# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.104 0.339 0.072 0.005 0.032 0.167 0.125 0.004 0.002 0.003 0.010 0.004 0.007 0.001 0.015 0.012 0.018 0.012 0.014 0.017 0.022 2 N 0.029 0.235 0.190 0.176 0.012 0.029 0.115 0.070 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.003 0.003 0.010 0.007 0.054 0.012 0.006 0.013 0.019 3 K 0.029 0.076 0.480 0.105 0.010 0.126 0.067 0.037 0.003 0.002 0.002 0.006 0.003 0.004 0.001 0.008 0.004 0.007 0.010 0.004 0.009 0.009 4 D 0.047 0.083 0.171 0.150 0.015 0.039 0.330 0.081 0.003 0.002 0.004 0.006 0.003 0.005 0.002 0.008 0.006 0.010 0.013 0.004 0.009 0.008 5 K 0.125 0.099 0.085 0.063 0.013 0.185 0.182 0.087 0.008 0.003 0.004 0.010 0.011 0.010 0.006 0.024 0.010 0.001 0.036 0.005 0.016 0.016 6 L 0.015 0.237 0.058 0.105 0.002 0.093 0.035 0.135 0.011 0.014 0.012 0.008 0.014 0.023 0.020 0.031 0.032 0.003 0.085 0.007 0.028 0.032 7 R 0.008 0.056 0.041 0.041 0.002 0.062 0.017 0.179 0.028 0.012 0.015 0.051 0.052 0.033 0.006 0.075 0.047 0.002 0.108 0.039 0.081 0.046 8 Y 0.004 0.039 0.014 0.036 0.001 0.051 0.015 0.350 0.024 0.015 0.018 0.015 0.039 0.049 0.025 0.047 0.039 0.002 0.058 0.013 0.042 0.106 9 A 0.002 0.016 0.013 0.009 0.001 0.025 0.008 0.329 0.025 0.015 0.012 0.042 0.035 0.035 0.002 0.045 0.066 0.003 0.026 0.131 0.139 0.021 10 I 0.002 0.027 0.030 0.026 0.001 0.020 0.013 0.527 0.021 0.006 0.007 0.007 0.021 0.018 0.008 0.037 0.044 0.003 0.007 0.049 0.042 0.085 11 L 0.003 0.014 0.074 0.009 0.001 0.027 0.023 0.526 0.008 0.006 0.007 0.015 0.018 0.015 0.002 0.024 0.036 0.005 0.002 0.085 0.079 0.023 12 K 0.004 0.011 0.072 0.007 0.001 0.017 0.032 0.727 0.003 0.002 0.004 0.004 0.004 0.004 0.001 0.010 0.017 0.006 0.003 0.026 0.031 0.015 13 E 0.004 0.014 0.101 0.010 0.001 0.017 0.040 0.728 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.009 0.015 0.005 0.003 0.010 0.007 0.020 14 I 0.006 0.051 0.237 0.035 0.001 0.018 0.077 0.486 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.007 0.011 0.013 0.004 0.006 0.008 0.022 15 F 0.022 0.110 0.323 0.068 0.003 0.019 0.094 0.241 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.006 0.002 0.013 0.021 0.008 0.008 0.010 0.017 0.015 16 E 0.024 0.120 0.379 0.133 0.006 0.011 0.156 0.071 0.003 0.003 0.004 0.003 0.002 0.004 0.004 0.008 0.005 0.015 0.010 0.006 0.014 0.017 17 G 0.124 0.102 0.206 0.101 0.033 0.015 0.303 0.031 0.004 0.002 0.005 0.006 0.004 0.007 0.002 0.009 0.006 0.008 0.013 0.004 0.009 0.005 18 N 0.078 0.207 0.325 0.112 0.011 0.020 0.157 0.005 0.003 0.002 0.004 0.005 0.002 0.005 0.007 0.005 0.004 0.002 0.025 0.002 0.006 0.013 19 T 0.008 0.468 0.067 0.313 0.013 0.015 0.014 0.007 0.004 0.002 0.004 0.007 0.004 0.004 0.002 0.010 0.006 0.008 0.034 0.003 0.005 0.004 20 P 0.006 0.094 0.152 0.624 0.018 0.036 0.010 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.007 0.003 0.003 0.003 0.005 0.001 0.002 0.016 21 L 0.009 0.220 0.211 0.245 0.009 0.022 0.123 0.034 0.007 0.004 0.008 0.021 0.006 0.009 0.004 0.009 0.014 0.009 0.010 0.006 0.011 0.010 22 S 0.011 