# TARGET T0326 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 378 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.273 0.231 0.185 0.155 0.094 0.053 0.008 2 P 0.162 0.117 0.117 0.146 0.191 0.211 0.056 3 I 0.091 0.097 0.125 0.225 0.271 0.168 0.024 4 N 0.202 0.318 0.242 0.145 0.063 0.025 0.005 5 V 0.140 0.172 0.223 0.252 0.167 0.044 0.003 6 P 0.443 0.272 0.166 0.081 0.032 0.006 0.001 7 S 0.661 0.259 0.063 0.014 0.003 0.001 0.001 8 G 0.405 0.278 0.185 0.094 0.031 0.007 0.001 9 L 0.150 0.176 0.222 0.254 0.153 0.042 0.002 10 P 0.124 0.229 0.244 0.229 0.124 0.045 0.005 11 A 0.040 0.046 0.094 0.223 0.363 0.217 0.018 12 V 0.099 0.180 0.253 0.252 0.153 0.059 0.005 13 K 0.289 0.431 0.185 0.073 0.018 0.004 0.001 14 V 0.070 0.135 0.245 0.306 0.192 0.049 0.002 15 L 0.061 0.059 0.107 0.258 0.341 0.167 0.008 16 A 0.428 0.350 0.157 0.052 0.011 0.002 0.001 17 K 0.615 0.270 0.084 0.026 0.004 0.001 0.001 18 E 0.340 0.259 0.208 0.127 0.054 0.012 0.001 19 G 0.436 0.324 0.147 0.066 0.022 0.005 0.001 20 I 0.160 0.164 0.210 0.242 0.168 0.053 0.004 21 F 0.220 0.203 0.199 0.194 0.132 0.048 0.004 22 V 0.193 0.239 0.207 0.194 0.110 0.051 0.006 23 M 0.210 0.166 0.191 0.233 0.156 0.040 0.003 24 T 0.459 0.281 0.156 0.071 0.026 0.006 0.001 25 E 0.625 0.258 0.081 0.028 0.007 0.001 0.001 26 K 0.767 0.166 0.043 0.017 0.006 0.001 0.001 27 R 0.351 0.230 0.181 0.153 0.069 0.015 0.001 28 A 0.328 0.211 0.173 0.169 0.088 0.029 0.002 29 I 0.395 0.310 0.170 0.086 0.029 0.009 0.001 30 H 0.327 0.290 0.192 0.119 0.054 0.017 0.002 31 Q 0.172 0.162 0.198 0.230 0.165 0.066 0.008 32 D 0.315 0.262 0.197 0.120 0.067 0.032 0.006 33 I 0.151 0.159 0.191 0.227 0.188 0.075 0.010 34 R 0.186 0.251 0.221 0.194 0.111 0.033 0.004 35 P 0.153 0.282 0.234 0.177 0.098 0.045 0.011 36 L 0.007 0.025 0.064 0.202 0.367 0.281 0.054 37 E 0.006 0.025 0.074 0.221 0.335 0.259 0.080 38 I 0.001 0.002 0.005 0.023 0.114 0.472 0.384 39 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.065 0.397 0.522 40 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.274 0.680 41 L 0.001 0.001 0.002 0.011 0.066 0.318 0.601 42 N 0.002 0.014 0.043 0.142 0.278 0.402 0.120 43 L 0.003 0.020 0.062 0.196 0.355 0.311 0.052 44 M 0.021 0.091 0.167 0.244 0.267 0.185 0.024 45 P 0.190 0.234 0.213 0.184 0.124 0.050 0.005 46 D 0.314 0.341 0.204 0.099 0.031 0.009 0.002 47 K 0.194 0.239 0.213 0.191 0.114 0.043 0.006 48 I 0.101 0.123 0.173 0.245 0.218 0.122 0.017 49 K 0.181 0.350 0.251 0.129 0.058 0.024 0.006 50 T 0.047 0.077 0.130 0.219 