# TARGET T0326 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1929 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.003 0.001 0.003 0.008 0.002 0.939 2 P 0.226 0.022 0.003 0.005 0.008 0.004 0.732 3 I 0.558 0.025 0.008 0.007 0.039 0.010 0.353 4 N 0.613 0.066 0.016 0.014 0.054 0.011 0.225 5 V 0.268 0.045 0.016 0.020 0.044 0.016 0.591 6 P 0.042 0.012 0.127 0.030 0.095 0.405 0.289 7 S 0.003 0.004 0.050 0.014 0.079 0.814 0.035 8 G 0.007 0.013 0.068 0.053 0.231 0.420 0.209 9 L 0.009 0.015 0.014 0.227 0.345 0.023 0.367 10 P 0.012 0.018 0.034 0.606 0.022 0.054 0.254 11 A 0.004 0.003 0.032 0.921 0.003 0.013 0.024 12 V 0.002 0.001 0.012 0.979 0.001 0.004 0.003 13 K 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.002 0.001 14 V 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.001 15 L 0.006 0.001 0.004 0.984 0.001 0.003 0.001 16 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.009 0.001 17 K 0.001 0.001 0.005 0.954 0.001 0.040 0.001 18 E 0.001 0.001 0.011 0.339 0.006 0.641 0.003 19 G 0.002 0.001 0.002 0.015 0.018 0.955 0.010 20 I 0.188 0.012 0.002 0.020 0.039 0.011 0.728 21 F 0.851 0.033 0.003 0.011 0.014 0.003 0.085 22 V 0.845 0.015 0.003 0.014 0.014 0.004 0.104 23 M 0.640 0.014 0.003 0.010 0.053 0.007 0.273 24 T 0.274 0.011 0.008 0.023 0.134 0.006 0.544 25 E 0.020 0.003 0.118 0.695 0.033 0.060 0.071 26 K 0.011 0.002 0.176 0.670 0.012 0.094 0.035 27 R 0.021 0.005 0.220 0.560 0.026 0.075 0.091 28 A 0.044 0.015 0.144 0.516 0.036 0.091 0.154 29 I 0.035 0.013 0.131 0.486 0.043 0.198 0.094 30 H 0.027 0.005 0.136 0.285 0.066 0.362 0.118 31 Q 0.033 0.006 0.104 0.165 0.232 0.225 0.234 32 D 0.053 0.015 0.070 0.065 0.192 0.151 0.454 33 I 0.071 0.033 0.022 0.045 0.210 0.041 0.578 34 R 0.070 0.023 0.009 0.013 0.111 0.018 0.756 35 P 0.083 0.014 0.113 0.093 0.062 0.069 0.566 36 L 0.154 0.005 0.100 0.078 0.307 0.091 0.266 37 E 0.702 0.006 0.062 0.055 0.034 0.050 0.091 38 I 0.929 0.005 0.005 0.029 0.002 0.002 0.028 39 L 0.957 0.002 0.003 0.022 0.002 0.002 0.011 40 I 0.914 0.002 0.007 0.033 0.005 0.007 0.033 41 L 0.764 0.006 0.014 0.022 0.034 0.022 0.139 42 N 0.350 0.010 0.029 0.016 0.189 0.059 0.346 43 L 0.114 0.023 0.039 0.029 0.177 0.079 0.539 44 M 0.028 0.005 0.010 0.013 0.089 0.018 0.837 45 P 0.024 0.008 0.047 0.090 0.098 0.094 0.639 46 D 0.028 0.012 0.071 0.187 0.212 0.150 0.339 47 K 0.036 0.004 0.049 0.333 0.129 0.117 0.331 48 I 0.060 0.006 0.018 0.544 0.036 0.037 0.299 49 K 0.086 0.007 0.010 0.628 0.048 0.018 0.202 50 T 0.093 0.007 0.008 0.748 0.040 0.012 0.092 51 E 0.047 0.003 0.005 0.900 0.008 0.015 0.023 52 I 0.040 0.002 0.011 0.890 0.015 0.024 0.019 53 Q 0.034 0.002 0.016 0.862 0.020 0.032 0.035 54 L 0.025 0.002 0.024 0.868 0.012 0.042 0.027 55 L 0.028 0.004 0.040 0.827 0.020 0.046 0.036 56 R 0.055 0.003 0.064 0.714 0.032 0.089 0.043 57 L 0.120 0.004 0.060 0.630 0.040 0.094 0.051 58 L 0.337 0.038 0.044 0.320 0.039 0.104 0.118 59 G 0.348 0.018 0.030 0.173 0.064 0.178 0.189 60 N 0.391 0.012 0.025 0.131 0.100 0.095 