# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.126 0.353 0.087 0.007 0.029 0.173 0.063 0.004 0.002 0.003 0.011 0.004 0.008 0.002 0.015 0.010 0.016 0.013 0.014 0.018 0.022 2 N 0.031 0.276 0.152 0.243 0.018 0.024 0.083 0.037 0.002 0.002 0.003 0.005 0.003 0.003 0.003 0.009 0.007 0.054 0.013 0.005 0.012 0.012 3 K 0.031 0.062 0.479 0.105 0.013 0.165 0.060 0.024 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.007 0.003 0.004 0.009 0.003 0.006 0.009 4 D 0.040 0.103 0.150 0.141 0.014 0.040 0.347 0.076 0.003 0.002 0.004 0.007 0.003 0.005 0.002 0.009 0.006 0.010 0.016 0.004 0.010 0.007 5 K 0.094 0.108 0.080 0.080 0.011 0.214 0.143 0.094 0.008 0.003 0.004 0.011 0.013 0.010 0.007 0.024 0.011 0.001 0.040 0.005 0.016 0.022 6 L 0.011 0.253 0.052 0.104 0.001 0.088 0.029 0.136 0.012 0.017 0.013 0.009 0.014 0.024 0.020 0.034 0.037 0.003 0.069 0.009 0.035 0.031 7 R 0.008 0.048 0.038 0.039 0.002 0.060 0.017 0.185 0.032 0.011 0.014 0.047 0.053 0.032 0.007 0.077 0.046 0.002 0.118 0.037 0.077 0.049 8 Y 0.004 0.032 0.013 0.029 0.001 0.043 0.015 0.367 0.026 0.015 0.019 0.016 0.039 0.049 0.023 0.051 0.046 0.002 0.051 0.016 0.047 0.099 9 A 0.002 0.015 0.012 0.009 0.001 0.021 0.007 0.317 0.025 0.015 0.012 0.042 0.035 0.035 0.002 0.046 0.073 0.003 0.024 0.144 0.138 0.024 10 I 0.002 0.028 0.032 0.026 0.001 0.016 0.014 0.485 0.021 0.006 0.007 0.007 0.021 0.018 0.008 0.042 0.052 0.003 0.006 0.061 0.050 0.094 11 L 0.003 0.015 0.090 0.009 0.001 0.021 0.027 0.454 0.008 0.006 0.007 0.015 0.019 0.016 0.002 0.027 0.047 0.006 0.002 0.105 0.093 0.027 12 K 0.005 0.015 0.100 0.008 0.001 0.014 0.045 0.635 0.004 0.003 0.004 0.005 0.004 0.005 0.002 0.012 0.028 0.010 0.003 0.038 0.040 0.020 13 E 0.006 0.022 0.146 0.012 0.001 0.020 0.058 0.622 0.005 0.002 0.002 0.004 0.005 0.003 0.001 0.012 0.018 0.010 0.004 0.013 0.009 0.026 14 I 0.007 0.077 0.300 0.051 0.001 0.019 0.102 0.322 0.005 0.002 0.003 0.003 0.004 0.007 0.002 0.009 0.011 0.025 0.004 0.007 0.009 0.031 15 F 0.024 0.192 0.311 0.100 0.005 0.017 0.079 0.135 0.004 0.002 0.005 0.008 0.005 0.007 0.002 0.014 0.026 0.011 0.009 0.011 0.016 0.016 16 E 0.018 0.202 0.252 0.311 0.006 0.010 0.083 0.023 0.003 0.005 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.004 0.022 0.008 0.004 0.012 0.014 17 G 0.195 0.085 0.162 0.112 0.080 0.014 0.255 0.015 0.005 0.002 0.006 0.007 0.004 0.007 0.002 0.009 0.006 0.007 0.012 0.003 0.008 0.004 18 N 0.063 0.232 0.271 0.134 0.010 0.017 0.164 0.004 0.004 0.003 0.008 0.006 0.002 0.006 0.010 0.005 0.008 0.001 0.033 0.002 0.005 0.013 19 T 0.006 0.526 0.051 0.278 0.011 0.010 0.014 0.005 0.005 0.002 0.004 0.010 0.006 0.004 0.002 0.012 0.006 0.009 0.025 0.002 0.005 0.005 20 P 0.006 0.104 0.166 0.580 0.015 0.032 0.011 0.005 0.003 0.001 0.004 0.003 0.005 0.004 0.014 0.004 0.003 0.007 0.007 0.001 0.002 0.024 21 L 0.007 0.258 0.161 0.234 0.008 0.009 0.111 0.016 0.009 0.005 0.013 0.042 0.008 0.014 0.004 0.013 0.015 0.010 0.014 0.013 0.020 0.017 22 S 0.005 0.441 0.026 0.398 0.009 0.009 0.011 