# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.072 0.059 0.092 0.090 0.105 0.155 0.114 0.098 0.071 0.051 2 N 0.182 0.180 0.089 0.166 0.111 0.084 0.081 0.047 0.032 0.018 0.011 3 K 0.146 0.127 0.095 0.155 0.134 0.111 0.094 0.054 0.043 0.026 0.015 4 D 0.160 0.109 0.077 0.134 0.116 0.110 0.122 0.067 0.054 0.033 0.019 5 K 0.188 0.142 0.082 0.222 0.138 0.091 0.068 0.036 0.020 0.010 0.004 6 L 0.015 0.018 0.017 0.025 0.037 0.065 0.133 0.169 0.202 0.186 0.134 7 R 0.038 0.124 0.068 0.183 0.165 0.150 0.114 0.073 0.047 0.023 0.014 8 Y 0.014 0.015 0.029 0.056 0.068 0.108 0.188 0.130 0.158 0.138 0.096 9 A 0.081 0.081 0.096 0.254 0.185 0.119 0.101 0.045 0.021 0.012 0.005 10 I 0.003 0.007 0.010 0.026 0.027 0.041 0.126 0.158 0.226 0.222 0.155 11 L 0.002 0.003 0.009 0.010 0.018 0.034 0.091 0.140 0.224 0.250 0.219 12 K 0.022 0.041 0.140 0.194 0.197 0.156 0.131 0.050 0.037 0.022 0.009 13 E 0.028 0.042 0.147 0.180 0.147 0.146 0.155 0.072 0.044 0.027 0.012 14 I 0.006 0.007 0.010 0.020 0.023 0.041 0.151 0.162 0.208 0.204 0.170 15 F 0.027 0.026 0.026 0.048 0.057 0.087 0.200 0.176 0.150 0.120 0.084 16 E 0.085 0.118 0.200 0.214 0.140 0.083 0.067 0.034 0.026 0.019 0.014 17 G 0.177 0.148 0.077 0.149 0.128 0.107 0.107 0.050 0.032 0.017 0.009 18 N 0.285 0.126 0.034 0.110 0.092 0.075 0.091 0.065 0.059 0.038 0.024 19 T 0.331 0.140 0.045 0.113 0.093 0.080 0.085 0.044 0.036 0.020 0.013 20 P 0.334 0.213 0.085 0.159 0.097 0.047 0.029 0.018 0.010 0.005 0.002 21 L 0.043 0.036 0.016 0.035 0.054 0.081 0.156 0.170 0.154 0.130 0.125 22 S 0.281 0.282 0.057 0.173 0.095 0.048 0.030 0.017 0.010 0.004 0.002 23 E 0.223 0.122 0.081 0.167 0.127 0.082 0.074 0.040 0.037 0.029 0.020 24 N 0.281 0.179 0.059 0.164 0.115 0.073 0.064 0.028 0.019 0.011 0.006 25 D 0.175 0.169 0.051 0.189 0.143 0.096 0.072 0.053 0.032 0.015 0.005 26 I 0.024 0.013 0.010 0.018 0.038 0.081 0.152 0.205 0.194 0.156 0.108 27 G 0.289 0.264 0.114 0.194 0.084 0.032 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 28 V 0.006 0.008 0.006 0.013 0.023 0.047 0.123 0.164 0.200 0.211 0.198 29 T 0.130 0.299 0.056 0.141 0.107 0.077 0.063 0.053 0.038 0.020 0.016 30 E 0.121 0.101 0.050 0.229 0.190 0.137 0.098 0.033 0.024 0.011 0.005 31 D 0.555 0.104 0.129 0.113 0.046 0.024 0.014 0.007 0.005 0.003 0.001 32 Q 0.024 0.076 0.024 0.154 0.142 0.161 0.224 0.107 0.055 0.024 0.010 33 F 0.001 0.004 0.006 0.006 0.008 0.025 0.093 0.156 0.234 0.255 0.211 34 D 0.038 0.067 0.175 0.289 0.230 0.123 0.053 0.014 0.006 0.003 0.001 35 