# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.006 0.031 0.210 0.046 0.098 0.571 2 N 0.031 0.017 0.042 0.294 0.030 0.145 0.441 3 K 0.013 0.005 0.087 0.463 0.070 0.219 0.144 4 D 0.014 0.001 0.036 0.410 0.098 0.250 0.191 5 K 0.041 0.009 0.030 0.548 0.077 0.142 0.153 6 L 0.096 0.018 0.003 0.659 0.031 0.007 0.186 7 R 0.112 0.006 0.002 0.768 0.008 0.006 0.097 8 Y 0.123 0.004 0.004 0.835 0.008 0.005 0.021 9 A 0.060 0.001 0.003 0.922 0.004 0.003 0.007 10 I 0.086 0.001 0.007 0.884 0.005 0.008 0.008 11 L 0.068 0.002 0.015 0.867 0.007 0.015 0.026 12 K 0.018 0.001 0.017 0.946 0.006 0.005 0.007 13 E 0.014 0.001 0.025 0.945 0.003 0.010 0.003 14 I 0.011 0.002 0.019 0.917 0.004 0.040 0.008 15 F 0.035 0.012 0.023 0.741 0.027 0.112 0.050 16 E 0.058 0.024 0.021 0.235 0.054 0.465 0.142 17 G 0.017 0.004 0.008 0.020 0.174 0.587 0.190 18 N 0.016 0.013 0.007 0.010 0.434 0.088 0.432 19 T 0.017 0.014 0.003 0.001 0.264 0.014 0.686 20 P 0.027 0.030 0.023 0.004 0.103 0.132 0.682 21 L 0.022 0.043 0.033 0.007 0.158 0.105 0.633 22 S 0.020 0.018 0.038 0.014 0.085 0.047 0.778 23 E 0.019 0.012 0.300 0.114 0.099 0.215 0.242 24 N 0.021 0.006 0.252 0.092 0.082 0.408 0.138 25 D 0.021 0.009 0.269 0.047 0.155 0.294 0.206 26 I 0.050 0.026 0.094 0.066 0.150 0.344 0.270 27 G 0.058 0.030 0.038 0.025 0.107 0.317 0.425 28 V 0.051 0.074 0.005 0.012 0.095 0.013 0.751 29 T 0.043 0.027 0.004 0.017 0.033 0.006 0.870 30 E 0.007 0.003 0.127 0.749 0.018 0.071 0.026 31 D 0.002 0.001 0.128 0.763 0.014 0.079 0.013 32 Q 0.002 0.004 0.127 0.796 0.010 0.037 0.025 33 F 0.001 0.001 0.016 0.951 0.004 0.015 0.012 34 D 0.001 0.001 0.011 0.971 0.002 0.012 0.003 35 D 0.001 0.001 0.009 0.976 0.001 0.011 0.002 36 A 0.001 0.001 0.008 0.980 0.001 0.007 0.003 37 V 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.003 0.001 38 N 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.005 0.001 39 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.011 0.001 40 L 0.001 0.002 0.006 0.974 0.001 0.015 0.002 41 K 0.002 0.001 0.024 0.920 0.004 0.041 0.008 42 R 0.005 0.001 0.027 0.713 0.027 0.222 0.004 43 E 0.002 0.001 0.016 0.070 0.015 0.891 0.006 44 G 0.008 0.001 0.008 0.003 0.087 0.866 0.026 45 Y 0.349 0.027 0.004 0.002 0.071 0.020 0.527 46 I 0.888 0.039 0.002 0.001 0.012 0.002 0.057 47 I 0.889 0.004 0.004 0.001 0.017 0.009 0.076 48 G 0.853 0.002 0.005 0.001 0.039 0.017 0.083 49 V 0.888 0.003 0.002 0.001 0.011 0.003 0.093 50 H 0.905 0.020 0.001 0.001 0.016 0.002 0.056 51 Y 0.749 0.061 