0.006 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.006 0.005 0.043 0.005 0.003 0.005 0.010 23 E 0.009 0.041 0.503 0.119 0.013 0.209 0.024 0.011 0.005 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.003 0.010 0.008 0.005 0.002 0.004 0.006 0.011 24 N 0.026 0.054 0.108 0.058 0.020 0.011 0.540 0.091 0.005 0.002 0.004 0.008 0.003 0.005 0.003 0.010 0.018 0.006 0.007 0.006 0.009 0.006 25 D 0.066 0.161 0.098 0.105 0.008 0.048 0.186 0.077 0.008 0.003 0.009 0.007 0.009 0.005 0.012 0.027 0.083 0.004 0.014 0.013 0.016 0.040 26 I 0.010 0.326 0.100 0.212 0.002 0.014 0.067 0.016 0.004 0.007 0.008 0.007 0.006 0.012 0.013 0.037 0.012 0.010 0.024 0.021 0.053 0.038 27 G 0.135 0.102 0.026 0.049 0.088 0.014 0.103 0.018 0.006 0.006 0.015 0.022 0.009 0.016 0.009 0.034 0.012 0.035 0.138 0.045 0.084 0.035 28 V 0.005 0.320 0.064 0.200 0.001 0.014 0.016 0.008 0.009 0.008 0.007 0.007 0.006 0.012 0.019 0.035 0.010 0.003 0.113 0.014 0.036 0.093 29 T 0.006 0.413 0.029 0.316 0.023 0.017 0.007 0.018 0.005 0.003 0.003 0.023 0.012 0.006 0.004 0.014 0.007 0.030 0.008 0.023 0.023 0.008 30 E 0.005 0.009 0.277 0.024 0.007 0.624 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 31 D 0.003 0.012 0.056 0.011 0.001 0.028 0.279 0.594 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 32 Q 0.017 0.082 0.034 0.036 0.002 0.155 0.134 0.512 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.006 0.002 33 F 0.005 0.035 0.071 0.048 0.001 0.179 0.016 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 34 D 0.001 0.004 0.031 0.007 0.001 0.072 0.015 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 35 D 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.013 0.019 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.013 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.008 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 0.017 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.004 0.021 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.005 0.047 0.007 0.001 0.010 0.017 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 41 K 0.006 0.017 0.130 0.009 0.001 0.013 0.032 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.002 0.002 0.004 0.013 42 R 0.004 0.012 0.595 0.011 0.001 0.005 0.101 0.235 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.002 0.001 0.003 0.004 43 E 0.066 0.012 0.135 0.020 0.002 0.005 0.732 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 44 G 0.803 0.005 0.011 0.002 0.041 0.003 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 45 Y 0.006 0.029 0.014 0.019 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.003 0.007 0.005 0.009 0.008 0.005 0.014 0.041 0.001 0.795 0.002 0.005 0.022 46 I 0.003 0.115 0.022 0.025 0.001 0.002 0.004 0.001 0.019 0.043 0.040 0.068 0.084 0.023 0.016 0.066 0.191 0.011 0.036 0.013 0.061 0.156 47 I 0.006 0.043 0.030 0.025 0.002 0.003 0.006 0.001 0.039 0.040 0.059 0.063 0.063 0.052 0.044 0.096 0.103 0.010 0.217 0.010 0.034 0.052 48 G 0.018 0.024 0.008 0.008 0.009 0.003 0.016 0.001 