# TARGET T0325 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.175 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.011 0.028 0.040 0.059 0.074 0.008 0.736 2 S 0.032 0.008 0.024 0.046 0.068 0.104 0.009 0.708 3 N 0.062 0.005 0.031 0.036 0.052 0.112 0.016 0.688 4 K 0.087 0.004 0.102 0.065 0.062 0.193 0.013 0.473 5 K 0.066 0.002 0.314 0.143 0.141 0.131 0.009 0.193 6 L 0.007 0.001 0.657 0.099 0.124 0.025 0.002 0.086 7 I 0.001 0.001 0.845 0.071 0.068 0.003 0.001 0.012 8 I 0.001 0.001 0.838 0.071 0.068 0.003 0.001 0.020 9 N 0.001 0.001 0.849 0.033 0.089 0.006 0.001 0.022 10 A 0.001 0.001 0.830 0.030 0.053 0.020 0.001 0.066 11 D 0.002 0.001 0.344 0.026 0.067 0.322 0.002 0.236 12 D 0.029 0.001 0.118 0.011 0.034 0.259 0.006 0.541 13 F 0.051 0.008 0.081 0.011 0.018 0.601 0.008 0.222 14 G 0.162 0.009 0.056 0.015 0.021 0.399 0.035 0.303 15 Y 0.146 0.047 0.104 0.020 0.030 0.200 0.017 0.437 16 T 0.044 0.063 0.041 0.034 0.067 0.222 0.008 0.522 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 18 A 0.009 0.020 0.003 0.004 0.011 0.725 0.003 0.225 19 V 0.339 0.149 0.008 0.003 0.005 0.182 0.012 0.302 20 T 0.024 0.820 0.005 0.003 0.003 0.025 0.002 0.118 21 Q 0.010 0.852 0.007 0.002 0.004 0.017 0.002 0.106 22 G 0.022 0.805 0.004 0.002 0.003 0.043 0.005 0.117 23 I 0.016 0.928 0.002 0.001 0.004 0.020 0.003 0.026 24 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 25 E 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 27 H 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 28 K 0.018 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 29 R 0.044 0.876 0.006 0.002 0.001 0.001 0.055 0.014 30 G 0.777 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.164 0.023 31 V 0.019 0.017 0.855 0.009 0.005 0.009 0.006 0.078 32 V 0.005 0.024 0.526 0.077 0.099 0.043 0.006 0.221 33 T 0.012 0.015 0.449 0.051 0.080 0.065 0.004 0.324 34 S 0.012 0.023 0.538 0.067 0.088 0.066 0.004 0.202 35 T 0.018 0.020 0.548 0.043 0.055 0.117 0.005 0.194 36 T 0.059 0.024 0.182 0.057 0.093 0.246 0.020 0.321 37 A 0.084 0.094 0.230 0.078 0.105 0.095 0.015 0.300 38 L 0.062 0.052 0.131 0.053 0.109 0.171 0.017 0.405 39 P 0.010 0.006 0.016 0.007 0.013 0.034 0.003 0.912 40 T 0.071 0.075 0.076 0.033 0.074 0.167 0.018 0.485 41 S 0.265 0.053 0.049 0.021 0.039 0.107 0.024 0.442 42 P 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 0.001 0.970 43 Y 0.037 0.019 0.006 0.006 0.014 0.407 0.004 0.506 44 F 0.164 0.119 0.017 0.005 0.014 0.218 0.011 0.453 45 L 0.037 0.264 0.008 0.002 0.010 0.043 0.004 0.632 46 E 0.018 0.226 0.003 0.001 0.003 0.082 0.002 0.665 47 A 0.017 0.737 0.001 0.001 0.002 0.019 0.002 0.221 48 M 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 49 E 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 50 S 0.023 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 51 A 0.076 0.884 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 