# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.538 0.282 0.120 0.046 0.011 0.002 0.001 2 N 0.150 0.232 0.235 0.234 0.122 0.025 0.001 3 K 0.127 0.229 0.282 0.224 0.111 0.026 0.002 4 D 0.370 0.402 0.152 0.054 0.016 0.004 0.001 5 K 0.056 0.157 0.266 0.286 0.172 0.056 0.006 6 L 0.015 0.018 0.036 0.126 0.329 0.411 0.064 7 R 0.046 0.195 0.303 0.294 0.128 0.033 0.002 8 Y 0.088 0.234 0.266 0.222 0.134 0.054 0.003 9 A 0.025 0.048 0.073 0.177 0.317 0.327 0.033 10 I 0.017 0.039 0.119 0.314 0.353 0.149 0.009 11 L 0.212 0.364 0.237 0.129 0.047 0.010 0.001 12 K 0.308 0.350 0.212 0.096 0.028 0.006 0.001 13 E 0.358 0.286 0.169 0.120 0.050 0.015 0.001 14 I 0.229 0.279 0.231 0.163 0.077 0.020 0.001 15 F 0.301 0.290 0.201 0.143 0.053 0.010 0.001 16 E 0.365 0.277 0.178 0.118 0.051 0.011 0.001 17 G 0.370 0.281 0.180 0.109 0.047 0.012 0.001 18 N 0.304 0.251 0.197 0.161 0.069 0.016 0.001 19 T 0.326 0.342 0.175 0.104 0.041 0.012 0.001 20 P 0.106 0.243 0.266 0.239 0.114 0.031 0.002 21 L 0.025 0.040 0.092 0.250 0.369 0.211 0.012 22 S 0.206 0.360 0.261 0.136 0.033 0.004 0.001 23 E 0.261 0.295 0.235 0.152 0.049 0.007 0.001 24 N 0.379 0.374 0.150 0.070 0.022 0.005 0.001 25 D 0.206 0.418 0.246 0.101 0.025 0.004 0.001 26 I 0.013 0.043 0.106 0.283 0.371 0.177 0.008 27 G 0.029 0.186 0.344 0.297 0.116 0.027 0.001 28 V 0.006 0.023 0.069 0.242 0.453 0.195 0.011 29 T 0.043 0.289 0.315 0.247 0.090 0.015 0.001 30 E 0.087 0.335 0.339 0.188 0.044 0.007 0.001 31 D 0.305 0.468 0.163 0.047 0.013 0.003 0.001 32 Q 0.024 0.180 0.329 0.321 0.126 0.019 0.001 33 F 0.005 0.016 0.048 0.164 0.435 0.313 0.018 34 D 0.020 0.209 0.386 0.279 0.089 0.016 0.001 35 D 0.045 0.359 0.359 0.176 0.051 0.010 0.001 36 A 0.002 0.009 0.028 0.133 0.423 0.377 0.027 37 V 0.002 0.010 0.040 0.183 0.401 0.338 0.025 38 N 0.064 0.418 0.322 0.146 0.039 0.010 0.002 39 F 0.040 0.192 0.339 0.287 0.113 0.027 0.001 40 L 0.004 0.015 0.043 0.185 0.466 0.275 0.012 41 K 0.075 0.264 0.330 0.247 0.074 0.010 0.001 42 R 0.418 0.441 0.106 0.028 0.005 0.001 0.001 43 E 0.059 0.304 0.395 0.198 0.040 0.005 0.001 44 G 0.034 0.147 0.224 0.304 0.224 0.062 0.004 45 Y 0.007 0.058 0.148 0.286 0.352 0.141 0.007 46 I 0.005 0.009 0.031 0.133 0.305 0.443 0.074 47 I 0.017 0.104 0.221 0.289 0.226 0.129 0.014 48 G 0.010 0.035 0.090 0.180 0.296 0.322 0.068 49 V 0.003 0.016 0.046 0.162 0.387 0.360 0.026 50 H 0.037 0.243 0.330 0.264 0.104 0.021 0.001 51 Y 0.016 0.056 0.161 0.328 