# TARGET T0325 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.445 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.602 0.227 0.098 0.049 0.019 0.005 0.001 2 S 0.376 0.274 0.193 0.112 0.038 0.006 0.001 3 N 0.387 0.358 0.164 0.070 0.018 0.003 0.001 4 K 0.069 0.211 0.269 0.282 0.134 0.031 0.003 5 K 0.016 0.065 0.170 0.293 0.288 0.149 0.020 6 L 0.002 0.006 0.016 0.049 0.184 0.542 0.201 7 I 0.001 0.002 0.010 0.034 0.113 0.417 0.424 8 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.040 0.270 0.678 9 N 0.001 0.002 0.008 0.031 0.098 0.284 0.576 10 A 0.001 0.003 0.005 0.015 0.060 0.314 0.602 11 D 0.003 0.014 0.043 0.118 0.202 0.324 0.295 12 D 0.007 0.027 0.056 0.103 0.180 0.352 0.274 13 F 0.018 0.024 0.033 0.062 0.134 0.346 0.383 14 G 0.020 0.038 0.063 0.121 0.194 0.330 0.234 15 Y 0.021 0.033 0.051 0.103 0.194 0.340 0.258 16 T 0.044 0.087 0.111 0.187 0.243 0.236 0.093 17 P 0.076 0.183 0.214 0.211 0.158 0.108 0.050 18 A 0.044 0.120 0.167 0.216 0.205 0.173 0.073 19 V 0.007 0.020 0.046 0.111 0.213 0.392 0.212 20 T 0.005 0.020 0.044 0.115 0.248 0.403 0.164 21 Q 0.009 0.059 0.168 0.272 0.261 0.179 0.051 22 G 0.002 0.006 0.020 0.069 0.213 0.487 0.203 23 I 0.003 0.006 0.007 0.017 0.082 0.420 0.463 24 I 0.013 0.038 0.092 0.208 0.286 0.292 0.071 25 E 0.015 0.107 0.277 0.329 0.188 0.071 0.013 26 A 0.008 0.013 0.023 0.104 0.308 0.453 0.092 27 H 0.009 0.041 0.101 0.233 0.338 0.254 0.024 28 K 0.091 0.235 0.257 0.236 0.127 0.046 0.008 29 R 0.105 0.282 0.283 0.192 0.095 0.035 0.008 30 G 0.020 0.097 0.214 0.306 0.218 0.124 0.022 31 V 0.015 0.060 0.110 0.185 0.272 0.281 0.076 32 V 0.002 0.009 0.022 0.073 0.222 0.444 0.228 33 T 0.003 0.013 0.050 0.145 0.244 0.316 0.229 34 S 0.001 0.005 0.012 0.027 0.087 0.361 0.507 35 T 0.001 0.002 0.004 0.014 0.046 0.224 0.711 36 T 0.001 0.001 0.003 0.007 0.030 0.196 0.763 37 A 0.001 0.002 0.002 0.006 0.022 0.151 0.816 38 L 0.001 0.003 0.006 0.018 0.054 0.227 0.691 39 P 0.002 0.006 0.010 0.025 0.076 0.271 0.610 40 T 0.004 0.012 0.025 0.064 0.145 0.345 0.405 41 S 0.005 0.024 0.051 0.117 0.210 0.345 0.248 42 P 0.009 0.047 0.092 0.163 0.228 0.277 0.185 43 Y 0.003 0.011 0.028 0.097 0.236 0.422 0.203 44 F 0.002 0.007 0.015 0.041 0.138 0.457 0.339 45 L 0.009 0.048 0.165 0.304 0.285 0.163 0.026 46 E 0.013 0.085 0.239 0.312 0.230 0.105 0.017 47 A 0.006 0.010 0.011 0.035 0.162 0.520 0.256 48 M 0.004 0.009 0.025 0.112 0.310 0.457 0.084 49 E 0.029 0.171 0.295 0.284 0.151 0.063 0.008 50 S 0.033 0.106 0.211 0.311 0.226 0.100 0.013 51 A 0.008 0.020 0.048 0.161 0.340 0.358 0.066 52 R 0.089 0.274 0.316 