0.261 0.208 0.057 51 E 0.023 0.042 0.076 0.185 0.303 0.289 0.082 52 I 0.052 0.164 0.251 0.262 0.157 0.091 0.021 53 Q 0.035 0.078 0.163 0.271 0.255 0.167 0.030 54 L 0.017 0.018 0.026 0.065 0.189 0.474 0.212 55 L 0.034 0.056 0.093 0.189 0.251 0.276 0.101 56 R 0.076 0.184 0.195 0.206 0.172 0.130 0.038 57 L 0.059 0.101 0.145 0.223 0.247 0.175 0.050 58 L 0.062 0.075 0.117 0.199 0.254 0.234 0.059 59 G 0.293 0.267 0.178 0.134 0.083 0.039 0.008 60 N 0.375 0.264 0.166 0.113 0.056 0.021 0.005 61 T 0.302 0.222 0.181 0.149 0.089 0.044 0.012 62 P 0.230 0.228 0.170 0.152 0.116 0.078 0.026 63 L 0.064 0.091 0.132 0.202 0.234 0.192 0.085 64 Q 0.076 0.167 0.186 0.213 0.176 0.125 0.056 65 V 0.026 0.046 0.084 0.167 0.243 0.303 0.131 66 N 0.031 0.106 0.192 0.251 0.206 0.156 0.059 67 V 0.008 0.012 0.029 0.082 0.215 0.429 0.226 68 T 0.017 0.059 0.126 0.233 0.273 0.227 0.064 69 L 0.012 0.025 0.055 0.114 0.230 0.408 0.156 70 L 0.010 0.029 0.053 0.127 0.268 0.398 0.115 71 Y 0.017 0.055 0.129 0.253 0.307 0.205 0.034 72 T 0.057 0.125 0.191 0.253 0.234 0.121 0.019 73 E 0.203 0.306 0.244 0.156 0.067 0.021 0.003 74 T 0.344 0.315 0.175 0.103 0.046 0.015 0.002 75 H 0.145 0.178 0.239 0.259 0.144 0.033 0.002 76 K 0.488 0.298 0.128 0.058 0.021 0.006 0.001 77 P 0.435 0.260 0.163 0.098 0.034 0.009 0.001 78 K 0.433 0.288 0.157 0.081 0.031 0.008 0.001 79 H 0.326 0.223 0.175 0.151 0.088 0.033 0.004 80 T 0.257 0.224 0.194 0.174 0.101 0.043 0.007 81 P 0.269 0.286 0.209 0.134 0.068 0.028 0.005 82 I 0.114 0.148 0.211 0.259 0.183 0.074 0.010 83 E 0.260 0.308 0.214 0.123 0.060 0.028 0.006 84 H 0.074 0.106 0.164 0.236 0.240 0.154 0.027 85 I 0.037 0.048 0.086 0.191 0.301 0.286 0.051 86 L 0.056 0.137 0.219 0.245 0.198 0.121 0.023 87 K 0.100 0.171 0.205 0.217 0.176 0.108 0.023 88 F 0.033 0.056 0.109 0.216 0.305 0.249 0.033 89 Y 0.055 0.093 0.166 0.249 0.259 0.159 0.019 90 T 0.120 0.184 0.226 0.231 0.157 0.072 0.009 91 T 0.271 0.296 0.191 0.122 0.074 0.038 0.007 92 F 0.040 0.082 0.183 0.315 0.270 0.105 0.006 93 S 0.403 0.348 0.149 0.067 0.025 0.008 0.001 94 A 0.212 0.296 0.244 0.161 0.067 0.018 0.001 95 V 0.049 0.099 0.202 0.337 0.250 0.062 0.002 96 K 0.508 0.365 0.100 0.023 0.004 0.001 0.001 97 D 0.317 0.289 0.227 0.129 0.034 0.004 0.001 98 R 0.270 0.347 0.212 0.119 0.045 0.007 0.001 99 K 0.108 0.429 0.299 0.130 0.029 0.004 0.001 100 F 0.001 0.007 0.041 0.229 0.477 0.234 0.012 101 D 0.001 0.014 0.073 0.249 0.394 0.237 0.032 102 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.091 0.563 0.332 