# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.032 0.015 0.015 0.018 0.026 0.037 0.005 0.001 0.003 0.757 2 N 0.053 0.014 0.004 0.016 0.023 0.027 0.150 0.005 0.001 0.005 0.701 3 K 0.125 0.013 0.013 0.016 0.010 0.016 0.104 0.002 0.001 0.015 0.686 4 D 0.071 0.017 0.002 0.010 0.007 0.009 0.328 0.002 0.001 0.008 0.545 5 K 0.229 0.020 0.006 0.012 0.003 0.004 0.164 0.002 0.001 0.025 0.535 6 L 0.132 0.057 0.012 0.020 0.013 0.016 0.375 0.001 0.001 0.021 0.353 7 R 0.046 0.064 0.005 0.034 0.039 0.063 0.493 0.002 0.001 0.012 0.243 8 Y 0.045 0.335 0.003 0.080 0.052 0.105 0.073 0.002 0.001 0.004 0.301 9 A 0.031 0.532 0.001 0.033 0.039 0.051 0.042 0.002 0.001 0.002 0.267 10 I 0.040 0.531 0.002 0.012 0.023 0.051 0.043 0.004 0.001 0.002 0.293 11 L 0.062 0.642 0.004 0.033 0.023 0.097 0.013 0.006 0.001 0.002 0.117 12 K 0.022 0.695 0.002 0.014 0.011 0.039 0.013 0.007 0.001 0.001 0.196 13 E 0.089 0.587 0.001 0.008 0.015 0.019 0.006 0.024 0.001 0.001 0.251 14 I 0.177 0.648 0.003 0.004 0.007 0.007 0.004 0.014 0.001 0.001 0.133 15 F 0.069 0.723 0.011 0.011 0.016 0.024 0.010 0.010 0.001 0.001 0.124 16 E 0.067 0.358 0.011 0.014 0.019 0.049 0.033 0.021 0.001 0.001 0.426 17 G 0.235 0.160 0.009 0.013 0.011 0.018 0.029 0.026 0.001 0.002 0.497 18 N 0.317 0.074 0.047 0.022 0.009 0.015 0.061 0.017 0.001 0.007 0.432 19 T 0.069 0.013 0.040 0.019 0.013 0.014 0.147 0.004 0.001 0.003 0.678 20 P 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.984 21 L 0.024 0.003 0.001 0.026 0.022 0.055 0.290 0.001 0.001 0.006 0.573 22 S 0.262 0.010 0.001 0.018 0.015 0.017 0.166 0.001 0.001 0.010 0.501 23 E 0.153 0.063 0.001 0.038 0.018 0.022 0.082 0.002 0.001 0.009 0.612 24 N 0.141 0.054 0.003 0.021 0.021 0.031 0.336 0.002 0.001 0.025 0.366 25 D 0.337 0.052 0.005 0.028 0.020 0.030 0.210 0.009 0.001 0.044 0.265 26 I 0.240 0.089 0.047 0.046 0.021 0.035 0.127 0.010 0.001 0.020 0.364 27 G 0.116 0.026 0.020 0.039 0.031 0.029 0.270 0.011 0.001 0.015 0.443 28 V 0.098 0.018 0.097 0.079 0.037 0.062 0.112 0.002 0.001 0.010 0.483 29 T 0.009 0.015 0.003 0.096 0.069 0.120 0.294 0.001 0.001 0.002 0.391 30 E 0.010 0.009 0.001 0.022 0.006 0.008 0.043 0.001 0.001 0.003 0.899 31 D 0.023 0.032 0.001 0.007 0.002 0.006 0.382 0.001 0.001 0.012 0.534 32 Q 0.076 0.024 0.002 0.006 0.003 0.005 0.718 0.004 0.001 0.032 0.130 33 F 0.245 0.430 0.009 0.018 0.003 0.007 0.118 0.005 0.001 0.011 0.155 34 D 0.019 0.729 0.001 0.006 0.002 0.003 0.032 0.006 0.001 0.002 0.200 35 D 0.018 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.316 36 A 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.064 37 V 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.007 38 N 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 39 F 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 40 L 0.018 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 41 K 0.016 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.012 42 R 0.031 0.883 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.050 43 E 0.170 0.641 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.089 0.001 0.001 0.086 44 G 0.475 0.183 0.027 0.014 0.015 0.005 0.009 0.097 0.001 0.002 0.171 45 Y 0.060 0.088 0.562 0.049 0.033 0.036 0.036 0.004 0.001 0.002 0.131 46 I 0.005 0.029 0.015 0.240 0.171 0.337 0.037 0.002 0.001 0.001 0.162 47 I 0.007 0.013 0.002 0.353 0.136 0.235 0.026 0.001 0.001 0.001 0.226 48 G 0.016 0.009 0.003 0.208 0.132 0.143 0.050 0.001 0.001 0.003 0.435 49 V 0.019 0.005 0.010 0.253 0.132 0.164 0.044 0.001 0.001 0.005 0.368 50 H 0.004 0.001 0.001 0.103 0.207 0.310 0.052 0.001 0.001 0.003 0.318 51 Y 0.012 0.001 0.001 0.108 0.149 0.239 0.058 0.001 0.001 0.006 0.425 52 S 0.034 0.003 