# TARGET T0326 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.005 0.003 0.002 0.188 0.780 2 P 0.078 0.033 0.004 0.003 0.051 0.832 3 I 0.215 0.085 0.007 0.004 0.062 0.627 4 N 0.221 0.137 0.006 0.004 0.081 0.551 5 V 0.064 0.088 0.004 0.006 0.172 0.666 6 P 0.010 0.018 0.018 0.006 0.870 0.079 7 S 0.003 0.002 0.016 0.005 0.906 0.068 8 G 0.002 0.003 0.009 0.005 0.892 0.089 9 L 0.007 0.040 0.005 0.016 0.658 0.274 10 P 0.013 0.024 0.004 0.056 0.130 0.773 11 A 0.016 0.022 0.041 0.664 0.088 0.169 12 V 0.014 0.003 0.047 0.827 0.066 0.042 13 K 0.011 0.003 0.032 0.884 0.049 0.021 14 V 0.006 0.002 0.018 0.942 0.022 0.010 15 L 0.004 0.002 0.027 0.946 0.017 0.004 16 A 0.005 0.001 0.044 0.906 0.034 0.010 17 K 0.011 0.001 0.045 0.830 0.079 0.035 18 E 0.022 0.005 0.042 0.492 0.186 0.253 19 G 0.017 0.002 0.002 0.009 0.145 0.825 20 I 0.173 0.008 0.003 0.005 0.120 0.690 21 F 0.685 0.020 0.002 0.004 0.070 0.219 22 V 0.726 0.038 0.003 0.010 0.051 0.172 23 M 0.448 0.017 0.004 0.013 0.077 0.441 24 T 0.095 0.008 0.005 0.033 0.126 0.733 25 E 0.007 0.001 0.091 0.681 0.126 0.095 26 K 0.007 0.003 0.103 0.566 0.236 0.086 27 R 0.005 0.004 0.135 0.593 0.217 0.046 28 A 0.010 0.011 0.053 0.614 0.223 0.090 29 I 0.009 0.007 0.039 0.734 0.143 0.069 30 H 0.008 0.007 0.032 0.438 0.383 0.132 31 Q 0.009 0.002 0.024 0.301 0.450 0.213 32 D 0.012 0.023 0.014 0.184 0.366 0.401 33 I 0.019 0.018 0.008 0.433 0.199 0.322 34 R 0.022 0.008 0.015 0.321 0.163 0.470 35 P 0.064 0.011 0.055 0.443 0.151 0.276 36 L 0.200 0.010 0.095 0.334 0.172 0.189 37 E 0.448 0.011 0.079 0.190 0.110 0.161 38 I 0.780 0.003 0.015 0.085 0.035 0.082 39 L 0.813 0.006 0.010 0.083 0.018 0.070 40 I 0.868 0.015 0.006 0.042 0.018 0.051 41 L 0.741 0.002 0.014 0.057 0.063 0.122 42 N 0.495 0.005 0.023 0.049 0.192 0.236 43 L 0.191 0.014 0.024 0.055 0.332 0.384 44 M 0.114 0.018 0.027 0.057 0.371 0.413 45 P 0.037 0.010 0.032 0.072 0.465 0.384 46 D 0.018 0.011 0.094 0.242 0.455 0.179 47 K 0.015 0.005 0.055 0.549 0.255 0.121 48 I 0.012 0.003 0.020 0.627 0.185 0.154 49 K 0.012 0.006 0.013 0.670 0.125 0.174 50 T 0.019 0.015 0.008 0.800 0.052 0.105 51 E 0.004 0.001 0.005 0.971 0.009 0.010 52 I 0.002 0.001 0.005 0.981 0.005 0.006 53 Q 0.001 0.001 0.007 0.984 0.003 0.003 54 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 55 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.002 56 R 0.001 0.001 0.009 0.979 0.006 0.004 57 L 0.001 0.001 0.013 0.961 0.014 0.009 58 L 0.003 0.001 0.021 0.924 0.037 0.014 59 G 0.010 0.006 0.031 0.743 0.138 0.073 60 N 0.009 0.007 0.025 0.331 0.331 0.298 