0.315 0.079 0.363 0.012 0.023 0.054 0.029 0.004 0.001 0.002 0.008 0.004 0.002 0.004 0.009 0.009 0.034 0.007 0.004 0.006 0.017 23 E 0.014 0.105 0.349 0.171 0.011 0.137 0.073 0.031 0.005 0.002 0.005 0.007 0.005 0.004 0.005 0.013 0.010 0.014 0.003 0.007 0.010 0.018 24 N 0.028 0.093 0.159 0.117 0.023 0.018 0.312 0.118 0.006 0.002 0.004 0.010 0.004 0.007 0.004 0.013 0.024 0.010 0.011 0.010 0.014 0.014 25 D 0.042 0.193 0.169 0.138 0.009 0.034 0.163 0.071 0.005 0.003 0.007 0.006 0.007 0.004 0.011 0.019 0.046 0.008 0.011 0.010 0.016 0.027 26 I 0.020 0.186 0.171 0.220 0.004 0.019 0.175 0.020 0.003 0.005 0.006 0.008 0.006 0.009 0.009 0.026 0.008 0.010 0.020 0.015 0.033 0.027 27 G 0.249 0.072 0.024 0.031 0.121 0.015 0.201 0.017 0.003 0.003 0.010 0.015 0.005 0.011 0.006 0.018 0.008 0.022 0.076 0.027 0.045 0.020 28 V 0.004 0.337 0.065 0.232 0.001 0.017 0.012 0.008 0.006 0.006 0.005 0.006 0.005 0.010 0.016 0.022 0.008 0.003 0.142 0.010 0.021 0.066 29 T 0.006 0.400 0.041 0.330 0.021 0.014 0.008 0.019 0.004 0.003 0.003 0.024 0.013 0.006 0.004 0.012 0.007 0.031 0.008 0.016 0.020 0.009 30 E 0.007 0.015 0.342 0.038 0.008 0.515 0.012 0.026 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.006 31 D 0.006 0.019 0.070 0.017 0.003 0.032 0.366 0.462 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 32 Q 0.025 0.126 0.051 0.058 0.003 0.166 0.139 0.387 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.012 0.008 0.004 33 F 0.008 0.067 0.095 0.077 0.001 0.200 0.021 0.504 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 34 D 0.002 0.007 0.047 0.012 0.001 0.124 0.020 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 35 D 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.017 0.021 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.002 0.015 0.003 0.001 0.017 0.016 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.010 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.009 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.004 0.021 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.005 0.046 0.007 0.001 0.010 0.017 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 41 K 0.006 0.018 0.129 0.010 0.001 0.013 0.032 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.002 0.002 0.004 0.014 42 R 0.004 0.012 0.592 0.011 0.001 0.005 0.102 0.236 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.002 0.002 0.003 0.004 43 E 0.065 0.012 0.131 0.019 0.002 0.005 0.738 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 44 G 0.805 0.005 0.011 0.002 0.041 0.003 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 45 Y 0.006 0.028 0.014 0.018 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.003 0.007 0.005 0.009 0.007 0.005 0.014 0.044 0.001 0.795 0.002 0.005 0.022 46 I 0.002 0.113 0.021 0.024 0.001 0.002 0.004 0.001 0.019 0.042 0.039 0.066 0.083 0.022 0.015 0.066 0.206 0.011 0.035 0.013 0.059 0.156 47 I 0.005 0.040 0.029 0.024 0.002 0.003 0.005 0.001 0.037 0.040 0.060 0.065 0.063 0.048 0.042 0.094 0.123 0.009 0.213 0.010 0.033 0.052 48 