0.025 0.045 0.096 0.076 0.085 0.035 0.061 0.057 0.261 0.016 0.044 0.023 0.040 0.048 49 V 0.002 0.073 0.009 0.020 0.001 0.002 0.004 0.001 0.031 0.037 0.034 0.060 0.069 0.033 0.096 0.097 0.057 0.031 0.020 0.162 0.048 0.113 50 H 0.003 0.067 0.008 0.032 0.003 0.001 0.003 0.001 0.008 0.037 0.034 0.022 0.029 0.013 0.030 0.031 0.014 0.534 0.002 0.046 0.042 0.042 51 Y 0.009 0.152 0.051 0.064 0.004 0.010 0.010 0.001 0.015 0.020 0.024 0.038 0.019 0.028 0.027 0.076 0.019 0.022 0.010 0.074 0.109 0.218 52 S 0.002 0.292 0.016 0.121 0.012 0.003 0.003 0.002 0.004 0.007 0.005 0.009 0.006 0.003 0.003 0.014 0.006 0.437 0.005 0.015 0.023 0.011 53 D 0.009 0.014 0.667 0.096 0.016 0.100 0.008 0.006 0.005 0.001 0.005 0.007 0.005 0.003 0.002 0.009 0.008 0.009 0.002 0.010 0.007 0.013 54 D 0.056 0.029 0.074 0.012 0.010 0.005 0.767 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.004 0.006 0.007 55 R 0.043 0.242 0.083 0.164 0.024 0.114 0.063 0.009 0.006 0.002 0.005 0.007 0.004 0.005 0.001 0.035 0.019 0.005 0.098 0.025 0.040 0.006 56 P 0.018 0.097 0.157 0.513 0.027 0.015 0.029 0.016 0.005 0.003 0.005 0.003 0.004 0.007 0.003 0.013 0.013 0.003 0.025 0.006 0.009 0.031 57 H 0.036 0.200 0.049 0.082 0.010 0.013 0.132 0.031 0.018 0.007 0.009 0.015 0.011 0.014 0.013 0.037 0.041 0.005 0.168 0.020 0.049 0.041 58 L 0.006 0.255 0.064 0.092 0.001 0.013 0.025 0.017 0.016 0.010 0.015 0.007 0.018 0.015 0.025 0.052 0.066 0.009 0.105 0.011 0.039 0.139 59 Y 0.006 0.056 0.050 0.034 0.006 0.005 0.020 0.011 0.020 0.012 0.021 0.081 0.018 0.022 0.007 0.090 0.071 0.040 0.084 0.175 0.127 0.043 60 K 0.028 0.093 0.057 0.050 0.014 0.013 0.118 0.015 0.026 0.011 0.023 0.027 0.021 0.019 0.048 0.058 0.041 0.043 0.022 0.032 0.040 0.202 61 L 0.007 0.223 0.084 0.117 0.003 0.013 0.020 0.002 0.021 0.021 0.013 0.027 0.016 0.020 0.009 0.069 0.055 0.018 0.012 0.131 0.090 0.030 62 G 0.016 0.127 0.043 0.389 0.118 0.012 0.011 0.005 0.006 0.005 0.012 0.011 0.008 0.007 0.006 0.019 0.082 0.017 0.006 0.055 0.032 0.013 63 P 0.010 0.089 0.242 0.324 0.015 0.096 0.041 0.016 0.008 0.007 0.008 0.010 0.010 0.008 0.012 0.019 0.018 0.003 0.006 0.016 0.014 0.028 64 E 0.024 0.197 0.067 0.103 0.007 0.018 0.268 0.054 0.006 0.007 0.009 0.010 0.009 0.008 0.013 0.022 0.021 0.079 0.007 0.014 0.023 0.032 65 L 0.018 0.284 0.083 0.191 0.003 0.030 0.037 0.031 0.006 0.004 0.014 0.019 0.008 0.015 0.010 0.032 0.021 0.009 0.031 0.034 0.048 0.073 66 T 0.007 0.468 0.026 0.264 0.007 0.013 0.012 0.023 0.004 0.008 0.005 0.011 0.005 0.006 0.013 0.013 0.003 0.047 0.012 0.006 0.023 0.024 67 E 0.010 0.050 0.510 0.058 0.014 0.215 0.014 0.045 0.004 0.001 0.003 0.007 0.005 0.005 0.005 0.011 0.002 0.004 0.012 0.005 0.008 0.011 68 K 0.014 0.073 0.131 0.164 0.005 0.013 0.403 0.148 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.006 0.007 0.006 69 G 0.278 0.060 0.049 0.047 0.076 0.162 0.145 0.107 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.011 0.016 0.020 0.004 70 E 0.008 0.037 0.252 0.031 0.002 0.302 0.023 0.287 