# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.161 0.062 0.038 0.136 0.046 0.056 0.182 0.093 0.100 0.041 2 N 0.089 0.159 0.136 0.052 0.123 0.031 0.042 0.155 0.083 0.079 0.053 3 K 0.028 0.072 0.030 0.027 0.046 0.032 0.061 0.338 0.212 0.127 0.026 4 D 0.045 0.165 0.059 0.024 0.111 0.020 0.048 0.216 0.132 0.143 0.036 5 K 0.071 0.077 0.027 0.008 0.108 0.012 0.034 0.315 0.145 0.149 0.055 6 L 0.130 0.155 0.033 0.003 0.210 0.003 0.011 0.316 0.069 0.039 0.032 7 R 0.061 0.059 0.012 0.004 0.106 0.007 0.016 0.615 0.076 0.022 0.020 8 Y 0.060 0.049 0.006 0.003 0.106 0.003 0.006 0.709 0.040 0.007 0.012 9 A 0.012 0.019 0.004 0.002 0.040 0.004 0.014 0.866 0.030 0.004 0.005 10 I 0.011 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 0.934 0.026 0.005 0.003 11 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.869 0.095 0.015 0.004 12 K 0.005 0.026 0.003 0.002 0.015 0.005 0.025 0.770 0.144 0.005 0.002 13 E 0.004 0.007 0.006 0.003 0.007 0.006 0.098 0.779 0.084 0.006 0.001 14 I 0.003 0.011 0.018 0.012 0.004 0.039 0.335 0.471 0.086 0.021 0.002 15 F 0.049 0.043 0.024 0.025 0.028 0.041 0.164 0.277 0.086 0.201 0.063 16 E 0.015 0.429 0.154 0.085 0.081 0.084 0.052 0.028 0.016 0.039 0.017 17 G 0.036 0.068 0.114 0.153 0.054 0.026 0.014 0.020 0.029 0.313 0.175 18 N 0.089 0.069 0.081 0.053 0.110 0.033 0.069 0.060 0.090 0.247 0.100 19 T 0.034 0.431 0.164 0.010 0.265 0.004 0.021 0.032 0.017 0.011 0.011 20 P 0.122 0.230 0.090 0.008 0.215 0.012 0.025 0.066 0.076 0.090 0.066 21 L 0.076 0.311 0.150 0.021 0.205 0.023 0.049 0.049 0.037 0.046 0.031 22 S 0.046 0.431 0.345 0.005 0.138 0.001 0.001 0.007 0.004 0.008 0.013 23 E 0.009 0.009 0.003 0.004 0.009 0.007 0.012 0.369 0.540 0.032 0.006 24 N 0.009 0.021 0.010 0.008 0.013 0.019 0.060 0.378 0.367 0.100 0.016 25 D 0.021 0.011 0.002 0.002 0.021 0.002 0.023 0.204 0.279 0.420 0.015 26 I 0.162 0.199 0.046 0.003 0.255 0.003 0.010 0.082 0.086 0.085 0.069 27 G 0.050 0.208 0.200 0.024 0.090 0.026 0.016 0.042 0.045 0.238 0.063 28 V 0.183 0.328 0.056 0.003 0.346 0.001 0.003 0.007 0.004 0.020 0.048 29 T 0.007 0.533 0.403 0.005 0.039 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.002 30 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.729 0.251 0.009 0.001 31 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.871 0.107 0.009 0.001 32 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.884 0.065 0.046 0.001 33 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.058 0.010 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.027 0.006 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.027 0.006 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.031 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.024 0.004 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.045 0.007 0.001 41 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.837 0.125 0.013 0.001 42 R 0.001 0.005 0.005 0.004 0.002 0.016 0.109 0.741 0.095 0.021 0.001 43 E 0.002 0.726 0.172 0.034 0.026 0.005 0.014 0.012 0.003 0.004 0.002 44 G 0.029 0.006 0.007 0.019 0.006 0.003 0.001 0.004 0.012 0.632 0.281 45 Y 0.051 0.492 0.062 0.005 0.309 0.006 0.008 0.024 0.017 0.019 0.007 46 I 0.512 0.030 0.010 0.004 0.307 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.120 47 I 0.011 0.019 0.024 0.224 0.024 0.307 0.353 0.019 0.009 0.006 0.004 48 G 0.256 0.088 0.089 0.027 0.303 0.010 0.004 0.006 0.011 0.082 0.123 49 V 0.223 0.179 0.024 0.002 0.519 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.036 50 H 0.236 0.106 0.017 0.001 0.562 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.062 51 Y 0.262 0.175 0.027 0.014 0.322 0.012 0.016 0.014 0.016 0.044 0.098 52 S 0.076 0.165 0.202 0.152 0.186 0.037 0.014 0.028 0.044 0.066 