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.217 0.772 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.092 0.901 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.062 0.934 106 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.181 0.798 107 G 0.001 0.001 0.005 0.025 0.106 0.352 0.512 108 A 0.001 0.005 0.021 0.081 0.228 0.428 0.235 109 P 0.015 0.070 0.141 0.221 0.245 0.221 0.088 110 V 0.012 0.033 0.078 0.169 0.300 0.316 0.092 111 E 0.095 0.180 0.212 0.218 0.168 0.102 0.025 112 L 0.060 0.084 0.126 0.189 0.242 0.235 0.063 113 L 0.066 0.094 0.148 0.261 0.259 0.153 0.019 114 P 0.239 0.336 0.237 0.121 0.047 0.017 0.003 115 F 0.110 0.152 0.213 0.270 0.184 0.065 0.006 116 E 0.361 0.306 0.177 0.099 0.042 0.012 0.001 117 E 0.241 0.284 0.221 0.139 0.076 0.035 0.005 118 V 0.048 0.102 0.206 0.311 0.237 0.092 0.004 119 D 0.287 0.413 0.182 0.076 0.030 0.010 0.001 120 Y 0.027 0.074 0.170 0.311 0.288 0.119 0.009 121 W 0.016 0.058 0.113 0.269 0.338 0.197 0.010 122 E 0.138 0.389 0.309 0.125 0.032 0.006 0.001 123 E 0.034 0.126 0.298 0.334 0.166 0.040 0.003 124 L 0.002 0.004 0.010 0.042 0.243 0.632 0.068 125 T 0.006 0.039 0.166 0.384 0.305 0.097 0.004 126 E 0.023 0.252 0.389 0.243 0.078 0.014 0.001 127 I 0.002 0.010 0.041 0.155 0.381 0.380 0.031 128 M 0.002 0.005 0.016 0.099 0.349 0.458 0.071 129 E 0.055 0.403 0.350 0.146 0.037 0.008 0.001 130 W 0.012 0.110 0.302 0.401 0.150 0.023 0.001 131 S 0.003 0.007 0.021 0.117 0.389 0.423 0.041 132 R 0.026 0.166 0.344 0.331 0.119 0.013 0.001 133 H 0.358 0.435 0.145 0.047 0.013 0.002 0.001 134 N 0.044 0.195 0.335 0.282 0.119 0.024 0.002 135 V 0.067 0.265 0.299 0.241 0.099 0.028 0.003 136 Y 0.008 0.044 0.116 0.267 0.377 0.170 0.017 137 S 0.003 0.018 0.072 0.204 0.331 0.303 0.068 138 T 0.001 0.002 0.007 0.023 0.108 0.499 0.360 139 M 0.001 0.001 0.003 0.009 0.045 0.279 0.663 140 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.038 0.181 0.771 141 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.126 0.855 142 C 0.001 0.001 0.003 0.010 0.036 0.165 0.785 143 W 0.002 0.007 0.017 0.034 0.057 0.189 0.694 144 A 0.003 0.005 0.009 0.028 0.063 0.208 0.685 145 A 0.007 0.011 0.018 0.039 0.082 0.242 0.601 146 Q 0.010 0.018 0.024 0.056 0.082 0.233 0.577 147 A 0.015 0.013 0.018 0.039 0.079 0.230 0.606 148 G 0.009 0.019 0.026 0.045 0.069 0.253 0.579 149 L 0.006 0.012 0.028 0.074 0.124 0.275 0.480 150 Y 0.008 0.023 0.040 0.090 0.162 0.396 0.282 151 Y 0.012 0.024 0.042 0.110 0.215 0.371 0.226 152 F 0.010 0.024 0.045 