61 T 0.024 0.027 0.007 0.041 0.559 0.343 62 P 0.034 0.007 0.011 0.012 0.649 0.287 63 L 0.089 0.025 0.016 0.008 0.648 0.215 64 Q 0.391 0.038 0.007 0.002 0.304 0.259 65 V 0.662 0.018 0.001 0.001 0.056 0.262 66 N 0.756 0.003 0.001 0.001 0.018 0.221 67 V 0.914 0.004 0.001 0.001 0.008 0.073 68 T 0.948 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 69 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 70 L 0.952 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 71 Y 0.865 0.007 0.001 0.001 0.031 0.096 72 T 0.588 0.010 0.007 0.004 0.146 0.246 73 E 0.269 0.013 0.027 0.008 0.381 0.303 74 T 0.188 0.011 0.045 0.019 0.436 0.301 75 H 0.250 0.041 0.036 0.024 0.394 0.256 76 K 0.227 0.048 0.026 0.028 0.394 0.277 77 P 0.120 0.026 0.032 0.029 0.515 0.278 78 K 0.050 0.009 0.024 0.047 0.532 0.338 79 H 0.034 0.013 0.017 0.066 0.435 0.436 80 T 0.037 0.035 0.008 0.082 0.265 0.574 81 P 0.018 0.010 0.029 0.588 0.153 0.202 82 I 0.004 0.001 0.116 0.775 0.075 0.029 83 E 0.006 0.002 0.179 0.706 0.083 0.024 84 H 0.006 0.003 0.183 0.724 0.063 0.021 85 I 0.014 0.004 0.059 0.768 0.083 0.072 86 L 0.020 0.005 0.144 0.609 0.150 0.073 87 K 0.021 0.004 0.177 0.488 0.199 0.111 88 F 0.051 0.006 0.115 0.450 0.228 0.149 89 Y 0.069 0.021 0.043 0.283 0.235 0.349 90 T 0.081 0.044 0.009 0.193 0.184 0.488 91 T 0.018 0.006 0.003 0.112 0.076 0.784 92 F 0.001 0.001 0.030 0.933 0.020 0.015 93 S 0.001 0.001 0.048 0.924 0.023 0.005 94 A 0.001 0.001 0.083 0.891 0.023 0.002 95 V 0.001 0.001 0.038 0.930 0.026 0.004 96 K 0.001 0.001 0.032 0.929 0.029 0.008 97 D 0.006 0.001 0.041 0.777 0.132 0.042 98 R 0.009 0.002 0.045 0.421 0.252 0.271 99 K 0.014 0.006 0.007 0.012 0.256 0.705 100 F 0.031 0.003 0.001 0.001 0.249 0.715 101 D 0.054 0.001 0.001 0.001 0.125 0.820 102 G 0.959 0.002 0.001 0.001 0.007 0.031 103 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 106 T 0.680 0.002 0.001 0.001 0.060 0.257 107 G 0.201 0.007 0.002 0.002 0.252 0.536 108 A 0.118 0.036 0.002 0.001 0.222 0.622 109 P 0.138 0.022 0.012 0.003 0.247 0.579 110 V 0.109 0.018 0.162 0.011 0.269 0.431 111 E 0.207 0.025 0.233 0.019 0.240 0.275 112 L 0.138 0.013 0.251 0.033 0.300 0.264 113 L 0.090 0.024 0.051 0.019 0.348 0.469 114 P 0.031 0.011 0.069 0.029 0.473 0.387 115 F 0.007 0.002 0.479 0.056 0.371 0.085 116 E 0.008 0.003 0.378 0.047 0.456 0.108 117 E 0.019 0.006 0.296 0.103 0.409 0.167 118 V 0.056 0.007 0.053 0.175 0.329 0.380 119 D 0.067 0.032 0.031 0.175 0.214 0.483 120 Y 0.076 0.022 0.037 0.442 0.101 0.323 121 W 0.005 0.001 0.020 0.945 0.013 0.016 122 E 0.001 0.001 0.012 