# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.513 0.104 0.152 0.125 0.029 0.018 0.024 0.009 0.014 0.010 0.001 2 N 0.278 0.096 0.118 0.205 0.019 0.083 0.140 0.007 0.048 0.006 0.002 3 K 0.413 0.102 0.105 0.244 0.030 0.022 0.049 0.009 0.013 0.012 0.001 4 D 0.173 0.098 0.215 0.182 0.042 0.078 0.166 0.016 0.026 0.003 0.001 5 K 0.587 0.090 0.076 0.149 0.017 0.035 0.027 0.006 0.011 0.002 0.001 6 L 0.636 0.222 0.091 0.021 0.013 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 7 R 0.841 0.091 0.016 0.038 0.005 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 Y 0.837 0.074 0.051 0.008 0.014 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 9 A 0.894 0.051 0.017 0.012 0.005 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 10 I 0.934 0.025 0.015 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 L 0.877 0.040 0.033 0.038 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 K 0.929 0.021 0.024 0.009 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.867 0.018 0.019 0.077 0.009 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 14 I 0.824 0.023 0.026 0.115 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 F 0.399 0.156 0.102 0.211 0.029 0.030 0.023 0.006 0.041 0.004 0.001 16 E 0.256 0.148 0.206 0.262 0.022 0.021 0.045 0.005 0.029 0.005 0.001 17 G 0.054 0.007 0.027 0.046 0.038 0.002 0.110 0.545 0.001 0.171 0.001 18 N 0.145 0.122 0.165 0.276 0.030 0.101 0.103 0.011 0.039 0.005 0.002 19 T 0.017 0.346 0.304 0.002 0.058 0.024 0.024 0.001 0.222 0.002 0.001 20 P 0.151 0.007 0.522 0.021 0.001 0.077 0.001 0.001 0.003 0.001 0.220 21 L 0.059 0.255 0.454 0.099 0.029 0.084 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 22 S 0.007 0.256 0.510 0.008 0.061 0.079 0.002 0.001 0.074 0.003 0.001 23 E 0.923 0.005 0.019 0.042 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 24 N 0.691 0.005 0.017 0.262 0.002 0.003 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 25 D 0.304 0.017 0.046 0.532 0.007 0.027 0.050 0.003 0.011 0.001 0.001 26 I 0.140 0.156 0.293 0.338 0.021 0.014 0.021 0.004 0.011 0.001 0.001 27 G 0.052 0.116 0.157 0.052 0.208 0.023 0.116 0.155 0.012 0.109 0.001 28 V 0.021 0.606 0.272 0.020 0.059 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 T 0.012 0.403 0.304 0.012 0.165 0.048 0.001 0.001 0.044 0.011 0.001 30 E 0.974 0.003 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 31 D 0.952 0.001 0.003 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.901 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 F 0.948 0.001 0.004 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.988 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 K 0.979 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.957 0.009 0.010 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.375 0.009 0.044 0.547 0.003 0.003 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 44 G 0.005 0.001 0.003 0.014 0.007 0.001 0.204 0.760 0.001 0.005 0.001 45 Y 0.065 0.328 0.445 0.040 0.025 0.072 0.015 0.001 0.008 0.001 0.001 46 I 0.008 0.377 0.483 0.001 0.002 0.101 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 47 I 0.182 0.231 0.068 0.442 0.018 0.027 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 48 G 0.004 0.078 0.080 0.006 0.681 0.005 0.100 0.033 0.004 0.009 0.001 49 V 0.022 0.803 0.091 0.016 0.051 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 50 H 0.015 0.666 0.185 0.007 0.067 0.033 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 51 Y 0.054 0.534 0.229 0.068 0.048 0.040 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 52 S 0.055 0.417 0.198 0.025 0.193 0.020 0.004 0.003 0.071 0.014 0.001 53 D 0.671 0.021 0.097 0.140 0.019 0.020 0.014 