# TARGET T0324 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1750 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.005 0.004 0.004 0.184 0.764 2 T 0.165 0.019 0.005 0.003 0.095 0.713 3 Y 0.502 0.008 0.008 0.002 0.091 0.388 4 Q 0.834 0.002 0.010 0.002 0.043 0.109 5 A 0.975 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 6 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 7 M 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 8 F 0.946 0.005 0.001 0.001 0.012 0.036 9 D 0.670 0.010 0.002 0.002 0.248 0.068 10 I 0.127 0.005 0.010 0.008 0.748 0.102 11 D 0.048 0.006 0.010 0.007 0.835 0.093 12 G 0.083 0.009 0.014 0.019 0.769 0.105 13 T 0.345 0.033 0.012 0.050 0.222 0.337 14 L 0.572 0.055 0.021 0.073 0.114 0.165 15 T 0.497 0.015 0.046 0.098 0.167 0.177 16 N 0.201 0.018 0.054 0.107 0.261 0.360 17 S 0.039 0.012 0.039 0.199 0.266 0.445 18 Q 0.005 0.002 0.088 0.579 0.162 0.165 19 P 0.001 0.001 0.115 0.780 0.077 0.026 20 A 0.002 0.002 0.092 0.810 0.073 0.022 21 Y 0.002 0.002 0.036 0.883 0.049 0.029 22 T 0.001 0.001 0.011 0.935 0.028 0.026 23 T 0.001 0.001 0.013 0.960 0.018 0.008 24 V 0.001 0.001 0.011 0.963 0.015 0.008 25 M 0.001 0.001 0.005 0.977 0.010 0.007 26 R 0.001 0.001 0.003 0.978 0.011 0.007 27 E 0.001 0.001 0.002 0.979 0.011 0.008 28 V 0.001 0.001 0.002 0.984 0.008 0.005 29 L 0.001 0.001 0.008 0.964 0.020 0.007 30 A 0.001 0.001 0.022 0.938 0.028 0.011 31 T 0.001 0.001 0.022 0.926 0.029 0.022 32 Y 0.001 0.001 0.010 0.869 0.032 0.089 33 G 0.001 0.001 0.002 0.033 0.078 0.886 34 K 0.006 0.003 0.005 0.024 0.134 0.827 35 P 0.022 0.010 0.007 0.029 0.160 0.772 36 F 0.033 0.018 0.013 0.083 0.219 0.634 37 S 0.027 0.005 0.009 0.079 0.114 0.765 38 P 0.020 0.003 0.034 0.674 0.103 0.166 39 A 0.011 0.001 0.026 0.860 0.058 0.044 40 Q 0.013 0.002 0.030 0.841 0.077 0.038 41 A 0.013 0.002 0.022 0.870 0.061 0.031 42 Q 0.012 0.002 0.022 0.865 0.061 0.039 43 K 0.011 0.001 0.024 0.843 0.071 0.049 44 T 0.012 0.001 0.022 0.805 0.080 0.080 45 F 0.020 0.006 0.024 0.676 0.131 0.144 46 P 0.025 0.005 0.021 0.556 0.166 0.227 47 M 0.028 0.004 0.022 0.420 0.219 0.307 48 A 0.024 0.006 0.023 0.397 0.232 0.318 49 A 0.025 0.007 0.027 0.468 0.184 0.289 50 E 0.017 0.003 0.041 0.702 0.125 0.111 51 Q 0.017 0.003 0.052 0.767 0.093 0.069 52 A 0.021 0.003 0.058 0.801 0.075 0.042 53 M 0.020 0.003 0.047 0.828 0.062 0.040 54 T 0.019 0.003 0.060 0.815 0.062 0.041 55 E 0.014 0.002 0.056 0.797 0.074 0.056 56 L 0.009 0.002 0.038 0.787 0.075 0.088 57 G 0.009 0.004 0.037 0.594 0.146 0.210 58 I 0.006 0.003 0.039 0.463 0.193 0.296 59 A 0.004 0.002 0.045 0.475 0.212 0.262 60 A 0.005 0.002 0.043 0.464 0.232 0.254 61 S 0.006 0.003 0.045 0.483 0.228 0.234 62 E 0.006 0.003 0.031 0.586 0.176 0.198 63 F 0.006 0.002 0.025 0.678 0.147 0.142 64 D 0.006 0.003 0.021 0.694 0.138 0.138 65 H 0.005 0.003 0.016 0.731 0.108 0.138 66 F 0.004 0.002 0.010 0.822 0.069 0.092 67 Q 0.003 0.001 0.007 0.847 0.067 0.074 68 A 0.003 0.001 0.006 0.875 0.047 0.069 69 Q 0.003 0.002 0.006 0.847 0.046 0.096 70 Y 0.003 