0.001 0.072 0.186 0.224 0.184 0.001 0.001 0.007 0.287 53 D 0.007 0.001 0.001 0.008 0.007 0.010 0.041 0.001 0.001 0.003 0.922 54 D 0.028 0.001 0.001 0.012 0.013 0.023 0.345 0.001 0.001 0.022 0.556 55 R 0.710 0.001 0.003 0.006 0.005 0.005 0.099 0.001 0.001 0.049 0.121 56 P 0.040 0.003 0.006 0.011 0.008 0.008 0.092 0.001 0.001 0.004 0.829 57 H 0.012 0.001 0.003 0.047 0.092 0.130 0.183 0.001 0.001 0.004 0.528 58 L 0.057 0.005 0.001 0.123 0.143 0.300 0.086 0.001 0.001 0.005 0.279 59 Y 0.011 0.009 0.001 0.091 0.233 0.362 0.053 0.001 0.001 0.002 0.239 60 K 0.014 0.006 0.001 0.048 0.142 0.344 0.049 0.001 0.001 0.002 0.394 61 L 0.034 0.010 0.003 0.168 0.091 0.223 0.049 0.002 0.001 0.006 0.413 62 G 0.035 0.006 0.005 0.115 0.145 0.235 0.101 0.002 0.001 0.008 0.348 63 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.966 64 E 0.013 0.001 0.001 0.046 0.060 0.103 0.124 0.001 0.001 0.004 0.649 65 L 0.349 0.005 0.002 0.043 0.042 0.065 0.079 0.001 0.001 0.018 0.396 66 T 0.091 0.047 0.002 0.083 0.095 0.106 0.199 0.002 0.001 0.006 0.368 67 E 0.060 0.013 0.004 0.046 0.023 0.035 0.101 0.001 0.001 0.007 0.709 68 K 0.073 0.011 0.002 0.024 0.012 0.026 0.477 0.001 0.001 0.017 0.357 69 G 0.245 0.013 0.009 0.016 0.011 0.018 0.350 0.004 0.001 0.053 0.281 70 E 0.080 0.074 0.046 0.023 0.010 0.018 0.227 0.001 0.001 0.014 0.508 71 N 0.008 0.050 0.001 0.021 0.035 0.039 0.240 0.001 0.001 0.004 0.601 72 Y 0.103 0.112 0.001 0.012 0.029 0.046 0.127 0.002 0.001 0.008 0.559 73 L 0.104 0.474 0.002 0.018 0.049 0.107 0.062 0.004 0.001 0.004 0.175 74 K 0.051 0.553 0.002 0.011 0.039 0.079 0.044 0.007 0.001 0.004 0.209 75 E 0.131 0.548 0.003 0.003 0.012 0.021 0.032 0.015 0.001 0.002 0.232 76 N 0.292 0.429 0.005 0.007 0.005 0.005 0.029 0.094 0.001 0.004 0.130 77 G 0.417 0.179 0.064 0.004 0.002 0.002 0.091 0.036 0.001 0.016 0.189 78 T 0.060 0.074 0.305 0.007 0.004 0.004 0.213 0.004 0.001 0.005 0.324 79 W 0.023 0.072 0.011 0.015 0.005 0.013 0.200 0.003 0.001 0.003 0.655 80 S 0.037 0.180 0.002 0.025 0.008 0.015 0.126 0.002 0.001 0.007 0.597 81 K 0.042 0.273 0.001 0.002 0.003 0.004 0.098 0.001 0.001 0.003 0.573 82 A 0.079 0.712 0.001 0.007 0.008 0.015 0.058 0.007 0.001 0.003 0.112 83 Y 0.035 0.882 0.001 0.005 0.003 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.058 84 K 0.017 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.049 85 T 0.020 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.046 86 I 0.046 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.021 87 K 0.017 0.912 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.056 88 E 0.029 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.089 89 I 0.062 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.045 90 K 0.026 0.898 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.054 91 D 0.048 0.776 0.006 0.001 0.002 0.004 0.013 0.013 0.001 0.001 0.137 92 W 0.218 0.683 0.005 0.003 0.002 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.065 93 I 0.217 0.531 0.026 0.007 0.008 0.011 0.024 0.022 0.001 0.002 0.152 94 K 0.025 0.105 0.058 0.006 0.005 0.009 0.013 0.004 0.001 0.001 0.774 95 L 0.047 0.110 0.004 0.022 0.020 0.042 0.033 0.006 0.001 0.001 0.715 96 E 0.201 0.122 0.003 0.018 0.020 0.024 0.044 0.008 0.001 0.003 0.557 97 H 0.164 0.190 0.005 0.018 0.023 0.033 0.091 0.008 0.001 0.004 0.464 98 H 0.196 0.140 0.009 0.025 0.021 0.035 0.115 0.007 0.001 0.005 0.446 99 H 0.216 0.120 0.008 0.026 0.019 0.027 0.103 0.006 0.001 0.007 0.469 100 H 0.109 0.078 0.014 0.017 0.020 0.033 0.124 0.005 0.001 0.007 0.595 101 H 0.110 0.050 0.013 0.019 0.026 0.037 0.106 0.004 0.001 0.006 0.630 102 H 0.083 0.031 0.006 0.016 0.017 0.025 0.093 0.003 0.001 0.005 0.721