0.977 0.005 0.005 123 E 0.001 0.001 0.010 0.987 0.002 0.001 124 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 125 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 127 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 128 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 130 W 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 131 S 0.001 0.001 0.003 0.984 0.009 0.004 132 R 0.001 0.001 0.004 0.981 0.011 0.003 133 H 0.001 0.001 0.005 0.957 0.026 0.012 134 N 0.001 0.001 0.005 0.895 0.043 0.056 135 V 0.005 0.005 0.006 0.548 0.112 0.324 136 Y 0.008 0.004 0.010 0.608 0.102 0.268 137 S 0.010 0.003 0.018 0.841 0.050 0.078 138 T 0.009 0.002 0.015 0.940 0.016 0.018 139 M 0.008 0.001 0.012 0.964 0.007 0.009 140 F 0.008 0.001 0.013 0.960 0.008 0.011 141 I 0.005 0.001 0.012 0.961 0.010 0.011 142 C 0.003 0.001 0.010 0.942 0.015 0.029 143 W 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 144 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 148 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 150 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 151 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 152 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 153 Y 0.001 0.001 0.003 0.915 0.015 0.067 154 G 0.002 0.001 0.001 0.021 0.051 0.925 155 I 0.016 0.005 0.002 0.008 0.084 0.885 156 P 0.067 0.012 0.003 0.014 0.107 0.797 157 K 0.100 0.031 0.023 0.045 0.173 0.630 158 Y 0.120 0.028 0.027 0.071 0.159 0.595 159 E 0.110 0.009 0.016 0.040 0.160 0.665 160 L 0.107 0.015 0.021 0.063 0.283 0.512 161 P 0.066 0.007 0.019 0.034 0.238 0.635 162 Q 0.099 0.004 0.072 0.095 0.251 0.479 163 K 0.213 0.012 0.087 0.084 0.238 0.365 164 L 0.398 0.030 0.051 0.057 0.242 0.222 165 S 0.389 0.010 0.024 0.076 0.225 0.275 166 G 0.275 0.008 0.008 0.021 0.213 0.475 167 V 0.394 0.027 0.006 0.029 0.186 0.358 168 Y 0.370 0.029 0.012 0.033 0.205 0.351 169 K 0.333 0.012 0.031 0.035 0.255 0.335 170 H 0.351 0.009 0.112 0.028 0.279 0.220 171 R 0.422 0.018 0.072 0.023 0.262 0.204 172 V 0.381 0.031 0.056 0.030 0.246 0.256 173 A 0.187 0.032 0.050 0.022 0.349 0.361 174 K 0.053 0.013 0.026 0.018 0.590 0.300 175 D 0.014 0.008 0.061 0.055 0.666 0.195 176 S 0.010 0.015 0.036 0.031 0.770 0.137 177 V 0.016 0.010 0.191 0.072 0.626 0.084 178 L 0.044 0.015 0.299 0.089 0.429 0.123 179 F 0.053 0.040 0.510 0.097 0.261 0.039 180 R 0.067 0.011 0.273 0.080 0.418 0.151 181 G 0.082 0.008 0.057 0.009 0.505 0.339 182 H 0.071 0.070 0.017 0.004 0.436 0.402 183 D 0.037 0.022 0.023 0.004 0.590 0.324 184 D 0.040 0.004 0.197 0.030 0.599 0.131 