# TARGET T0325 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.026 0.044 0.058 0.087 0.111 0.019 0.542 2 S 0.149 0.021 0.055 0.093 0.118 0.176 0.024 0.364 3 N 0.103 0.010 0.061 0.068 0.094 0.109 0.023 0.531 4 K 0.081 0.006 0.129 0.085 0.100 0.182 0.011 0.407 5 K 0.026 0.003 0.340 0.176 0.153 0.092 0.006 0.205 6 L 0.006 0.002 0.548 0.117 0.175 0.031 0.003 0.119 7 I 0.001 0.001 0.857 0.064 0.062 0.003 0.001 0.012 8 I 0.001 0.001 0.813 0.085 0.073 0.004 0.001 0.024 9 N 0.001 0.001 0.828 0.035 0.099 0.008 0.001 0.030 10 A 0.001 0.001 0.826 0.031 0.051 0.022 0.001 0.069 11 D 0.003 0.001 0.295 0.025 0.059 0.360 0.003 0.254 12 D 0.037 0.002 0.120 0.012 0.034 0.241 0.007 0.548 13 F 0.047 0.009 0.068 0.010 0.016 0.621 0.008 0.221 14 G 0.165 0.011 0.052 0.014 0.020 0.401 0.036 0.301 15 Y 0.142 0.055 0.096 0.019 0.028 0.205 0.016 0.439 16 T 0.042 0.066 0.039 0.032 0.066 0.223 0.008 0.524 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 18 A 0.009 0.023 0.003 0.004 0.011 0.719 0.003 0.228 19 V 0.315 0.165 0.008 0.003 0.005 0.187 0.012 0.305 20 T 0.020 0.850 0.004 0.002 0.003 0.021 0.002 0.099 21 Q 0.008 0.885 0.006 0.002 0.003 0.013 0.002 0.081 22 G 0.019 0.844 0.003 0.002 0.003 0.033 0.004 0.092 23 I 0.012 0.944 0.002 0.001 0.003 0.015 0.002 0.021 24 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 25 E 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 27 H 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 28 K 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 29 R 0.038 0.886 0.006 0.002 0.001 0.001 0.053 0.013 30 G 0.764 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.173 0.024 31 V 0.021 0.019 0.845 0.010 0.006 0.010 0.007 0.082 32 V 0.005 0.024 0.532 0.086 0.106 0.039 0.006 0.202 33 T 0.012 0.015 0.466 0.057 0.088 0.060 0.004 0.298 34 S 0.011 0.022 0.555 0.077 0.098 0.055 0.004 0.180 35 T 0.015 0.019 0.563 0.048 0.063 0.101 0.005 0.187 36 T 0.054 0.023 0.182 0.061 0.103 0.232 0.019 0.326 37 A 0.086 0.085 0.219 0.078 0.111 0.100 0.015 0.306 38 L 0.065 0.049 0.112 0.052 0.108 0.180 0.017 0.418 39 P 0.010 0.006 0.014 0.007 0.011 0.033 0.003 0.916 40 T 0.070 0.074 0.066 0.030 0.066 0.172 0.018 0.504 41 S 0.275 0.056 0.045 0.019 0.036 0.104 0.024 0.442 42 P 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.018 0.001 0.967 43 Y 0.040 0.023 0.007 0.006 0.014 0.395 0.004 0.510 44 F 0.164 0.139 0.018 0.005 0.014 0.221 0.011 0.428 45 L 0.037 0.308 0.008 0.002 0.010 0.041 0.004 0.589 46 E 0.017 0.231 0.003 0.001 0.003 0.080 0.002 0.663 47 A 0.018 0.719 0.001 0.001 0.002 0.030 0.002 0.227 48 M 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 49 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 50 S 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 51 A 0.046 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 52 R 0.090 0.809 0.015 0.004 0.004 0.004 0.027 0.047 53 I 0.075 0.703 0.057 0.007 0.006 