# TARGET T0325 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.003 0.003 0.004 0.112 0.854 2 S 0.110 0.010 0.005 0.007 0.129 0.739 3 N 0.225 0.016 0.006 0.016 0.137 0.600 4 K 0.427 0.015 0.013 0.026 0.163 0.356 5 K 0.756 0.017 0.007 0.015 0.070 0.135 6 L 0.858 0.004 0.004 0.016 0.033 0.084 7 I 0.921 0.007 0.001 0.011 0.022 0.038 8 I 0.855 0.011 0.002 0.018 0.029 0.086 9 N 0.603 0.012 0.010 0.037 0.103 0.235 10 A 0.232 0.023 0.156 0.093 0.295 0.201 11 D 0.075 0.016 0.232 0.055 0.501 0.122 12 D 0.031 0.021 0.220 0.070 0.586 0.073 13 F 0.019 0.016 0.138 0.064 0.622 0.142 14 G 0.013 0.011 0.023 0.020 0.564 0.370 15 Y 0.013 0.038 0.007 0.019 0.358 0.566 16 T 0.006 0.019 0.002 0.027 0.287 0.658 17 P 0.003 0.005 0.018 0.761 0.135 0.077 18 A 0.004 0.003 0.011 0.815 0.106 0.061 19 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.009 0.003 20 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.982 0.011 0.005 28 K 0.001 0.001 0.003 0.951 0.028 0.017 29 R 0.007 0.002 0.007 0.608 0.174 0.203 30 G 0.009 0.001 0.003 0.023 0.245 0.721 31 V 0.094 0.011 0.004 0.009 0.245 0.638 32 V 0.512 0.023 0.005 0.009 0.200 0.251 33 T 0.508 0.013 0.014 0.022 0.218 0.226 34 S 0.564 0.007 0.055 0.055 0.153 0.165 35 T 0.574 0.007 0.053 0.091 0.121 0.154 36 T 0.604 0.010 0.056 0.171 0.070 0.087 37 A 0.532 0.013 0.057 0.302 0.046 0.049 38 L 0.462 0.007 0.065 0.363 0.062 0.041 39 P 0.269 0.011 0.077 0.407 0.134 0.100 40 T 0.116 0.018 0.047 0.290 0.250 0.280 41 S 0.011 0.003 0.030 0.157 0.294 0.506 42 P 0.002 0.001 0.206 0.526 0.158 0.107 43 Y 0.001 0.002 0.269 0.547 0.138 0.042 44 F 0.001 0.001 0.078 0.856 0.050 0.014 45 L 0.001 0.001 0.015 0.939 0.032 0.014 46 E 0.001 0.001 0.012 0.948 0.025 0.013 47 A 0.001 0.001 0.011 0.956 0.023 0.007 48 M 0.001 0.001 0.006 0.957 0.025 0.010 49 E 0.001 0.001 0.006 0.957 0.025 0.010 50 S 0.001 0.001 0.007 0.972 0.012 0.008 51 A 0.001 0.001 0.009 0.955 0.019 0.015 52 R 0.001 0.001 0.032 0.911 0.038 0.016 53 I 0.001 0.001 0.031 0.852 0.079 0.035 54 S 0.002 0.003 0.036 0.653 0.150 0.156 55 A 0.004 0.005 0.074 0.123 0.535 0.258 56 P 0.004 0.004 0.092 0.029 0.662 0.208 57 T 0.013 0.006 0.069 0.008 0.714 0.190 58 L 0.078 0.020 0.027 0.003 0.657 0.215 59 A 0.184 0.004 0.006 0.001 0.285 0.520 60 I 0.834 0.007 0.001 0.001 0.051 0.107 61 G 0.958 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 62 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 63 H 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 64 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 65 T 0.952 0.002 0.001 0.001 0.010 0.035 66 L 0.835 0.009 0.002 0.001 0.042 0.111 67 T 0.582 0.035 0.004 0.001 0.293 0.085 68 L 0.212 0.013 0.009 0.003 0.604 0.159 