0.099 0.209 0.442 0.170 153 Y 0.030 0.083 0.135 0.233 0.260 0.205 0.054 154 G 0.039 0.079 0.127 0.197 0.249 0.241 0.069 155 I 0.062 0.150 0.213 0.250 0.202 0.107 0.016 156 P 0.119 0.188 0.213 0.233 0.163 0.073 0.011 157 K 0.196 0.248 0.216 0.184 0.110 0.041 0.005 158 Y 0.191 0.226 0.226 0.192 0.117 0.042 0.006 159 E 0.425 0.308 0.142 0.075 0.033 0.014 0.003 160 L 0.136 0.173 0.230 0.243 0.153 0.057 0.007 161 P 0.460 0.268 0.136 0.080 0.037 0.016 0.003 162 Q 0.304 0.266 0.201 0.137 0.063 0.024 0.004 163 K 0.168 0.207 0.216 0.196 0.131 0.070 0.011 164 L 0.069 0.094 0.145 0.228 0.249 0.181 0.033 165 S 0.051 0.072 0.105 0.153 0.226 0.282 0.110 166 G 0.038 0.077 0.122 0.193 0.235 0.244 0.090 167 V 0.034 0.081 0.130 0.204 0.238 0.233 0.081 168 Y 0.019 0.039 0.078 0.171 0.298 0.319 0.077 169 K 0.032 0.152 0.267 0.267 0.181 0.087 0.015 170 H 0.011 0.023 0.058 0.165 0.364 0.328 0.051 171 R 0.052 0.219 0.262 0.238 0.148 0.070 0.011 172 V 0.018 0.064 0.150 0.301 0.303 0.152 0.012 173 A 0.167 0.285 0.266 0.185 0.077 0.018 0.002 174 K 0.474 0.319 0.144 0.050 0.011 0.002 0.001 175 D 0.609 0.239 0.099 0.040 0.011 0.002 0.001 176 S 0.387 0.302 0.191 0.086 0.027 0.006 0.001 177 V 0.230 0.281 0.238 0.160 0.073 0.018 0.001 178 L 0.091 0.130 0.183 0.265 0.224 0.100 0.007 179 F 0.045 0.085 0.153 0.263 0.280 0.160 0.015 180 R 0.160 0.288 0.258 0.185 0.080 0.026 0.003 181 G 0.234 0.270 0.207 0.164 0.091 0.030 0.004 182 H 0.147 0.178 0.235 0.241 0.148 0.047 0.005 183 D 0.363 0.331 0.174 0.085 0.033 0.012 0.002 184 D 0.166 0.250 0.237 0.198 0.106 0.037 0.005 185 F 0.071 0.150 0.199 0.240 0.204 0.113 0.022 186 F 0.013 0.021 0.045 0.118 0.259 0.392 0.152 187 W 0.028 0.085 0.152 0.213 0.215 0.212 0.096 188 A 0.022 0.029 0.047 0.103 0.195 0.356 0.248 189 P 0.060 0.069 0.080 0.128 0.202 0.284 0.176 190 H 0.042 0.047 0.078 0.122 0.163 0.286 0.261 191 S 0.046 0.036 0.049 0.108 0.181 0.319 0.262 192 R 0.080 0.081 0.092 0.133 0.163 0.260 0.190 193 Y 0.092 0.071 0.068 0.099 0.146 0.255 0.269 194 T 0.061 0.106 0.138 0.163 0.176 0.205 0.151 195 E 0.044 0.102 0.140 0.179 0.210 0.223 0.102 196 V 0.019 0.035 0.067 0.164 0.324 0.322 0.068 197 K 0.039 0.103 0.199 0.291 0.261 0.100 0.007 198 K 0.147 0.288 0.295 0.187 0.068 0.013 0.001 199 E 0.333 0.412 0.182 0.059 0.012 0.002 0.001 200 D 0.089 0.235 0.280 0.255 0.112 0.029 0.001 201 I 0.014 0.038 0.128 0.353 0.364 0.101 0.002 202 D 0.297 0.397 0.205 0.078 0.020 0.003 0.001 203 K 0.391 0.382 0.160 0.054 0.011 0.002 0.001 204 V 0.098 0.191 