G 0.016 0.021 0.007 0.007 0.008 0.003 0.014 0.001 0.023 0.042 0.090 0.070 0.078 0.031 0.058 0.053 0.324 0.015 0.038 0.021 0.035 0.045 49 V 0.001 0.073 0.008 0.019 0.001 0.002 0.003 0.001 0.030 0.037 0.032 0.061 0.069 0.030 0.102 0.097 0.062 0.033 0.018 0.159 0.046 0.117 50 H 0.002 0.037 0.004 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.022 0.020 0.013 0.016 0.007 0.020 0.018 0.010 0.719 0.001 0.028 0.025 0.032 51 Y 0.008 0.140 0.036 0.052 0.004 0.010 0.008 0.001 0.013 0.016 0.019 0.035 0.017 0.023 0.025 0.074 0.017 0.036 0.009 0.076 0.098 0.282 52 S 0.001 0.240 0.009 0.088 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.010 0.004 0.571 0.003 0.010 0.017 0.009 53 D 0.007 0.009 0.735 0.069 0.013 0.089 0.005 0.006 0.003 0.001 0.004 0.007 0.003 0.002 0.001 0.006 0.007 0.010 0.001 0.008 0.005 0.010 54 D 0.058 0.014 0.039 0.007 0.006 0.003 0.842 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 55 R 0.140 0.135 0.063 0.079 0.056 0.127 0.116 0.007 0.003 0.001 0.004 0.006 0.003 0.005 0.001 0.024 0.011 0.004 0.145 0.024 0.041 0.005 56 P 0.021 0.113 0.139 0.431 0.024 0.015 0.028 0.021 0.004 0.002 0.005 0.003 0.004 0.006 0.003 0.014 0.012 0.003 0.101 0.008 0.010 0.033 57 H 0.034 0.223 0.046 0.086 0.007 0.014 0.076 0.031 0.012 0.004 0.006 0.011 0.011 0.011 0.013 0.029 0.033 0.004 0.216 0.014 0.035 0.083 58 L 0.006 0.222 0.075 0.074 0.001 0.013 0.020 0.021 0.011 0.006 0.010 0.006 0.013 0.012 0.014 0.045 0.065 0.007 0.207 0.011 0.039 0.120 59 Y 0.007 0.049 0.062 0.033 0.007 0.006 0.027 0.019 0.013 0.007 0.014 0.061 0.015 0.016 0.005 0.072 0.061 0.035 0.171 0.169 0.104 0.049 60 K 0.026 0.075 0.073 0.040 0.012 0.015 0.180 0.024 0.018 0.007 0.014 0.028 0.016 0.015 0.029 0.050 0.041 0.032 0.022 0.057 0.037 0.189 61 L 0.007 0.212 0.087 0.120 0.003 0.014 0.028 0.003 0.015 0.013 0.008 0.018 0.011 0.015 0.007 0.058 0.053 0.015 0.012 0.183 0.088 0.030 62 G 0.018 0.125 0.041 0.384 0.105 0.011 0.011 0.005 0.005 0.005 0.008 0.008 0.006 0.006 0.004 0.019 0.087 0.014 0.006 0.079 0.038 0.013 63 P 0.010 0.098 0.222 0.343 0.014 0.089 0.041 0.017 0.008 0.006 0.007 0.008 0.009 0.008 0.013 0.019 0.018 0.003 0.007 0.017 0.015 0.029 64 E 0.019 0.202 0.067 0.109 0.007 0.018 0.266 0.053 0.006 0.007 0.010 0.011 0.010 0.008 0.012 0.021 0.021 0.081 0.008 0.014 0.023 0.029 65 L 0.019 0.283 0.087 0.198 0.003 0.030 0.041 0.032 0.007 0.005 0.015 0.021 0.009 0.016 0.011 0.030 0.020 0.009 0.028 0.026 0.041 0.069 66 T 0.007 0.473 0.026 0.249 0.007 0.013 0.012 0.023 0.004 0.009 0.005 0.013 0.007 0.007 0.016 0.013 0.003 0.051 0.011 0.005 0.022 0.023 67 E 0.010 0.049 0.521 0.056 0.013 0.211 0.013 0.044 0.005 0.001 0.003 0.008 0.006 0.005 0.005 0.011 0.002 0.004 0.010 0.004 0.008 0.010 68 K 0.014 0.074 0.135 0.159 0.005 0.013 0.402 0.150 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.005 0.006 0.006 69 G 0.279 0.061 0.051 0.046 0.073 0.168 0.144 0.108 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.011 0.012 0.018 0.004 70 E 0.008 0.037 0.254 0.031 0.002 0.301 