# TARGET T0325 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.445 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.981 2 S 0.081 0.009 0.014 0.011 0.007 0.020 0.859 3 N 0.194 0.012 0.039 0.004 0.173 0.088 0.490 4 K 0.453 0.003 0.018 0.001 0.111 0.035 0.381 5 K 0.844 0.002 0.003 0.001 0.017 0.008 0.125 6 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 7 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 8 I 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 9 N 0.775 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.213 10 A 0.171 0.005 0.024 0.004 0.163 0.188 0.445 11 D 0.062 0.012 0.057 0.010 0.240 0.356 0.264 12 D 0.043 0.028 0.167 0.025 0.160 0.314 0.262 13 F 0.049 0.023 0.089 0.032 0.187 0.397 0.224 14 G 0.040 0.018 0.051 0.037 0.218 0.343 0.293 15 Y 0.046 0.084 0.019 0.032 0.244 0.114 0.462 16 T 0.015 0.019 0.005 0.016 0.087 0.015 0.842 17 P 0.002 0.001 0.053 0.326 0.059 0.537 0.023 18 A 0.002 0.001 0.043 0.588 0.021 0.324 0.020 19 V 0.007 0.004 0.014 0.814 0.030 0.019 0.111 20 T 0.007 0.003 0.001 0.909 0.014 0.008 0.058 21 Q 0.007 0.001 0.001 0.982 0.002 0.006 0.002 22 G 0.004 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 23 I 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 24 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 25 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 27 H 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.012 0.002 28 K 0.003 0.001 0.004 0.927 0.007 0.053 0.005 29 R 0.001 0.001 0.005 0.449 0.018 0.517 0.008 30 G 0.002 0.001 0.002 0.075 0.053 0.829 0.039 31 V 0.053 0.016 0.004 0.063 0.093 0.036 0.735 32 V 0.403 0.059 0.005 0.049 0.083 0.008 0.393 33 T 0.507 0.012 0.011 0.074 0.101 0.015 0.281 34 S 0.532 0.006 0.043 0.213 0.070 0.026 0.108 35 T 0.450 0.006 0.083 0.264 0.038 0.030 0.130 36 T 0.343 0.010 0.123 0.292 0.065 0.062 0.105 37 A 0.385 0.016 0.095 0.277 0.055 0.092 0.081 38 L 0.255 0.021 0.102 0.203 0.114 0.093 0.212 39 P 0.061 0.020 0.145 0.119 0.124 0.346 0.186 40 T 0.021 0.017 0.082 0.093 0.224 0.341 0.223 41 S 0.006 0.007 0.061 0.139 0.360 0.068 0.359 42 P 0.001 0.002 0.138 0.442 0.057 0.313 0.047 43 Y 0.001 0.003 0.079 0.677 0.032 0.181 0.026 44 F 0.001 0.001 0.014 0.957 0.006 0.010 0.012 45 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.006 0.004 46 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.002 47 A 0.001 0.001 0.006 0.980 0.001 0.009 0.003 48 M 0.001 0.001 0.008 0.979 0.002 0.009 0.002 49 E 0.001 0.001 0.007 0.946 0.002 0.039 0.004 50 S 0.001 0.001 0.013 0.864 0.004 0.108 0.010 51 A 0.002 0.004 0.016 0.653 0.021 0.255 0.049 52 R 0.003 0.005 0.044 0.389 0.076 0.301 0.183 53 I 0.008 0.005 0.094 0.237 0.168 0.249 0.239 54 S 0.014 0.019 0.079 0.164 0.196 0.289 0.239 55 A 0.007 0.012 0.032 0.012 0.214 0.029 0.695 56 P 0.004 0.002 0.091 0.013 0.121 0.626 0.141 57 T 0.005 0.006 0.057 0.003 0.140 0.711 0.077 58 L 0.060 0.012 0.008 0.001 0.358 0.022 0.539 59 A 0.092 0.005 0.002 0.001 0.231 0.029 0.640 60 I 0.875 0.008 0.001 0.001 0.019 0.006 0.090 61 G 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 62 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 