0.010 0.030 0.111 54 S 0.102 0.508 0.066 0.007 0.008 0.025 0.089 0.195 55 A 0.201 0.203 0.103 0.012 0.009 0.034 0.037 0.400 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 57 T 0.038 0.009 0.047 0.024 0.032 0.160 0.016 0.674 58 L 0.339 0.019 0.184 0.028 0.023 0.053 0.018 0.335 59 A 0.054 0.019 0.255 0.084 0.082 0.149 0.011 0.346 60 I 0.042 0.010 0.338 0.081 0.090 0.090 0.006 0.342 61 G 0.023 0.009 0.517 0.112 0.123 0.059 0.007 0.149 62 V 0.009 0.005 0.486 0.082 0.099 0.056 0.004 0.257 63 H 0.005 0.004 0.507 0.164 0.173 0.033 0.003 0.111 64 L 0.008 0.005 0.355 0.148 0.304 0.040 0.002 0.139 65 T 0.005 0.006 0.279 0.235 0.349 0.030 0.002 0.093 66 L 0.010 0.009 0.266 0.227 0.341 0.031 0.004 0.113 67 T 0.022 0.019 0.095 0.149 0.332 0.150 0.008 0.226 68 L 0.137 0.016 0.107 0.120 0.223 0.105 0.022 0.270 69 N 0.114 0.025 0.034 0.048 0.070 0.210 0.035 0.465 70 Q 0.373 0.015 0.070 0.040 0.063 0.110 0.046 0.283 71 A 0.012 0.014 0.021 0.014 0.018 0.043 0.006 0.873 72 K 0.046 0.010 0.030 0.040 0.095 0.076 0.012 0.692 73 P 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.981 74 I 0.042 0.006 0.020 0.024 0.066 0.113 0.010 0.720 75 L 0.157 0.012 0.040 0.030 0.041 0.083 0.008 0.630 76 P 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.986 77 R 0.026 0.005 0.012 0.017 0.028 0.088 0.004 0.820 78 E 0.337 0.017 0.039 0.028 0.043 0.108 0.015 0.412 79 M 0.087 0.028 0.054 0.041 0.065 0.076 0.011 0.638 80 V 0.052 0.021 0.072 0.095 0.120 0.077 0.006 0.557 81 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.989 82 S 0.027 0.012 0.039 0.047 0.111 0.135 0.005 0.623 83 L 0.148 0.041 0.060 0.075 0.087 0.123 0.013 0.452 84 V 0.103 0.055 0.047 0.046 0.080 0.121 0.010 0.537 85 D 0.074 0.048 0.034 0.029 0.058 0.147 0.013 0.596 86 E 0.203 0.050 0.022 0.018 0.024 0.083 0.024 0.576 87 A 0.116 0.042 0.026 0.014 0.022 0.327 0.020 0.432 88 G 0.170 0.061 0.024 0.026 0.042 0.165 0.025 0.487 89 Y 0.158 0.127 0.041 0.035 0.067 0.129 0.009 0.434 90 F 0.031 0.095 0.021 0.033 0.053 0.113 0.006 0.647 91 W 0.070 0.198 0.029 0.042 0.092 0.120 0.007 0.441 92 H 0.071 0.400 0.018 0.054 0.090 0.078 0.011 0.277 93 Q 0.093 0.429 0.032 0.040 0.088 0.075 0.012 0.230 94 S 0.051 0.635 0.016 0.032 0.041 0.051 0.010 0.164 95 I 0.063 0.689 0.013 0.016 0.033 0.025 0.010 0.150 96 F 0.068 0.715 0.013 0.011 0.027 0.028 0.014 0.124 97 E 0.089 0.716 0.016 0.008 0.015 0.023 0.014 0.119 98 E 0.154 0.594 0.014 0.007 0.009 0.029 0.039 0.154 99 K 0.398 0.258 0.014 0.006 0.006 0.026 0.055 0.238 100 V 0.215 0.315 0.090 0.018 0.013 0.075 0.026 0.250 101 N 0.076 0.129 0.032 0.011 0.020 0.428 0.021 0.282 102 L 0.060 0.134 0.029 0.004 0.027 0.028 0.006 0.712 103 E 0.010 0.085 0.006 0.001 0.004 0.254 0.002 0.638 104 E 0.026 0.096 0.001 0.001 0.001 0.633 0.004 0.239 105 V 0.027 0.888 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.079 106 Y 0.001 0.943 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.047 