D 0.096 0.089 0.348 0.220 0.116 0.073 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 36 A 0.001 0.004 0.007 0.013 0.018 0.031 0.111 0.175 0.250 0.224 0.164 37 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.050 0.173 0.211 0.248 0.172 0.126 38 N 0.016 0.036 0.503 0.241 0.119 0.046 0.023 0.008 0.005 0.003 0.001 39 F 0.003 0.008 0.057 0.100 0.117 0.177 0.327 0.125 0.046 0.028 0.013 40 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.022 0.060 0.217 0.332 0.359 41 K 0.014 0.034 0.063 0.117 0.176 0.197 0.232 0.090 0.041 0.025 0.011 42 R 0.043 0.102 0.417 0.177 0.099 0.065 0.042 0.023 0.017 0.010 0.004 43 E 0.143 0.084 0.065 0.143 0.154 0.171 0.147 0.056 0.026 0.009 0.004 44 G 0.174 0.072 0.043 0.068 0.060 0.077 0.130 0.116 0.124 0.087 0.050 45 Y 0.043 0.075 0.046 0.153 0.139 0.128 0.158 0.108 0.071 0.046 0.034 46 I 0.005 0.007 0.011 0.016 0.025 0.046 0.111 0.142 0.187 0.210 0.240 47 I 0.045 0.082 0.072 0.212 0.170 0.127 0.121 0.070 0.048 0.032 0.023 48 G 0.037 0.041 0.041 0.122 0.119 0.104 0.133 0.114 0.123 0.103 0.061 49 V 0.010 0.005 0.004 0.012 0.020 0.035 0.096 0.129 0.228 0.242 0.219 50 H 0.097 0.129 0.060 0.218 0.149 0.103 0.098 0.058 0.045 0.025 0.017 51 Y 0.012 0.018 0.018 0.038 0.046 0.065 0.159 0.142 0.163 0.181 0.159 52 S 0.242 0.179 0.066 0.138 0.105 0.075 0.074 0.051 0.033 0.021 0.015 53 D 0.296 0.207 0.046 0.144 0.097 0.073 0.059 0.033 0.025 0.013 0.007 54 D 0.368 0.256 0.048 0.101 0.088 0.054 0.034 0.022 0.016 0.008 0.004 55 R 0.177 0.094 0.017 0.112 0.120 0.125 0.140 0.082 0.069 0.037 0.026 56 P 0.312 0.139 0.104 0.147 0.108 0.069 0.047 0.027 0.026 0.013 0.007 57 H 0.014 0.027 0.025 0.123 0.126 0.132 0.233 0.135 0.081 0.062 0.043 58 L 0.003 0.004 0.011 0.013 0.016 0.024 0.072 0.113 0.200 0.257 0.285 59 Y 0.021 0.024 0.055 0.100 0.105 0.113 0.183 0.130 0.117 0.090 0.061 60 K 0.085 0.127 0.186 0.210 0.159 0.093 0.060 0.038 0.022 0.013 0.005 61 L 0.007 0.009 0.004 0.013 0.024 0.052 0.140 0.194 0.211 0.187 0.160 62 G 0.308 0.255 0.039 0.130 0.100 0.060 0.041 0.033 0.021 0.009 0.005 63 P 0.242 0.090 0.056 0.134 0.122 0.099 0.093 0.051 0.055 0.036 0.023 64 E 0.429 0.155 0.085 0.143 0.091 0.047 0.028 0.010 0.007 0.003 0.002 65 L 0.018 0.029 0.012 0.050 0.053 0.076 0.195 0.168 0.162 0.136 0.101 66 T 0.036 0.055 0.030 0.064 0.078 0.103 0.171 0.176 0.121 0.090 0.076 67 E 0.292 0.169 0.144 0.179 0.089 0.052 0.032 0.020 0.012 0.007 0.004 68 K 0.252 0.235 0.080 0.162 0.132 0.075 0.035 0.016 0.009 0.003 0.001 69 