52 R 0.205 0.624 0.032 0.008 0.006 0.005 0.061 0.060 53 I 0.067 0.479 0.235 0.014 0.015 0.015 0.026 0.148 54 S 0.069 0.278 0.081 0.012 0.019 0.064 0.065 0.413 55 A 0.179 0.100 0.117 0.012 0.011 0.052 0.026 0.503 56 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 57 T 0.032 0.007 0.046 0.019 0.027 0.187 0.014 0.668 58 L 0.395 0.016 0.145 0.029 0.027 0.066 0.020 0.303 59 A 0.068 0.018 0.222 0.078 0.079 0.146 0.011 0.379 60 I 0.039 0.010 0.354 0.080 0.095 0.088 0.007 0.327 61 G 0.019 0.008 0.577 0.100 0.112 0.052 0.006 0.127 62 V 0.009 0.005 0.485 0.073 0.103 0.053 0.004 0.268 63 H 0.005 0.004 0.533 0.147 0.165 0.033 0.003 0.109 64 L 0.008 0.005 0.392 0.139 0.255 0.044 0.002 0.156 65 T 0.007 0.008 0.325 0.196 0.299 0.043 0.003 0.118 66 L 0.016 0.010 0.324 0.206 0.259 0.041 0.004 0.140 67 T 0.019 0.015 0.077 0.131 0.268 0.143 0.006 0.342 68 L 0.069 0.018 0.071 0.080 0.243 0.093 0.011 0.416 69 N 0.043 0.028 0.021 0.032 0.056 0.405 0.015 0.400 70 Q 0.244 0.033 0.015 0.016 0.027 0.285 0.057 0.323 71 A 0.257 0.215 0.036 0.024 0.025 0.055 0.057 0.330 72 K 0.199 0.040 0.090 0.060 0.064 0.107 0.036 0.404 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 74 I 0.067 0.010 0.069 0.062 0.217 0.075 0.013 0.486 75 L 0.116 0.013 0.093 0.079 0.089 0.103 0.006 0.501 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 77 R 0.012 0.004 0.012 0.012 0.042 0.097 0.002 0.819 78 E 0.232 0.010 0.010 0.009 0.010 0.202 0.017 0.510 79 M 0.466 0.032 0.013 0.009 0.016 0.119 0.025 0.321 80 V 0.348 0.065 0.051 0.047 0.076 0.074 0.010 0.329 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 82 S 0.022 0.012 0.019 0.044 0.090 0.123 0.008 0.681 83 L 0.323 0.047 0.081 0.074 0.066 0.044 0.015 0.351 84 V 0.100 0.050 0.118 0.119 0.174 0.095 0.009 0.335 85 D 0.043 0.049 0.103 0.120 0.223 0.073 0.007 0.381 86 E 0.043 0.057 0.066 0.036 0.079 0.110 0.010 0.600 87 A 0.055 0.020 0.014 0.011 0.017 0.581 0.036 0.266 88 G 0.702 0.016 0.010 0.010 0.004 0.028 0.087 0.143 89 Y 0.196 0.026 0.269 0.027 0.040 0.221 0.014 0.206 90 F 0.020 0.013 0.040 0.068 0.127 0.114 0.005 0.613 91 W 0.078 0.020 0.045 0.079 0.332 0.117 0.004 0.325 92 H 0.033 0.027 0.029 0.064 0.145 0.128 0.006 0.569 93 Q 0.050 0.048 0.041 0.032 0.083 0.109 0.008 0.630 94 S 0.080 0.100 0.014 0.036 0.056 0.125 0.013 0.574 95 I 0.121 0.146 0.021 0.029 0.063 0.133 0.015 0.472 96 F 0.126 0.277 0.033 0.024 0.066 0.123 0.016 0.336 97 E 0.147 0.375 0.026 0.016 0.037 0.088 0.014 0.299 98 E 0.188 0.353 0.020 0.010 0.016 0.071 0.032 0.310 99 K 0.417 0.175 0.016 0.007 0.009 0.043 0.040 0.293 100 V 0.210 0.234 0.098 0.022 0.017 0.094 0.021 0.303 101 N 0.077 0.102 0.027 0.013 0.026 0.431 0.019 0.304 102 L 0.057 0.110 0.026 0.004 0.032 0.026 0.005 0.740 103 E 0.010 0.069 0.005 0.001 0.004 0.256 0.002 0.653 104 E 0.023 0.066 0.001 0.001 0.001 0.710 0.003 0.195 105 V 0.032 0.888 