0.246 61 T 0.379 0.022 0.014 0.094 0.101 0.040 0.351 62 P 0.261 0.014 0.032 0.103 0.078 0.086 0.427 63 L 0.186 0.019 0.069 0.172 0.095 0.185 0.273 64 Q 0.160 0.010 0.043 0.200 0.109 0.191 0.288 65 V 0.137 0.010 0.024 0.190 0.188 0.204 0.248 66 N 0.193 0.013 0.011 0.252 0.115 0.179 0.236 67 V 0.327 0.011 0.005 0.340 0.081 0.026 0.209 68 T 0.452 0.011 0.007 0.337 0.032 0.020 0.141 69 L 0.445 0.007 0.013 0.393 0.051 0.029 0.062 70 L 0.459 0.011 0.018 0.356 0.038 0.031 0.088 71 Y 0.396 0.010 0.031 0.438 0.025 0.033 0.067 72 T 0.368 0.006 0.045 0.438 0.025 0.044 0.074 73 E 0.250 0.006 0.105 0.394 0.037 0.095 0.113 74 T 0.244 0.014 0.087 0.355 0.049 0.119 0.132 75 H 0.291 0.061 0.055 0.155 0.145 0.095 0.197 76 K 0.113 0.009 0.053 0.050 0.157 0.101 0.517 77 P 0.050 0.007 0.176 0.077 0.124 0.230 0.337 78 K 0.018 0.005 0.111 0.016 0.130 0.651 0.069 79 H 0.029 0.003 0.030 0.003 0.207 0.612 0.115 80 T 0.126 0.010 0.001 0.001 0.075 0.004 0.782 81 P 0.453 0.021 0.001 0.001 0.021 0.003 0.501 82 I 0.838 0.004 0.001 0.001 0.011 0.003 0.141 83 E 0.941 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.045 84 H 0.971 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.020 85 I 0.907 0.004 0.002 0.004 0.008 0.001 0.074 86 L 0.672 0.009 0.005 0.007 0.042 0.007 0.259 87 K 0.242 0.008 0.025 0.012 0.158 0.105 0.450 88 F 0.100 0.014 0.048 0.018 0.170 0.306 0.344 89 Y 0.116 0.027 0.038 0.023 0.236 0.226 0.333 90 T 0.127 0.046 0.011 0.022 0.281 0.064 0.449 91 T 0.159 0.037 0.010 0.030 0.108 0.033 0.624 92 F 0.043 0.011 0.092 0.606 0.033 0.040 0.175 93 S 0.024 0.005 0.135 0.670 0.039 0.047 0.081 94 A 0.011 0.003 0.172 0.703 0.020 0.040 0.050 95 V 0.024 0.007 0.120 0.708 0.023 0.037 0.081 96 K 0.033 0.008 0.125 0.597 0.031 0.103 0.103 97 D 0.039 0.003 0.160 0.418 0.060 0.210 0.109 98 R 0.061 0.005 0.073 0.201 0.169 0.332 0.160 99 K 0.082 0.018 0.020 0.008 0.214 0.155 0.504 100 F 0.096 0.006 0.007 0.001 0.076 0.037 0.777 101 D 0.195 0.001 0.005 0.001 0.553 0.033 0.212 102 G 0.966 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.023 103 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 104 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 I 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 106 T 0.436 0.002 0.001 0.001 0.070 0.015 0.476 107 G 0.079 0.005 0.001 0.001 0.628 0.021 0.266 108 A 0.061 0.024 0.002 0.001 0.375 0.016 0.521 109 P 0.068 0.027 0.015 0.002 0.167 0.078 0.642 110 V 0.061 0.045 0.041 0.005 0.385 0.075 0.388 111 E 0.107 0.024 0.052 0.007 0.285 0.066 0.459 112 L 0.053 0.028 0.205 0.032 0.130 0.087 0.465 113 L 0.053 0.057 0.204 0.029 0.235 0.081 0.340 114 P 0.040 0.025 0.204 0.038 0.106 0.093 0.492 115 F 0.002 0.002 0.706 0.091 0.016 0.099 0.084 116 E 0.002 0.009 0.605 0.110 0.022 0.203 0.048 117 E 0.002 0.003 0.507 0.152 0.038 0.213 0.084 118 V 0.005 0.005 0.265 0.256 0.151 0.082 0.235 119 D 0.004 0.009 0.286 0.355 0.054 0.170 0.123 120 Y 0.003 0.006 0.190 0.535 0.042 0.156 0.069 121 W 0.001 0.001 0.028 0.897 0.012 