0.208 0.083 0.026 0.003 53 I 0.273 0.309 0.210 0.135 0.056 0.015 0.002 54 S 0.313 0.364 0.186 0.097 0.030 0.008 0.001 55 A 0.160 0.240 0.253 0.211 0.102 0.032 0.002 56 P 0.424 0.318 0.149 0.076 0.026 0.006 0.001 57 T 0.202 0.379 0.234 0.127 0.046 0.010 0.001 58 L 0.007 0.031 0.092 0.266 0.384 0.205 0.017 59 A 0.011 0.055 0.144 0.271 0.309 0.173 0.036 60 I 0.001 0.004 0.012 0.035 0.125 0.476 0.346 61 G 0.001 0.005 0.017 0.044 0.107 0.361 0.464 62 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.215 0.755 63 H 0.001 0.001 0.004 0.018 0.064 0.256 0.658 64 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.043 0.310 0.635 65 T 0.001 0.005 0.021 0.078 0.181 0.391 0.322 66 L 0.001 0.004 0.014 0.052 0.193 0.510 0.226 67 T 0.011 0.053 0.123 0.247 0.311 0.223 0.032 68 L 0.034 0.119 0.212 0.319 0.242 0.070 0.005 69 N 0.462 0.345 0.134 0.045 0.011 0.002 0.001 70 Q 0.436 0.295 0.148 0.079 0.029 0.010 0.002 71 A 0.218 0.213 0.217 0.191 0.112 0.046 0.005 72 K 0.169 0.223 0.241 0.210 0.119 0.035 0.003 73 P 0.112 0.108 0.121 0.173 0.222 0.218 0.046 74 I 0.061 0.092 0.129 0.202 0.234 0.236 0.046 75 L 0.070 0.099 0.148 0.224 0.237 0.182 0.040 76 P 0.187 0.284 0.228 0.184 0.088 0.026 0.003 77 R 0.242 0.338 0.240 0.128 0.041 0.009 0.001 78 E 0.508 0.298 0.121 0.050 0.017 0.005 0.001 79 M 0.151 0.273 0.288 0.197 0.072 0.017 0.001 80 V 0.021 0.052 0.122 0.274 0.349 0.171 0.012 81 P 0.120 0.286 0.261 0.194 0.101 0.033 0.004 82 S 0.080 0.188 0.226 0.242 0.161 0.090 0.012 83 L 0.016 0.037 0.080 0.201 0.326 0.302 0.038 84 V 0.044 0.112 0.212 0.318 0.226 0.080 0.007 85 D 0.216 0.342 0.251 0.135 0.044 0.010 0.001 86 E 0.594 0.257 0.092 0.040 0.013 0.003 0.001 87 A 0.448 0.320 0.141 0.064 0.020 0.006 0.001 88 G 0.095 0.167 0.229 0.263 0.175 0.067 0.004 89 Y 0.086 0.157 0.209 0.258 0.201 0.082 0.007 90 F 0.024 0.036 0.062 0.145 0.291 0.381 0.062 91 W 0.046 0.113 0.211 0.276 0.214 0.123 0.017 92 H 0.119 0.203 0.216 0.216 0.158 0.075 0.012 93 Q 0.177 0.248 0.235 0.191 0.102 0.041 0.007 94 S 0.320 0.258 0.179 0.136 0.072 0.031 0.005 95 I 0.165 0.252 0.248 0.198 0.098 0.035 0.003 96 F 0.125 0.141 0.176 0.256 0.210 0.086 0.006 97 E 0.268 0.278 0.204 0.149 0.072 0.025 0.003 98 E 0.418 0.307 0.150 0.081 0.032 0.011 0.002 99 K 0.285 0.307 0.209 0.130 0.052 0.015 0.001 100 V 0.087 0.095 0.170 0.287 0.255 0.099 0.008 101 N 0.211 0.403 0.238 0.105 0.033 0.009 0.001 102 L 0.064 0.163 0.278 0.311 0.149 0.033 0.002 103 E 0.672 0.247 0.056 0.018 0.005 0.001 0.001 104 E 0.160 0.358 0.279 0.154 0.041 0.007 0.001 105 V 0.012 0.014 0.040 0.204 0.435 