0.001 0.001 0.017 0.005 0.167 52 S 0.255 0.035 0.002 0.001 0.048 0.020 0.641 53 D 0.011 0.002 0.005 0.001 0.077 0.863 0.041 54 D 0.006 0.004 0.008 0.003 0.193 0.717 0.068 55 R 0.012 0.007 0.004 0.009 0.522 0.009 0.436 56 P 0.046 0.027 0.055 0.107 0.092 0.139 0.534 57 H 0.238 0.116 0.168 0.134 0.079 0.154 0.111 58 L 0.337 0.066 0.269 0.103 0.027 0.075 0.122 59 Y 0.303 0.014 0.243 0.153 0.073 0.100 0.114 60 K 0.267 0.016 0.181 0.105 0.077 0.176 0.179 61 L 0.113 0.039 0.068 0.073 0.288 0.078 0.341 62 G 0.029 0.006 0.017 0.013 0.202 0.014 0.719 63 P 0.008 0.003 0.212 0.051 0.072 0.480 0.173 64 E 0.022 0.018 0.210 0.070 0.070 0.505 0.107 65 L 0.052 0.050 0.095 0.069 0.170 0.081 0.482 66 T 0.044 0.021 0.016 0.053 0.065 0.044 0.758 67 E 0.022 0.016 0.073 0.346 0.173 0.256 0.113 68 K 0.018 0.021 0.058 0.361 0.144 0.285 0.113 69 G 0.004 0.002 0.057 0.775 0.023 0.074 0.064 70 E 0.002 0.002 0.033 0.918 0.008 0.015 0.021 71 N 0.001 0.001 0.050 0.924 0.003 0.015 0.006 72 Y 0.002 0.001 0.064 0.910 0.003 0.014 0.006 73 L 0.004 0.004 0.107 0.826 0.010 0.033 0.016 74 K 0.003 0.002 0.173 0.601 0.015 0.192 0.015 75 E 0.001 0.001 0.069 0.373 0.015 0.521 0.020 76 N 0.003 0.006 0.071 0.280 0.097 0.228 0.316 77 G 0.002 0.005 0.059 0.275 0.137 0.269 0.253 78 T 0.006 0.008 0.066 0.364 0.088 0.258 0.210 79 W 0.011 0.004 0.054 0.679 0.058 0.058 0.137 80 S 0.012 0.004 0.030 0.767 0.043 0.028 0.116 81 K 0.003 0.001 0.022 0.949 0.004 0.010 0.011 82 A 0.002 0.001 0.009 0.979 0.001 0.005 0.004 83 Y 0.003 0.001 0.004 0.982 0.002 0.005 0.003 84 K 0.003 0.001 0.002 0.987 0.002 0.004 0.002 85 T 0.003 0.001 0.002 0.984 0.001 0.007 0.003 86 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 87 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 88 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.010 0.001 89 I 0.001 0.001 0.014 0.959 0.002 0.018 0.005 90 K 0.004 0.001 0.051 0.906 0.007 0.025 0.007 91 D 0.006 0.002 0.060 0.840 0.005 0.080 0.008 92 W 0.005 0.001 0.082 0.773 0.014 0.107 0.018 93 I 0.018 0.008 0.053 0.525 0.207 0.066 0.123 94 K 0.023 0.008 0.106 0.338 0.053 0.126 0.345 95 L 0.012 0.004 0.256 0.474 0.042 0.130 0.082 96 E 0.027 0.008 0.220 0.422 0.052 0.155 0.116 97 H 0.030 0.007 0.217 0.332 0.056 0.209 0.148 98 H 0.051 0.012 0.078 0.311 0.087 0.230 0.232 99 H 0.052 0.011 0.073 0.162 0.166 0.228 0.308 100 H 0.056 0.020 0.067 0.111 0.173 0.284 0.289 101 H 0.048 0.025 0.029 0.070 0.135 0.142 0.552 102 H 0.014 0.004 0.012 0.021 0.044 0.033 0.872