0.016 0.044 122 E 0.001 0.001 0.012 0.973 0.003 0.006 0.006 123 E 0.001 0.001 0.006 0.981 0.002 0.007 0.003 124 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 125 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 128 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 130 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 131 S 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.017 0.002 132 R 0.001 0.001 0.009 0.916 0.004 0.065 0.005 133 H 0.001 0.001 0.031 0.600 0.008 0.353 0.007 134 N 0.001 0.001 0.013 0.090 0.020 0.863 0.013 135 V 0.006 0.004 0.024 0.065 0.189 0.454 0.257 136 Y 0.049 0.005 0.002 0.006 0.480 0.011 0.447 137 S 0.230 0.010 0.004 0.010 0.157 0.028 0.561 138 T 0.838 0.006 0.004 0.013 0.051 0.020 0.067 139 M 0.943 0.002 0.001 0.013 0.009 0.003 0.028 140 F 0.956 0.001 0.002 0.019 0.008 0.002 0.012 141 I 0.873 0.004 0.005 0.052 0.013 0.005 0.048 142 C 0.373 0.012 0.005 0.098 0.059 0.008 0.445 143 W 0.006 0.001 0.032 0.840 0.026 0.029 0.065 144 A 0.001 0.001 0.038 0.906 0.010 0.024 0.020 145 A 0.001 0.001 0.015 0.975 0.001 0.006 0.004 146 Q 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.003 0.001 147 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.008 0.001 148 G 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.017 0.001 149 L 0.001 0.001 0.009 0.954 0.001 0.034 0.002 150 Y 0.001 0.001 0.018 0.896 0.003 0.078 0.004 151 Y 0.001 0.001 0.023 0.813 0.005 0.147 0.010 152 F 0.006 0.004 0.043 0.534 0.091 0.221 0.101 153 Y 0.009 0.008 0.035 0.151 0.143 0.516 0.138 154 G 0.018 0.007 0.027 0.023 0.349 0.293 0.282 155 I 0.055 0.010 0.003 0.005 0.245 0.008 0.674 156 P 0.122 0.020 0.009 0.004 0.051 0.015 0.779 157 K 0.331 0.055 0.033 0.010 0.080 0.021 0.469 158 Y 0.399 0.023 0.025 0.011 0.100 0.036 0.405 159 E 0.385 0.054 0.019 0.010 0.143 0.043 0.347 160 L 0.156 0.013 0.005 0.003 0.172 0.016 0.634 161 P 0.100 0.011 0.027 0.011 0.141 0.173 0.538 162 Q 0.102 0.023 0.089 0.018 0.201 0.338 0.229 163 K 0.185 0.011 0.071 0.016 0.179 0.200 0.338 164 L 0.505 0.043 0.033 0.018 0.076 0.065 0.261 165 S 0.576 0.038 0.014 0.015 0.083 0.072 0.203 166 G 0.554 0.006 0.010 0.006 0.104 0.091 0.228 167 V 0.746 0.014 0.006 0.005 0.046 0.035 0.148 168 Y 0.846 0.009 0.004 0.003 0.034 0.013 0.091 169 K 0.782 0.004 0.005 0.004 0.035 0.013 0.156 170 H 0.852 0.003 0.003 0.004 0.028 0.008 0.102 171 R 0.932 0.011 0.001 0.004 0.008 0.003 0.041 172 V 0.844 0.025 0.001 0.006 0.008 0.004 0.112 173 A 0.539 0.016 0.002 0.011 0.024 0.036 0.373 174 K 0.036 0.002 0.007 0.017 0.049 0.866 0.023 175 D 0.015 0.002 0.010 0.016 0.103 0.802 0.051 176 S 0.060 0.027 0.018 0.052 0.289 0.070 0.483 177 V 0.137 0.054 0.066 0.145 0.135 0.135 0.329 178 L 0.268 0.040 0.144 0.203 0.053 0.125 0.167 179 F 0.248 0.053 0.184 0.186 0.047 0.125 0.157 180 R 0.091 0.022 0.129 0.128 0.068 0.486 0.076 181 G 0.048 0.008 0.057 0.023 0.091 0.640 0.133 182 H 0.074 0.031 0.025 0.007 0.209 0.058 0.597 183 D 0.069 0.018 0.085 0.019 0.206 0.259 0.344 184 