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.074 106 Y 0.001 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.043 107 N 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 108 E 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 109 W 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 110 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 111 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 Q 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 113 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 114 I 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 S 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 119 S 0.064 0.866 0.004 0.002 0.001 0.001 0.053 0.010 120 G 0.744 0.068 0.007 0.002 0.001 0.001 0.145 0.032 121 R 0.066 0.079 0.582 0.013 0.011 0.030 0.036 0.182 122 R 0.009 0.013 0.056 0.018 0.022 0.049 0.005 0.828 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 124 D 0.022 0.005 0.243 0.037 0.051 0.289 0.007 0.345 125 H 0.169 0.014 0.327 0.017 0.014 0.070 0.008 0.382 126 I 0.056 0.055 0.441 0.051 0.078 0.073 0.006 0.240 127 D 0.043 0.033 0.174 0.037 0.073 0.287 0.006 0.347 128 S 0.069 0.077 0.097 0.019 0.050 0.164 0.009 0.515 129 H 0.061 0.050 0.039 0.010 0.034 0.499 0.014 0.294 130 H 0.195 0.123 0.024 0.013 0.015 0.246 0.031 0.352 131 N 0.186 0.268 0.029 0.016 0.020 0.110 0.029 0.342 132 V 0.127 0.341 0.069 0.030 0.054 0.069 0.023 0.288 133 H 0.077 0.324 0.042 0.027 0.058 0.094 0.017 0.361 134 G 0.109 0.221 0.033 0.022 0.039 0.077 0.027 0.472 135 K 0.181 0.203 0.034 0.011 0.016 0.102 0.026 0.427 136 N 0.087 0.235 0.048 0.017 0.023 0.091 0.019 0.480 137 K 0.013 0.070 0.014 0.005 0.008 0.043 0.004 0.842 138 K 0.036 0.144 0.014 0.008 0.012 0.278 0.009 0.500 139 L 0.115 0.427 0.016 0.005 0.008 0.148 0.010 0.271 140 L 0.014 0.824 0.009 0.003 0.004 0.024 0.003 0.119 141 G 0.009 0.742 0.005 0.002 0.003 0.022 0.003 0.215 142 V 0.018 0.863 0.004 0.002 0.002 0.021 0.003 0.086 143 A 0.005 0.963 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.018 144 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 145 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 147 A 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 148 R 0.038 0.926 0.002 0.001 0.002 0.002 0.014 0.016 149 K 0.072 0.846 0.007 0.002 0.002 0.003 0.037 0.032 150 Y 0.125 0.673 0.021 0.010 0.005 0.004 0.092 0.071 151 Q 0.150 0.076 0.051 0.010 0.009 0.017 0.192 0.495 152 L 0.089 0.013 0.527 0.048 0.028 0.029 0.015 0.251 153 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 154 L 0.002 0.001 0.050 0.013 0.047 0.026 0.001 0.861 155 R 0.037 0.007 0.531 0.085 0.078 0.049 0.004 0.208 156 N 0.047 0.011 0.134 0.067 0.064 0.069 0.005 0.603 157 A 0.067 0.011 0.198 0.044 0.095 0.058 0.004 0.523 158 S 0.029 0.012 0.055 0.023 0.048 0.170 0.004 0.658 159 R 0.082 0.018 0.035 0.018 0.041 0.194 0.012 