# TARGET T0326 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1929 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.224 0.201 0.184 0.177 0.126 0.074 0.014 2 P 0.169 0.117 0.113 0.143 0.184 0.210 0.065 3 I 0.098 0.100 0.128 0.218 0.259 0.166 0.031 4 N 0.227 0.340 0.231 0.126 0.051 0.020 0.005 5 V 0.146 0.177 0.210 0.240 0.166 0.055 0.005 6 P 0.360 0.256 0.188 0.120 0.060 0.015 0.002 7 S 0.528 0.325 0.110 0.029 0.007 0.002 0.001 8 G 0.285 0.258 0.214 0.152 0.069 0.020 0.003 9 L 0.134 0.186 0.234 0.242 0.148 0.052 0.004 10 P 0.124 0.275 0.260 0.198 0.100 0.038 0.005 11 A 0.016 0.025 0.065 0.196 0.382 0.288 0.028 12 V 0.029 0.088 0.189 0.289 0.259 0.134 0.013 13 K 0.182 0.443 0.239 0.100 0.028 0.008 0.001 14 V 0.031 0.120 0.267 0.342 0.191 0.047 0.002 15 L 0.013 0.021 0.055 0.194 0.412 0.288 0.017 16 A 0.226 0.350 0.260 0.126 0.033 0.005 0.001 17 K 0.557 0.321 0.093 0.025 0.004 0.001 0.001 18 E 0.254 0.294 0.254 0.140 0.047 0.010 0.001 19 G 0.244 0.336 0.227 0.128 0.050 0.014 0.001 20 I 0.080 0.097 0.165 0.270 0.274 0.108 0.007 21 F 0.115 0.137 0.166 0.214 0.219 0.135 0.014 22 V 0.099 0.145 0.165 0.220 0.201 0.149 0.022 23 M 0.122 0.114 0.154 0.259 0.246 0.095 0.009 24 T 0.341 0.312 0.199 0.101 0.037 0.009 0.001 25 E 0.430 0.342 0.148 0.059 0.016 0.004 0.001 26 K 0.607 0.263 0.084 0.032 0.011 0.003 0.001 27 R 0.165 0.206 0.244 0.239 0.118 0.026 0.002 28 A 0.264 0.228 0.189 0.174 0.100 0.041 0.004 29 I 0.263 0.280 0.223 0.147 0.063 0.022 0.002 30 H 0.304 0.284 0.192 0.132 0.063 0.024 0.003 31 Q 0.168 0.164 0.188 0.223 0.169 0.078 0.010 32 D 0.305 0.247 0.188 0.129 0.078 0.044 0.010 33 I 0.158 0.151 0.180 0.209 0.177 0.106 0.019 34 R 0.319 0.265 0.188 0.136 0.068 0.021 0.003 35 P 0.343 0.290 0.179 0.108 0.055 0.022 0.004 36 L 0.133 0.118 0.159 0.246 0.219 0.108 0.016 37 E 0.169 0.260 0.227 0.177 0.105 0.051 0.010 38 I 0.069 0.059 0.092 0.190 0.286 0.250 0.053 39 L 0.063 0.086 0.123 0.207 0.248 0.225 0.048 40 I 0.081 0.062 0.071 0.122 0.199 0.351 0.113 41 L 0.101 0.107 0.119 0.193 0.223 0.194 0.063 42 N 0.145 0.224 0.214 0.200 0.132 0.071 0.013 43 L 0.157 0.214 0.220 0.218 0.129 0.054 0.008 44 M 0.199 0.199 0.203 0.185 0.141 0.065 0.008 45 P 0.575 0.210 0.108 0.065 0.032 0.009 0.001 46 D 0.628 0.256 0.078 0.027 0.008 0.002 0.001 47 K 0.426 0.261 0.164 0.100 0.038 0.010 0.001 48 I 0.387 0.223 0.156 0.134 0.072 0.024 0.003 49 K 0.443 0.316 0.145 0.062 0.024 0.008 0.002 50 T 0.284 0.188 0.165 0.170 0.119 0.061 0.014 51 E 0.205 0.160 