0.002 0.003 0.008 0.006 54 D 0.144 0.021 0.037 0.683 0.008 0.036 0.039 0.009 0.021 0.001 0.002 55 R 0.049 0.249 0.447 0.010 0.042 0.019 0.027 0.002 0.148 0.005 0.001 56 P 0.283 0.011 0.506 0.017 0.001 0.038 0.007 0.001 0.003 0.001 0.133 57 H 0.190 0.284 0.333 0.064 0.034 0.051 0.012 0.003 0.027 0.001 0.001 58 L 0.297 0.315 0.199 0.091 0.011 0.054 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 59 Y 0.289 0.302 0.195 0.111 0.049 0.023 0.007 0.001 0.018 0.005 0.001 60 K 0.134 0.131 0.310 0.079 0.053 0.118 0.111 0.007 0.053 0.002 0.002 61 L 0.377 0.108 0.205 0.262 0.007 0.022 0.004 0.001 0.011 0.001 0.002 62 G 0.104 0.033 0.249 0.007 0.084 0.003 0.018 0.035 0.016 0.450 0.001 63 P 0.628 0.004 0.268 0.032 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.050 64 E 0.425 0.118 0.231 0.145 0.023 0.018 0.016 0.007 0.016 0.001 0.001 65 L 0.217 0.141 0.402 0.140 0.011 0.064 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 66 T 0.134 0.235 0.431 0.042 0.081 0.043 0.004 0.002 0.020 0.006 0.001 67 E 0.858 0.020 0.040 0.054 0.008 0.007 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 68 K 0.593 0.016 0.138 0.218 0.005 0.009 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 69 G 0.555 0.007 0.050 0.067 0.021 0.007 0.060 0.154 0.006 0.072 0.001 70 E 0.918 0.009 0.034 0.029 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 N 0.837 0.015 0.033 0.074 0.004 0.010 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.942 0.005 0.007 0.036 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.938 0.008 0.015 0.030 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.961 0.008 0.008 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.826 0.014 0.023 0.123 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 76 N 0.223 0.030 0.068 0.580 0.008 0.017 0.042 0.005 0.025 0.001 0.001 77 G 0.492 0.025 0.128 0.060 0.029 0.015 0.115 0.088 0.008 0.040 0.001 78 T 0.765 0.040 0.050 0.105 0.011 0.015 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 79 W 0.906 0.012 0.026 0.038 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 80 S 0.966 0.003 0.010 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.987 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.989 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.987 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.988 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.974 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.972 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.987 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.962 0.002 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.930 0.005 0.009 0.049 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.958 0.006 0.010 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.825 0.007 0.015 0.136 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 92 W 0.773 0.016 0.032 0.159 0.003 0.007 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 93 I 0.336 0.246 0.232 0.048 0.020 0.031 0.009 0.001 0.076 0.001 0.001 94 K 0.422 0.042 0.386 0.056 0.004 0.059 0.013 0.003 0.011 0.003 0.002 95 L 0.625 0.067 0.125 0.087 0.017 0.027 0.026 0.009 0.014 0.003 0.001 96 E 0.618 0.102 0.087 0.132 0.020 0.018 0.009 0.003 0.008 0.002 0.001 97 H 0.384 0.147 0.137 0.172 0.052 0.029 0.042 0.008 0.024 0.004 0.001 98 H 0.276 0.159 0.159 0.224 0.039 0.047 0.052 0.009 0.030 0.004 0.001 99 H 0.272 0.185 0.137 0.181 0.045 0.058 0.068 0.009 0.039 0.005 0.001 100 H 0.242 0.206 0.164 0.202 0.046 0.049 0.043 0.007 0.035 0.005 0.001 101 H 0.188 0.164 0.211 0.230 0.035 0.061 0.056 0.011 0.039 0.005 0.001 102 H 0.172 0.198 0.258 0.121 0.082 0.037 0.062 0.022 0.025 0.023 0.001