# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.589 0.248 0.096 0.048 0.017 0.004 0.001 2 N 0.471 0.288 0.152 0.069 0.018 0.003 0.001 3 K 0.483 0.313 0.141 0.051 0.011 0.001 0.001 4 D 0.408 0.314 0.147 0.090 0.033 0.007 0.001 5 K 0.216 0.446 0.241 0.078 0.016 0.002 0.001 6 L 0.004 0.021 0.119 0.361 0.401 0.091 0.002 7 R 0.013 0.144 0.275 0.287 0.187 0.086 0.008 8 Y 0.001 0.002 0.012 0.085 0.394 0.478 0.028 9 A 0.002 0.033 0.191 0.441 0.286 0.043 0.003 10 I 0.001 0.004 0.013 0.060 0.222 0.595 0.106 11 L 0.001 0.003 0.007 0.037 0.165 0.539 0.247 12 K 0.007 0.079 0.202 0.305 0.250 0.133 0.023 13 E 0.003 0.035 0.160 0.405 0.297 0.091 0.009 14 I 0.002 0.009 0.018 0.073 0.256 0.551 0.091 15 F 0.006 0.049 0.132 0.291 0.380 0.135 0.007 16 E 0.159 0.306 0.271 0.171 0.074 0.018 0.002 17 G 0.164 0.301 0.282 0.174 0.063 0.015 0.001 18 N 0.258 0.305 0.243 0.142 0.044 0.007 0.001 19 T 0.228 0.325 0.236 0.140 0.057 0.014 0.001 20 P 0.233 0.299 0.218 0.147 0.076 0.024 0.002 21 L 0.059 0.089 0.162 0.305 0.287 0.091 0.007 22 S 0.214 0.352 0.262 0.130 0.036 0.006 0.001 23 E 0.294 0.345 0.230 0.103 0.025 0.003 0.001 24 N 0.463 0.337 0.141 0.048 0.010 0.001 0.001 25 D 0.239 0.414 0.235 0.089 0.021 0.003 0.001 26 I 0.022 0.066 0.187 0.356 0.286 0.081 0.003 27 G 0.116 0.317 0.305 0.177 0.066 0.017 0.001 28 V 0.023 0.044 0.087 0.227 0.347 0.250 0.020 29 T 0.054 0.137 0.211 0.290 0.219 0.083 0.006 30 E 0.094 0.353 0.336 0.159 0.048 0.010 0.001 31 D 0.333 0.417 0.172 0.056 0.017 0.005 0.001 32 Q 0.012 0.103 0.249 0.315 0.231 0.084 0.006 33 F 0.004 0.007 0.023 0.151 0.433 0.354 0.028 34 D 0.042 0.268 0.394 0.230 0.056 0.009 0.001 35 D 0.077 0.315 0.347 0.190 0.058 0.012 0.001 36 A 0.007 0.018 0.044 0.135 0.345 0.425 0.027 37 V 0.005 0.012 0.050 0.198 0.429 0.288 0.018 38 N 0.075 0.406 0.322 0.147 0.039 0.009 0.001 39 F 0.030 0.143 0.284 0.358 0.152 0.031 0.001 40 L 0.003 0.011 0.042 0.178 0.450 0.302 0.013 41 K 0.152 0.322 0.297 0.167 0.055 0.006 0.001 42 R 0.515 0.376 0.089 0.018 0.002 0.001 0.001 43 E 0.266 0.377 0.244 0.094 0.017 0.002 0.001 44 G 0.029 0.157 0.261 0.316 0.184 0.051 0.002 45 Y 0.001 0.007 0.043 0.204 0.444 0.280 0.021 46 I 0.001 0.005 0.009 0.029 0.132 0.551 0.273 47 I 0.001 0.007 0.017 0.062 0.181 0.464 0.267 48 G 0.001 0.010 0.050 0.129 0.236 0.371 0.203 49 V 0.001 0.001 0.005 0.033 0.214 0.554 0.193 50 H 0.006 0.077 0.180 0.282 0.265 0.168 0.023 51 Y 0.006 0.038 0.110 0.290 0.394 0.157 