# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.601 0.087 0.118 0.108 0.023 0.016 0.021 0.007 0.012 0.007 0.001 2 N 0.305 0.104 0.124 0.199 0.020 0.086 0.105 0.006 0.044 0.005 0.002 3 K 0.535 0.101 0.099 0.170 0.021 0.022 0.026 0.004 0.014 0.007 0.001 4 D 0.280 0.063 0.169 0.185 0.033 0.075 0.153 0.016 0.021 0.004 0.001 5 K 0.682 0.028 0.027 0.177 0.007 0.026 0.037 0.006 0.008 0.001 0.001 6 L 0.781 0.113 0.057 0.030 0.008 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 7 R 0.921 0.034 0.010 0.026 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 Y 0.931 0.027 0.021 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 A 0.952 0.019 0.008 0.009 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 10 I 0.966 0.010 0.007 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 L 0.928 0.022 0.020 0.023 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.972 0.007 0.008 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.935 0.009 0.007 0.042 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.902 0.011 0.010 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 F 0.543 0.086 0.062 0.230 0.017 0.016 0.016 0.004 0.023 0.002 0.001 16 E 0.407 0.119 0.168 0.215 0.023 0.016 0.028 0.005 0.015 0.004 0.001 17 G 0.158 0.020 0.042 0.118 0.060 0.004 0.095 0.371 0.002 0.129 0.001 18 N 0.134 0.122 0.202 0.219 0.028 0.132 0.102 0.008 0.047 0.005 0.002 19 T 0.021 0.417 0.254 0.001 0.046 0.018 0.017 0.001 0.225 0.001 0.001 20 P 0.207 0.004 0.426 0.016 0.001 0.087 0.001 0.001 0.003 0.001 0.257 21 L 0.175 0.179 0.348 0.162 0.025 0.074 0.009 0.003 0.022 0.001 0.002 22 S 0.089 0.294 0.316 0.076 0.075 0.069 0.020 0.011 0.040 0.010 0.001 23 E 0.550 0.130 0.134 0.119 0.016 0.015 0.009 0.004 0.017 0.005 0.001 24 N 0.479 0.046 0.113 0.221 0.018 0.025 0.070 0.010 0.014 0.005 0.001 25 D 0.286 0.066 0.130 0.288 0.015 0.084 0.087 0.004 0.036 0.001 0.003 26 I 0.186 0.113 0.368 0.288 0.013 0.011 0.011 0.002 0.007 0.001 0.001 27 G 0.041 0.023 0.068 0.030 0.101 0.007 0.105 0.437 0.004 0.184 0.001 28 V 0.055 0.433 0.417 0.030 0.038 0.019 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 29 T 0.035 0.426 0.298 0.030 0.104 0.050 0.002 0.001 0.042 0.012 0.001 30 E 0.959 0.007 0.014 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 31 D 0.925 0.001 0.007 0.054 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.890 0.001 0.001 0.102 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 F 0.922 0.003 0.008 0.058 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.981 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 K 0.979 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.957 0.009 0.010 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.373 0.009 0.043 0.549 0.003 0.003 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 44 G 0.005 0.001 0.003 0.014 0.007 0.001 0.205 0.759 0.001 0.005 0.001 45 Y 0.064 0.329 0.445 0.039 0.025 0.072 0.016 0.001 0.008 0.001 0.001 46 I 0.008 0.374 0.487 0.001 0.002 0.101 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 47 I 0.183 0.232 0.068 0.442 0.017 0.026 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 48 G 0.004 0.077 0.079 0.006 0.686 0.005 0.097 0.033 0.004 0.009 0.001 49 V 0.022 0.797 0.093 0.017 0.052 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 50 H 0.014 0.666 0.181 0.008 0.071 0.033 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 51 Y 0.051 0.519 0.237 0.070 0.051 0.044 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 52 S 0.041 0.405 0.216 0.024 0.212 0.023 0.004 0.003 0.061 0.012 0.001 53 D 0.703 0.020 0.087 0.125 0.018 0.016 0.013 0.002 0.004 0.007 0.004 54 D 0.147 0.020 0.038 