0.160 0.205 0.161 0.089 0.020 52 I 0.214 0.267 0.222 0.168 0.083 0.036 0.009 53 Q 0.146 0.201 0.195 0.200 0.153 0.084 0.021 54 L 0.055 0.085 0.125 0.178 0.235 0.232 0.090 55 L 0.059 0.080 0.112 0.183 0.217 0.255 0.095 56 R 0.108 0.186 0.222 0.228 0.152 0.081 0.023 57 L 0.081 0.092 0.129 0.204 0.235 0.197 0.061 58 L 0.067 0.043 0.044 0.079 0.163 0.358 0.246 59 G 0.120 0.108 0.098 0.133 0.171 0.227 0.143 60 N 0.109 0.114 0.119 0.148 0.167 0.189 0.153 61 T 0.068 0.085 0.105 0.172 0.221 0.224 0.124 62 P 0.107 0.151 0.166 0.182 0.173 0.150 0.071 63 L 0.080 0.104 0.127 0.174 0.201 0.201 0.111 64 Q 0.088 0.146 0.174 0.195 0.181 0.152 0.065 65 V 0.040 0.048 0.079 0.143 0.227 0.296 0.167 66 N 0.084 0.154 0.164 0.186 0.163 0.164 0.085 67 V 0.025 0.027 0.048 0.109 0.211 0.356 0.223 68 T 0.057 0.121 0.163 0.201 0.189 0.178 0.091 69 L 0.040 0.091 0.158 0.215 0.231 0.197 0.068 70 L 0.035 0.071 0.114 0.189 0.263 0.248 0.080 71 Y 0.021 0.033 0.059 0.123 0.245 0.386 0.133 72 T 0.039 0.067 0.114 0.227 0.280 0.229 0.044 73 E 0.074 0.242 0.272 0.228 0.124 0.052 0.008 74 T 0.035 0.126 0.216 0.290 0.225 0.095 0.012 75 H 0.032 0.071 0.136 0.266 0.317 0.166 0.014 76 K 0.181 0.332 0.263 0.157 0.055 0.010 0.001 77 P 0.538 0.285 0.114 0.047 0.013 0.002 0.001 78 K 0.475 0.310 0.148 0.052 0.013 0.002 0.001 79 H 0.456 0.348 0.138 0.047 0.010 0.002 0.001 80 T 0.065 0.118 0.214 0.317 0.225 0.058 0.003 81 P 0.141 0.353 0.302 0.144 0.048 0.011 0.001 82 I 0.013 0.028 0.081 0.243 0.381 0.231 0.023 83 E 0.049 0.172 0.258 0.268 0.170 0.074 0.010 84 H 0.020 0.054 0.115 0.219 0.307 0.248 0.036 85 I 0.019 0.044 0.089 0.198 0.308 0.288 0.055 86 L 0.030 0.110 0.189 0.246 0.239 0.156 0.031 87 K 0.082 0.176 0.218 0.222 0.167 0.106 0.029 88 F 0.044 0.069 0.119 0.231 0.293 0.215 0.029 89 Y 0.127 0.202 0.234 0.216 0.143 0.069 0.010 90 T 0.107 0.162 0.206 0.239 0.181 0.092 0.014 91 T 0.245 0.289 0.193 0.125 0.087 0.052 0.009 92 F 0.033 0.086 0.212 0.335 0.249 0.081 0.004 93 S 0.470 0.348 0.117 0.045 0.015 0.004 0.001 94 A 0.223 0.358 0.250 0.123 0.038 0.008 0.001 95 V 0.035 0.076 0.196 0.389 0.263 0.040 0.001 96 K 0.461 0.420 0.102 0.015 0.002 0.001 0.001 97 D 0.513 0.299 0.138 0.043 0.007 0.001 0.001 98 R 0.150 0.352 0.294 0.160 0.041 0.003 0.001 99 K 0.079 0.415 0.322 0.152 0.029 0.003 0.001 100 F 0.001 0.004 0.039 0.267 0.531 0.155 0.003 101 D 0.003 0.054 0.182 0.353 0.293 0.105 0.011 102 G 0.001 0.001 0.001 0.013 0.122 0.664 0.200 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.278 