# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.061 0.028 0.007 0.054 0.006 0.030 0.593 0.123 0.044 0.020 2 N 0.019 0.031 0.013 0.004 0.018 0.004 0.007 0.668 0.164 0.061 0.010 3 K 0.005 0.007 0.003 0.003 0.009 0.005 0.011 0.753 0.185 0.015 0.003 4 D 0.002 0.007 0.004 0.002 0.004 0.002 0.009 0.880 0.085 0.004 0.001 5 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.848 0.102 0.030 0.002 6 L 0.007 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.841 0.113 0.011 0.003 7 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.890 0.083 0.005 0.001 8 Y 0.004 0.005 0.004 0.002 0.009 0.003 0.008 0.880 0.067 0.015 0.003 9 A 0.009 0.010 0.003 0.003 0.017 0.003 0.014 0.849 0.074 0.015 0.003 10 I 0.013 0.018 0.007 0.002 0.019 0.003 0.020 0.738 0.146 0.028 0.007 11 L 0.008 0.034 0.011 0.008 0.017 0.017 0.104 0.682 0.091 0.026 0.004 12 K 0.022 0.371 0.160 0.052 0.080 0.031 0.060 0.108 0.041 0.061 0.015 13 E 0.093 0.041 0.028 0.020 0.054 0.012 0.019 0.076 0.067 0.363 0.228 14 I 0.078 0.195 0.049 0.015 0.182 0.027 0.058 0.166 0.116 0.076 0.038 15 F 0.133 0.160 0.058 0.027 0.262 0.019 0.032 0.126 0.056 0.077 0.050 16 E 0.059 0.120 0.055 0.062 0.099 0.120 0.131 0.135 0.085 0.098 0.034 17 G 0.097 0.172 0.135 0.069 0.233 0.019 0.020 0.061 0.048 0.100 0.044 18 N 0.068 0.063 0.031 0.039 0.080 0.039 0.069 0.132 0.190 0.225 0.063 19 T 0.051 0.288 0.215 0.026 0.196 0.009 0.017 0.064 0.056 0.053 0.024 20 P 0.160 0.205 0.062 0.006 0.277 0.005 0.016 0.092 0.063 0.069 0.045 21 L 0.128 0.250 0.074 0.012 0.280 0.019 0.048 0.060 0.031 0.050 0.047 22 S 0.105 0.345 0.165 0.026 0.237 0.009 0.008 0.024 0.020 0.029 0.031 23 E 0.016 0.026 0.014 0.019 0.031 0.015 0.024 0.290 0.503 0.051 0.011 24 N 0.004 0.013 0.013 0.015 0.007 0.030 0.103 0.409 0.352 0.051 0.004 25 D 0.032 0.039 0.007 0.006 0.048 0.011 0.045 0.118 0.220 0.436 0.039 26 I 0.154 0.200 0.026 0.005 0.362 0.005 0.008 0.040 0.056 0.076 0.068 27 G 0.142 0.147 0.101 0.016 0.248 0.008 0.014 0.026 0.045 0.127 0.127 28 V 0.134 0.324 0.099 0.008 0.267 0.004 0.007 0.027 0.024 0.047 0.060 29 T 0.028 0.436 0.334 0.035 0.096 0.007 0.007 0.013 0.008 0.023 0.012 30 E 0.018 0.037 0.021 0.022 0.049 0.014 0.016 0.466 0.316 0.032 0.010 31 D 0.001 0.005 0.003 0.003 0.003 0.007 0.019 0.744 0.192 0.021 0.003 32 Q 0.004 0.022 0.004 0.001 0.012 0.001 0.013 0.739 0.121 0.082 0.003 33 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.124 0.018 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.927 0.062 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.033 0.002 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.043 0.003 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.083 0.005 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.054 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.949 0.033 0.007 0.001 40 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.909 0.057 0.010 0.001 41 K 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.026 0.773 0.158 0.020 0.005 42 R 0.002 0.009 0.006 0.004 0.005 0.010 0.053 0.811 0.087 0.012 0.001 43 E 0.003 0.562 0.309 0.046 0.023 0.004 0.007 0.018 0.009 0.016 0.003 44 G 0.034 0.051 0.041 0.019 0.022 0.004 0.004 0.016 0.015 0.504 0.289 45 Y 0.090 0.345 0.051 0.005 0.295 0.009 0.018 0.056 0.048 0.053 0.028 46 I 0.396 0.085 0.013 0.003 0.410 0.003 0.003 0.009 0.005 0.010 0.063 47 I 0.033 0.074 0.043 0.129 0.076 0.259 0.264 0.062 0.025 0.022 0.014 48 G 0.207 0.114 0.079 0.037 0.295 0.005 0.003 0.018 0.037 0.107 0.098 49 V 0.235 0.150 0.028 0.006 0.462 0.005 0.009 0.021 0.018 0.023 0.043 50 H 0.153 0.204 0.044 0.003 0.515 0.003 0.008 0.008 0.005 0.028 0.029 51 Y 0.298 0.165 0.048 0.014 0.305 0.006 0.009 0.034 0.022 0.026 0.074 52 S 0.032 0.074 