0.292 0.284 0.116 0.018 0.001 205 P 0.546 0.301 0.107 0.035 0.009 0.001 0.001 206 E 0.390 0.364 0.175 0.056 0.013 0.002 0.001 207 L 0.013 0.039 0.119 0.330 0.371 0.123 0.004 208 E 0.054 0.243 0.329 0.249 0.098 0.025 0.002 209 I 0.017 0.043 0.083 0.187 0.310 0.321 0.038 210 L 0.007 0.030 0.070 0.168 0.300 0.340 0.085 211 A 0.006 0.020 0.052 0.151 0.288 0.353 0.131 212 E 0.042 0.184 0.255 0.250 0.162 0.086 0.023 213 S 0.054 0.171 0.227 0.264 0.192 0.079 0.012 214 D 0.338 0.336 0.176 0.094 0.039 0.014 0.004 215 E 0.282 0.342 0.192 0.108 0.051 0.021 0.005 216 A 0.018 0.046 0.122 0.260 0.321 0.201 0.032 217 G 0.016 0.032 0.080 0.196 0.287 0.300 0.089 218 V 0.004 0.008 0.016 0.038 0.121 0.476 0.336 219 Y 0.007 0.015 0.026 0.072 0.198 0.409 0.272 220 V 0.003 0.006 0.015 0.042 0.135 0.377 0.422 221 V 0.001 0.003 0.006 0.023 0.103 0.443 0.421 222 A 0.003 0.020 0.055 0.148 0.254 0.388 0.132 223 N 0.011 0.086 0.186 0.300 0.280 0.118 0.019 224 K 0.069 0.227 0.282 0.252 0.132 0.034 0.004 225 S 0.372 0.369 0.150 0.071 0.028 0.009 0.002 226 E 0.063 0.266 0.286 0.223 0.113 0.043 0.006 227 R 0.001 0.014 0.071 0.244 0.411 0.238 0.021 228 Q 0.001 0.002 0.009 0.057 0.240 0.501 0.191 229 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.340 0.624 230 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.163 0.820 231 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.080 0.913 232 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.098 0.894 233 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.202 0.764 234 H 0.001 0.001 0.003 0.014 0.074 0.303 0.605 235 P 0.001 0.003 0.008 0.027 0.100 0.411 0.451 236 E 0.003 0.009 0.021 0.067 0.212 0.468 0.221 237 Y 0.006 0.022 0.057 0.148 0.289 0.373 0.105 238 D 0.028 0.109 0.184 0.255 0.239 0.150 0.034 239 R 0.088 0.213 0.224 0.229 0.149 0.080 0.017 240 Y 0.225 0.262 0.204 0.158 0.092 0.049 0.012 241 T 0.103 0.162 0.210 0.240 0.170 0.098 0.018 242 L 0.038 0.034 0.059 0.156 0.305 0.346 0.063 243 R 0.112 0.228 0.291 0.225 0.102 0.035 0.006 244 D 0.236 0.414 0.225 0.086 0.027 0.009 0.002 245 E 0.062 0.119 0.195 0.262 0.234 0.115 0.013 246 Y 0.053 0.063 0.105 0.214 0.302 0.232 0.031 247 Y 0.098 0.195 0.248 0.250 0.147 0.056 0.006 248 R 0.180 0.277 0.229 0.178 0.094 0.036 0.005 249 D 0.122 0.179 0.197 0.221 0.169 0.098 0.015 250 I 0.125 0.155 0.201 0.232 0.181 0.094 0.012 251 G 0.460 0.228 0.140 0.099 0.053 0.017 0.002 252 R 0.441 0.283 0.157 0.080 0.030 0.007 0.001 253 N 0.539 0.252 0.117 0.060 0.024 0.007 0.001 254 L 