69 N 0.064 0.007 0.006 0.002 0.723 0.199 70 Q 0.092 0.084 0.008 0.003 0.581 0.232 71 A 0.115 0.029 0.009 0.007 0.208 0.633 72 K 0.124 0.055 0.021 0.017 0.247 0.536 73 P 0.070 0.042 0.019 0.024 0.266 0.578 74 I 0.050 0.033 0.044 0.055 0.304 0.514 75 L 0.015 0.006 0.415 0.127 0.298 0.138 76 P 0.017 0.007 0.459 0.125 0.278 0.115 77 R 0.028 0.012 0.441 0.113 0.295 0.111 78 E 0.053 0.027 0.151 0.126 0.342 0.301 79 M 0.047 0.021 0.168 0.104 0.347 0.312 80 V 0.058 0.024 0.155 0.105 0.405 0.253 81 P 0.079 0.019 0.115 0.100 0.445 0.242 82 S 0.089 0.059 0.043 0.088 0.394 0.327 83 L 0.047 0.023 0.025 0.059 0.693 0.153 84 V 0.014 0.007 0.053 0.154 0.645 0.127 85 D 0.008 0.006 0.048 0.124 0.669 0.145 86 E 0.011 0.008 0.046 0.180 0.622 0.133 87 A 0.020 0.014 0.038 0.331 0.279 0.318 88 G 0.032 0.022 0.066 0.512 0.208 0.160 89 Y 0.032 0.006 0.065 0.606 0.171 0.120 90 F 0.047 0.007 0.070 0.641 0.134 0.101 91 W 0.045 0.006 0.055 0.720 0.104 0.070 92 H 0.056 0.006 0.042 0.776 0.063 0.058 93 Q 0.084 0.006 0.050 0.747 0.061 0.052 94 S 0.054 0.004 0.070 0.754 0.075 0.043 95 I 0.043 0.002 0.077 0.743 0.083 0.052 96 F 0.037 0.004 0.091 0.684 0.115 0.069 97 E 0.028 0.003 0.131 0.544 0.177 0.117 98 E 0.022 0.002 0.082 0.239 0.322 0.334 99 K 0.026 0.005 0.046 0.089 0.290 0.544 100 V 0.028 0.029 0.007 0.037 0.214 0.685 101 N 0.009 0.006 0.003 0.029 0.086 0.867 102 L 0.001 0.001 0.021 0.932 0.020 0.026 103 E 0.001 0.001 0.012 0.962 0.014 0.011 104 E 0.001 0.001 0.013 0.978 0.007 0.003 105 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 106 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 117 M 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.002 118 K 0.001 0.001 0.005 0.964 0.019 0.012 119 S 0.001 0.001 0.005 0.831 0.046 0.117 120 G 0.002 0.001 0.001 0.008 0.045 0.943 121 R 0.012 0.025 0.001 0.003 0.072 0.886 122 R 0.026 0.010 0.004 0.007 0.177 0.776 123 P 0.050 0.007 0.305 0.054 0.396 0.188 124 D 0.099 0.005 0.467 0.038 0.291 0.101 125 H 0.226 0.016 0.326 0.042 0.319 0.072 126 I 0.321 0.047 0.098 0.070 0.306 0.160 127 D 0.224 0.035 0.046 0.045 0.358 0.292 128 S 0.152 0.009 0.137 0.081 0.447 0.174 129 H 0.161 0.006 0.120 0.089 0.476 0.148 130 H 0.219 0.021 0.099 0.114 0.375 0.172 131 N 0.506 0.031 0.038 0.084 0.189 0.151 132 V 0.484 0.018 0.043 0.094 0.182 0.180 133 H 0.337 0.025 0.098 0.122 0.229 0.189 134 G 0.213 0.017 0.093 0.129 0.373 0.175 135 K 0.090 0.017 0.048 0.083 0.437 0.324 136 N 0.019 0.008 0.012 0.041 0.563 0.355 137 K 0.011 0.004 0.041 0.089 0.545 0.311 138 K 0.027 0.023 0.090 0.278 0.335 0.247 139 L 0.027 0.015 0.058 0.652 0.139 0.110 140 L 0.009 0.002 0.016 0.883 0.042 0.048 141 G 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.004 