D 0.066 0.009 0.107 0.021 0.237 0.313 0.247 185 F 0.192 0.024 0.108 0.017 0.171 0.180 0.308 186 F 0.426 0.060 0.019 0.008 0.115 0.045 0.327 187 W 0.353 0.033 0.003 0.006 0.055 0.009 0.542 188 A 0.231 0.012 0.001 0.002 0.019 0.003 0.731 189 P 0.378 0.028 0.005 0.007 0.031 0.015 0.536 190 H 0.520 0.023 0.020 0.012 0.119 0.044 0.263 191 S 0.445 0.014 0.038 0.019 0.144 0.082 0.257 192 R 0.420 0.012 0.036 0.037 0.137 0.081 0.277 193 Y 0.491 0.024 0.034 0.071 0.088 0.053 0.239 194 T 0.521 0.020 0.032 0.068 0.080 0.078 0.201 195 E 0.365 0.028 0.048 0.077 0.119 0.118 0.244 196 V 0.231 0.025 0.022 0.073 0.100 0.051 0.497 197 K 0.172 0.017 0.019 0.072 0.060 0.043 0.618 198 K 0.112 0.018 0.098 0.322 0.093 0.111 0.247 199 E 0.090 0.012 0.149 0.364 0.104 0.133 0.148 200 D 0.087 0.015 0.205 0.360 0.056 0.121 0.157 201 I 0.040 0.012 0.414 0.331 0.031 0.115 0.056 202 D 0.037 0.007 0.353 0.264 0.066 0.211 0.062 203 K 0.060 0.015 0.279 0.149 0.124 0.276 0.098 204 V 0.073 0.017 0.009 0.007 0.422 0.013 0.458 205 P 0.082 0.006 0.017 0.004 0.126 0.063 0.702 206 E 0.364 0.015 0.033 0.006 0.170 0.064 0.348 207 L 0.724 0.006 0.010 0.003 0.032 0.008 0.216 208 E 0.959 0.003 0.003 0.003 0.005 0.002 0.025 209 I 0.975 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 210 L 0.949 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.036 211 A 0.845 0.003 0.002 0.005 0.019 0.011 0.115 212 E 0.511 0.027 0.004 0.004 0.127 0.035 0.292 213 S 0.168 0.013 0.006 0.002 0.177 0.021 0.614 214 D 0.036 0.004 0.027 0.007 0.188 0.664 0.074 215 E 0.019 0.004 0.024 0.008 0.125 0.765 0.056 216 A 0.126 0.010 0.017 0.018 0.370 0.103 0.355 217 G 0.415 0.030 0.007 0.021 0.097 0.039 0.392 218 V 0.867 0.019 0.006 0.017 0.019 0.009 0.063 219 Y 0.913 0.004 0.006 0.025 0.010 0.004 0.038 220 V 0.918 0.003 0.006 0.038 0.007 0.005 0.024 221 V 0.933 0.003 0.004 0.019 0.008 0.005 0.028 222 A 0.880 0.012 0.006 0.036 0.010 0.012 0.044 223 N 0.665 0.013 0.014 0.033 0.036 0.052 0.187 224 K 0.148 0.004 0.037 0.027 0.179 0.488 0.117 225 S 0.090 0.005 0.053 0.014 0.173 0.533 0.130 226 E 0.145 0.017 0.027 0.002 0.413 0.091 0.305 227 R 0.263 0.008 0.014 0.001 0.167 0.063 0.484 228 Q 0.802 0.008 0.011 0.001 0.054 0.015 0.109 229 I 0.952 0.005 0.003 0.001 0.004 0.002 0.033 230 F 0.973 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.017 231 V 0.939 0.006 0.002 0.001 0.006 0.004 0.043 232 T 0.764 0.009 0.001 0.001 0.035 0.021 0.169 233 G 0.239 0.010 0.003 0.001 0.219 0.066 0.462 234 H 0.109 0.026 0.011 0.005 0.279 0.034 0.537 235 P 0.053 0.009 0.122 0.046 0.104 0.501 0.164 236 E 0.074 0.023 0.145 0.044 0.115 0.401 0.198 237 Y 0.124 0.068 0.078 0.055 0.200 0.121 0.354 238 D 0.110 0.030 0.019 0.044 0.165 0.071 0.560 239 R 0.067 0.011 0.106 0.304 0.119 0.171 0.221 240 Y 0.043 0.010 0.138 0.412 0.120 0.128 0.150 241 T 0.027 0.008 0.133 0.547 0.053 0.111 0.121 242 L 0.027 0.013 0.080 0.610 0.045 0.100 0.125 243 R 0.020 0.007 0.049 0.662 0.040 0.092 0.130 244 D 0.013 0.001 0.029 0.783 0.038 