0.704 0.008 0.030 0.029 0.008 0.014 0.001 0.002 55 R 0.062 0.184 0.477 0.015 0.054 0.020 0.036 0.005 0.136 0.011 0.001 56 P 0.399 0.013 0.424 0.019 0.002 0.031 0.009 0.003 0.003 0.001 0.096 57 H 0.382 0.190 0.282 0.060 0.015 0.042 0.007 0.003 0.018 0.001 0.001 58 L 0.433 0.227 0.146 0.119 0.009 0.041 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 59 Y 0.468 0.195 0.165 0.090 0.039 0.016 0.009 0.002 0.011 0.005 0.001 60 K 0.238 0.086 0.233 0.115 0.046 0.092 0.134 0.010 0.042 0.002 0.002 61 L 0.408 0.089 0.188 0.281 0.005 0.016 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 62 G 0.113 0.030 0.221 0.006 0.074 0.002 0.017 0.036 0.015 0.485 0.001 63 P 0.663 0.004 0.244 0.033 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 64 E 0.468 0.102 0.207 0.153 0.020 0.015 0.014 0.006 0.013 0.001 0.001 65 L 0.230 0.133 0.391 0.148 0.010 0.062 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 66 T 0.139 0.233 0.431 0.042 0.078 0.044 0.004 0.002 0.020 0.006 0.001 67 E 0.865 0.019 0.038 0.053 0.007 0.007 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 68 K 0.601 0.016 0.132 0.218 0.005 0.009 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 69 G 0.563 0.007 0.049 0.068 0.020 0.007 0.059 0.150 0.006 0.070 0.001 70 E 0.918 0.009 0.034 0.029 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 N 0.836 0.015 0.033 0.075 0.004 0.010 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.942 0.005 0.007 0.037 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.937 0.008 0.015 0.031 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.961 0.008 0.008 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.825 0.014 0.023 0.124 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 76 N 0.224 0.031 0.068 0.579 0.008 0.017 0.042 0.005 0.025 0.001 0.001 77 G 0.494 0.025 0.130 0.060 0.029 0.016 0.113 0.085 0.008 0.039 0.001 78 T 0.767 0.039 0.049 0.104 0.011 0.015 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 79 W 0.908 0.012 0.025 0.037 0.002 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 80 S 0.967 0.003 0.010 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.988 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.989 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.987 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.988 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.975 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.972 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.987 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.962 0.002 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.931 0.005 0.009 0.049 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.958 0.006 0.010 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.824 0.007 0.015 0.137 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 92 W 0.771 0.017 0.032 0.160 0.003 0.007 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 93 I 0.333 0.247 0.233 0.048 0.020 0.031 0.009 0.001 0.077 0.001 0.001 94 K 0.418 0.042 0.388 0.056 0.004 0.060 0.013 0.003 0.011 0.003 0.002 95 L 0.623 0.067 0.125 0.087 0.017 0.027 0.026 0.010 0.014 0.004 0.001 96 E 0.617 0.102 0.087 0.132 0.020 0.018 0.009 0.003 0.008 0.002 0.001 97 H 0.383 0.148 0.137 0.171 0.052 0.029 0.042 0.008 0.024 0.004 0.001 98 H 0.275 0.160 0.159 0.224 0.039 0.047 0.052 0.009 0.030 0.004 0.001 99 H 0.272 0.185 0.137 0.180 0.046 0.058 0.068 0.009 0.039 0.005 0.001 100 H 0.242 0.206 0.164 0.202 0.046 0.049 0.043 0.007 0.035 0.005 0.001 101 H 0.188 0.164 0.211 0.230 0.035 0.061 0.056 0.011 0.039 0.005 0.001 102 H 0.172 0.198 0.258 0.122 0.082 0.037 0.062 0.022 0.025 0.023 0.001