0.023 0.288 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.028 0.005 0.006 0.005 71 N 0.002 0.027 0.070 0.014 0.002 0.016 0.122 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.005 0.004 0.005 72 Y 0.005 0.032 0.073 0.017 0.001 0.066 0.137 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.004 0.010 73 L 0.003 0.026 0.123 0.013 0.001 0.047 0.076 0.674 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.007 0.004 0.005 0.004 74 K 0.003 0.013 0.089 0.010 0.001 0.014 0.102 0.739 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.005 0.002 0.006 75 E 0.007 0.032 0.167 0.026 0.001 0.020 0.203 0.517 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 76 N 0.073 0.058 0.271 0.085 0.004 0.085 0.256 0.138 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 77 G 0.375 0.037 0.064 0.017 0.042 0.149 0.139 0.136 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.002 78 T 0.009 0.143 0.082 0.080 0.003 0.215 0.041 0.305 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.105 0.001 0.002 0.003 79 W 0.004 0.027 0.069 0.039 0.001 0.268 0.018 0.560 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 80 S 0.001 0.005 0.013 0.006 0.001 0.091 0.012 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.019 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 0.002 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.002 0.004 0.149 0.002 0.001 0.003 0.033 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.004 0.006 0.100 0.003 0.001 0.005 0.090 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.012 0.023 0.486 0.016 0.001 0.036 0.204 0.205 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 93 I 0.018 0.238 0.273 0.116 0.002 0.074 0.025 0.212 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.003 0.014 0.001 0.002 0.002 94 K 0.014 0.059 0.186 0.300 0.012 0.029 0.047 0.314 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.012 95 L 0.009 0.098 0.181 0.062 0.004 0.077 0.278 0.228 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.002 0.006 0.006 0.009 0.005 0.003 0.008 0.006 96 E 0.015 0.086 0.270 0.078 0.006 0.033 0.240 0.213 0.003 0.001 0.002 0.006 0.004 0.003 0.002 0.008 0.005 0.006 0.003 0.002 0.004 0.009 97 H 0.038 0.101 0.231 0.051 0.005 0.034 0.265 0.178 0.004 0.002 0.005 0.008 0.004 0.006 0.005 0.012 0.009 0.011 0.006 0.004 0.009 0.013 98 H 0.050 0.139 0.213 0.091 0.010 0.042 0.194 0.110 0.005 0.004 0.007 0.010 0.006 0.011 0.006 0.015 0.013 0.012 0.024 0.005 0.016 0.016 99 H 0.049 0.142 0.246 0.108 0.013 0.037 0.124 0.083 0.007 0.004 0.009 0.014 0.009 0.012 0.007 0.018 0.013 0.012 0.041 0.008 0.018 0.027 100 H 0.047 0.171 0.213 0.108 0.011 0.036 0.119 0.065 0.008 0.005 0.010 0.015 0.012 0.014 0.009 0.024 0.015 0.014 0.045 0.008 0.019 0.030 101 H 0.040 0.185 0.193 0.128 0.012 0.039 0.129 0.037 0.008 0.005 0.008 0.021 0.011 0.016 0.008 0.023 0.012 0.008 0.049 0.012 0.024 0.033 102 H 0.027 0.262 0.145 0.177 0.020 0.047 0.061 0.032 0.008 0.005 0.009 0.017 0.010 0.013 0.006 0.024 0.014 0.014 0.047 0.014 0.026 0.021