0.116 0.166 0.062 0.199 0.130 0.093 0.049 0.058 0.020 53 D 0.048 0.176 0.093 0.153 0.109 0.060 0.066 0.104 0.080 0.079 0.031 54 D 0.032 0.034 0.027 0.055 0.036 0.046 0.085 0.102 0.153 0.373 0.057 55 R 0.057 0.341 0.200 0.037 0.225 0.012 0.015 0.030 0.031 0.032 0.020 56 P 0.260 0.129 0.028 0.011 0.331 0.009 0.016 0.045 0.040 0.040 0.091 57 H 0.182 0.154 0.048 0.016 0.356 0.012 0.024 0.047 0.039 0.062 0.060 58 L 0.230 0.160 0.035 0.009 0.376 0.010 0.018 0.047 0.033 0.030 0.054 59 Y 0.228 0.174 0.066 0.013 0.353 0.009 0.010 0.025 0.020 0.041 0.062 60 K 0.170 0.160 0.068 0.040 0.221 0.029 0.040 0.094 0.055 0.066 0.057 61 L 0.028 0.087 0.047 0.085 0.057 0.159 0.186 0.137 0.085 0.106 0.023 62 G 0.114 0.134 0.076 0.057 0.218 0.012 0.016 0.066 0.071 0.146 0.088 63 P 0.155 0.138 0.044 0.013 0.204 0.013 0.024 0.140 0.136 0.082 0.051 64 E 0.057 0.199 0.073 0.011 0.196 0.014 0.049 0.253 0.085 0.037 0.026 65 L 0.267 0.078 0.015 0.008 0.185 0.008 0.015 0.155 0.080 0.099 0.091 66 T 0.043 0.257 0.238 0.066 0.103 0.034 0.035 0.153 0.038 0.022 0.013 67 E 0.009 0.019 0.024 0.034 0.013 0.056 0.035 0.586 0.179 0.036 0.009 68 K 0.007 0.031 0.025 0.015 0.009 0.003 0.015 0.623 0.183 0.076 0.014 69 G 0.002 0.010 0.017 0.023 0.004 0.005 0.004 0.694 0.152 0.082 0.007 70 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.820 0.161 0.002 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.894 0.081 0.002 0.001 72 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.817 0.112 0.048 0.001 73 L 0.007 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.736 0.178 0.044 0.007 74 K 0.003 0.016 0.010 0.006 0.007 0.013 0.065 0.751 0.118 0.010 0.002 75 E 0.007 0.025 0.016 0.011 0.014 0.030 0.181 0.502 0.065 0.136 0.013 76 N 0.111 0.115 0.041 0.012 0.153 0.018 0.025 0.286 0.090 0.092 0.058 77 G 0.016 0.031 0.009 0.004 0.023 0.006 0.017 0.696 0.141 0.039 0.019 78 T 0.005 0.013 0.006 0.003 0.008 0.005 0.011 0.778 0.099 0.067 0.005 79 W 0.004 0.013 0.005 0.003 0.006 0.004 0.010 0.836 0.094 0.021 0.003 80 S 0.003 0.009 0.004 0.002 0.006 0.003 0.011 0.869 0.084 0.007 0.002 81 K 0.003 0.005 0.004 0.003 0.006 0.001 0.007 0.855 0.092 0.021 0.003 82 A 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.009 0.860 0.099 0.015 0.001 83 Y 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.010 0.847 0.116 0.008 0.001 84 K 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.017 0.886 0.068 0.007 0.002 85 T 0.004 0.005 0.002 0.002 0.006 0.003 0.015 0.854 0.091 0.017 0.002 86 I 0.006 0.010 0.005 0.002 0.011 0.002 0.012 0.804 0.130 0.015 0.003 87 K 0.005 0.014 0.009 0.003 0.010 0.005 0.025 0.792 0.120 0.014 0.003 88 E 0.011 0.016 0.007 0.004 0.020 0.011 0.050 0.728 0.112 0.036 0.005 89 I 0.016 0.015 0.007 0.006 0.029 0.008 0.032 0.643 0.201 0.038 0.007 90 K 0.012 0.022 0.010 0.012 0.019 0.033 0.093 0.538 0.212 0.042 0.007 91 D 0.029 0.054 0.022 0.011 0.073 0.013 0.062 0.511 0.153 0.062 0.012 92 W 0.060 0.043 0.026 0.015 0.065 0.013 0.048 0.191 0.185 0.307 0.047 93 I 0.025 0.386 0.292 0.041 0.128 0.014 0.015 0.057 0.024 0.013 0.006 94 K 0.172 0.222 0.049 0.007 0.264 0.006 0.011 0.106 0.050 0.059 0.053 95 L 0.102 0.079 0.027 0.015 0.171 0.017 0.027 0.237 0.200 0.080 0.046 96 E 0.052 0.060 0.031 0.020 0.094 0.030 0.072 0.404 0.155 0.055 0.028 97 H 0.070 0.088 0.038 0.023 0.120 0.020 0.054 0.255 0.132 0.157 0.042 98 H 0.081 0.086 0.040 0.044 0.133 0.046 0.086 0.217 0.107 0.115 0.047 99 H 0.081 0.093 0.048 0.045 0.142 0.031 0.053 0.182 0.126 0.142 0.058 100 H 0.084 0.112 0.059 0.037 0.150 0.031 0.074 0.150 0.090 0.153 0.060 101 H 0.093 0.132 0.060 0.036 0.154 0.031 0.057 0.122 0.087 0.159 0.070 102 H 0.093 0.131 0.078 0.041 0.164 0.024 0.035 0.115 0.092 0.158 0.069