185 F 0.260 0.018 0.163 0.043 0.364 0.151 186 F 0.583 0.026 0.050 0.035 0.168 0.137 187 W 0.506 0.024 0.008 0.022 0.071 0.370 188 A 0.446 0.040 0.006 0.018 0.076 0.415 189 P 0.291 0.011 0.025 0.032 0.191 0.451 190 H 0.166 0.015 0.093 0.061 0.335 0.329 191 S 0.088 0.015 0.136 0.076 0.329 0.356 192 R 0.115 0.022 0.233 0.066 0.351 0.214 193 Y 0.081 0.009 0.352 0.059 0.377 0.122 194 T 0.081 0.011 0.240 0.073 0.421 0.174 195 E 0.091 0.014 0.161 0.051 0.417 0.267 196 V 0.057 0.035 0.012 0.029 0.340 0.527 197 K 0.012 0.004 0.004 0.031 0.195 0.754 198 K 0.003 0.001 0.153 0.661 0.140 0.042 199 E 0.006 0.002 0.160 0.686 0.124 0.022 200 D 0.002 0.001 0.228 0.676 0.081 0.013 201 I 0.005 0.002 0.095 0.783 0.065 0.050 202 D 0.006 0.005 0.091 0.783 0.079 0.036 203 K 0.006 0.003 0.040 0.595 0.171 0.185 204 V 0.008 0.003 0.040 0.182 0.395 0.372 205 P 0.006 0.002 0.049 0.127 0.492 0.324 206 E 0.034 0.004 0.089 0.170 0.462 0.241 207 L 0.243 0.013 0.062 0.148 0.344 0.190 208 E 0.737 0.009 0.018 0.078 0.069 0.088 209 I 0.901 0.006 0.008 0.025 0.020 0.040 210 L 0.836 0.007 0.013 0.038 0.037 0.068 211 A 0.743 0.010 0.020 0.040 0.075 0.112 212 E 0.510 0.011 0.031 0.034 0.198 0.216 213 S 0.241 0.015 0.071 0.020 0.533 0.121 214 D 0.083 0.007 0.110 0.025 0.677 0.098 215 E 0.104 0.009 0.086 0.025 0.678 0.097 216 A 0.192 0.014 0.036 0.020 0.609 0.129 217 G 0.226 0.004 0.011 0.014 0.380 0.365 218 V 0.823 0.004 0.005 0.006 0.078 0.083 219 Y 0.950 0.006 0.003 0.003 0.019 0.020 220 V 0.971 0.002 0.002 0.002 0.010 0.014 221 V 0.970 0.002 0.003 0.001 0.012 0.012 222 A 0.925 0.010 0.002 0.001 0.024 0.037 223 N 0.447 0.012 0.004 0.002 0.492 0.042 224 K 0.029 0.001 0.025 0.003 0.922 0.018 225 S 0.020 0.002 0.021 0.001 0.943 0.011 226 E 0.073 0.006 0.025 0.003 0.874 0.019 227 R 0.466 0.005 0.004 0.005 0.213 0.307 228 Q 0.929 0.014 0.001 0.002 0.019 0.036 229 I 0.982 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 230 F 0.985 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 231 V 0.965 0.002 0.002 0.003 0.013 0.014 232 T 0.862 0.003 0.005 0.011 0.056 0.063 233 G 0.462 0.009 0.014 0.012 0.212 0.291 234 H 0.193 0.016 0.016 0.006 0.347 0.423 235 P 0.122 0.010 0.064 0.009 0.427 0.368 236 E 0.108 0.017 0.203 0.023 0.495 0.156 237 Y 0.162 0.040 0.092 0.029 0.490 0.187 238 D 0.077 0.019 0.040 0.043 0.543 0.277 239 R 0.005 0.001 0.065 0.586 0.269 0.074 240 Y 0.002 0.001 0.036 0.824 0.111 0.027 241 T 0.001 0.001 0.035 0.888 0.065 0.010 242 L 0.003 0.001 0.017 0.927 0.036 0.016 243 R 0.003 0.001 0.010 0.961 0.015 0.010 244 D 0.002 0.001 