0.313 0.118 0.008 52 S 0.420 0.364 0.144 0.058 0.012 0.002 0.001 53 D 0.545 0.303 0.107 0.035 0.008 0.001 0.001 54 D 0.537 0.293 0.112 0.044 0.011 0.002 0.001 55 R 0.255 0.349 0.231 0.120 0.037 0.007 0.001 56 P 0.053 0.108 0.178 0.295 0.259 0.099 0.008 57 H 0.050 0.125 0.194 0.255 0.227 0.133 0.016 58 L 0.025 0.040 0.069 0.166 0.272 0.338 0.090 59 Y 0.041 0.092 0.161 0.244 0.259 0.171 0.033 60 K 0.063 0.103 0.151 0.233 0.246 0.169 0.035 61 L 0.133 0.224 0.218 0.210 0.138 0.066 0.011 62 G 0.146 0.266 0.243 0.195 0.102 0.042 0.006 63 P 0.046 0.098 0.137 0.235 0.283 0.177 0.023 64 E 0.072 0.195 0.259 0.238 0.155 0.072 0.009 65 L 0.030 0.033 0.064 0.176 0.309 0.336 0.052 66 T 0.060 0.150 0.196 0.260 0.225 0.100 0.009 67 E 0.194 0.236 0.226 0.185 0.105 0.048 0.007 68 K 0.254 0.322 0.201 0.139 0.063 0.018 0.003 69 G 0.180 0.208 0.182 0.191 0.158 0.073 0.008 70 E 0.154 0.240 0.233 0.218 0.121 0.032 0.002 71 N 0.338 0.413 0.172 0.060 0.013 0.002 0.001 72 Y 0.109 0.190 0.252 0.267 0.144 0.036 0.001 73 L 0.121 0.134 0.142 0.229 0.256 0.113 0.005 74 K 0.294 0.362 0.202 0.105 0.031 0.006 0.001 75 E 0.459 0.333 0.142 0.051 0.012 0.003 0.001 76 N 0.265 0.236 0.195 0.165 0.108 0.029 0.002 77 G 0.289 0.250 0.217 0.159 0.066 0.017 0.001 78 T 0.352 0.280 0.192 0.119 0.045 0.011 0.001 79 W 0.289 0.235 0.173 0.156 0.111 0.034 0.003 80 S 0.335 0.272 0.177 0.130 0.063 0.019 0.003 81 K 0.260 0.282 0.191 0.146 0.082 0.033 0.006 82 A 0.190 0.193 0.177 0.197 0.158 0.074 0.011 83 Y 0.253 0.248 0.198 0.171 0.091 0.034 0.005 84 K 0.294 0.304 0.203 0.132 0.053 0.013 0.001 85 T 0.402 0.234 0.142 0.124 0.071 0.024 0.002 86 I 0.295 0.251 0.181 0.170 0.081 0.021 0.002 87 K 0.472 0.318 0.141 0.057 0.011 0.001 0.001 88 E 0.563 0.266 0.110 0.046 0.013 0.002 0.001 89 I 0.363 0.265 0.158 0.135 0.062 0.016 0.001 90 K 0.329 0.312 0.205 0.118 0.032 0.004 0.001 91 D 0.646 0.266 0.065 0.018 0.004 0.001 0.001 92 W 0.269 0.245 0.229 0.181 0.066 0.011 0.001 93 I 0.330 0.236 0.173 0.155 0.083 0.020 0.001 94 K 0.456 0.290 0.151 0.072 0.025 0.006 0.001 95 L 0.381 0.192 0.157 0.154 0.087 0.027 0.002 96 E 0.382 0.273 0.174 0.105 0.051 0.014 0.002 97 H 0.432 0.243 0.168 0.105 0.042 0.010 0.001 98 H 0.522 0.262 0.121 0.066 0.024 0.005 0.001 99 H 0.510 0.262 0.131 0.069 0.022 0.004 0.001 100 H 0.494 0.239 0.136 0.089 0.033 0.008 0.001 101 H 0.680 0.189 0.074 0.040 0.014 0.003 0.001 102 H 0.716 0.174 0.064 0.032 0.011 0.003 0.001