107 N 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 108 E 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 109 W 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 110 D 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 111 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 Q 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 113 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 114 I 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 S 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 116 F 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 M 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 118 K 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 119 S 0.060 0.865 0.005 0.003 0.001 0.001 0.049 0.017 120 G 0.658 0.118 0.010 0.003 0.002 0.003 0.151 0.055 121 R 0.080 0.096 0.488 0.018 0.016 0.037 0.043 0.222 122 R 0.011 0.014 0.058 0.023 0.025 0.047 0.005 0.817 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 124 D 0.023 0.005 0.233 0.047 0.067 0.285 0.007 0.333 125 H 0.171 0.013 0.287 0.021 0.018 0.073 0.008 0.408 126 I 0.058 0.048 0.416 0.061 0.094 0.081 0.006 0.236 127 D 0.046 0.028 0.167 0.044 0.082 0.306 0.007 0.321 128 S 0.073 0.056 0.105 0.023 0.060 0.159 0.010 0.514 129 H 0.063 0.036 0.047 0.013 0.038 0.477 0.016 0.310 130 H 0.181 0.078 0.034 0.022 0.024 0.242 0.041 0.378 131 N 0.175 0.116 0.044 0.026 0.038 0.131 0.033 0.438 132 V 0.130 0.142 0.131 0.091 0.124 0.083 0.023 0.276 133 H 0.076 0.090 0.069 0.092 0.142 0.104 0.017 0.411 134 G 0.051 0.046 0.077 0.064 0.122 0.066 0.013 0.560 135 K 0.071 0.078 0.094 0.075 0.108 0.100 0.013 0.462 136 N 0.047 0.062 0.072 0.058 0.085 0.117 0.013 0.547 137 K 0.016 0.027 0.018 0.014 0.021 0.047 0.004 0.852 138 K 0.032 0.050 0.024 0.019 0.026 0.213 0.009 0.627 139 L 0.135 0.100 0.024 0.013 0.021 0.227 0.011 0.469 140 L 0.028 0.440 0.030 0.014 0.022 0.083 0.004 0.377 141 G 0.010 0.345 0.008 0.005 0.009 0.057 0.003 0.562 142 V 0.033 0.606 0.006 0.005 0.006 0.079 0.004 0.262 143 A 0.010 0.918 0.002 0.002 0.004 0.017 0.002 0.044 144 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 145 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 146 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 147 A 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 148 R 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 149 K 0.043 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 150 Y 0.115 0.777 0.010 0.004 0.002 0.001 0.071 0.019 151 Q 0.183 0.172 0.054 0.010 0.008 0.010 0.220 0.342 152 L 0.073 0.030 0.511 0.045 0.030 0.027 0.016 0.269 153 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 154 L 0.003 0.002 0.055 0.013 0.037 0.035 0.001 0.852 155 R 0.096 0.017 0.360 0.061 0.053 0.070 0.008 0.335 156 N 0.078 0.019 0.122 0.057 0.053 0.061 0.006 0.603 157 A 0.073 0.019 0.143 0.045 0.085 0.060 0.004 0.572 158 