# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.018 0.041 0.032 0.063 0.095 0.007 0.669 2 N 0.060 0.028 0.032 0.039 0.062 0.148 0.011 0.620 3 K 0.066 0.023 0.026 0.013 0.026 0.103 0.010 0.735 4 D 0.078 0.055 0.021 0.015 0.018 0.279 0.013 0.520 5 K 0.148 0.047 0.018 0.009 0.012 0.160 0.017 0.588 6 L 0.091 0.102 0.033 0.016 0.024 0.269 0.006 0.459 7 R 0.050 0.205 0.041 0.041 0.073 0.269 0.009 0.312 8 Y 0.028 0.482 0.024 0.027 0.053 0.048 0.004 0.334 9 A 0.020 0.622 0.019 0.032 0.054 0.052 0.005 0.195 10 I 0.022 0.748 0.008 0.017 0.025 0.027 0.005 0.147 11 L 0.024 0.838 0.007 0.012 0.036 0.011 0.006 0.066 12 K 0.016 0.857 0.005 0.010 0.015 0.011 0.006 0.080 13 E 0.038 0.828 0.005 0.008 0.007 0.009 0.014 0.091 14 I 0.080 0.794 0.011 0.010 0.011 0.008 0.022 0.064 15 F 0.056 0.728 0.027 0.029 0.022 0.013 0.023 0.102 16 E 0.035 0.392 0.085 0.034 0.036 0.040 0.029 0.348 17 G 0.072 0.212 0.042 0.019 0.028 0.058 0.060 0.508 18 N 0.363 0.096 0.039 0.013 0.011 0.038 0.087 0.353 19 T 0.076 0.017 0.093 0.022 0.017 0.188 0.018 0.569 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 21 L 0.032 0.004 0.041 0.039 0.110 0.326 0.003 0.444 22 S 0.103 0.006 0.014 0.020 0.037 0.270 0.005 0.547 23 E 0.027 0.014 0.009 0.008 0.026 0.032 0.001 0.883 24 N 0.023 0.015 0.006 0.006 0.015 0.438 0.007 0.490 25 D 0.380 0.025 0.007 0.006 0.006 0.265 0.026 0.284 26 I 0.371 0.234 0.037 0.033 0.030 0.063 0.016 0.216 27 G 0.117 0.061 0.112 0.067 0.116 0.123 0.024 0.381 28 V 0.076 0.057 0.220 0.065 0.101 0.088 0.006 0.388 29 T 0.036 0.106 0.054 0.062 0.173 0.223 0.007 0.339 30 E 0.043 0.064 0.033 0.015 0.060 0.061 0.005 0.718 31 D 0.024 0.067 0.011 0.005 0.011 0.512 0.006 0.364 32 Q 0.140 0.055 0.003 0.001 0.002 0.599 0.012 0.187 33 F 0.097 0.691 0.007 0.002 0.004 0.059 0.007 0.133 34 D 0.014 0.677 0.009 0.002 0.007 0.051 0.005 0.235 35 D 0.021 0.648 0.003 0.002 0.003 0.050 0.004 0.269 36 A 0.020 0.905 0.001 0.001 0.002 0.013 0.003 0.056 37 V 0.005 0.972 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 38 N 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 39 F 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 40 L 0.054 0.896 0.003 0.002 0.003 0.002 0.015 0.025 41 K 0.043 0.869 0.011 0.008 0.011 0.004 0.016 0.038 42 R 0.043 0.723 0.027 0.012 0.014 0.015 0.038 0.130 43 E 0.138 0.326 0.039 0.018 0.011 0.032 0.133 0.302 44 G 0.428 0.084 0.038 0.026 0.006 0.012 0.194 0.212 45 Y 0.064 0.004 0.693 0.027 0.027 0.047 0.017 0.122 46 I 0.007 0.003 0.175 0.147 0.133 0.051 0.003 0.481 47 I 0.008 0.002 0.221 0.226 0.364 0.025 0.002 0.153 48 G 0.005 0.001 0.111 0.154 0.233 0.038 0.002 0.455 49 V 0.011 0.001 0.260 0.223 0.277 0.038 0.002 0.188 50 H 0.004 0.001 0.055 0.222 0.217 0.040 0.001 0.459 51 Y 0.012 0.001 0.038 