0.001 0.004 0.890 0.038 0.065 71 E 0.003 0.001 0.003 0.925 0.028 0.041 72 D 0.003 0.001 0.003 0.924 0.029 0.040 73 V 0.004 0.001 0.004 0.922 0.027 0.042 74 M 0.004 0.001 0.006 0.907 0.034 0.048 75 A 0.004 0.001 0.008 0.890 0.046 0.051 76 S 0.004 0.001 0.013 0.857 0.059 0.067 77 H 0.007 0.004 0.024 0.667 0.111 0.186 78 Y 0.007 0.005 0.101 0.520 0.202 0.164 79 D 0.010 0.002 0.129 0.385 0.244 0.230 80 Q 0.020 0.004 0.082 0.221 0.278 0.395 81 I 0.054 0.024 0.026 0.118 0.258 0.520 82 E 0.046 0.016 0.011 0.069 0.197 0.660 83 L 0.035 0.018 0.013 0.086 0.161 0.688 84 Y 0.022 0.019 0.020 0.120 0.396 0.423 85 P 0.012 0.005 0.041 0.290 0.388 0.265 86 G 0.014 0.011 0.058 0.357 0.313 0.247 87 I 0.003 0.002 0.020 0.913 0.046 0.016 88 T 0.001 0.001 0.007 0.973 0.012 0.006 89 S 0.001 0.001 0.007 0.975 0.011 0.005 90 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 91 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 92 E 0.001 0.001 0.005 0.983 0.010 0.002 93 Q 0.001 0.001 0.010 0.970 0.015 0.005 94 L 0.001 0.001 0.018 0.906 0.046 0.028 95 P 0.002 0.003 0.055 0.681 0.214 0.045 96 S 0.003 0.002 0.028 0.295 0.480 0.193 97 E 0.005 0.001 0.011 0.011 0.488 0.484 98 L 0.079 0.004 0.006 0.004 0.470 0.436 99 R 0.335 0.008 0.004 0.001 0.159 0.492 100 L 0.946 0.004 0.001 0.001 0.014 0.035 101 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 102 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 103 V 0.934 0.001 0.001 0.001 0.014 0.049 104 T 0.703 0.006 0.001 0.002 0.069 0.218 105 S 0.130 0.007 0.003 0.007 0.319 0.534 106 Q 0.023 0.013 0.004 0.015 0.374 0.571 107 R 0.013 0.010 0.012 0.112 0.344 0.509 108 R 0.002 0.001 0.049 0.783 0.111 0.054 109 N 0.003 0.001 0.028 0.876 0.058 0.035 110 E 0.003 0.002 0.020 0.929 0.023 0.022 111 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.003 0.005 112 E 0.002 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 113 S 0.002 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 114 G 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 115 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.007 0.001 116 R 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.004 117 S 0.001 0.001 0.005 0.961 0.018 0.016 118 Y 0.001 0.001 0.006 0.864 0.035 0.094 119 P 0.002 0.002 0.003 0.043 0.109 0.842 120 F 0.014 0.008 0.058 0.095 0.323 0.503 121 M 0.057 0.010 0.229 0.086 0.388 0.229 122 M 0.093 0.006 0.380 0.089 0.318 0.116 123 R 0.262 0.015 0.259 0.091 0.212 0.161 124 M 0.353 0.013 0.126 0.107 0.232 0.169 125 A 0.492 0.006 0.078 0.097 0.162 0.165 126 V 0.802 0.005 0.023 0.053 0.051 0.066 127 T 0.899 0.008 0.006 0.031 0.025 0.031 128 I 0.866 0.014 0.003 0.032 0.028 0.058 129 S 0.462 0.013 0.017 0.063 0.141 0.303 130 A 0.079 0.008 0.261 0.107 0.313 0.232 131 D 0.024 0.005 0.424 0.097 0.344 0.107 132 D 0.020 0.010 0.423 0.093 0.369 0.085 133 T 0.024 0.023 0.211 0.106 0.501 0.136 134 P 0.017 0.008 0.134 0.084 0.487 0.270 135 K 0.027 0.007 0.064 0.054 0.496 0.354 136 R 0.027 0.019 0.030 0.031 0.439 0.454 137 K 0.030 0.041 0.011 0.023 