0.211 0.209 0.226 0.215 0.109 0.027 0.002 255 K 0.536 0.305 0.107 0.038 0.011 0.003 0.001 256 V 0.181 0.175 0.227 0.255 0.132 0.028 0.002 257 P 0.555 0.289 0.099 0.039 0.014 0.004 0.001 258 I 0.123 0.185 0.248 0.255 0.140 0.044 0.005 259 P 0.144 0.173 0.201 0.227 0.173 0.075 0.007 260 A 0.133 0.219 0.260 0.222 0.123 0.039 0.005 261 N 0.146 0.212 0.227 0.214 0.139 0.055 0.008 262 Y 0.042 0.110 0.203 0.281 0.241 0.112 0.010 263 F 0.078 0.141 0.229 0.283 0.197 0.067 0.004 264 P 0.359 0.305 0.197 0.099 0.033 0.007 0.001 265 N 0.728 0.183 0.056 0.023 0.008 0.002 0.001 266 D 0.723 0.183 0.062 0.024 0.007 0.001 0.001 267 D 0.556 0.248 0.124 0.057 0.014 0.002 0.001 268 P 0.606 0.234 0.097 0.047 0.013 0.002 0.001 269 T 0.751 0.173 0.050 0.019 0.006 0.001 0.001 270 K 0.642 0.211 0.095 0.040 0.010 0.002 0.001 271 T 0.453 0.305 0.147 0.070 0.021 0.005 0.001 272 P 0.293 0.275 0.213 0.142 0.061 0.015 0.001 273 I 0.190 0.281 0.240 0.173 0.084 0.027 0.003 274 L 0.117 0.130 0.172 0.242 0.211 0.108 0.020 275 T 0.062 0.129 0.190 0.225 0.185 0.159 0.050 276 W 0.022 0.026 0.039 0.109 0.244 0.392 0.168 277 W 0.035 0.094 0.163 0.234 0.225 0.182 0.067 278 S 0.066 0.100 0.131 0.181 0.207 0.216 0.100 279 H 0.032 0.052 0.074 0.095 0.136 0.284 0.326 280 A 0.015 0.020 0.031 0.088 0.194 0.403 0.250 281 H 0.011 0.048 0.135 0.269 0.287 0.188 0.063 282 L 0.009 0.013 0.034 0.124 0.269 0.422 0.129 283 F 0.009 0.008 0.007 0.011 0.049 0.334 0.582 284 F 0.007 0.015 0.029 0.074 0.164 0.417 0.294 285 S 0.010 0.038 0.135 0.289 0.299 0.151 0.078 286 N 0.008 0.016 0.034 0.103 0.239 0.403 0.197 287 W 0.008 0.013 0.018 0.043 0.126 0.386 0.406 288 L 0.016 0.028 0.042 0.084 0.159 0.371 0.300 289 N 0.046 0.080 0.148 0.256 0.216 0.138 0.116 290 Y 0.031 0.044 0.071 0.144 0.191 0.319 0.200 291 C 0.050 0.040 0.040 0.076 0.135 0.325 0.333 292 I 0.092 0.140 0.145 0.174 0.155 0.201 0.092 293 Y 0.120 0.134 0.151 0.202 0.193 0.151 0.049 294 Q 0.157 0.162 0.151 0.211 0.181 0.117 0.020 295 K 0.272 0.288 0.192 0.141 0.072 0.030 0.005 296 T 0.175 0.171 0.171 0.215 0.167 0.088 0.013 297 P 0.371 0.311 0.186 0.090 0.032 0.009 0.001 298 Y 0.428 0.238 0.137 0.107 0.064 0.023 0.003 299 R 0.374 0.276 0.189 0.115 0.036 0.008 0.001 300 L 0.381 0.163 0.170 0.161 0.099 0.025 0.001 301 E 0.741 0.197 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 302 D 0.689 0.230 0.061 0.016 0.003 0.001 0.001 303 I 0.494 0.178 0.171 0.114 0.039 0.004 0.001 304 H 0.808 0.137 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001