G 0.069 0.077 0.018 0.056 0.062 0.079 0.130 0.133 0.180 0.117 0.079 70 E 0.058 0.045 0.020 0.120 0.160 0.187 0.204 0.089 0.065 0.033 0.019 71 N 0.119 0.086 0.316 0.232 0.114 0.059 0.038 0.018 0.011 0.005 0.002 72 Y 0.002 0.005 0.018 0.044 0.052 0.076 0.233 0.188 0.145 0.134 0.103 73 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.012 0.054 0.116 0.245 0.292 0.267 74 K 0.018 0.045 0.222 0.234 0.199 0.129 0.089 0.031 0.018 0.011 0.005 75 E 0.057 0.093 0.288 0.168 0.136 0.119 0.078 0.034 0.018 0.008 0.002 76 N 0.036 0.020 0.018 0.037 0.043 0.076 0.194 0.179 0.179 0.126 0.092 77 G 0.250 0.140 0.064 0.106 0.090 0.098 0.113 0.066 0.043 0.020 0.011 78 T 0.131 0.133 0.213 0.178 0.113 0.075 0.062 0.036 0.030 0.018 0.011 79 W 0.059 0.060 0.061 0.093 0.108 0.139 0.200 0.100 0.079 0.053 0.045 80 S 0.196 0.140 0.122 0.180 0.111 0.081 0.075 0.038 0.032 0.017 0.008 81 K 0.070 0.062 0.080 0.153 0.128 0.133 0.163 0.084 0.060 0.042 0.025 82 A 0.072 0.063 0.094 0.092 0.089 0.109 0.143 0.104 0.114 0.073 0.047 83 Y 0.033 0.049 0.065 0.133 0.111 0.128 0.194 0.103 0.083 0.060 0.040 84 K 0.055 0.065 0.117 0.127 0.110 0.119 0.155 0.090 0.071 0.056 0.035 85 T 0.050 0.070 0.082 0.134 0.111 0.123 0.160 0.100 0.085 0.054 0.033 86 I 0.087 0.071 0.084 0.124 0.117 0.127 0.153 0.088 0.076 0.047 0.025 87 K 0.095 0.058 0.082 0.128 0.102 0.106 0.152 0.090 0.083 0.065 0.040 88 E 0.036 0.076 0.083 0.165 0.143 0.129 0.172 0.081 0.057 0.037 0.022 89 I 0.015 0.033 0.038 0.069 0.060 0.080 0.178 0.153 0.151 0.138 0.086 90 K 0.059 0.059 0.088 0.165 0.181 0.162 0.139 0.056 0.043 0.030 0.017 91 D 0.135 0.113 0.213 0.229 0.113 0.076 0.068 0.024 0.017 0.010 0.003 92 W 0.025 0.039 0.033 0.137 0.137 0.130 0.204 0.149 0.073 0.051 0.021 93 I 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 0.058 0.171 0.271 0.264 0.211 94 K 0.088 0.245 0.142 0.303 0.147 0.051 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 95 L 0.017 0.019 0.029 0.033 0.045 0.072 0.142 0.132 0.173 0.193 0.145 96 E 0.190 0.134 0.042 0.165 0.131 0.093 0.105 0.053 0.042 0.025 0.018 97 H 0.193 0.151 0.075 0.190 0.112 0.096 0.090 0.040 0.031 0.016 0.006 98 H 0.073 0.069 0.080 0.125 0.112 0.113 0.141 0.095 0.080 0.068 0.044 99 H 0.112 0.110 0.075 0.145 0.109 0.112 0.150 0.078 0.057 0.032 0.020 100 H 0.103 0.098 0.106 0.148 0.113 0.102 0.119 0.078 0.063 0.045 0.026 101 H 0.149 0.131 0.107 0.145 0.119 0.105 0.105 0.060 0.040 0.024 0.015 102 H 0.176 0.129 0.073 0.140 0.112 0.100 0.106 0.064 0.052 0.030 0.018