# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.058 0.025 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.066 0.091 0.637 2 N 0.380 0.088 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.059 0.072 0.377 3 K 0.023 0.166 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.041 0.104 0.639 4 D 0.009 0.579 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.030 0.055 0.286 5 K 0.014 0.624 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.064 0.038 0.157 6 L 0.006 0.841 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.018 0.014 0.076 7 R 0.016 0.783 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.001 0.095 0.024 0.006 0.055 8 Y 0.016 0.730 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.058 0.055 0.012 0.110 9 A 0.021 0.539 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.216 0.067 0.022 0.122 10 I 0.044 0.659 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.040 0.030 0.174 11 L 0.111 0.776 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.009 0.049 12 K 0.145 0.430 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.064 0.051 0.277 13 E 0.110 0.106 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.113 0.114 0.496 14 I 0.096 0.014 0.017 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.200 0.196 0.423 15 F 0.106 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.107 0.153 0.596 16 E 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.036 0.088 0.836 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.120 0.851 18 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.126 0.825 19 T 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.052 0.164 0.707 20 P 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.020 0.170 0.757 21 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.014 0.141 0.749 22 S 0.593 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.124 0.034 0.157 23 E 0.405 0.015 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.150 0.055 0.351 24 N 0.137 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.134 0.680 25 D 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.086 0.063 0.140 0.666 26 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.026 0.186 0.724 27 G 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.120 0.009 0.138 0.701 28 V 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.099 0.009 0.133 0.740 29 T 0.126 0.735 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.082 0.008 0.046 30 E 0.085 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.010 0.084 31 D 0.008 0.689 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.101 0.016 0.183 32 Q 0.006 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.006 0.052 33 F 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.019 34 D 0.004 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.404 0.004 0.025 35 D 0.003 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.007 0.030 36 A 0.012 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.037 37 V 0.015 0.911 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.030 38 N 0.014 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 0.054 39 F 0.067 0.562 0.034 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.031 0.185 40 L 0.026 0.029 0.525 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.022 0.083 41 K 0.585 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.047 0.329 42 R 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.057 0.883 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.124 0.846 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.034 0.137 0.674 45 Y 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.055 0.087 0.471 46 I 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.467 0.042 0.065 0.416 47 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 0.002 0.611 0.061 0.045 0.247 48 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.667 0.058 0.033 0.227 49 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.492 0.047 0.050 0.385 50 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.124 0.093 0.179 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.073 0.036 0.188 51 Y 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.041 0.080 0.710 52 S 0.437 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.103 0.055 0.340 53 D 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.012 0.102 0.839 54 D 0.027 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.073 0.838 55 R 0.172 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.045 0.105 0.454 56 P 0.033 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.044 0.115 0.587 57 H 0.066 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.160 0.009 0.154 0.015 0.015 0.004 0.141 0.077 0.042 0.269 58 L 0.086 0.018 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.030 0.003 0.062 0.003 0.012 0.152 0.075 0.072 0.467 59 Y 0.039 0.004 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.109 0.003 0.221 0.028 0.085 0.464 60 K 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.020 0.133 0.017 0.088 0.714 61 L 0.027 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.032 0.158 0.673 62 G 0.215 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.118 0.103 0.462 63 P 0.040 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.055 0.107 0.736 64 E 0.024 0.026 0.001 0.001 0.011 0.036 0.033 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.026 0.109 0.650 65 L 0.006 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.026 0.118 0.758 66 T 0.244 0.467 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.088 0.029 0.164 67 E 0.143 0.294 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.113 0.053 0.387 68 K 0.006 0.617 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.021 0.321 69 G 0.026 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.008 0.086 70 E 0.028 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.006 0.078 71 N 0.010 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.007 0.046 72 Y 0.056 0.476 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.294 0.024 0.105 73 L 0.133 0.339 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.028 0.142 74 K 0.271 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.204 0.069 0.430 75 E 0.002 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.059 0.077 0.734 76 N 0.200 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.228 0.117 0.401 77 G 0.010 0.296 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.132 0.098 0.439 78 T 0.017 0.751 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.020 0.173 79 W 0.017 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.011 0.064 80 S 0.020 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 0.010 0.058 81 K 0.013 0.419 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.466 0.022 0.070 82 A 0.005 0.862 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.011 0.043 83 Y 0.013 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.007 0.070 84 K 0.005 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.005 0.074 85 T 0.004 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.004 0.046 86 I 0.019 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.005 0.055 87 K 0.013 0.816 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.014 0.114 88 E 0.029 0.799 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.014 0.115 89 I 0.104 0.720 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.065 0.016 0.074 90 K 0.069 0.426 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.044 0.056 0.371 91 D 0.075 0.356 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.028 0.055 0.423 92 W 0.109 0.372 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.042 0.073 0.343 93 I 0.065 0.212 0.022 0.004 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.077 0.115 0.401 94 K 0.117 0.206 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.079 0.063 0.480 95 L 0.130 0.170 0.024 0.004 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.127 0.093 0.407 96 E 0.143 0.100 0.016 0.007 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.078 0.097 0.508 97 H 0.110 0.047 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.065 0.068 0.665 98 H 0.102 0.025 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.067 0.075 0.686 99 H 0.102 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.035 0.080 0.731 100 H 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.022 0.089 0.824 101 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.090 0.852 102 H 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.027 0.115 0.802