0.009 0.967 0.014 0.007 245 E 0.002 0.001 0.006 0.967 0.014 0.011 246 Y 0.001 0.002 0.003 0.972 0.011 0.011 247 Y 0.002 0.001 0.005 0.970 0.013 0.010 248 R 0.004 0.001 0.006 0.965 0.016 0.009 249 D 0.003 0.001 0.006 0.949 0.027 0.015 250 I 0.002 0.001 0.008 0.935 0.034 0.020 251 G 0.002 0.002 0.017 0.860 0.077 0.042 252 R 0.002 0.002 0.032 0.726 0.117 0.121 253 N 0.004 0.005 0.008 0.058 0.214 0.712 254 L 0.007 0.012 0.009 0.022 0.232 0.717 255 K 0.013 0.020 0.013 0.013 0.354 0.587 256 V 0.020 0.013 0.062 0.028 0.441 0.437 257 P 0.059 0.026 0.074 0.018 0.367 0.456 258 I 0.101 0.036 0.061 0.021 0.343 0.439 259 P 0.107 0.027 0.030 0.022 0.242 0.572 260 A 0.103 0.071 0.024 0.016 0.211 0.575 261 N 0.076 0.015 0.019 0.018 0.314 0.559 262 Y 0.102 0.096 0.021 0.021 0.264 0.496 263 F 0.041 0.147 0.012 0.013 0.367 0.419 264 P 0.028 0.036 0.017 0.010 0.636 0.272 265 N 0.011 0.020 0.011 0.005 0.692 0.262 266 D 0.010 0.060 0.011 0.007 0.707 0.205 267 D 0.008 0.051 0.010 0.004 0.834 0.093 268 P 0.005 0.014 0.088 0.018 0.805 0.071 269 T 0.004 0.005 0.072 0.011 0.820 0.089 270 K 0.012 0.032 0.051 0.020 0.739 0.147 271 T 0.038 0.050 0.007 0.017 0.397 0.491 272 P 0.071 0.015 0.011 0.033 0.298 0.572 273 I 0.287 0.043 0.025 0.095 0.284 0.267 274 L 0.540 0.025 0.021 0.080 0.150 0.184 275 T 0.614 0.014 0.018 0.085 0.079 0.190 276 W 0.495 0.006 0.046 0.304 0.057 0.092 277 W 0.427 0.019 0.027 0.357 0.064 0.106 278 S 0.207 0.011 0.026 0.445 0.110 0.200 279 H 0.040 0.004 0.040 0.425 0.194 0.297 280 A 0.006 0.003 0.027 0.831 0.075 0.057 281 H 0.004 0.001 0.026 0.872 0.069 0.028 282 L 0.004 0.002 0.026 0.861 0.076 0.030 283 F 0.009 0.010 0.029 0.844 0.070 0.038 284 F 0.005 0.001 0.016 0.918 0.043 0.016 285 S 0.002 0.001 0.010 0.948 0.026 0.014 286 N 0.001 0.001 0.009 0.953 0.017 0.019 287 W 0.001 0.002 0.008 0.976 0.008 0.005 288 L 0.003 0.001 0.012 0.961 0.015 0.009 289 N 0.002 0.001 0.009 0.968 0.012 0.009 290 Y 0.003 0.001 0.012 0.949 0.020 0.015 291 C 0.008 0.003 0.012 0.920 0.033 0.024 292 I 0.017 0.003 0.015 0.868 0.054 0.042 293 Y 0.044 0.004 0.018 0.712 0.092 0.130 294 Q 0.059 0.019 0.018 0.569 0.152 0.184 295 K 0.029 0.005 0.008 0.207 0.207 0.543 296 T 0.032 0.007 0.007 0.062 0.276 0.615 297 P 0.038 0.018 0.034 0.048 0.352 0.510 298 Y 0.050 0.049 0.041 0.067 0.348 0.446 299 R 0.034 0.012 0.087 0.077 0.393 0.397 300 L 0.009 0.002 0.673 0.085 0.183 0.049 301 E 0.006 0.002 0.680 0.054 0.196 0.062 302 D 0.008 0.003 0.663 0.057 0.172 0.097 303 I 0.019 0.013 0.062 0.046 0.220 0.640 304 H 0.001 0.002 0.001 0.002 0.025 0.970