# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.004 0.017 0.104 0.038 0.079 0.733 2 N 0.022 0.017 0.028 0.192 0.031 0.133 0.578 3 K 0.011 0.005 0.069 0.373 0.097 0.259 0.186 4 D 0.013 0.001 0.024 0.355 0.122 0.218 0.267 5 K 0.053 0.012 0.021 0.571 0.070 0.091 0.182 6 L 0.119 0.019 0.002 0.687 0.022 0.005 0.146 7 R 0.111 0.005 0.002 0.809 0.006 0.004 0.064 8 Y 0.112 0.003 0.003 0.853 0.007 0.004 0.018 9 A 0.075 0.001 0.003 0.906 0.004 0.003 0.008 10 I 0.102 0.001 0.007 0.868 0.005 0.008 0.009 11 L 0.073 0.002 0.015 0.868 0.007 0.013 0.022 12 K 0.020 0.001 0.020 0.942 0.005 0.005 0.007 13 E 0.014 0.001 0.030 0.937 0.003 0.013 0.004 14 I 0.012 0.002 0.024 0.890 0.006 0.056 0.011 15 F 0.042 0.017 0.029 0.581 0.057 0.162 0.111 16 E 0.054 0.035 0.016 0.101 0.103 0.450 0.242 17 G 0.019 0.005 0.005 0.006 0.299 0.386 0.280 18 N 0.017 0.016 0.005 0.003 0.414 0.055 0.491 19 T 0.023 0.017 0.003 0.001 0.238 0.021 0.698 20 P 0.043 0.041 0.011 0.001 0.140 0.120 0.644 21 L 0.048 0.133 0.008 0.001 0.220 0.071 0.519 22 S 0.031 0.019 0.009 0.002 0.079 0.013 0.848 23 E 0.006 0.003 0.541 0.094 0.047 0.252 0.056 24 N 0.007 0.003 0.467 0.060 0.028 0.415 0.021 25 D 0.016 0.007 0.533 0.040 0.067 0.258 0.078 26 I 0.152 0.056 0.078 0.087 0.072 0.150 0.405 27 G 0.275 0.061 0.026 0.034 0.072 0.090 0.443 28 V 0.220 0.113 0.005 0.015 0.083 0.013 0.552 29 T 0.092 0.023 0.003 0.016 0.044 0.007 0.816 30 E 0.006 0.001 0.103 0.793 0.015 0.059 0.022 31 D 0.001 0.001 0.100 0.826 0.010 0.055 0.007 32 Q 0.001 0.002 0.107 0.842 0.006 0.028 0.014 33 F 0.001 0.001 0.013 0.967 0.002 0.011 0.006 34 D 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.008 0.001 35 D 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.008 0.001 36 A 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.006 0.002 37 V 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.003 0.001 38 N 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.006 0.001 39 F 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.012 0.001 40 L 0.001 0.002 0.005 0.974 0.001 0.015 0.002 41 K 0.002 0.001 0.023 0.921 0.004 0.041 0.008 42 R 0.005 0.001 0.026 0.718 0.026 0.220 0.004 43 E 0.001 0.001 0.015 0.072 0.015 0.891 0.005 44 G 0.008 0.001 0.008 0.004 0.085 0.868 0.026 45 Y 0.347 0.027 0.004 0.002 0.071 0.020 0.529 46 I 0.889 0.038 0.002 0.001 0.012 0.002 0.058 47 I 0.893 0.004 0.005 0.001 0.017 0.009 0.072 48 G 0.859 0.002 0.005 0.001 0.035 0.018 0.079 49 V 0.886 0.003 0.002 0.001 0.011 0.004 0.094 50 H 0.898 0.020 0.001 0.001 0.017 0.002 0.062 51 Y 0.749 0.053 0.001 0.001 0.019 0.006 0.172 52 S 0.265 0.035 0.002 0.001 0.053 0.018 0.627 53 D 0.016 0.003 0.008 0.001 0.095 0.824 0.053 54 D 0.008 0.005 0.012 0.003 0.192 0.697 0.083 55 R 0.014 0.009 0.007 0.008 0.482 0.012 0.468 56 P 0.043 0.024 0.077 0.075 0.106 0.177 0.498 57 H 0.210 0.092 0.209 0.092 0.088 0.185 0.123 58 L 0.343 0.071 0.276 0.075 0.028 0.075 0.132 59 Y 0.371 0.018 0.203 0.113 0.076 0.077 0.142 60 K 0.342 0.018 0.144 0.077 0.077 0.134 0.207 61 L 0.137 0.043 0.065 0.063 0.249 0.075 0.369 62 G 0.031 0.007 0.017 0.012 0.191 0.015 0.728 63 P 0.009 0.003 0.200 0.048 0.078 0.470 0.192 64 E 0.022 0.018 0.200 0.070 0.072 0.498 0.120 65 L 0.052 0.051 0.088 0.071 0.170 0.079 0.489 66 T 0.044 0.020 0.016 0.053 0.064 0.043 0.760 67 E 0.023 0.016 0.072 0.335 0.177 0.262 0.115 68 K 0.019 0.020 0.057 0.354 0.146 0.287 0.116 69 G 0.004 0.003 0.057 0.771 0.025 0.075 0.066 70 E 0.002 0.002 0.033 0.916 0.009 0.015 0.022 71 N 0.001 0.001 0.050 0.924 0.003 0.015 0.006 72 Y 0.002 0.001 0.064 0.909 0.003 0.014 0.007 73 L 0.004 0.004 0.107 0.825 0.010 0.033 0.016 74 K 0.003 0.002 0.173 0.601 0.015 0.191 0.015 75 E 0.001 0.001 0.070 0.376 0.015 0.517 0.020 76 N 0.003 0.005 0.070 0.279 0.098 0.230 0.314 77 G 0.003 0.005 0.058 0.270 0.139 0.270 0.256 78 T 0.006 0.009 0.065 0.360 0.090 0.256 0.214 79 W 0.011 0.004 0.054 0.677 0.059 0.057 0.138 80 S 0.012 0.004 0.030 0.764 0.043 0.028 0.117 81 K 0.003 0.001 0.022 0.949 0.004 0.010 0.012 82 A 0.002 0.001 0.009 0.978 0.001 0.005 0.004 83 Y 0.003 0.001 0.004 0.982 0.002 0.005 0.003 84 K 0.003 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.002 85 T 0.004 0.001 0.002 0.983 0.001 0.007 0.003 86 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 87 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 88 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.011 0.001 89 I 0.002 0.001 0.015 0.958 0.002 0.018 0.006 90 K 0.004 0.002 0.052 0.904 0.007 0.025 0.007 91 D 0.006 0.002 0.061 0.838 0.005 0.080 0.008 92 W 0.005 0.001 0.083 0.771 0.015 0.107 0.018 93 I 0.019 0.008 0.053 0.525 0.206 0.066 0.123 94 K 0.023 0.008 0.106 0.338 0.053 0.124 0.347 95 L 0.012 0.004 0.255 0.477 0.042 0.128 0.082 96 E 0.027 0.008 0.219 0.425 0.051 0.154 0.115 97 H 0.030 0.007 0.216 0.334 0.056 0.209 0.148 98 H 0.051 0.012 0.078 0.311 0.087 0.229 0.233 99 H 0.052 0.011 0.072 0.162 0.166 0.229 0.307 100 H 0.056 0.020 0.067 0.111 0.173 0.285 0.288 101 H 0.048 0.025 0.029 0.070 0.135 0.142 0.552 102 H 0.014 0.004 0.012 0.021 0.044 0.032 0.873