0.079 0.057 245 E 0.026 0.005 0.027 0.832 0.018 0.052 0.041 246 Y 0.045 0.007 0.020 0.832 0.016 0.047 0.033 247 Y 0.043 0.005 0.021 0.829 0.016 0.040 0.047 248 R 0.032 0.003 0.029 0.824 0.023 0.047 0.041 249 D 0.030 0.004 0.038 0.773 0.024 0.065 0.065 250 I 0.022 0.004 0.043 0.756 0.025 0.108 0.043 251 G 0.040 0.005 0.067 0.611 0.054 0.155 0.069 252 R 0.045 0.006 0.086 0.440 0.068 0.268 0.087 253 N 0.056 0.015 0.076 0.243 0.071 0.396 0.143 254 L 0.077 0.033 0.022 0.068 0.142 0.061 0.596 255 K 0.104 0.025 0.026 0.024 0.102 0.061 0.658 256 V 0.082 0.014 0.013 0.014 0.235 0.036 0.605 257 P 0.069 0.028 0.016 0.008 0.129 0.051 0.699 258 I 0.046 0.057 0.006 0.004 0.230 0.008 0.650 259 P 0.029 0.022 0.026 0.005 0.040 0.022 0.855 260 A 0.007 0.007 0.554 0.048 0.035 0.265 0.084 261 N 0.009 0.007 0.436 0.064 0.063 0.345 0.076 262 Y 0.019 0.055 0.340 0.054 0.229 0.125 0.179 263 F 0.018 0.036 0.011 0.003 0.477 0.021 0.434 264 P 0.013 0.014 0.053 0.008 0.126 0.503 0.283 265 N 0.008 0.019 0.044 0.008 0.152 0.655 0.114 266 D 0.019 0.040 0.072 0.020 0.372 0.219 0.258 267 D 0.016 0.026 0.024 0.008 0.249 0.028 0.649 268 P 0.010 0.013 0.164 0.044 0.084 0.492 0.194 269 T 0.013 0.016 0.099 0.068 0.112 0.489 0.202 270 K 0.034 0.031 0.064 0.178 0.255 0.135 0.303 271 T 0.041 0.015 0.005 0.078 0.315 0.012 0.534 272 P 0.068 0.015 0.028 0.270 0.054 0.068 0.497 273 I 0.181 0.032 0.042 0.418 0.073 0.077 0.178 274 L 0.180 0.020 0.031 0.486 0.081 0.042 0.160 275 T 0.163 0.021 0.033 0.506 0.072 0.043 0.161 276 W 0.033 0.003 0.026 0.814 0.021 0.049 0.054 277 W 0.013 0.002 0.028 0.865 0.027 0.033 0.033 278 S 0.007 0.002 0.020 0.908 0.016 0.021 0.027 279 H 0.001 0.001 0.019 0.954 0.004 0.013 0.009 280 A 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.007 0.002 281 H 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.008 0.001 282 L 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.011 0.001 283 F 0.001 0.001 0.005 0.973 0.001 0.019 0.002 284 F 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.011 0.002 285 S 0.001 0.001 0.005 0.971 0.003 0.019 0.001 286 N 0.001 0.001 0.004 0.956 0.003 0.035 0.002 287 W 0.001 0.001 0.009 0.949 0.003 0.031 0.006 288 L 0.002 0.001 0.022 0.936 0.004 0.028 0.007 289 N 0.003 0.001 0.019 0.937 0.007 0.029 0.005 290 Y 0.006 0.001 0.019 0.924 0.004 0.041 0.006 291 C 0.032 0.004 0.017 0.851 0.007 0.066 0.022 292 I 0.152 0.016 0.028 0.658 0.022 0.073 0.050 293 Y 0.256 0.006 0.025 0.466 0.034 0.139 0.074 294 Q 0.250 0.011 0.013 0.142 0.158 0.165 0.261 295 K 0.203 0.051 0.009 0.097 0.241 0.082 0.318 296 T 0.111 0.020 0.003 0.011 0.283 0.012 0.560 297 P 0.040 0.010 0.222 0.168 0.064 0.324 0.173 298 Y 0.054 0.022 0.275 0.093 0.182 0.241 0.134 299 R 0.072 0.026 0.313 0.066 0.086 0.101 0.337 300 L 0.027 0.012 0.456 0.232 0.030 0.071 0.171 301 E 0.024 0.012 0.434 0.204 0.064 0.140 0.123 302 D 0.015 0.007 0.359 0.141 0.096 0.219 0.163 303 I 0.022 0.026 0.072 0.125 0.095 0.080 0.580 304 H 0.010 0.005 0.024 0.024 0.033 0.030 0.875