S 0.035 0.019 0.045 0.024 0.050 0.161 0.005 0.661 159 R 0.122 0.029 0.038 0.022 0.045 0.191 0.015 0.537 160 S 0.095 0.048 0.017 0.011 0.023 0.332 0.012 0.463 161 I 0.140 0.087 0.020 0.013 0.024 0.092 0.012 0.612 162 E 0.074 0.133 0.018 0.013 0.021 0.206 0.013 0.523 163 T 0.154 0.145 0.020 0.012 0.026 0.135 0.021 0.487 164 K 0.109 0.217 0.023 0.011 0.022 0.058 0.012 0.548 165 D 0.066 0.160 0.016 0.012 0.020 0.145 0.015 0.566 166 Y 0.184 0.221 0.022 0.013 0.027 0.130 0.018 0.384 167 L 0.149 0.402 0.027 0.018 0.036 0.091 0.015 0.263 168 E 0.092 0.394 0.032 0.026 0.035 0.118 0.019 0.285 169 L 0.105 0.452 0.032 0.019 0.027 0.053 0.017 0.294 170 Y 0.129 0.409 0.039 0.029 0.049 0.054 0.020 0.272 171 Q 0.103 0.269 0.054 0.035 0.051 0.075 0.022 0.391 172 D 0.075 0.264 0.036 0.027 0.041 0.066 0.023 0.467 173 V 0.206 0.160 0.042 0.021 0.036 0.072 0.034 0.429 174 R 0.198 0.168 0.045 0.022 0.031 0.192 0.056 0.288 175 T 0.252 0.073 0.053 0.035 0.035 0.107 0.023 0.422 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 D 0.008 0.017 0.015 0.018 0.051 0.172 0.004 0.715 178 E 0.246 0.053 0.019 0.010 0.017 0.177 0.014 0.463 179 M 0.195 0.250 0.019 0.021 0.032 0.113 0.009 0.362 180 L 0.162 0.296 0.037 0.027 0.046 0.127 0.010 0.295 181 Y 0.088 0.488 0.033 0.027 0.037 0.062 0.011 0.254 182 Q 0.114 0.484 0.027 0.032 0.053 0.075 0.020 0.196 183 F 0.112 0.564 0.025 0.034 0.044 0.036 0.017 0.168 184 Y 0.075 0.583 0.038 0.036 0.064 0.034 0.016 0.155 185 D 0.051 0.506 0.030 0.035 0.062 0.039 0.015 0.262 186 K 0.085 0.493 0.027 0.022 0.041 0.055 0.022 0.255 187 A 0.187 0.462 0.024 0.014 0.022 0.093 0.031 0.166 188 I 0.185 0.512 0.029 0.016 0.015 0.040 0.029 0.174 189 S 0.132 0.376 0.049 0.014 0.018 0.065 0.028 0.317 190 T 0.131 0.198 0.038 0.010 0.017 0.079 0.021 0.507 191 E 0.066 0.178 0.024 0.007 0.013 0.140 0.010 0.564 192 T 0.046 0.265 0.011 0.005 0.009 0.280 0.009 0.375 193 I 0.040 0.600 0.012 0.004 0.010 0.077 0.005 0.251 194 L 0.010 0.822 0.004 0.002 0.005 0.033 0.002 0.122 195 Q 0.012 0.884 0.001 0.001 0.002 0.028 0.002 0.069 196 L 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 197 L 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 198 D 0.023 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 199 M 0.101 0.828 0.010 0.003 0.004 0.003 0.024 0.028 200 V 0.082 0.814 0.013 0.011 0.012 0.007 0.019 0.041 201 V 0.087 0.576 0.059 0.030 0.028 0.023 0.036 0.160 202 C 0.141 0.366 0.087 0.043 0.040 0.041 0.039 0.245 203 S 0.117 0.187 0.078 0.036 0.040 0.086 0.043 0.414 204 E 0.046 0.046 0.036 0.016 0.021 0.064 0.021 0.749 205 G 0.045 0.032 0.034 0.021 0.018 0.151 0.034 0.665 206 E 0.294 0.015 0.037 0.026 0.023 0.239 0.035 0.332 207 V 0.094 0.020 0.100 0.055 0.079 0.159 0.008 0.486 208 F 0.023 0.019 0.120 0.247 0.340 0.093 0.005 0.154 209 E 0.023 0.016 0.141 0.232 0.328 0.060 0.004 0.196 210 I 0.012 0.026 0.119 0.334 0.381 0.024 0.003 0.101 211 