0.385 0.510 138 P 0.030 0.022 0.033 0.040 0.423 0.453 139 D 0.010 0.012 0.013 0.034 0.283 0.648 140 P 0.005 0.003 0.051 0.591 0.164 0.186 141 L 0.002 0.001 0.016 0.829 0.062 0.090 142 P 0.001 0.001 0.007 0.980 0.007 0.005 143 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 144 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 145 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 148 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.002 149 K 0.001 0.001 0.009 0.965 0.015 0.011 150 V 0.003 0.001 0.009 0.808 0.040 0.139 151 N 0.004 0.001 0.001 0.005 0.043 0.946 152 V 0.022 0.012 0.001 0.001 0.060 0.904 153 A 0.036 0.009 0.003 0.005 0.187 0.761 154 P 0.020 0.005 0.564 0.053 0.288 0.069 155 Q 0.043 0.001 0.638 0.031 0.235 0.052 156 N 0.198 0.002 0.548 0.028 0.182 0.042 157 A 0.817 0.005 0.014 0.017 0.031 0.116 158 L 0.961 0.007 0.002 0.005 0.007 0.017 159 F 0.968 0.003 0.001 0.004 0.006 0.018 160 I 0.828 0.002 0.007 0.010 0.056 0.097 161 G 0.266 0.013 0.013 0.018 0.245 0.445 162 D 0.056 0.017 0.006 0.013 0.344 0.566 163 S 0.014 0.025 0.004 0.021 0.379 0.557 164 V 0.002 0.001 0.042 0.666 0.243 0.046 165 S 0.001 0.001 0.037 0.793 0.151 0.017 166 D 0.001 0.001 0.016 0.932 0.044 0.006 167 E 0.001 0.001 0.005 0.967 0.021 0.005 168 Q 0.002 0.001 0.004 0.976 0.014 0.004 169 T 0.002 0.001 0.006 0.981 0.009 0.001 170 A 0.001 0.001 0.010 0.974 0.013 0.002 171 Q 0.001 0.001 0.018 0.964 0.013 0.004 172 A 0.001 0.001 0.021 0.954 0.016 0.008 173 A 0.003 0.001 0.014 0.861 0.041 0.081 174 N 0.004 0.001 0.001 0.006 0.060 0.929 175 V 0.044 0.001 0.001 0.002 0.090 0.863 176 D 0.473 0.004 0.002 0.002 0.072 0.448 177 F 0.963 0.005 0.001 0.001 0.007 0.024 178 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 179 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 180 A 0.880 0.004 0.002 0.004 0.030 0.080 181 V 0.495 0.017 0.005 0.008 0.223 0.252 182 W 0.073 0.012 0.018 0.016 0.529 0.351 183 G 0.031 0.010 0.025 0.019 0.596 0.319 184 M 0.042 0.026 0.039 0.034 0.522 0.336 185 D 0.042 0.021 0.025 0.052 0.365 0.495 186 P 0.037 0.013 0.053 0.127 0.333 0.436 187 N 0.013 0.008 0.165 0.265 0.348 0.201 188 A 0.011 0.006 0.259 0.300 0.313 0.110 189 D 0.011 0.005 0.257 0.334 0.295 0.098 190 H 0.016 0.010 0.197 0.371 0.299 0.107 191 Q 0.021 0.011 0.112 0.268 0.371 0.218 192 K 0.028 0.009 0.071 0.080 0.452 0.360 193 V 0.047 0.005 0.059 0.056 0.441 0.393 194 A 0.227 0.006 0.061 0.026 0.393 0.287 195 H 0.787 0.013 0.021 0.009 0.095 0.074 196 R 0.904 0.012 0.005 0.005 0.030 0.043 197 F 0.846 0.012 0.011 0.013 0.066 0.053 198 Q 0.268 0.015 0.025 0.056 0.297 0.340 199 K 0.076 0.015 0.010 0.052 0.323 0.524 200 P 0.002 0.001 0.276 0.553 0.134 0.034 201 L 0.002 0.001 0.250 0.637 0.077 0.033 202 D 0.001 0.001 0.367 0.596 0.033 0.003 203 I 0.002 0.001 0.118 0.804 0.056 0.019 204 L 0.003 0.001 0.137 0.788 0.061 0.011 205 E 0.002 0.001 0.185 0.690 0.095 0.027 206 L 0.002 0.001 0.140 0.584 0.148 0.125 207 F 0.004 0.019 0.048 0.378 0.119 0.431 208 K 0.001 0.002 0.003 0.030 0.036 0.929