0.599 160 S 0.084 0.036 0.017 0.009 0.022 0.313 0.010 0.509 161 I 0.119 0.082 0.018 0.011 0.021 0.101 0.012 0.636 162 E 0.084 0.134 0.019 0.010 0.017 0.220 0.013 0.503 163 T 0.194 0.159 0.020 0.010 0.021 0.129 0.022 0.444 164 K 0.163 0.233 0.030 0.010 0.019 0.070 0.013 0.462 165 D 0.074 0.168 0.016 0.009 0.016 0.194 0.015 0.507 166 Y 0.155 0.253 0.020 0.008 0.023 0.107 0.014 0.419 167 L 0.071 0.494 0.020 0.010 0.024 0.084 0.009 0.288 168 E 0.097 0.385 0.017 0.013 0.021 0.189 0.023 0.255 169 L 0.177 0.579 0.017 0.008 0.014 0.035 0.019 0.151 170 Y 0.144 0.514 0.023 0.011 0.022 0.035 0.025 0.228 171 Q 0.141 0.301 0.050 0.024 0.024 0.064 0.041 0.354 172 D 0.222 0.093 0.024 0.010 0.013 0.042 0.051 0.545 173 V 0.475 0.050 0.098 0.022 0.025 0.034 0.034 0.261 174 R 0.053 0.037 0.155 0.029 0.038 0.168 0.018 0.502 175 T 0.040 0.024 0.073 0.033 0.054 0.113 0.007 0.656 176 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 177 D 0.009 0.012 0.023 0.015 0.034 0.266 0.004 0.637 178 E 0.188 0.054 0.035 0.014 0.021 0.218 0.014 0.456 179 M 0.160 0.365 0.038 0.033 0.053 0.112 0.010 0.229 180 L 0.143 0.348 0.056 0.051 0.102 0.093 0.014 0.194 181 Y 0.079 0.444 0.043 0.059 0.068 0.039 0.014 0.254 182 Q 0.167 0.252 0.049 0.052 0.088 0.065 0.035 0.292 183 F 0.144 0.317 0.069 0.084 0.099 0.042 0.024 0.220 184 Y 0.083 0.246 0.102 0.073 0.118 0.078 0.031 0.269 185 D 0.055 0.208 0.072 0.059 0.085 0.065 0.018 0.438 186 K 0.110 0.129 0.062 0.023 0.040 0.095 0.030 0.511 187 A 0.262 0.055 0.027 0.010 0.015 0.358 0.030 0.242 188 I 0.321 0.074 0.062 0.016 0.016 0.194 0.025 0.292 189 S 0.059 0.153 0.041 0.017 0.021 0.213 0.008 0.489 190 T 0.022 0.049 0.023 0.004 0.020 0.043 0.004 0.833 191 E 0.018 0.048 0.007 0.003 0.008 0.383 0.003 0.530 192 T 0.038 0.062 0.001 0.001 0.002 0.661 0.003 0.232 193 I 0.020 0.886 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.072 194 L 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 195 Q 0.009 0.934 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.045 196 L 0.023 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 197 L 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 198 D 0.023 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 199 M 0.079 0.841 0.011 0.002 0.002 0.003 0.025 0.038 200 V 0.098 0.797 0.013 0.005 0.006 0.007 0.023 0.052 201 V 0.082 0.629 0.067 0.019 0.018 0.020 0.029 0.136 202 C 0.133 0.396 0.074 0.027 0.024 0.041 0.039 0.265 203 S 0.155 0.206 0.094 0.024 0.025 0.070 0.051 0.376 204 E 0.044 0.064 0.040 0.011 0.015 0.054 0.020 0.752 205 G 0.029 0.032 0.033 0.016 0.015 0.176 0.029 0.670 206 E 0.239 0.020 0.033 0.022 0.015 0.245 0.039 0.388 207 V 0.175 0.025 0.093 0.033 0.055 0.181 0.010 0.427 208 F 0.034 0.025 0.132 0.215 0.279 0.126 0.006 0.182 209 E 0.025 0.021 0.130 0.212 0.302 0.071 0.005 0.233 210 I 0.014 0.033 0.120 0.316 0.377 0.026 0.004 0.111 211 N 0.016 