N 0.014 0.015 0.133 0.277 0.433 0.023 0.005 0.101 212 C 0.012 0.023 0.111 0.220 0.367 0.027 0.011 0.228 213 H 0.020 0.008 0.150 0.204 0.303 0.053 0.006 0.254 214 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 215 A 0.017 0.008 0.064 0.072 0.198 0.166 0.006 0.468 216 F 0.247 0.014 0.046 0.032 0.035 0.101 0.013 0.512 217 I 0.120 0.071 0.117 0.080 0.103 0.091 0.009 0.411 218 D 0.052 0.081 0.081 0.056 0.115 0.117 0.007 0.492 219 T 0.076 0.066 0.040 0.025 0.062 0.128 0.011 0.592 220 I 0.089 0.098 0.014 0.013 0.030 0.378 0.012 0.365 221 L 0.232 0.252 0.019 0.018 0.043 0.180 0.021 0.235 222 Q 0.121 0.524 0.016 0.017 0.024 0.063 0.018 0.217 223 N 0.161 0.382 0.023 0.019 0.029 0.038 0.051 0.296 224 Q 0.314 0.165 0.042 0.016 0.025 0.042 0.057 0.339 225 S 0.182 0.105 0.028 0.021 0.029 0.137 0.046 0.452 226 G 0.109 0.047 0.045 0.021 0.030 0.067 0.030 0.652 227 Y 0.174 0.035 0.024 0.014 0.031 0.261 0.013 0.448 228 C 0.137 0.066 0.033 0.025 0.046 0.240 0.024 0.430 229 M 0.125 0.078 0.018 0.041 0.051 0.075 0.005 0.608 230 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 231 R 0.019 0.048 0.008 0.065 0.111 0.183 0.004 0.562 232 I 0.143 0.256 0.016 0.037 0.082 0.052 0.005 0.407 233 R 0.030 0.484 0.009 0.097 0.106 0.061 0.004 0.209 234 E 0.053 0.694 0.014 0.031 0.047 0.033 0.004 0.125 235 V 0.015 0.874 0.009 0.028 0.035 0.005 0.003 0.031 236 E 0.010 0.891 0.009 0.023 0.028 0.005 0.004 0.030 237 I 0.044 0.789 0.010 0.019 0.041 0.012 0.015 0.072 238 L 0.083 0.775 0.022 0.036 0.024 0.008 0.020 0.033 239 T 0.150 0.487 0.050 0.030 0.025 0.041 0.053 0.163 240 S 0.224 0.148 0.088 0.016 0.048 0.054 0.048 0.374 241 Q 0.016 0.032 0.011 0.002 0.007 0.049 0.004 0.878 242 E 0.014 0.015 0.002 0.001 0.001 0.439 0.003 0.525 243 V 0.030 0.050 0.001 0.001 0.001 0.689 0.004 0.224 244 K 0.008 0.822 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.159 245 E 0.001 0.823 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.152 246 A 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 247 I 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 248 E 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 249 E 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 250 R 0.095 0.785 0.004 0.002 0.001 0.001 0.108 0.006 251 G 0.737 0.019 0.024 0.002 0.001 0.001 0.196 0.019 252 I 0.021 0.006 0.934 0.006 0.004 0.006 0.003 0.020 253 L 0.004 0.006 0.738 0.068 0.059 0.019 0.003 0.103 254 L 0.003 0.003 0.312 0.017 0.034 0.016 0.001 0.614 255 A 0.001 0.001 0.914 0.026 0.022 0.010 0.001 0.025 256 N 0.008 0.006 0.294 0.051 0.049 0.112 0.003 0.479 257 Y 0.022 0.007 0.256 0.033 0.206 0.042 0.004 0.431 258 E 0.015 0.004 0.035 0.016 0.039 0.498 0.003 0.390 259 S 0.108 0.014 0.012 0.012 0.025 0.283 0.016 0.530 260 L 0.369 0.117 0.036 0.020 0.050 0.086 0.012 0.311 261 A 0.073 0.254 0.041 0.048 0.074 0.216 0.021 0.273 262 M 0.172 0.187 0.030 0.036 0.062 0.058 0.037 0.418