0.030 53 D 0.008 0.037 0.041 0.046 0.022 0.062 0.121 0.397 0.226 0.035 0.005 54 D 0.023 0.037 0.042 0.028 0.032 0.022 0.084 0.095 0.129 0.445 0.062 55 R 0.080 0.348 0.188 0.025 0.240 0.006 0.016 0.024 0.015 0.027 0.032 56 P 0.146 0.201 0.057 0.005 0.274 0.008 0.020 0.079 0.085 0.061 0.064 57 H 0.101 0.213 0.082 0.012 0.233 0.014 0.029 0.115 0.110 0.061 0.030 58 L 0.371 0.044 0.009 0.006 0.211 0.012 0.030 0.085 0.073 0.059 0.098 59 Y 0.063 0.187 0.036 0.030 0.211 0.064 0.091 0.150 0.088 0.052 0.029 60 K 0.279 0.123 0.029 0.002 0.293 0.002 0.013 0.053 0.030 0.100 0.074 61 L 0.134 0.196 0.081 0.044 0.177 0.032 0.032 0.058 0.054 0.108 0.084 62 G 0.042 0.196 0.259 0.184 0.105 0.029 0.012 0.053 0.054 0.044 0.022 63 P 0.025 0.154 0.076 0.009 0.082 0.013 0.044 0.375 0.182 0.030 0.011 64 E 0.068 0.145 0.039 0.005 0.130 0.008 0.045 0.213 0.093 0.188 0.064 65 L 0.134 0.160 0.030 0.007 0.226 0.012 0.038 0.153 0.067 0.105 0.067 66 T 0.030 0.317 0.350 0.020 0.094 0.007 0.008 0.092 0.036 0.031 0.014 67 E 0.003 0.015 0.012 0.007 0.010 0.017 0.056 0.657 0.194 0.027 0.003 68 K 0.012 0.178 0.144 0.023 0.027 0.010 0.044 0.394 0.084 0.071 0.015 69 G 0.011 0.017 0.025 0.058 0.009 0.023 0.016 0.398 0.086 0.308 0.049 70 E 0.014 0.062 0.007 0.004 0.065 0.006 0.014 0.623 0.169 0.027 0.009 71 N 0.020 0.015 0.012 0.006 0.016 0.013 0.030 0.697 0.138 0.040 0.014 72 Y 0.003 0.016 0.016 0.008 0.007 0.004 0.016 0.771 0.101 0.055 0.002 73 L 0.029 0.022 0.004 0.002 0.033 0.005 0.024 0.655 0.167 0.044 0.016 74 K 0.004 0.015 0.010 0.008 0.005 0.010 0.051 0.660 0.214 0.017 0.005 75 E 0.006 0.028 0.022 0.010 0.016 0.042 0.223 0.503 0.101 0.043 0.006 76 N 0.034 0.490 0.144 0.018 0.132 0.004 0.009 0.034 0.023 0.082 0.029 77 G 0.052 0.025 0.018 0.014 0.028 0.026 0.048 0.261 0.170 0.231 0.127 78 T 0.015 0.135 0.045 0.010 0.029 0.008 0.017 0.334 0.140 0.250 0.016 79 W 0.031 0.027 0.011 0.007 0.046 0.005 0.007 0.596 0.191 0.060 0.020 80 S 0.002 0.015 0.008 0.003 0.006 0.017 0.030 0.843 0.070 0.005 0.001 81 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.881 0.089 0.015 0.001 82 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.915 0.065 0.007 0.001 83 Y 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.907 0.068 0.009 0.001 84 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.947 0.031 0.003 0.001 85 T 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.874 0.074 0.024 0.001 86 I 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.850 0.118 0.007 0.001 87 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.910 0.067 0.001 0.001 88 E 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.017 0.911 0.044 0.013 0.001 89 I 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.002 0.009 0.768 0.162 0.035 0.003 90 K 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.005 0.014 0.792 0.164 0.006 0.001 91 D 0.005 0.010 0.004 0.002 0.009 0.003 0.038 0.830 0.075 0.021 0.003 92 W 0.011 0.011 0.005 0.003 0.014 0.009 0.048 0.660 0.126 0.104 0.008 93 I 0.033 0.183 0.044 0.007 0.100 0.007 0.019 0.495 0.077 0.021 0.013 94 K 0.054 0.096 0.036 0.007 0.090 0.011 0.039 0.517 0.083 0.044 0.024 95 L 0.025 0.051 0.027 0.009 0.050 0.013 0.048 0.552 0.148 0.063 0.014 96 E 0.034 0.079 0.032 0.014 0.063 0.028 0.090 0.456 0.137 0.049 0.017 97 H 0.052 0.089 0.038 0.024 0.078 0.026 0.086 0.319 0.126 0.125 0.035 98 H 0.058 0.110 0.061 0.033 0.106 0.034 0.067 0.208 0.109 0.163 0.052 99 H 0.078 0.116 0.049 0.028 0.112 0.030 0.057 0.183 0.132 0.154 0.061 100 H 0.087 0.113 0.048 0.027 0.131 0.025 0.052 0.185 0.131 0.148 0.053 101 H 0.085 0.122 0.063 0.031 0.134 0.027 0.052 0.155 0.116 0.159 0.057 102 H 0.103 0.164 0.086 0.028 0.169 0.020 0.038 0.142 0.087 0.106 0.055