0.286 0.010 106 Y 0.051 0.194 0.349 0.291 0.098 0.016 0.001 107 N 0.129 0.469 0.267 0.092 0.029 0.013 0.002 108 E 0.011 0.034 0.090 0.241 0.366 0.239 0.019 109 W 0.001 0.004 0.020 0.124 0.356 0.447 0.047 110 D 0.024 0.193 0.431 0.255 0.078 0.018 0.001 111 A 0.041 0.177 0.268 0.310 0.152 0.049 0.003 112 Q 0.003 0.006 0.009 0.037 0.180 0.588 0.178 113 I 0.006 0.019 0.066 0.232 0.422 0.237 0.018 114 I 0.031 0.308 0.389 0.201 0.055 0.014 0.001 115 S 0.007 0.036 0.178 0.411 0.287 0.076 0.005 116 F 0.002 0.005 0.011 0.071 0.341 0.507 0.064 117 M 0.024 0.171 0.352 0.312 0.121 0.018 0.001 118 K 0.316 0.448 0.168 0.056 0.010 0.001 0.001 119 S 0.083 0.212 0.291 0.294 0.098 0.021 0.002 120 G 0.255 0.272 0.220 0.167 0.066 0.018 0.002 121 R 0.217 0.277 0.210 0.175 0.093 0.025 0.002 122 R 0.150 0.325 0.264 0.170 0.069 0.020 0.002 123 P 0.014 0.035 0.079 0.194 0.329 0.294 0.055 124 D 0.029 0.128 0.239 0.279 0.192 0.107 0.026 125 H 0.005 0.018 0.052 0.134 0.267 0.374 0.150 126 I 0.004 0.008 0.016 0.042 0.134 0.457 0.339 127 D 0.005 0.014 0.033 0.069 0.144 0.350 0.384 128 S 0.004 0.009 0.015 0.031 0.084 0.311 0.547 129 H 0.005 0.015 0.030 0.087 0.196 0.368 0.299 130 H 0.009 0.040 0.080 0.136 0.195 0.312 0.227 131 N 0.012 0.040 0.083 0.162 0.247 0.312 0.145 132 V 0.015 0.038 0.076 0.175 0.283 0.331 0.082 133 H 0.043 0.108 0.179 0.266 0.242 0.141 0.022 134 G 0.248 0.342 0.203 0.123 0.056 0.023 0.006 135 K 0.178 0.319 0.246 0.164 0.067 0.023 0.003 136 N 0.039 0.112 0.184 0.277 0.249 0.126 0.013 137 K 0.082 0.228 0.259 0.226 0.142 0.056 0.007 138 K 0.031 0.152 0.291 0.314 0.165 0.044 0.004 139 L 0.001 0.005 0.014 0.064 0.265 0.538 0.112 140 L 0.001 0.005 0.029 0.149 0.390 0.389 0.038 141 G 0.003 0.040 0.197 0.350 0.278 0.117 0.014 142 V 0.001 0.002 0.010 0.046 0.191 0.548 0.203 143 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.313 0.668 144 L 0.001 0.007 0.049 0.198 0.352 0.333 0.060 145 A 0.004 0.084 0.260 0.340 0.217 0.087 0.008 146 L 0.001 0.002 0.012 0.101 0.372 0.471 0.042 147 A 0.001 0.004 0.019 0.122 0.432 0.404 0.019 148 R 0.101 0.395 0.319 0.152 0.030 0.003 0.001 149 K 0.251 0.484 0.203 0.054 0.007 0.001 0.001 150 Y 0.012 0.093 0.283 0.396 0.177 0.037 0.001 151 Q 0.213 0.402 0.233 0.105 0.037 0.009 0.001 152 L 0.019 0.037 0.089 0.247 0.370 0.216 0.022 153 P 0.076 0.197 0.225 0.211 0.155 0.113 0.023 154 L 0.041 0.067 0.099 0.166 0.249 0.297 0.081 155 R 0.050 0.069 0.104 0.185 0.239 0.261 0.092 156 N 0.052 0.100 0.144 0.203 0.230 0.203 0.069 157 A 0.083 0.093 0.119 0.172 0.206 0.230 0.097 158 S 0.133 0.189 0.185 0.196 