0.086 0.225 0.065 0.002 0.572 52 S 0.021 0.003 0.044 0.129 0.188 0.150 0.004 0.461 53 D 0.017 0.001 0.010 0.018 0.036 0.056 0.004 0.858 54 D 0.037 0.003 0.011 0.011 0.022 0.427 0.012 0.478 55 R 0.283 0.004 0.022 0.016 0.020 0.300 0.022 0.334 56 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.983 57 H 0.013 0.005 0.094 0.068 0.143 0.179 0.006 0.491 58 L 0.129 0.016 0.129 0.065 0.175 0.101 0.005 0.380 59 Y 0.041 0.025 0.224 0.237 0.288 0.041 0.006 0.138 60 K 0.050 0.015 0.077 0.077 0.145 0.095 0.011 0.530 61 L 0.082 0.019 0.196 0.052 0.152 0.065 0.025 0.409 62 G 0.026 0.007 0.034 0.040 0.062 0.189 0.006 0.637 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 E 0.022 0.003 0.024 0.024 0.042 0.153 0.005 0.727 65 L 0.336 0.013 0.057 0.022 0.025 0.076 0.009 0.462 66 T 0.068 0.050 0.095 0.062 0.108 0.098 0.007 0.512 67 E 0.049 0.046 0.059 0.027 0.052 0.076 0.004 0.687 68 K 0.032 0.029 0.013 0.008 0.015 0.577 0.007 0.320 69 G 0.264 0.079 0.011 0.010 0.018 0.217 0.030 0.372 70 E 0.103 0.330 0.031 0.016 0.028 0.161 0.010 0.322 71 N 0.018 0.253 0.014 0.022 0.029 0.153 0.010 0.502 72 Y 0.097 0.454 0.010 0.023 0.055 0.056 0.009 0.294 73 L 0.087 0.674 0.010 0.025 0.074 0.018 0.007 0.106 74 K 0.036 0.686 0.015 0.030 0.059 0.020 0.011 0.143 75 E 0.059 0.671 0.014 0.015 0.021 0.018 0.029 0.172 76 N 0.268 0.348 0.009 0.012 0.009 0.016 0.123 0.216 77 G 0.567 0.061 0.027 0.013 0.006 0.021 0.109 0.196 78 T 0.076 0.034 0.094 0.011 0.021 0.373 0.014 0.378 79 W 0.070 0.048 0.019 0.015 0.061 0.196 0.007 0.583 80 S 0.044 0.136 0.015 0.012 0.023 0.259 0.006 0.506 81 K 0.042 0.151 0.007 0.005 0.008 0.203 0.005 0.579 82 A 0.045 0.731 0.006 0.009 0.011 0.044 0.004 0.151 83 Y 0.017 0.863 0.003 0.014 0.022 0.013 0.005 0.063 84 K 0.029 0.804 0.004 0.027 0.035 0.014 0.004 0.082 85 T 0.007 0.775 0.005 0.015 0.019 0.011 0.003 0.165 86 I 0.005 0.898 0.003 0.019 0.030 0.005 0.003 0.037 87 K 0.008 0.855 0.005 0.016 0.018 0.009 0.004 0.086 88 E 0.014 0.836 0.004 0.012 0.013 0.013 0.005 0.103 89 I 0.034 0.839 0.005 0.007 0.014 0.009 0.008 0.083 90 K 0.013 0.868 0.004 0.006 0.007 0.007 0.005 0.089 91 D 0.038 0.728 0.005 0.007 0.008 0.013 0.021 0.180 92 W 0.136 0.616 0.020 0.009 0.013 0.016 0.030 0.160 93 I 0.069 0.673 0.024 0.037 0.025 0.014 0.020 0.139 94 K 0.006 0.093 0.023 0.010 0.015 0.021 0.006 0.825 95 L 0.063 0.313 0.042 0.043 0.071 0.070 0.015 0.384 96 E 0.171 0.294 0.048 0.024 0.039 0.126 0.026 0.271 97 H 0.182 0.222 0.031 0.024 0.028 0.096 0.035 0.380 98 H 0.149 0.277 0.071 0.024 0.025 0.064 0.023 0.367 99 H 0.163 0.160 0.044 0.031 0.042 0.080 0.034 0.445 100 H 0.157 0.087 0.051 0.032 0.048 0.086 0.031 0.507 101 H 0.102 0.060 0.054 0.033 0.053 0.097 0.019 0.582 102 H 0.077 0.042 0.041 0.031 0.049 0.096 0.013 0.651