0.006 52 S 0.104 0.279 0.359 0.199 0.053 0.007 0.001 53 D 0.424 0.350 0.162 0.053 0.010 0.001 0.001 54 D 0.728 0.196 0.055 0.017 0.004 0.001 0.001 55 R 0.317 0.318 0.230 0.105 0.027 0.004 0.001 56 P 0.242 0.323 0.244 0.133 0.047 0.010 0.001 57 H 0.038 0.154 0.255 0.287 0.199 0.063 0.004 58 L 0.012 0.031 0.081 0.204 0.357 0.282 0.033 59 Y 0.040 0.137 0.215 0.283 0.220 0.096 0.009 60 K 0.088 0.313 0.323 0.182 0.070 0.021 0.003 61 L 0.018 0.038 0.095 0.289 0.382 0.166 0.012 62 G 0.142 0.309 0.305 0.169 0.061 0.013 0.001 63 P 0.266 0.331 0.225 0.122 0.045 0.011 0.001 64 E 0.361 0.320 0.174 0.091 0.039 0.013 0.001 65 L 0.038 0.103 0.205 0.314 0.246 0.087 0.007 66 T 0.072 0.211 0.272 0.252 0.132 0.054 0.006 67 E 0.440 0.331 0.143 0.059 0.021 0.006 0.001 68 K 0.497 0.340 0.113 0.039 0.009 0.002 0.001 69 G 0.153 0.121 0.185 0.299 0.199 0.043 0.002 70 E 0.271 0.271 0.249 0.146 0.050 0.012 0.001 71 N 0.449 0.418 0.107 0.022 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.149 0.139 0.223 0.311 0.152 0.027 0.001 73 L 0.200 0.120 0.117 0.200 0.240 0.120 0.003 74 K 0.302 0.378 0.230 0.076 0.011 0.002 0.001 75 E 0.559 0.259 0.118 0.047 0.013 0.003 0.001 76 N 0.173 0.193 0.249 0.205 0.143 0.035 0.002 77 G 0.592 0.148 0.105 0.076 0.048 0.027 0.004 78 T 0.433 0.240 0.150 0.097 0.058 0.020 0.003 79 W 0.201 0.135 0.182 0.231 0.178 0.065 0.008 80 S 0.378 0.301 0.154 0.103 0.045 0.017 0.003 81 K 0.320 0.205 0.168 0.145 0.099 0.048 0.015 82 A 0.168 0.169 0.154 0.213 0.165 0.110 0.023 83 Y 0.256 0.125 0.135 0.242 0.167 0.064 0.011 84 K 0.335 0.298 0.166 0.115 0.050 0.031 0.006 85 T 0.200 0.225 0.187 0.187 0.113 0.074 0.015 86 I 0.080 0.101 0.106 0.221 0.251 0.203 0.037 87 K 0.194 0.262 0.218 0.188 0.095 0.034 0.009 88 E 0.158 0.230 0.247 0.198 0.107 0.054 0.007 89 I 0.089 0.118 0.180 0.223 0.240 0.137 0.013 90 K 0.233 0.263 0.252 0.170 0.066 0.013 0.001 91 D 0.394 0.339 0.136 0.075 0.036 0.017 0.002 92 W 0.130 0.198 0.271 0.257 0.113 0.029 0.002 93 I 0.134 0.077 0.104 0.249 0.291 0.134 0.011 94 K 0.389 0.357 0.165 0.067 0.017 0.004 0.001 95 L 0.475 0.223 0.128 0.099 0.056 0.017 0.001 96 E 0.476 0.249 0.159 0.083 0.027 0.006 0.001 97 H 0.463 0.275 0.151 0.080 0.026 0.005 0.001 98 H 0.629 0.194 0.096 0.052 0.023 0.006 0.001 99 H 0.646 0.201 0.085 0.047 0.017 0.003 0.001 100 H 0.618 0.218 0.100 0.047 0.014 0.003 0.001 101 H 0.665 0.196 0.084 0.040 0.013 0.003 0.001 102 H 0.714 0.165 0.074 0.033 0.011 0.003 0.001