 0.007 0.949 0.008 0.014 0.009 9 A 0.008 0.002 0.011 0.944 0.008 0.015 0.011 10 I 0.010 0.006 0.012 0.908 0.010 0.039 0.015 11 L 0.006 0.001 0.014 0.807 0.021 0.119 0.031 12 K 0.003 0.001 0.017 0.439 0.034 0.465 0.041 13 E 0.007 0.005 0.028 0.179 0.104 0.443 0.234 14 I 0.017 0.026 0.069 0.092 0.168 0.107 0.522 15 F 0.032 0.035 0.101 0.096 0.213 0.111 0.412 16 E 0.023 0.013 0.063 0.077 0.243 0.205 0.376 17 G 0.022 0.015 0.044 0.036 0.186 0.179 0.519 18 N 0.028 0.017 0.089 0.033 0.229 0.210 0.394 19 T 0.050 0.021 0.095 0.023 0.217 0.151 0.442 20 P 0.095 0.033 0.099 0.023 0.209 0.145 0.396 21 L 0.120 0.083 0.024 0.013 0.225 0.063 0.473 22 S 0.086 0.047 0.008 0.008 0.136 0.022 0.694 23 E 0.016 0.009 0.539 0.167 0.060 0.155 0.053 24 N 0.006 0.003 0.509 0.174 0.041 0.241 0.025 25 D 0.010 0.007 0.482 0.150 0.062 0.248 0.042 26 I 0.108 0.020 0.077 0.213 0.148 0.124 0.310 27 G 0.216 0.043 0.028 0.056 0.101 0.136 0.419 28 V 0.396 0.163 0.016 0.031 0.137 0.030 0.226 29 T 0.164 0.030 0.009 0.029 0.094 0.019 0.655 30 E 0.004 0.001 0.177 0.666 0.039 0.084 0.029 31 D 0.001 0.001 0.157 0.717 0.030 0.083 0.012 32 Q 0.002 0.003 0.116 0.788 0.015 0.054 0.022 33 F 0.001 0.001 0.014 0.970 0.003 0.007 0.006 34 D 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.006 0.003 35 D 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 36 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.009 0.003 41 K 0.003 0.001 0.007 0.955 0.003 0.023 0.008 42 R 0.008 0.002 0.020 0.818 0.018 0.119 0.016 43 E 0.001 0.001 0.007 0.046 0.012 0.933 0.002 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.965 0.008 45 Y 0.295 0.009 0.002 0.001 0.070 0.019 0.604 46 I 0.894 0.028 0.001 0.001 0.003 0.003 0.072 47 I 0.917 0.001 0.003 0.001 0.012 0.016 0.049 48 G 0.921 0.002 0.002 0.001 0.023 0.013 0.039 49 V 0.916 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.075 50 H 0.903 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.082 51 Y 0.655 0.022 0.002 0.001 0.021 0.011 0.288 52 S 0.333 0.016 0.012 0.001 0.148 0.148 0.342 53 D 0.074 0.005 0.015 0.003 0.353 0.448 0.102 54 D 0.092 0.006 0.017 0.003 0.318 0.347 0.219 55 R 0.228 0.023 0.009 0.004 0.264 0.052 0.421 56 P 0.554 0.051 0.010 0.006 0.070 0.020 0.289 57 H 0.742 0.030 0.011 0.007 0.031 0.017 0.163 58 L 0.819 0.018 0.012 0.010 0.025 0.021 0.094 59 Y 0.797 0.014 0.010 0.012 0.026 0.035 0.106 60 K 0.640 0.012 0.014 0.020 0.061 0.125 0.127 61 L 0.297 0.015 0.017 0.039 0.206 0.245 0.182 62 G 0.144 0.008 0.015 0.043 0.351 0.119 0.319 63 P 0.199 0.013 0.038 0.145 0.175 0.152 0.279 64 E 0.491 0.060 0.032 0.131 0.060 0.079 0.146 65 L 0.475 0.053 0.043 0.138 0.067 0.054 0.169 66 T 0.400 0.016 0.020 0.194 0.074 0.042 0.254 67 E 0.022 0.002 0.050 0.837 0.025 0.045 0.019 68 K 0.009 0.003 0.037 0.808 0.029 0.087 0.026 69 G 0.003 0.001 0.028 0.898 0.009 0.053 0.008 70 E 0.001 0.001 0.023 0.956 0.004 0.010 0.006 71 N 0.002 0.001 0.025 0.951 0.003 0.016 0.004 72 Y 0.001 0.001 0.029 0.931 0.003 0.032 0.004 73 L 0.003 0.003 0.018 0.912 0.016 0.038 0.010 74 K 0.003 0.002 0.025 0.831 0.024 0.091 0.024 75 E 0.001 0.001 0.010 0.772 0.042 0.150 0.023 76 N 0.001 0.001 0.011 0.673 0.051 0.204 0.058 77 G 0.002 0.009 0.012 0.591 0.074 0.201 0.111 78 T 0.002 0.003 0.013 0.720 0.059 0.068 0.135 79 W 0.001 0.001 0.010 0.921 0.024 0.016 0.027 80 S 0.001 0.001 0.005 0.963 0.011 0.010 0.010 81 K 0.001 0.001 0.002 0.979 0.004 0.007 0.007 82 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.004 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.012 0.003 84 K 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.016 0.003 85 T 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.032 0.004 86 I 0.001 0.001 0.001 0.966 0.006 0.021 0.005 87 K 0.001 0.001 0.004 0.958 0.008 0.020 0.008 88 E 0.001 0.001 0.008 0.927 0.006 0.049 0.009 89 I 0.001 0.002 0.024 0.875 0.010 0.047 0.041 90 K 0.002 0.001 0.119 0.766 0.008 0.094 0.010 91 D 0.002 0.001 0.084 0.640 0.016 0.242 0.016 92 W 0.005 0.004 0.090 0.581 0.049 0.204 0.066 93 I 0.028 0.033 0.016 0.247 0.288 0.068 0.320 94 K 0.059 0.019 0.016 0.073 0.108 0.083 0.643 95 L 0.044 0.025 0.116 0.277 0.123 0.162 0.253 96 E 0.044 0.010 0.149 0.203 0.152 0.139 0.303 97 H 0.041 0.013 0.197 0.218 0.132 0.154 0.245 98 H 0.047 0.017 0.114 0.221 0.162 0.153 0.286 99 H 0.046 0.016 0.065 0.136 0.189 0.235 0.311 100 H 0.037 0.016 0.031 0.102 0.222 0.198 0.394 101 H 0.023 0.018 0.013 0.051 0.014 0.125 0.757 102 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998