0.156 0.108 0.034 159 R 0.159 0.198 0.203 0.195 0.136 0.083 0.025 160 S 0.149 0.199 0.175 0.182 0.152 0.113 0.030 161 I 0.154 0.165 0.180 0.202 0.166 0.107 0.026 162 E 0.343 0.264 0.176 0.121 0.063 0.027 0.005 163 T 0.286 0.235 0.184 0.157 0.092 0.039 0.006 164 K 0.468 0.283 0.143 0.071 0.026 0.008 0.002 165 D 0.382 0.306 0.172 0.092 0.035 0.010 0.001 166 Y 0.084 0.129 0.185 0.264 0.226 0.103 0.008 167 L 0.101 0.165 0.208 0.245 0.187 0.083 0.010 168 E 0.277 0.298 0.195 0.131 0.065 0.028 0.006 169 L 0.107 0.175 0.219 0.256 0.166 0.069 0.007 170 Y 0.059 0.100 0.156 0.241 0.253 0.170 0.021 171 Q 0.165 0.229 0.229 0.196 0.116 0.053 0.012 172 D 0.205 0.294 0.225 0.155 0.077 0.036 0.009 173 V 0.042 0.057 0.086 0.186 0.293 0.283 0.052 174 R 0.059 0.134 0.188 0.222 0.197 0.157 0.043 175 T 0.047 0.055 0.078 0.146 0.228 0.317 0.130 176 P 0.043 0.061 0.081 0.144 0.225 0.316 0.132 177 D 0.070 0.122 0.160 0.198 0.188 0.177 0.085 178 E 0.075 0.100 0.133 0.171 0.182 0.216 0.123 179 M 0.036 0.031 0.039 0.082 0.169 0.358 0.285 180 L 0.032 0.048 0.079 0.129 0.190 0.319 0.202 181 Y 0.061 0.091 0.100 0.131 0.178 0.268 0.172 182 Q 0.100 0.111 0.129 0.194 0.212 0.186 0.069 183 F 0.055 0.080 0.126 0.201 0.242 0.241 0.054 184 Y 0.093 0.095 0.128 0.201 0.244 0.202 0.036 185 D 0.224 0.286 0.219 0.154 0.081 0.032 0.005 186 K 0.368 0.303 0.171 0.099 0.042 0.014 0.003 187 A 0.304 0.280 0.165 0.129 0.079 0.036 0.005 188 I 0.054 0.084 0.165 0.287 0.262 0.131 0.016 189 S 0.181 0.316 0.251 0.157 0.067 0.023 0.003 190 T 0.156 0.269 0.264 0.200 0.086 0.023 0.002 191 E 0.285 0.431 0.176 0.071 0.027 0.009 0.001 192 T 0.011 0.069 0.180 0.331 0.289 0.112 0.008 193 I 0.001 0.004 0.016 0.097 0.344 0.471 0.066 194 L 0.011 0.124 0.351 0.342 0.143 0.028 0.002 195 Q 0.015 0.100 0.266 0.346 0.197 0.071 0.006 196 L 0.002 0.005 0.007 0.027 0.176 0.602 0.180 197 L 0.002 0.010 0.064 0.274 0.383 0.241 0.026 198 D 0.033 0.270 0.351 0.215 0.090 0.036 0.004 199 M 0.016 0.045 0.143 0.321 0.310 0.150 0.015 200 V 0.014 0.024 0.046 0.137 0.318 0.390 0.071 201 V 0.094 0.282 0.296 0.200 0.093 0.031 0.004 202 C 0.174 0.302 0.242 0.181 0.079 0.020 0.003 203 S 0.079 0.178 0.217 0.263 0.178 0.075 0.009 204 E 0.326 0.325 0.179 0.104 0.045 0.017 0.004 205 G 0.154 0.320 0.267 0.174 0.066 0.016 0.003 206 E 0.050 0.191 0.248 0.250 0.170 0.077 0.013 207 V 0.001 0.007 0.027 0.111 0.299 0.449 0.106 208 F 0.001 0.001 0.004 0.020 0.101 0.432 0.442 209 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.219 0.756 210 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.121 0.863 211 