142 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.001 143 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 144 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.008 0.005 145 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.010 0.006 146 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.003 147 A 0.001 0.001 0.009 0.964 0.020 0.006 148 R 0.001 0.001 0.024 0.943 0.023 0.009 149 K 0.001 0.001 0.036 0.897 0.044 0.022 150 Y 0.002 0.001 0.016 0.765 0.071 0.147 151 Q 0.003 0.001 0.002 0.014 0.069 0.913 152 L 0.024 0.006 0.003 0.007 0.142 0.818 153 P 0.110 0.005 0.009 0.010 0.161 0.705 154 L 0.554 0.022 0.031 0.023 0.129 0.240 155 R 0.718 0.013 0.017 0.018 0.063 0.170 156 N 0.649 0.018 0.016 0.027 0.080 0.210 157 A 0.327 0.012 0.020 0.050 0.169 0.421 158 S 0.135 0.014 0.028 0.064 0.221 0.537 159 R 0.067 0.017 0.047 0.104 0.280 0.484 160 S 0.044 0.011 0.063 0.110 0.315 0.457 161 I 0.027 0.013 0.077 0.139 0.327 0.418 162 E 0.016 0.010 0.081 0.175 0.336 0.382 163 T 0.014 0.009 0.105 0.259 0.331 0.282 164 K 0.012 0.007 0.107 0.290 0.343 0.241 165 D 0.014 0.008 0.110 0.294 0.341 0.233 166 Y 0.020 0.013 0.098 0.346 0.296 0.227 167 L 0.028 0.012 0.061 0.354 0.253 0.293 168 E 0.037 0.009 0.046 0.358 0.231 0.319 169 L 0.052 0.011 0.048 0.423 0.210 0.257 170 Y 0.059 0.009 0.064 0.476 0.187 0.206 171 Q 0.078 0.007 0.092 0.456 0.203 0.165 172 D 0.072 0.005 0.101 0.466 0.208 0.147 173 V 0.069 0.007 0.079 0.489 0.208 0.148 174 R 0.081 0.012 0.060 0.425 0.225 0.197 175 T 0.103 0.013 0.050 0.341 0.249 0.244 176 P 0.105 0.011 0.047 0.340 0.265 0.232 177 D 0.086 0.010 0.039 0.349 0.268 0.248 178 E 0.092 0.008 0.031 0.321 0.280 0.267 179 M 0.101 0.009 0.039 0.341 0.274 0.236 180 L 0.116 0.012 0.047 0.385 0.224 0.216 181 Y 0.152 0.011 0.066 0.462 0.168 0.141 182 Q 0.163 0.007 0.055 0.545 0.120 0.110 183 F 0.185 0.008 0.050 0.549 0.109 0.099 184 Y 0.184 0.009 0.050 0.552 0.108 0.097 185 D 0.139 0.006 0.067 0.571 0.125 0.092 186 K 0.123 0.005 0.074 0.556 0.146 0.096 187 A 0.076 0.007 0.061 0.540 0.183 0.133 188 I 0.054 0.009 0.040 0.423 0.258 0.216 189 S 0.036 0.006 0.035 0.350 0.288 0.283 190 T 0.033 0.009 0.033 0.337 0.274 0.315 191 E 0.031 0.010 0.034 0.387 0.236 0.303 192 T 0.032 0.010 0.024 0.409 0.151 0.373 193 I 0.009 0.001 0.017 0.863 0.049 0.060 194 L 0.006 0.001 0.012 0.911 0.037 0.034 195 Q 0.004 0.001 0.014 0.928 0.031 0.022 196 L 0.004 0.001 0.011 0.932 0.031 0.021 197 L 0.004 0.001 0.013 0.922 0.037 0.023 198 D 0.004 0.001 0.014 0.870 0.065 0.045 199 M 0.005 0.001 0.018 0.821 0.075 0.081 200 V 0.010 0.007 0.040 0.697 0.131 0.116 201 V 0.019 0.007 0.063 0.526 0.220 0.165 202 C 0.029 0.010 0.060 0.345 0.285 