0.711 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.076 0.920 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.962 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.101 0.893 107 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.226 0.727 108 A 0.001 0.002 0.008 0.039 0.153 0.406 0.392 109 P 0.003 0.022 0.064 0.147 0.256 0.336 0.172 110 V 0.003 0.015 0.050 0.128 0.292 0.372 0.140 111 E 0.025 0.082 0.170 0.248 0.248 0.183 0.043 112 L 0.012 0.027 0.057 0.132 0.294 0.376 0.103 113 L 0.025 0.061 0.144 0.288 0.307 0.156 0.020 114 P 0.194 0.367 0.258 0.118 0.044 0.016 0.003 115 F 0.065 0.133 0.227 0.311 0.193 0.066 0.006 116 E 0.389 0.327 0.154 0.080 0.037 0.011 0.001 117 E 0.274 0.287 0.222 0.128 0.062 0.024 0.003 118 V 0.059 0.125 0.236 0.313 0.196 0.068 0.003 119 D 0.289 0.436 0.180 0.064 0.022 0.008 0.001 120 Y 0.043 0.121 0.228 0.300 0.227 0.076 0.006 121 W 0.016 0.050 0.106 0.278 0.357 0.185 0.009 122 E 0.209 0.420 0.250 0.089 0.026 0.006 0.001 123 E 0.045 0.160 0.303 0.304 0.146 0.039 0.003 124 L 0.004 0.010 0.024 0.083 0.295 0.527 0.058 125 T 0.007 0.037 0.158 0.362 0.326 0.105 0.004 126 E 0.025 0.177 0.366 0.294 0.116 0.021 0.001 127 I 0.002 0.010 0.029 0.094 0.300 0.510 0.054 128 M 0.001 0.004 0.011 0.072 0.320 0.510 0.083 129 E 0.031 0.308 0.387 0.201 0.057 0.014 0.002 130 W 0.006 0.069 0.249 0.437 0.204 0.035 0.001 131 S 0.003 0.007 0.019 0.099 0.369 0.464 0.039 132 R 0.028 0.175 0.344 0.330 0.113 0.010 0.001 133 H 0.475 0.391 0.104 0.024 0.004 0.001 0.001 134 N 0.059 0.244 0.357 0.249 0.080 0.011 0.001 135 V 0.113 0.367 0.302 0.166 0.044 0.008 0.001 136 Y 0.005 0.031 0.100 0.283 0.412 0.157 0.011 137 S 0.003 0.020 0.087 0.221 0.343 0.281 0.046 138 T 0.001 0.003 0.010 0.038 0.144 0.534 0.271 139 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.045 0.316 0.627 140 F 0.001 0.001 0.003 0.013 0.052 0.212 0.719 141 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.155 0.815 142 C 0.001 0.002 0.003 0.013 0.043 0.211 0.727 143 W 0.002 0.006 0.018 0.040 0.082 0.248 0.603 144 A 0.003 0.007 0.015 0.046 0.094 0.264 0.570 145 A 0.015 0.017 0.026 0.054 0.115 0.269 0.504 146 Q 0.013 0.025 0.035 0.069 0.093 0.250 0.514 147 A 0.025 0.015 0.020 0.042 0.086 0.230 0.582 148 G 0.019 0.031 0.036 0.052 0.080 0.252 0.529 149 L 0.017 0.020 0.036 0.084 0.112 0.231 0.499 150 Y 0.026 0.036 0.048 0.092 0.147 0.315 0.336 151 Y 0.030 0.048 0.058 0.108 0.161 0.320 0.274 152 F 0.015 0.026 0.052 0.117 0.208 0.356 0.227 