N 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.124 0.853 212 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.153 0.828 213 H 0.001 0.002 0.005 0.022 0.073 0.275 0.622 214 P 0.001 0.008 0.018 0.042 0.106 0.335 0.489 215 A 0.007 0.015 0.029 0.071 0.163 0.345 0.371 216 F 0.008 0.032 0.074 0.154 0.225 0.322 0.185 217 I 0.012 0.026 0.045 0.102 0.223 0.384 0.209 218 D 0.046 0.138 0.189 0.237 0.204 0.143 0.043 219 T 0.129 0.241 0.215 0.177 0.121 0.080 0.037 220 I 0.062 0.112 0.149 0.208 0.215 0.193 0.061 221 L 0.042 0.054 0.084 0.175 0.277 0.296 0.071 222 Q 0.233 0.247 0.208 0.164 0.096 0.043 0.010 223 N 0.397 0.274 0.147 0.095 0.052 0.029 0.008 224 Q 0.262 0.203 0.173 0.160 0.113 0.072 0.018 225 S 0.281 0.213 0.168 0.144 0.099 0.071 0.024 226 G 0.266 0.184 0.148 0.144 0.121 0.097 0.040 227 Y 0.129 0.122 0.137 0.175 0.177 0.179 0.081 228 C 0.134 0.142 0.136 0.160 0.165 0.176 0.087 229 M 0.140 0.161 0.170 0.192 0.164 0.124 0.049 230 P 0.079 0.152 0.181 0.215 0.179 0.137 0.057 231 R 0.019 0.040 0.066 0.133 0.222 0.353 0.166 232 I 0.029 0.078 0.146 0.261 0.276 0.176 0.033 233 R 0.046 0.176 0.248 0.251 0.164 0.091 0.023 234 E 0.006 0.014 0.030 0.086 0.225 0.467 0.172 235 V 0.009 0.018 0.035 0.102 0.268 0.451 0.118 236 E 0.035 0.147 0.250 0.302 0.184 0.073 0.009 237 I 0.024 0.071 0.143 0.246 0.275 0.215 0.027 238 L 0.008 0.016 0.037 0.108 0.270 0.442 0.119 239 T 0.052 0.147 0.248 0.294 0.187 0.068 0.005 240 S 0.078 0.333 0.363 0.173 0.044 0.008 0.001 241 Q 0.598 0.296 0.073 0.023 0.008 0.002 0.001 242 E 0.163 0.428 0.269 0.111 0.024 0.004 0.001 243 V 0.007 0.008 0.031 0.209 0.506 0.232 0.008 244 K 0.064 0.302 0.412 0.181 0.038 0.004 0.001 245 E 0.358 0.554 0.079 0.008 0.001 0.001 0.001 246 A 0.018 0.098 0.311 0.409 0.149 0.015 0.001 247 I 0.010 0.020 0.073 0.328 0.466 0.102 0.001 248 E 0.389 0.477 0.117 0.016 0.001 0.001 0.001 249 E 0.696 0.265 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 250 R 0.057 0.231 0.384 0.262 0.060 0.006 0.001 251 G 0.200 0.402 0.260 0.112 0.024 0.002 0.001 252 I 0.009 0.028 0.083 0.276 0.423 0.174 0.007 253 L 0.039 0.212 0.324 0.267 0.119 0.037 0.002 254 L 0.023 0.060 0.110 0.216 0.320 0.254 0.017 255 A 0.042 0.088 0.152 0.260 0.271 0.169 0.017 256 N 0.075 0.228 0.290 0.243 0.124 0.038 0.002 257 Y 0.039 0.068 0.149 0.316 0.314 0.108 0.006 258 E 0.396 0.357 0.160 0.067 0.017 0.003 0.001 259 S 0.364 0.356 0.181 0.074 0.020 0.005 0.001 260 L 0.201 0.134 0.171 0.258 0.181 0.053 0.002 261 A 0.432 0.272 0.166 0.092 0.031 0.007 0.001 262 M 0.642 0.225 0.084 0.034 0.011 0.003 0.001