0.271 203 S 0.027 0.011 0.038 0.106 0.476 0.341 204 E 0.018 0.008 0.036 0.042 0.666 0.229 205 G 0.023 0.008 0.032 0.024 0.666 0.246 206 E 0.081 0.010 0.017 0.008 0.565 0.320 207 V 0.443 0.007 0.004 0.005 0.172 0.368 208 F 0.916 0.005 0.001 0.002 0.015 0.060 209 E 0.984 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 210 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 211 N 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 212 C 0.877 0.009 0.001 0.003 0.023 0.087 213 H 0.298 0.008 0.011 0.008 0.307 0.367 214 P 0.080 0.007 0.044 0.010 0.552 0.307 215 A 0.037 0.016 0.086 0.014 0.625 0.221 216 F 0.061 0.056 0.054 0.025 0.555 0.250 217 I 0.043 0.021 0.038 0.041 0.418 0.440 218 D 0.015 0.007 0.026 0.044 0.436 0.471 219 T 0.007 0.005 0.131 0.221 0.468 0.168 220 I 0.009 0.010 0.178 0.398 0.297 0.108 221 L 0.008 0.004 0.223 0.448 0.257 0.060 222 Q 0.008 0.004 0.242 0.468 0.211 0.066 223 N 0.006 0.006 0.141 0.528 0.222 0.097 224 Q 0.003 0.005 0.075 0.580 0.186 0.151 225 S 0.003 0.008 0.077 0.313 0.314 0.286 226 G 0.004 0.005 0.132 0.271 0.376 0.212 227 Y 0.008 0.006 0.123 0.453 0.268 0.141 228 C 0.012 0.006 0.075 0.641 0.156 0.110 229 M 0.030 0.005 0.026 0.669 0.114 0.156 230 P 0.024 0.004 0.017 0.795 0.053 0.107 231 R 0.021 0.004 0.011 0.893 0.021 0.049 232 I 0.010 0.001 0.013 0.946 0.011 0.019 233 R 0.009 0.001 0.015 0.947 0.010 0.017 234 E 0.004 0.001 0.009 0.974 0.005 0.008 235 V 0.003 0.001 0.018 0.967 0.007 0.005 236 E 0.002 0.001 0.037 0.943 0.013 0.005 237 I 0.001 0.001 0.076 0.888 0.024 0.011 238 L 0.002 0.002 0.026 0.887 0.041 0.043 239 T 0.001 0.002 0.018 0.716 0.070 0.193 240 S 0.001 0.001 0.001 0.049 0.023 0.927 241 Q 0.001 0.001 0.004 0.864 0.020 0.112 242 E 0.001 0.001 0.005 0.950 0.020 0.023 243 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 244 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 245 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 246 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 247 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 248 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 249 E 0.001 0.001 0.003 0.973 0.012 0.013 250 R 0.001 0.001 0.004 0.703 0.042 0.250 251 G 0.003 0.001 0.001 0.002 0.037 0.957 252 I 0.056 0.002 0.001 0.001 0.049 0.891 253 L 0.669 0.006 0.001 0.001 0.033 0.291 254 L 0.892 0.015 0.001 0.001 0.012 0.080 255 A 0.773 0.006 0.001 0.001 0.021 0.197 256 N 0.312 0.005 0.003 0.004 0.077 0.599 257 Y 0.059 0.006 0.269 0.075 0.324 0.267 258 E 0.015 0.001 0.401 0.056 0.345 0.181 259 S 0.011 0.005 0.596 0.068 0.238 0.083 260 L 0.022 0.018 0.183 0.108 0.288 0.382 261 A 0.020 0.010 0.051 0.088 0.156 0.676 262 M 0.005 0.004 0.014 0.029 0.078 0.869