# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.013 0.014 0.014 0.015 0.103 0.038 0.768 2 N 0.437 0.070 0.004 0.006 0.011 0.045 0.040 0.387 3 K 0.063 0.054 0.004 0.003 0.005 0.088 0.041 0.742 4 D 0.014 0.269 0.020 0.015 0.045 0.094 0.052 0.490 5 K 0.018 0.316 0.032 0.029 0.054 0.075 0.091 0.385 6 L 0.007 0.630 0.032 0.075 0.046 0.027 0.059 0.125 7 R 0.006 0.821 0.024 0.010 0.022 0.008 0.080 0.030 8 Y 0.005 0.853 0.017 0.016 0.012 0.005 0.072 0.020 9 A 0.006 0.834 0.049 0.033 0.025 0.005 0.032 0.016 10 I 0.015 0.894 0.021 0.006 0.009 0.006 0.030 0.020 11 L 0.049 0.758 0.047 0.008 0.009 0.008 0.096 0.025 12 K 0.103 0.462 0.048 0.026 0.019 0.027 0.139 0.178 13 E 0.081 0.126 0.059 0.012 0.015 0.069 0.198 0.440 14 I 0.175 0.032 0.093 0.026 0.026 0.101 0.161 0.388 15 F 0.329 0.005 0.020 0.009 0.011 0.072 0.044 0.511 16 E 0.022 0.001 0.004 0.002 0.004 0.066 0.011 0.890 17 G 0.007 0.001 0.006 0.003 0.008 0.133 0.005 0.837 18 N 0.023 0.002 0.010 0.010 0.013 0.141 0.024 0.777 19 T 0.106 0.016 0.017 0.022 0.014 0.142 0.049 0.635 20 P 0.074 0.019 0.028 0.013 0.019 0.142 0.051 0.653 21 L 0.088 0.019 0.025 0.016 0.013 0.105 0.041 0.693 22 S 0.491 0.073 0.013 0.010 0.014 0.053 0.046 0.300 23 E 0.080 0.023 0.023 0.009 0.023 0.118 0.053 0.671 24 N 0.112 0.014 0.026 0.028 0.062 0.129 0.028 0.600 25 D 0.040 0.005 0.025 0.037 0.075 0.106 0.088 0.623 26 I 0.007 0.010 0.048 0.040 0.096 0.178 0.032 0.589 27 G 0.008 0.018 0.080 0.087 0.222 0.112 0.033 0.440 28 V 0.014 0.021 0.047 0.070 0.040 0.083 0.031 0.694 29 T 0.258 0.413 0.022 0.016 0.016 0.020 0.183 0.071 30 E 0.116 0.559 0.011 0.006 0.007 0.036 0.093 0.172 31 D 0.018 0.479 0.016 0.007 0.009 0.057 0.056 0.356 32 Q 0.010 0.887 0.004 0.002 0.002 0.013 0.029 0.053 33 F 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.011 34 D 0.010 0.726 0.003 0.001 0.001 0.005 0.239 0.015 35 D 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.009 36 A 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 37 V 0.009 0.959 0.004 0.002 0.001 0.002 0.016 0.007 38 N 0.015 0.894 0.009 0.005 0.004 0.006 0.026 0.041 39 F 0.035 0.646 0.030 0.010 0.010 0.022 0.134 0.113 40 L 0.076 0.072 0.142 0.026 0.022 0.054 0.505 0.103 41 K 0.664 0.014 0.014 0.005 0.005 0.033 0.102 0.163 42 R 0.086 0.008 0.002 0.001 0.002 0.023 0.012 0.866 43 E 0.005 0.004 0.020 0.004 0.028 0.149 0.008 0.781 44 G 0.003 0.002 0.112 0.047 0.136 0.130 0.071 0.500 45 Y 0.018 0.002 0.128 0.284 0.119 0.078 0.050 0.320 46 I 0.024 0.001 0.192 0.117 0.083 0.047 0.082 0.454 47 I 0.013 0.001 0.167 0.156 0.189 0.090 0.037 0.346 48 G 0.006 0.001 0.250 0.069 0.197 0.044 0.040 0.393 49 V 0.007 0.001 0.124 0.187 0.164 0.075 0.038 0.406 50 H 0.008 0.001 0.202 0.148 0.223 0.073 0.040 0.303 51 Y 0.027 0.001 0.036 0.062 0.077 