# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.016 0.032 0.048 0.279 0.586 2 N 0.033 0.026 0.033 0.055 0.374 0.479 3 K 0.019 0.012 0.049 0.096 0.441 0.383 4 D 0.015 0.004 0.026 0.187 0.309 0.459 5 K 0.016 0.004 0.022 0.779 0.086 0.093 6 L 0.047 0.007 0.009 0.764 0.045 0.129 7 R 0.020 0.002 0.003 0.946 0.008 0.021 8 Y 0.025 0.001 0.003 0.950 0.008 0.012 9 A 0.016 0.001 0.004 0.968 0.005 0.006 10 I 0.012 0.001 0.006 0.969 0.007 0.006 11 L 0.004 0.001 0.005 0.982 0.005 0.004 12 K 0.002 0.001 0.009 0.983 0.004 0.002 13 E 0.002 0.001 0.013 0.975 0.006 0.003 14 I 0.003 0.002 0.019 0.941 0.021 0.013 15 F 0.006 0.004 0.020 0.784 0.175 0.010 16 E 0.008 0.003 0.014 0.427 0.475 0.074 17 G 0.002 0.002 0.008 0.062 0.744 0.181 18 N 0.006 0.010 0.009 0.007 0.778 0.191 19 T 0.028 0.020 0.007 0.003 0.389 0.553 20 P 0.043 0.029 0.026 0.006 0.446 0.450 21 L 0.061 0.054 0.023 0.007 0.284 0.572 22 S 0.067 0.033 0.014 0.005 0.337 0.544 23 E 0.010 0.003 0.541 0.038 0.355 0.053 24 N 0.015 0.003 0.369 0.053 0.492 0.068 25 D 0.021 0.003 0.468 0.040 0.421 0.047 26 I 0.157 0.020 0.065 0.044 0.359 0.356 27 G 0.266 0.070 0.022 0.047 0.147 0.448 28 V 0.193 0.107 0.006 0.038 0.125 0.530 29 T 0.069 0.014 0.002 0.029 0.092 0.794 30 E 0.001 0.001 0.041 0.936 0.013 0.009 31 D 0.001 0.001 0.056 0.933 0.009 0.002 32 Q 0.001 0.001 0.049 0.939 0.008 0.002 33 F 0.001 0.001 0.006 0.983 0.004 0.005 34 D 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 35 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 36 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 37 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 40 L 0.001 0.001 0.010 0.967 0.012 0.008 41 K 0.001 0.001 0.020 0.945 0.030 0.003 42 R 0.002 0.001 0.014 0.923 0.054 0.006 43 E 0.003 0.001 0.014 0.635 0.268 0.079 44 G 0.009 0.002 0.003 0.005 0.380 0.601 45 Y 0.183 0.019 0.003 0.001 0.151 0.644 46 I 0.825 0.011 0.002 0.001 0.050 0.112 47 I 0.879 0.003 0.002 0.001 0.035 0.081 48 G 0.895 0.002 0.002 0.001 0.029 0.071 49 V 0.903 0.004 0.002 0.001 0.023 0.067 50 H 0.914 0.004 0.001 0.001 0.020 0.060 51 Y 0.761 0.019 0.002 0.001 0.057 0.159 52 S 0.276 0.019 0.006 0.002 0.581 0.117 53 D 0.037 0.004 0.013 0.003 0.834 0.109 54 D 0.012 0.004 0.019 0.007 0.846 0.112 55 R 0.066 0.026 0.018 0.008 0.740 0.141 56 P 0.121 0.014 0.024 0.022 0.353 0.465 57 H 0.333 0.041 0.045 0.030 0.219 0.333 58 L 0.685 0.034 0.043 0.036 0.088 0.114 59 Y 0.827 0.014 0.017 0.026 0.039 0.078 60 K 0.714 0.011 0.014 0.024 0.111 0.126 61 L 0.342 0.034 0.012 0.059 0.202 0.351 62 G 0.124 0.008 0.016 0.026 0.482 0.344 63 P 0.043 0.002 0.181 0.091 0.546 0.136 64 E 0.067 0.012 0.277 0.173 0.328 0.143 65 L 0.131 0.098 0.107 0.259 0.237 0.167 66 T 0.065 0.031 0.017 0.274 0.226 0.387 67 E 0.016 0.005 0.029 0.588 0.226 0.135 68 K 0.007 0.003 0.030 0.710 0.191 0.058 69 G 0.017 0.007 0.052 0.649 0.200 0.076 70 E 0.011 0.006 0.056 0.793 0.074 0.060 71 N 0.012 0.006 0.076 0.784 0.068 0.053 72 Y 0.005 0.002 0.135 0.774 0.055 0.029 73 L 0.010 0.004 0.119 0.679 0.160 0.028 74 K 0.007 0.003 0.123 0.660 0.180 0.026 75 E 0.006 0.003 0.072 0.638 0.221 0.060 76 N 0.008 0.008 0.050 0.391 0.455 0.088 77 G 0.009 0.010 0.052 0.409 0.306 0.215 78 T 0.014 0.013 0.073 0.486 0.191 0.223 79 W 0.004 0.002 0.063 0.848 0.051 0.034 80 S 0.002 0.001 0.019 0.942 0.018 0.018 81 K 0.001 0.001 0.010 0.980 0.005 0.003 82 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 83 Y 0.001 0.001 0.008 0.987 0.003 0.002 84 K 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.002 85 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 86 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 87 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 88 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 89 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 90 K 0.001 0.001 0.012 0.974 0.007 0.005 91 D 0.003 0.001 0.030 0.909 0.024 0.033 92 W 0.021 0.004 0.034 0.789 0.033 0.120 93 I 0.074 0.022 0.020 0.339 0.082 0.462 94 K 0.124 0.016 0.027 0.107 0.152 0.574 95 L 0.086 0.005 0.120 0.143 0.242 0.405 96 E 0.144 0.011 0.137 0.114 0.284 0.309 97 H 0.154 0.023 0.165 0.138 0.300 0.220 98 H 0.109 0.018 0.089 0.095 0.338 0.351 99 H 0.131 0.016 0.051 0.079 0.340 0.383 100 H 0.096 0.020 0.032 0.074 0.287 0.491 101 H 0.070 0.027 0.010 0.049 0.187 0.657 102 H 0.021 0.005 0.001 0.006 0.066 0.901