63 H 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 64 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 65 T 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 66 L 0.897 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.085 67 T 0.645 0.010 0.001 0.002 0.058 0.013 0.271 68 L 0.213 0.019 0.023 0.014 0.228 0.076 0.426 69 N 0.056 0.006 0.072 0.010 0.179 0.397 0.281 70 Q 0.020 0.006 0.052 0.007 0.213 0.508 0.194 71 A 0.047 0.013 0.041 0.009 0.286 0.261 0.343 72 K 0.119 0.045 0.009 0.004 0.210 0.019 0.595 73 P 0.215 0.098 0.008 0.003 0.062 0.032 0.583 74 I 0.185 0.132 0.008 0.003 0.118 0.043 0.511 75 L 0.067 0.037 0.008 0.003 0.190 0.029 0.667 76 P 0.030 0.016 0.033 0.010 0.114 0.078 0.719 77 R 0.008 0.007 0.485 0.066 0.062 0.200 0.171 78 E 0.008 0.004 0.524 0.070 0.078 0.228 0.089 79 M 0.016 0.013 0.469 0.077 0.073 0.231 0.121 80 V 0.042 0.034 0.120 0.068 0.213 0.048 0.475 81 P 0.032 0.012 0.283 0.090 0.045 0.115 0.423 82 S 0.086 0.015 0.335 0.129 0.113 0.177 0.145 83 L 0.169 0.029 0.206 0.133 0.095 0.134 0.235 84 V 0.206 0.146 0.041 0.092 0.211 0.076 0.226 85 D 0.068 0.011 0.008 0.012 0.162 0.021 0.718 86 E 0.006 0.002 0.028 0.020 0.061 0.865 0.018 87 A 0.005 0.002 0.027 0.009 0.043 0.893 0.021 88 G 0.056 0.020 0.047 0.017 0.310 0.143 0.406 89 Y 0.128 0.127 0.022 0.026 0.068 0.056 0.572 90 F 0.215 0.215 0.030 0.030 0.121 0.072 0.317 91 W 0.143 0.050 0.064 0.057 0.122 0.179 0.385 92 H 0.076 0.026 0.060 0.107 0.150 0.270 0.310 93 Q 0.044 0.010 0.082 0.223 0.132 0.127 0.382 94 S 0.029 0.006 0.143 0.351 0.104 0.111 0.256 95 I 0.041 0.015 0.160 0.406 0.077 0.146 0.156 96 F 0.046 0.021 0.152 0.388 0.070 0.143 0.180 97 E 0.042 0.016 0.176 0.281 0.110 0.176 0.199 98 E 0.049 0.006 0.105 0.201 0.218 0.246 0.175 99 K 0.037 0.011 0.057 0.134 0.154 0.142 0.464 100 V 0.032 0.039 0.005 0.054 0.145 0.018 0.707 101 N 0.008 0.011 0.001 0.027 0.023 0.005 0.926 102 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.001 0.011 0.003 103 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.004 0.001 104 E 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 110 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 112 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 117 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 118 K 0.001 0.001 0.005 0.868 0.002 0.124 0.001 119 S 0.001 0.001 0.003 0.214 0.003 0.776 0.003 120 G 0.001 0.001 0.003 0.017 0.067 0.812 0.101 121 R 0.004 0.008 0.002 0.002 0.245 0.015 0.723 122 R 0.031 0.026 0.003 0.001 0.083 0.005 0.851 123 P 0.052 0.012 0.205 0.057 0.097 0.143 0.434 124 D 0.083 0.004 0.215 0.070 0.256 0.222 0.150 125 H 0.287 0.025 0.165 0.105 0.100 0.097 0.223 126 I 0.425 0.066 0.016 0.104 0.045 0.019 0.325 127 D 0.366 0.029 0.015 0.084 0.058 0.031 0.417 128 S 0.206 0.018 0.060 0.158 0.091 0.154 0.313 129 H 0.138 0.013 0.101 0.177 0.126 0.148 0.297 130 H 0.104 0.015 0.167 0.218 0.108 0.236 0.152 131 N 0.080 0.028 0.106 0.239 0.080 0.217 0.248 132 V 0.060 0.027 0.117 0.243 0.079 0.246 0.228 133 H 0.024 0.011 0.063 0.219 0.126 0.407 0.150 134 G 0.015 0.004 0.044 0.189 0.150 0.436 0.161 