153 Y 0.052 0.114 0.141 0.202 0.203 0.212 0.076 154 G 0.073 0.093 0.102 0.146 0.202 0.253 0.131 155 I 0.039 0.082 0.145 0.217 0.237 0.216 0.064 156 P 0.152 0.270 0.216 0.177 0.108 0.057 0.019 157 K 0.128 0.186 0.192 0.216 0.162 0.092 0.025 158 Y 0.095 0.146 0.193 0.247 0.212 0.093 0.014 159 E 0.285 0.387 0.203 0.079 0.028 0.012 0.005 160 L 0.050 0.081 0.156 0.289 0.273 0.128 0.023 161 P 0.254 0.305 0.207 0.131 0.066 0.029 0.007 162 Q 0.263 0.268 0.217 0.150 0.069 0.028 0.006 163 K 0.222 0.268 0.212 0.153 0.085 0.049 0.011 164 L 0.079 0.095 0.151 0.236 0.253 0.156 0.030 165 S 0.106 0.149 0.181 0.197 0.180 0.145 0.042 166 G 0.096 0.119 0.160 0.204 0.198 0.172 0.050 167 V 0.086 0.151 0.186 0.216 0.188 0.140 0.034 168 Y 0.065 0.074 0.124 0.219 0.277 0.206 0.035 169 K 0.117 0.225 0.234 0.197 0.138 0.075 0.013 170 H 0.039 0.063 0.124 0.227 0.305 0.210 0.033 171 R 0.115 0.277 0.238 0.187 0.112 0.059 0.011 172 V 0.039 0.090 0.173 0.293 0.271 0.124 0.010 173 A 0.221 0.250 0.225 0.181 0.096 0.025 0.002 174 K 0.545 0.286 0.116 0.039 0.010 0.002 0.001 175 D 0.461 0.297 0.145 0.068 0.021 0.006 0.001 176 S 0.104 0.195 0.260 0.246 0.144 0.049 0.003 177 V 0.079 0.164 0.235 0.255 0.187 0.073 0.007 178 L 0.025 0.040 0.082 0.196 0.314 0.303 0.039 179 F 0.023 0.049 0.100 0.211 0.314 0.266 0.037 180 R 0.119 0.264 0.262 0.203 0.102 0.042 0.007 181 G 0.154 0.243 0.219 0.196 0.123 0.055 0.010 182 H 0.076 0.113 0.191 0.273 0.236 0.100 0.012 183 D 0.380 0.315 0.165 0.085 0.037 0.016 0.004 184 D 0.219 0.255 0.216 0.171 0.093 0.037 0.008 185 F 0.094 0.181 0.213 0.208 0.168 0.110 0.026 186 F 0.019 0.040 0.074 0.161 0.258 0.324 0.125 187 W 0.023 0.040 0.075 0.151 0.243 0.303 0.165 188 A 0.024 0.032 0.048 0.089 0.154 0.353 0.300 189 P 0.025 0.023 0.032 0.062 0.120 0.282 0.455 190 H 0.013 0.016 0.028 0.052 0.094 0.275 0.522 191 S 0.015 0.016 0.025 0.062 0.136 0.312 0.434 192 R 0.014 0.025 0.042 0.085 0.159 0.330 0.344 193 Y 0.014 0.025 0.043 0.085 0.192 0.361 0.280 194 T 0.007 0.014 0.029 0.073 0.199 0.437 0.242 195 E 0.019 0.056 0.089 0.157 0.254 0.320 0.105 196 V 0.008 0.032 0.096 0.265 0.382 0.200 0.017 197 K 0.102 0.253 0.286 0.221 0.108 0.027 0.002 198 K 0.137 0.299 0.301 0.194 0.060 0.009 0.001 199 E 0.532 0.303 0.106 0.043 0.014 0.003 0.001 200 D 0.373 0.315 0.189 0.092 0.025 0.005 0.001 201 I 0.103 0.163 0.271 0.304 0.134 0.024 0.001 202 D 0.478 0.324 0.130 0.050 0.015 0.003 0.001 203 K 0.448 0.349 0.141 0.048 0.012 0.002 0.001 204 V 0.050 0.115 0.249 