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.029 0.006 0.006 0.005 71 N 0.002 0.027 0.070 0.014 0.002 0.016 0.123 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.005 0.004 0.005 72 Y 0.005 0.032 0.072 0.017 0.001 0.065 0.136 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.004 0.010 73 L 0.003 0.026 0.123 0.013 0.001 0.047 0.076 0.674 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.007 0.004 0.005 0.004 74 K 0.003 0.013 0.089 0.010 0.001 0.014 0.102 0.739 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.005 0.003 0.006 75 E 0.008 0.032 0.168 0.026 0.001 0.020 0.202 0.517 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 76 N 0.074 0.058 0.271 0.085 0.004 0.085 0.258 0.136 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 77 G 0.381 0.037 0.064 0.017 0.043 0.147 0.140 0.132 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.002 78 T 0.009 0.144 0.082 0.081 0.003 0.213 0.040 0.301 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.108 0.001 0.002 0.003 79 W 0.004 0.027 0.069 0.039 0.001 0.266 0.018 0.558 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 80 S 0.001 0.005 0.014 0.006 0.001 0.092 0.012 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.019 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.019 0.005 0.001 0.002 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.002 0.004 0.148 0.002 0.001 0.003 0.033 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.004 0.006 0.099 0.003 0.001 0.005 0.090 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.012 0.024 0.484 0.016 0.001 0.037 0.204 0.207 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 93 I 0.018 0.237 0.272 0.116 0.002 0.074 0.025 0.214 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.003 0.014 0.001 0.002 0.002 94 K 0.014 0.059 0.184 0.298 0.012 0.029 0.047 0.317 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.013 95 L 0.009 0.098 0.180 0.062 0.004 0.077 0.277 0.230 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.002 0.006 0.006 0.009 0.005 0.003 0.008 0.006 96 E 0.015 0.086 0.271 0.078 0.006 0.033 0.239 0.214 0.003 0.001 0.002 0.006 0.004 0.003 0.002 0.008 0.005 0.006 0.003 0.002 0.004 0.009 97 H 0.038 0.101 0.231 0.051 0.005 0.034 0.264 0.179 0.004 0.002 0.005 0.008 0.004 0.006 0.005 0.012 0.009 0.011 0.006 0.004 0.009 0.013 98 H 0.050 0.138 0.213 0.090 0.010 0.042 0.194 0.110 0.005 0.004 0.007 0.010 0.006 0.011 0.006 0.015 0.013 0.012 0.024 0.005 0.016 0.016 99 H 0.049 0.142 0.246 0.108 0.013 0.037 0.124 0.083 0.007 0.004 0.009 0.014 0.009 0.012 0.006 0.018 0.013 0.012 0.041 0.008 0.018 0.027 100 H 0.047 0.171 0.214 0.108 0.011 0.036 0.120 0.065 0.008 0.005 0.010 0.015 0.012 0.014 0.009 0.024 0.015 0.014 0.045 0.008 0.019 0.030 101 H 0.040 0.185 0.193 0.128 0.012 0.039 0.130 0.037 0.008 0.005 0.008 0.020 0.011 0.016 0.008 0.022 0.012 0.008 0.049 0.012 0.024 0.033 102 H 0.027 0.262 0.145 0.177 0.020 0.047 0.061 0.032 0.008 0.005 0.009 0.017 0.010 0.013 0.006 0.024 0.014 0.014 0.047 0.014 0.026 0.021