0.087 0.027 0.683 52 S 0.255 0.006 0.046 0.045 0.039 0.117 0.076 0.416 53 D 0.027 0.005 0.017 0.011 0.021 0.177 0.022 0.719 54 D 0.036 0.013 0.012 0.006 0.016 0.092 0.014 0.811 55 R 0.173 0.079 0.030 0.040 0.047 0.129 0.113 0.389 56 P 0.031 0.034 0.054 0.063 0.110 0.109 0.078 0.520 57 H 0.040 0.027 0.093 0.160 0.286 0.059 0.098 0.238 58 L 0.039 0.011 0.108 0.102 0.155 0.084 0.057 0.444 59 Y 0.062 0.012 0.095 0.173 0.196 0.087 0.044 0.331 60 K 0.013 0.007 0.047 0.048 0.106 0.105 0.041 0.634 61 L 0.064 0.011 0.031 0.024 0.051 0.132 0.030 0.658 62 G 0.198 0.021 0.025 0.061 0.066 0.093 0.177 0.360 63 P 0.028 0.036 0.025 0.021 0.043 0.116 0.060 0.670 64 E 0.017 0.033 0.064 0.054 0.113 0.124 0.035 0.560 65 L 0.014 0.030 0.048 0.060 0.050 0.097 0.045 0.655 66 T 0.375 0.211 0.034 0.017 0.019 0.053 0.118 0.175 67 E 0.153 0.183 0.032 0.024 0.020 0.081 0.166 0.342 68 K 0.022 0.263 0.012 0.007 0.015 0.069 0.024 0.588 69 G 0.050 0.764 0.006 0.004 0.008 0.024 0.035 0.109 70 E 0.013 0.899 0.006 0.007 0.006 0.013 0.011 0.045 71 N 0.023 0.843 0.019 0.010 0.014 0.010 0.020 0.061 72 Y 0.051 0.312 0.093 0.031 0.030 0.032 0.364 0.086 73 L 0.336 0.210 0.096 0.024 0.024 0.037 0.183 0.089 74 K 0.390 0.044 0.016 0.009 0.010 0.039 0.138 0.354 75 E 0.014 0.039 0.005 0.002 0.004 0.060 0.034 0.841 76 N 0.010 0.061 0.009 0.004 0.009 0.118 0.112 0.678 77 G 0.031 0.245 0.013 0.018 0.011 0.110 0.164 0.409 78 T 0.034 0.851 0.003 0.004 0.003 0.017 0.020 0.069 79 W 0.017 0.928 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 0.031 80 S 0.042 0.779 0.004 0.003 0.006 0.010 0.116 0.041 81 K 0.011 0.454 0.007 0.005 0.004 0.016 0.455 0.048 82 A 0.002 0.877 0.003 0.001 0.002 0.006 0.090 0.018 83 Y 0.010 0.917 0.006 0.003 0.006 0.004 0.037 0.017 84 K 0.011 0.769 0.018 0.022 0.016 0.020 0.082 0.063 85 T 0.010 0.896 0.006 0.002 0.003 0.006 0.051 0.026 86 I 0.040 0.851 0.008 0.003 0.002 0.007 0.061 0.029 87 K 0.028 0.558 0.026 0.011 0.007 0.039 0.163 0.168 88 E 0.036 0.530 0.033 0.003 0.003 0.037 0.156 0.200 89 I 0.149 0.517 0.028 0.006 0.006 0.035 0.130 0.130 90 K 0.205 0.234 0.029 0.006 0.006 0.050 0.110 0.359 91 D 0.022 0.260 0.023 0.006 0.009 0.064 0.031 0.586 92 W 0.020 0.207 0.050 0.008 0.013 0.098 0.028 0.576 93 I 0.095 0.214 0.125 0.049 0.028 0.095 0.113 0.281 94 K 0.173 0.193 0.059 0.014 0.016 0.081 0.109 0.353 95 L 0.199 0.181 0.056 0.014 0.018 0.066 0.134 0.331 96 E 0.076 0.074 0.051 0.025 0.031 0.109 0.071 0.563 97 H 0.093 0.031 0.034 0.020 0.028 0.088 0.072 0.633 98 H 0.081 0.026 0.027 0.026 0.035 0.112 0.062 0.630 99 H 0.097 0.012 0.023 0.021 0.036 0.115 0.048 0.648 100 H 0.069 0.008 0.014 0.022 0.033 0.122 0.044 0.688 101 H 0.029 0.007 0.015 0.020 0.036 0.114 0.037 0.743 102 H 0.044 0.011 0.021 0.031 0.055 0.112 0.047 0.680