0.334 0.205 0.046 0.002 205 P 0.298 0.331 0.204 0.111 0.043 0.011 0.001 206 E 0.200 0.337 0.262 0.132 0.052 0.014 0.002 207 L 0.012 0.038 0.100 0.261 0.354 0.212 0.024 208 E 0.028 0.156 0.263 0.290 0.174 0.074 0.015 209 I 0.012 0.029 0.055 0.140 0.272 0.399 0.093 210 L 0.008 0.050 0.120 0.232 0.281 0.246 0.063 211 A 0.004 0.011 0.030 0.109 0.282 0.407 0.156 212 E 0.030 0.167 0.272 0.277 0.166 0.073 0.015 213 S 0.057 0.165 0.228 0.271 0.196 0.073 0.010 214 D 0.345 0.340 0.180 0.088 0.032 0.012 0.003 215 E 0.371 0.312 0.166 0.090 0.042 0.016 0.003 216 A 0.041 0.068 0.149 0.262 0.281 0.171 0.029 217 G 0.039 0.057 0.097 0.184 0.252 0.280 0.091 218 V 0.009 0.013 0.022 0.047 0.131 0.432 0.345 219 Y 0.011 0.022 0.037 0.091 0.195 0.369 0.276 220 V 0.005 0.012 0.028 0.067 0.170 0.350 0.368 221 V 0.002 0.006 0.013 0.045 0.145 0.454 0.335 222 A 0.006 0.042 0.097 0.198 0.258 0.304 0.095 223 N 0.015 0.086 0.185 0.298 0.290 0.111 0.015 224 K 0.154 0.314 0.264 0.174 0.074 0.018 0.003 225 S 0.387 0.343 0.150 0.074 0.030 0.012 0.004 226 E 0.042 0.208 0.270 0.261 0.154 0.058 0.007 227 R 0.004 0.024 0.095 0.273 0.380 0.198 0.025 228 Q 0.001 0.003 0.010 0.046 0.194 0.528 0.219 229 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.069 0.373 0.544 230 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.173 0.805 231 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.124 0.863 232 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.109 0.881 233 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.161 0.822 234 H 0.001 0.001 0.002 0.013 0.070 0.266 0.649 235 P 0.001 0.003 0.008 0.022 0.080 0.363 0.523 236 E 0.001 0.006 0.014 0.050 0.176 0.473 0.281 237 Y 0.003 0.015 0.050 0.152 0.308 0.373 0.098 238 D 0.029 0.120 0.194 0.257 0.237 0.130 0.033 239 R 0.157 0.220 0.206 0.202 0.127 0.071 0.016 240 Y 0.154 0.242 0.236 0.191 0.110 0.055 0.012 241 T 0.198 0.234 0.197 0.172 0.115 0.067 0.017 242 L 0.075 0.105 0.150 0.224 0.243 0.171 0.031 243 R 0.189 0.228 0.221 0.180 0.116 0.055 0.011 244 D 0.190 0.320 0.268 0.145 0.055 0.019 0.003 245 E 0.186 0.307 0.258 0.153 0.069 0.025 0.003 246 Y 0.043 0.065 0.106 0.214 0.301 0.240 0.030 247 Y 0.037 0.059 0.116 0.253 0.314 0.197 0.024 248 R 0.120 0.288 0.287 0.192 0.078 0.030 0.004 249 D 0.139 0.230 0.234 0.215 0.125 0.051 0.007 250 I 0.041 0.062 0.116 0.210 0.299 0.243 0.030 251 G 0.092 0.089 0.146 0.246 0.265 0.150 0.013 252 R 0.251 0.314 0.237 0.134 0.051 0.012 0.001 253 N 0.244 0.309 0.228 0.141 0.059 0.016 0.002 