135 K 0.018 0.009 0.036 0.279 0.193 0.158 0.307 136 N 0.021 0.009 0.036 0.419 0.101 0.080 0.335 137 K 0.010 0.002 0.041 0.784 0.040 0.060 0.062 138 K 0.011 0.004 0.035 0.867 0.011 0.039 0.034 139 L 0.007 0.002 0.013 0.935 0.004 0.015 0.024 140 L 0.003 0.001 0.003 0.971 0.003 0.010 0.009 141 G 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 142 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.001 148 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 149 K 0.001 0.001 0.003 0.958 0.005 0.032 0.002 150 Y 0.001 0.001 0.004 0.520 0.009 0.460 0.005 151 Q 0.001 0.001 0.003 0.025 0.053 0.837 0.080 152 L 0.021 0.005 0.002 0.005 0.097 0.005 0.866 153 P 0.209 0.028 0.013 0.009 0.026 0.008 0.706 154 L 0.448 0.031 0.051 0.035 0.053 0.026 0.357 155 R 0.520 0.020 0.066 0.046 0.079 0.049 0.220 156 N 0.464 0.020 0.051 0.051 0.093 0.049 0.271 157 A 0.249 0.014 0.037 0.085 0.130 0.087 0.398 158 S 0.142 0.013 0.051 0.090 0.163 0.139 0.402 159 R 0.133 0.020 0.059 0.120 0.171 0.125 0.373 160 S 0.138 0.026 0.047 0.135 0.121 0.097 0.437 161 I 0.088 0.030 0.059 0.179 0.123 0.096 0.426 162 E 0.077 0.022 0.061 0.181 0.086 0.121 0.451 163 T 0.036 0.008 0.077 0.384 0.071 0.075 0.349 164 K 0.016 0.003 0.104 0.624 0.048 0.105 0.102 165 D 0.016 0.003 0.110 0.594 0.047 0.149 0.080 166 Y 0.017 0.005 0.101 0.729 0.015 0.077 0.056 167 L 0.025 0.005 0.095 0.741 0.018 0.051 0.065 168 E 0.039 0.005 0.125 0.681 0.019 0.077 0.054 169 L 0.032 0.005 0.108 0.649 0.028 0.111 0.067 170 Y 0.043 0.020 0.089 0.500 0.054 0.166 0.128 171 Q 0.028 0.006 0.049 0.214 0.086 0.483 0.134 172 D 0.034 0.005 0.034 0.060 0.090 0.573 0.205 173 V 0.064 0.018 0.007 0.017 0.136 0.041 0.718 174 R 0.065 0.048 0.005 0.020 0.092 0.035 0.733 175 T 0.046 0.034 0.004 0.017 0.171 0.014 0.715 176 P 0.020 0.008 0.048 0.343 0.068 0.121 0.392 177 D 0.011 0.002 0.090 0.613 0.074 0.156 0.055 178 E 0.014 0.003 0.070 0.785 0.026 0.060 0.041 179 M 0.036 0.009 0.046 0.815 0.015 0.035 0.044 180 L 0.065 0.007 0.041 0.757 0.017 0.057 0.056 181 Y 0.091 0.003 0.079 0.679 0.028 0.076 0.043 182 Q 0.099 0.006 0.083 0.643 0.035 0.085 0.050 183 F 0.133 0.011 0.064 0.522 0.049 0.127 0.093 184 Y 0.130 0.032 0.034 0.329 0.150 0.149 0.176 185 D 0.065 0.010 0.058 0.167 0.163 0.209 0.328 186 K 0.017 0.002 0.050 0.104 0.128 0.641 0.058 187 A 0.027 0.011 0.033 0.071 0.124 0.514 0.220 188 I 0.062 0.083 0.003 0.023 0.144 0.017 0.667 189 S 0.018 0.016 0.001 0.018 0.034 0.004 0.909 190 T 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.006 0.002 191 E 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.004 0.001 192 T 0.001 0.001 0.011 0.983 0.001 0.003 0.002 193 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 194 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 195 Q 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.017 0.001 196 L 0.001 0.001 0.003 0.971 0.001 0.020 0.005 197 L 0.002 0.001 0.010 0.954 0.007 0.018 0.008 198 D 0.002 0.001 0.032 0.838 0.008 0.110 0.010 199 M 0.002 0.001 0.040 0.803 0.010 0.134 0.011 200 V 0.014 0.007 0.049 0.689 0.059 0.134 0.047 201 V 0.045 0.021 0.049 0.444 0.038 0.302 0.101 202 C 