0.019 0.133 0.279 0.424 0.024 0.006 0.099 212 C 0.014 0.026 0.118 0.212 0.359 0.027 0.012 0.232 213 H 0.021 0.009 0.169 0.207 0.293 0.051 0.006 0.243 214 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 215 A 0.016 0.007 0.061 0.068 0.193 0.166 0.006 0.482 216 F 0.231 0.013 0.042 0.028 0.031 0.106 0.013 0.536 217 I 0.128 0.058 0.098 0.060 0.079 0.091 0.009 0.476 218 D 0.058 0.077 0.078 0.050 0.095 0.144 0.007 0.491 219 T 0.073 0.062 0.032 0.020 0.048 0.112 0.010 0.642 220 I 0.083 0.113 0.017 0.015 0.034 0.311 0.011 0.416 221 L 0.190 0.258 0.018 0.020 0.049 0.214 0.020 0.231 222 Q 0.113 0.592 0.016 0.020 0.026 0.047 0.017 0.168 223 N 0.152 0.435 0.023 0.023 0.033 0.041 0.050 0.243 224 Q 0.332 0.199 0.047 0.022 0.034 0.039 0.056 0.271 225 S 0.115 0.123 0.029 0.024 0.031 0.092 0.036 0.551 226 G 0.088 0.044 0.034 0.020 0.028 0.057 0.030 0.698 227 Y 0.265 0.030 0.024 0.014 0.031 0.183 0.016 0.438 228 C 0.123 0.057 0.035 0.030 0.049 0.198 0.024 0.484 229 M 0.097 0.047 0.017 0.042 0.050 0.072 0.005 0.670 230 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 231 R 0.018 0.040 0.008 0.060 0.112 0.200 0.004 0.559 232 I 0.120 0.233 0.016 0.034 0.076 0.054 0.004 0.462 233 R 0.024 0.515 0.007 0.070 0.084 0.060 0.003 0.236 234 E 0.046 0.736 0.010 0.022 0.034 0.031 0.004 0.118 235 V 0.014 0.908 0.006 0.016 0.022 0.004 0.003 0.027 236 E 0.009 0.926 0.005 0.013 0.017 0.004 0.003 0.023 237 I 0.037 0.855 0.006 0.011 0.022 0.007 0.012 0.050 238 L 0.086 0.814 0.014 0.021 0.015 0.005 0.019 0.026 239 T 0.168 0.524 0.041 0.022 0.019 0.033 0.056 0.135 240 S 0.244 0.174 0.082 0.014 0.038 0.046 0.050 0.352 241 Q 0.018 0.040 0.014 0.002 0.007 0.048 0.005 0.866 242 E 0.015 0.019 0.002 0.001 0.001 0.451 0.004 0.507 243 V 0.044 0.081 0.003 0.001 0.002 0.566 0.005 0.298 244 K 0.009 0.778 0.003 0.001 0.002 0.012 0.001 0.195 245 E 0.002 0.774 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.188 246 A 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 247 I 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 248 E 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 249 E 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 250 R 0.094 0.798 0.004 0.001 0.001 0.001 0.097 0.006 251 G 0.761 0.017 0.019 0.002 0.001 0.001 0.181 0.018 252 I 0.021 0.006 0.933 0.006 0.004 0.005 0.003 0.022 253 L 0.005 0.008 0.706 0.065 0.060 0.023 0.004 0.130 254 L 0.003 0.003 0.292 0.014 0.029 0.016 0.001 0.640 255 A 0.002 0.002 0.901 0.025 0.022 0.012 0.001 0.035 256 N 0.010 0.008 0.314 0.045 0.045 0.117 0.003 0.459 257 Y 0.029 0.010 0.186 0.029 0.168 0.050 0.005 0.524 258 E 0.022 0.007 0.033 0.014 0.034 0.509 0.004 0.377 259 S 0.135 0.015 0.010 0.008 0.015 0.316 0.019 0.481 260 L 0.371 0.111 0.028 0.015 0.027 0.068 0.013 0.366 261 A 0.052 0.174 0.040 0.030 0.052 0.159 0.016 0.477 262 M 0.071 0.113 0.022 0.020 0.043 0.067 0.018 0.646