254 L 0.057 0.086 0.144 0.256 0.284 0.158 0.014 255 K 0.238 0.283 0.224 0.154 0.072 0.026 0.003 256 V 0.438 0.267 0.153 0.093 0.038 0.009 0.001 257 P 0.590 0.241 0.089 0.047 0.023 0.008 0.001 258 I 0.177 0.212 0.242 0.216 0.113 0.037 0.003 259 P 0.232 0.261 0.216 0.162 0.088 0.037 0.004 260 A 0.221 0.220 0.237 0.196 0.100 0.024 0.002 261 N 0.302 0.298 0.202 0.124 0.057 0.015 0.002 262 Y 0.086 0.144 0.228 0.284 0.189 0.064 0.005 263 F 0.094 0.133 0.214 0.279 0.208 0.070 0.003 264 P 0.405 0.309 0.178 0.080 0.023 0.004 0.001 265 N 0.716 0.185 0.060 0.027 0.010 0.002 0.001 266 D 0.597 0.237 0.105 0.045 0.013 0.003 0.001 267 D 0.493 0.262 0.140 0.077 0.023 0.005 0.001 268 P 0.531 0.248 0.123 0.069 0.024 0.005 0.001 269 T 0.658 0.223 0.077 0.030 0.010 0.002 0.001 270 K 0.562 0.239 0.121 0.059 0.016 0.003 0.001 271 T 0.439 0.321 0.144 0.067 0.022 0.006 0.001 272 P 0.189 0.219 0.235 0.206 0.115 0.034 0.003 273 I 0.145 0.258 0.249 0.198 0.105 0.039 0.005 274 L 0.123 0.155 0.183 0.228 0.191 0.103 0.018 275 T 0.063 0.119 0.176 0.225 0.203 0.170 0.043 276 W 0.025 0.024 0.035 0.103 0.246 0.414 0.153 277 W 0.034 0.107 0.204 0.275 0.212 0.136 0.032 278 S 0.074 0.139 0.195 0.225 0.199 0.132 0.035 279 H 0.026 0.041 0.069 0.103 0.185 0.359 0.217 280 A 0.012 0.016 0.023 0.074 0.203 0.476 0.197 281 H 0.010 0.067 0.189 0.345 0.265 0.108 0.015 282 L 0.008 0.019 0.074 0.260 0.375 0.237 0.026 283 F 0.005 0.005 0.005 0.010 0.065 0.508 0.401 284 F 0.004 0.009 0.019 0.067 0.207 0.530 0.165 285 S 0.008 0.063 0.227 0.359 0.245 0.077 0.020 286 N 0.006 0.018 0.066 0.255 0.391 0.228 0.036 287 W 0.007 0.009 0.012 0.030 0.142 0.542 0.258 288 L 0.011 0.022 0.042 0.112 0.243 0.433 0.137 289 N 0.053 0.147 0.252 0.297 0.173 0.058 0.020 290 Y 0.039 0.048 0.092 0.235 0.286 0.233 0.069 291 C 0.053 0.039 0.035 0.069 0.156 0.360 0.288 292 I 0.104 0.170 0.163 0.172 0.153 0.173 0.065 293 Y 0.175 0.177 0.183 0.208 0.155 0.075 0.026 294 Q 0.181 0.168 0.152 0.202 0.179 0.100 0.018 295 K 0.335 0.256 0.169 0.129 0.073 0.032 0.005 296 T 0.238 0.197 0.174 0.185 0.130 0.066 0.010 297 P 0.481 0.266 0.138 0.076 0.029 0.009 0.001 298 Y 0.501 0.234 0.116 0.083 0.045 0.017 0.002 299 R 0.464 0.274 0.151 0.081 0.023 0.006 0.001 300 L 0.448 0.167 0.153 0.135 0.077 0.019 0.001 301 E 0.762 0.177 0.046 0.013 0.002 0.001 0.001 302 D 0.749 0.189 0.047 0.013 0.003 0.001 0.001 303 I 0.643 0.167 0.119 0.056 0.014 0.001 0.001 304 H 0.865 0.098 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001