0.047 0.012 0.056 0.218 0.123 0.234 0.311 203 S 0.037 0.008 0.023 0.040 0.277 0.121 0.493 204 E 0.020 0.006 0.044 0.015 0.189 0.525 0.200 205 G 0.015 0.002 0.022 0.003 0.305 0.553 0.102 206 E 0.072 0.003 0.010 0.001 0.433 0.174 0.306 207 V 0.613 0.021 0.002 0.001 0.036 0.008 0.319 208 F 0.912 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.068 209 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 210 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 211 N 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 212 C 0.846 0.006 0.001 0.001 0.012 0.004 0.131 213 H 0.399 0.008 0.002 0.002 0.076 0.025 0.488 214 P 0.148 0.008 0.035 0.015 0.184 0.285 0.325 215 A 0.131 0.020 0.059 0.040 0.273 0.285 0.193 216 F 0.195 0.039 0.052 0.086 0.172 0.165 0.290 217 I 0.104 0.039 0.028 0.117 0.118 0.082 0.511 218 D 0.064 0.022 0.028 0.212 0.123 0.066 0.486 219 T 0.012 0.002 0.103 0.661 0.067 0.114 0.041 220 I 0.017 0.004 0.140 0.649 0.025 0.127 0.037 221 L 0.026 0.009 0.283 0.474 0.022 0.122 0.063 222 Q 0.026 0.017 0.200 0.396 0.045 0.249 0.067 223 N 0.017 0.007 0.134 0.286 0.065 0.408 0.083 224 Q 0.014 0.008 0.075 0.139 0.277 0.270 0.217 225 S 0.015 0.008 0.070 0.069 0.237 0.251 0.351 226 G 0.014 0.007 0.139 0.069 0.136 0.469 0.166 227 Y 0.031 0.019 0.102 0.090 0.176 0.270 0.313 228 C 0.043 0.020 0.044 0.229 0.195 0.104 0.364 229 M 0.031 0.006 0.013 0.549 0.191 0.025 0.186 230 P 0.031 0.008 0.009 0.756 0.023 0.022 0.151 231 R 0.037 0.004 0.005 0.871 0.009 0.012 0.062 232 I 0.038 0.002 0.005 0.915 0.009 0.006 0.024 233 R 0.029 0.002 0.004 0.935 0.006 0.009 0.016 234 E 0.010 0.001 0.003 0.968 0.003 0.007 0.009 235 V 0.005 0.001 0.006 0.977 0.003 0.005 0.003 236 E 0.006 0.001 0.013 0.961 0.002 0.015 0.002 237 I 0.004 0.001 0.037 0.884 0.004 0.066 0.004 238 L 0.006 0.005 0.030 0.734 0.021 0.182 0.022 239 T 0.004 0.009 0.010 0.394 0.128 0.326 0.130 240 S 0.001 0.002 0.001 0.085 0.301 0.011 0.599 241 Q 0.001 0.001 0.007 0.949 0.011 0.029 0.004 242 E 0.001 0.001 0.007 0.964 0.002 0.023 0.003 243 V 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.004 0.003 244 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 245 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 246 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 247 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 248 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 249 E 0.001 0.001 0.001 0.953 0.002 0.042 0.001 250 R 0.001 0.001 0.001 0.178 0.004 0.817 0.001 251 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.968 0.019 252 I 0.040 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.943 253 L 0.764 0.029 0.002 0.001 0.006 0.001 0.197 254 L 0.870 0.021 0.003 0.001 0.011 0.001 0.094 255 A 0.637 0.007 0.003 0.001 0.060 0.010 0.283 256 N 0.310 0.011 0.005 0.001 0.162 0.030 0.481 257 Y 0.079 0.010 0.236 0.123 0.092 0.115 0.345 258 E 0.055 0.005 0.275 0.192 0.108 0.167 0.197 259 S 0.049 0.020 0.431 0.108 0.080 0.111 0.201 260 L 0.093 0.045 0.135 0.123 0.108 0.133 0.363 261 A 0.041 0.020 0.035 0.048 0.026 0.109 0.721 262 M 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.985