# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0327/T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.076 0.148 0.178 0.105 0.041 0.086 0.024 0.005 0.007 0.070 0.041 0.073 0.038 0.011 0.020 2 N 0.011 0.032 0.045 0.037 0.024 0.350 0.013 0.155 0.008 0.015 0.046 0.077 0.104 0.006 0.065 0.011 3 K 0.013 0.048 0.026 0.021 0.006 0.041 0.011 0.021 0.051 0.036 0.490 0.042 0.117 0.013 0.010 0.054 4 D 0.100 0.064 0.020 0.022 0.001 0.028 0.004 0.005 0.010 0.003 0.032 0.582 0.090 0.001 0.027 0.010 5 K 0.043 0.043 0.280 0.027 0.001 0.015 0.004 0.001 0.009 0.003 0.039 0.075 0.303 0.002 0.006 0.151 6 L 0.034 0.006 0.134 0.042 0.001 0.134 0.002 0.001 0.001 0.001 0.079 0.087 0.474 0.001 0.001 0.004 7 R 0.002 0.154 0.064 0.057 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.084 0.577 0.001 0.001 0.002 8 Y 0.001 0.001 0.004 0.082 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.039 0.777 0.001 0.001 0.001 9 A 0.001 0.004 0.005 0.015 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.022 0.914 0.001 0.001 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.907 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.012 0.004 0.008 14 I 0.002 0.002 0.027 0.007 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.742 0.056 0.037 0.101 15 F 0.002 0.002 0.037 0.003 0.021 0.003 0.226 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.443 0.011 0.047 16 E 0.011 0.022 0.057 0.016 0.015 0.023 0.129 0.089 0.002 0.002 0.011 0.004 0.164 0.084 0.333 0.037 17 G 0.010 0.095 0.025 0.018 0.004 0.026 0.026 0.036 0.076 0.047 0.074 0.018 0.104 0.015 0.072 0.354 18 N 0.410 0.144 0.111 0.057 0.001 0.005 0.015 0.004 0.036 0.006 0.018 0.046 0.030 0.007 0.017 0.093 19 T 0.124 0.021 0.376 0.048 0.008 0.215 0.061 0.003 0.004 0.008 0.009 0.064 0.037 0.003 0.010 0.010 20 P 0.025 0.190 0.227 0.107 0.007 0.098 0.008 0.018 0.005 0.002 0.228 0.013 0.034 0.002 0.006 0.029 21 L 0.023 0.166 0.061 0.546 0.005 0.011 0.004 0.006 0.015 0.006 0.016 0.121 0.009 0.002 0.002 0.008 22 S 0.006 0.004 0.024 0.018 0.014 0.848 0.008 0.003 0.001 0.004 0.005 0.025 0.037 0.001 0.002 0.001 23 E 0.001 0.011 0.005 0.006 0.003 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 0.916 0.004 0.023 0.003 0.001 0.002 24 N 0.003 0.046 0.004 0.020 0.001 0.004 0.001 0.005 0.010 0.001 0.009 0.857 0.019 0.001 0.015 0.002 25 D 0.031 0.012 0.098 0.021 0.015 0.008 0.165 0.001 0.020 0.004 0.005 0.008 0.122 0.188 0.012 0.290 26 I 0.049 0.022 0.607 0.047 0.001 0.006 0.029 0.025 0.002 0.001 0.006 0.007 0.044 0.001 0.131 0.021 27 G 0.031 0.038 0.338 0.138 0.004 0.050 0.013 0.003 0.041 0.040 0.007 0.006 0.039 0.002 0.002 0.248 28 V 0.289 0.054 0.084 0.499 0.004 0.017 0.004 0.003 0.001 0.002 0.012 0.009 0.013 0.001 0.001 0.006 29 T 0.001 0.008 0.016 0.023 0.005 0.897 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.018 0.016 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.007 0.002 0.004 0.001 0.045 0.001 0.003 0.001 0.001 0.899 0.009 0.026 0.001 0.001 0.001 31 D 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.921 0.026 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.004 0.002 0.013 0.004 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.030 0.075 0.817 0.002 0.002 0.036 33 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.043 0.906 0.001 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.042 0.932 0.001 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.970 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.982 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.001 0.008 40 L 0.001 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.009 0.010 0.011 41 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.905 0.027 0.008 0.013 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.949 0.001 0.002 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 0.001 44 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.960 45 Y 0.942 0.006 0.034 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 I 0.005 0.001 0.135 0.008 0.053 0.772 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 47 I 0.001 0.831 0.007 0.048 0.001 0.003 0.001 0.087 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 48 G 0.001 0.007 0.004 0.751 0.001 0.008 0.001 0.001 0.186 0.009 0.007 0.014 0.002 0.001 0.001 0.008 49 V 0.158 0.003 0.699 0.111 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 50 H 0.004 0.020 0.126 0.765 0.008 0.053 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 51 Y 0.005 0.035 0.025 0.794 0.048 0.070 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 52 S 0.002 0.022 0.005 0.056 0.058 0.798 0.008 0.009 0.001 0.006 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 53 D 0.002 0.109 0.005 0.023 0.005 0.037 0.002 0.073 0.007 0.004 0.690 0.027 0.008 0.001 0.006 0.002 54 D 0.014 0.288 0.030 0.065 0.002 0.009 0.005 0.007 0.110 0.010 0.026 0.361 0.017 0.004 0.013 0.039 55 R 0.136 0.021 0.443 0.058 0.003 0.061 0.040 0.003 0.009 0.004 0.011 0.033 0.118 0.003 0.020 0.038 56 P 0.031 0.101 0.528 0.113 0.001 0.051 0.007 0.007 0.003 0.002 0.045 0.014 0.066 0.001 0.004 0.025 57 H 0.035 0.095 0.076 0.383 0.008 0.166 0.006 0.004 0.011 0.004 0.036 0.090 0.070 0.004 0.002 0.011 58 L 0.017 0.046 0.189 0.291 0.052 0.088 0.044 0.007 0.003 0.001 0.063 0.030 0.134 0.018 0.005 0.010 59 Y 0.005 0.075 0.149 0.469 0.008 0.031 0.007 0.042 0.005 0.003 0.023 0.041 0.108 0.002 0.020 0.013 60 K 0.018 0.021 0.057 0.247 0.148 0.107 0.096 0.007 0.021 0.024 0.026 0.015 0.084 0.061 0.002 0.063 61 L 0.037 0.154 0.188 0.371 0.002 0.013 0.005 0.094 0.003 0.001 0.020 0.011 0.030 0.001 0.060 0.009 62 G 0.010 0.026 0.124 0.261 0.008 0.285 0.009 0.003 0.050 0.099 0.010 0.027 0.042 0.002 0.002 0.042 63 P 0.179 0.084 0.065 0.211 0.008 0.121 0.008 0.007 0.002 0.002 0.218 0.024 0.065 0.001 0.002 0.003 64 E 0.006 0.274 0.066 0.340 0.005 0.054 0.004 0.005 0.010 0.002 0.039 0.153 0.027 0.003 0.002 0.010 65 L 0.014 0.047 0.158 0.458 0.015 0.072 0.018 0.006 0.005 0.004 0.017 0.051 0.107 0.003 0.009 0.015 66 T 0.006 0.020 0.041 0.031 0.029 0.530 0.012 0.008 0.002 0.007 0.057 0.027 0.219 0.002 0.002 0.006 67 E 0.005 0.021 0.008 0.012 0.033 0.019 0.021 0.017 0.002 0.003 0.663 0.054 0.079 0.057 0.002 0.003 68 K 0.003 0.019 0.008 0.016 0.001 0.023 0.001 0.106 0.006 0.004 0.030 0.442 0.145 0.001 0.192 0.004 69 G 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.015 0.015 0.084 0.026 0.703 0.003 0.002 0.123 70 E 0.026 0.002 0.004 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.176 0.707 0.001 0.002 0.001 71 N 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.916 0.001 0.002 0.002 72 Y 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.953 0.003 0.001 0.009 73 L 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.956 0.003 0.004 0.002 74 K 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.897 0.041 0.006 0.015 75 E 0.004 0.003 0.006 0.003 0.002 0.003 0.035 0.004 0.001 0.001 0.008 0.006 0.462 0.365 0.051 0.046 76 N 0.002 0.004 0.033 0.001 0.001 0.004 0.010 0.004 0.001 0.001 0.010 0.009 0.610 0.003 0.273 0.035 77 G 0.016 0.003 0.012 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.007 0.042 0.044 0.750 0.002 0.002 0.108 78 T 0.033 0.003 0.003 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.142 0.706 0.001 0.001 0.002 79 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.092 0.820 0.001 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.159 0.826 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.989 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 0.003 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 87 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.003 88 E 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.011 0.001 0.013 89 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.966 0.003 0.006 0.002 90 K 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.945 0.008 0.003 0.005 91 D 0.002 0.004 0.002 0.007 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.913 0.004 0.023 0.012 92 W 0.006 0.019 0.063 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.005 0.008 0.459 0.010 0.013 0.394 93 I 0.053 0.005 0.190 0.038 0.003 0.017 0.085 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.538 0.018 0.007 0.025 94 K 0.007 0.031 0.126 0.041 0.005 0.155 0.014 0.014 0.001 0.001 0.022 0.008 0.544 0.006 0.013 0.012 95 L 0.004 0.073 0.011 0.069 0.019 0.092 0.030 0.006 0.010 0.005 0.233 0.047 0.309 0.050 0.004 0.036 96 E 0.018 0.074 0.066 0.056 0.008 0.024 0.035 0.027 0.005 0.001 0.043 0.230 0.318 0.014 0.071 0.012 97 H 0.008 0.026 0.121 0.057 0.008 0.034 0.033 0.018 0.018 0.012 0.035 0.037 0.430 0.027 0.029 0.109 98 H 0.072 0.041 0.130 0.082 0.014 0.037 0.050 0.016 0.011 0.006 0.051 0.049 0.313 0.031 0.039 0.060 99 H 0.035 0.046 0.163 0.089 0.017 0.062 0.049 0.024 0.011 0.009 0.052 0.051 0.277 0.024 0.036 0.053 100 H 0.039 0.067 0.135 0.123 0.033 0.064 0.052 0.025 0.017 0.011 0.058 0.060 0.201 0.031 0.026 0.058 101 H 0.044 0.073 0.114 0.110 0.050 0.085 0.069 0.032 0.016 0.012 0.054 0.068 0.164 0.038 0.031 0.041 102 H 0.031 0.078 0.131 0.090 0.025 0.092 0.048 0.059 0.017 0.015 0.084 0.067 0.149 0.019 0.052 0.043