# TARGET T0324 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1750 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.553 0.314 0.100 0.028 0.004 0.001 0.001 2 T 0.316 0.461 0.157 0.055 0.010 0.001 0.001 3 Y 0.005 0.037 0.104 0.268 0.421 0.159 0.007 4 Q 0.005 0.052 0.153 0.322 0.287 0.162 0.019 5 A 0.001 0.001 0.004 0.024 0.119 0.480 0.372 6 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.266 0.691 7 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.253 0.709 8 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.225 0.740 9 D 0.001 0.005 0.017 0.046 0.116 0.336 0.479 10 I 0.001 0.004 0.008 0.032 0.118 0.340 0.497 11 D 0.005 0.023 0.048 0.107 0.190 0.307 0.320 12 G 0.011 0.028 0.060 0.122 0.166 0.312 0.300 13 T 0.012 0.016 0.027 0.061 0.125 0.351 0.407 14 L 0.005 0.007 0.013 0.043 0.126 0.379 0.428 15 T 0.005 0.011 0.023 0.050 0.139 0.365 0.408 16 N 0.007 0.024 0.057 0.127 0.195 0.331 0.259 17 S 0.007 0.022 0.038 0.098 0.228 0.397 0.210 18 Q 0.015 0.071 0.144 0.250 0.280 0.184 0.057 19 P 0.059 0.185 0.240 0.253 0.159 0.083 0.021 20 A 0.005 0.025 0.079 0.192 0.321 0.287 0.090 21 Y 0.002 0.006 0.011 0.043 0.170 0.530 0.238 22 T 0.002 0.030 0.106 0.239 0.335 0.246 0.042 23 T 0.007 0.087 0.289 0.343 0.181 0.085 0.009 24 V 0.001 0.003 0.009 0.050 0.252 0.538 0.147 25 M 0.001 0.001 0.003 0.022 0.135 0.593 0.244 26 R 0.004 0.068 0.239 0.369 0.218 0.095 0.007 27 E 0.009 0.106 0.260 0.350 0.218 0.054 0.002 28 V 0.001 0.006 0.020 0.097 0.356 0.479 0.041 29 L 0.005 0.022 0.089 0.294 0.395 0.185 0.010 30 A 0.160 0.447 0.250 0.107 0.029 0.007 0.001 31 T 0.242 0.382 0.213 0.117 0.038 0.008 0.001 32 Y 0.073 0.144 0.260 0.297 0.175 0.047 0.004 33 G 0.373 0.319 0.172 0.084 0.040 0.012 0.001 34 K 0.171 0.188 0.196 0.248 0.150 0.043 0.004 35 P 0.355 0.304 0.176 0.104 0.046 0.014 0.001 36 F 0.177 0.173 0.184 0.209 0.172 0.076 0.009 37 S 0.282 0.224 0.167 0.161 0.110 0.049 0.008 38 P 0.328 0.255 0.176 0.133 0.073 0.030 0.006 39 A 0.368 0.247 0.154 0.123 0.070 0.031 0.006 40 Q 0.283 0.248 0.174 0.138 0.094 0.051 0.011 41 A 0.148 0.164 0.183 0.210 0.173 0.102 0.020 42 Q 0.135 0.135 0.156 0.203 0.202 0.141 0.027 43 K 0.202 0.189 0.171 0.171 0.140 0.102 0.024 44 T 0.160 0.136 0.137 0.176 0.186 0.159 0.046 45 F 0.100 0.086 0.108 0.170 0.223 0.230 0.082 46 P 0.134 0.123 0.134 0.169 0.185 0.181 0.075 47 M 0.198 0.156 0.137 0.155 0.155 0.143 0.056 48 A 0.196 0.176 0.150 0.159 0.148 0.125 0.046 49 A 0.176 0.169 0.155 0.172 0.160 0.124 0.044 50 E 0.187 0.151 0.143 0.175 0.170 0.134 0.040 51 Q 0.290 0.233 0.171 0.139 0.094 0.058 0.015 52 A 0.199 0.200 0.178 0.177 0.139 0.085 0.020 53 M 0.105 0.096 0.115 0.175 0.229 0.224 0.055 54 T 0.158 0.167 0.176 0.192 0.161 0.121 0.025 55 E 0.236 0.240 0.180 0.152 0.107 0.071 0.015 56 L 0.154 0.160 0.175 0.202 0.179 0.109 0.021 57 G 0.181 0.148 0.167 0.189 0.175 0.117 0.022 58 I 0.348 0.247 0.164 0.123 0.075 0.036 0.006 59 A 0.367 0.259 0.167 0.122 0.060 0.022 0.003 60 A 0.436 0.240 0.144 0.101 0.053 0.023 0.003 61 S 0.323 0.231 0.168 0.138 0.090 0.043 0.007 62 E 0.317 0.241 0.172 0.140 0.087 0.038 0.006 63 F 0.427 0.259 0.142 0.098 0.050 0.021 0.003 64 D 0.420 0.276 0.150 0.091 0.043 0.017 0.003 65 H 0.221 0.209 0.184 0.188 0.135 0.057 0.007 66 F 0.174 0.184 0.198 0.216 0.152 0.067 0.008 67 Q 0.384 0.287 0.159 0.099 0.047 0.020 0.003 68 A 0.278 0.282 0.193 0.135 0.075 0.034 0.005 69 Q 0.103 0.119 0.152 0.225 0.235 0.146 0.020 70 Y 0.145 0.169 0.194 0.221 0.172 0.088 0.012 71 E 0.312 0.280 0.173 0.121 0.073 0.035 0.004 72 D 0.175 0.200 0.192 0.197 0.149 0.077 0.009 73 V 0.114 0.119 0.155 0.230 0.231 0.137 0.015 74 M 0.210 0.202 0.179 0.180 0.142 0.077 0.010 75 A 0.328 0.245 0.163 0.135 0.083 0.040 0.005 76 S 0.264 0.221 0.181 0.171 0.108 0.048 0.006 77 H 0.185 0.183 0.189 0.211 0.156 0.068 0.008 78 Y 0.273 0.207 0.176 0.175 0.119 0.045 0.005 79 D 0.410 0.277 0.156 0.099 0.043 0.014 0.002 80 Q 0.283 0.271 0.189 0.145 0.078 0.030 0.003 81 I 0.086 0.101 0.136 0.249 0.263 0.152 0.013 82 E 0.124 0.242 0.238 0.204 0.129 0.056 0.007 83 L 0.034 0.097 0.150 0.284 0.287 0.137 0.011 84 Y 0.013 0.095 0.257 0.335 0.236 0.061 0.003 85 P 0.215 0.419 0.235 0.094 0.027 0.008 0.001 86 G 0.013 0.120 0.271 0.347 0.193 0.048 0.007 87 I 0.001 0.004 0.012 0.072 0.374 0.485 0.052 88 T 0.008 0.146 0.391 0.323 0.107 0.024 0.002 89 S 0.028 0.335 0.385 0.196 0.045 0.010 0.001 90 L 0.001 0.006 0.015 0.080 0.361 0.493 0.044 91 F 0.001 0.003 0.023 0.183 0.476 0.301 0.013 92 E 0.036 0.513 0.345 0.088 0.014 0.002 0.001 93 Q 0.059 0.306 0.397 0.193 0.039 0.006 0.001 94 L 0.001 0.011 0.047 0.279 0.530 0.129 0.002 95 P 0.122 0.427 0.302 0.122 0.025 0.002 0.001 96 S 0.509 0.391 0.081 0.018 0.002 0.001 0.001 97 E 0.126 0.527 0.283 0.058 0.007 0.001 0.001 98 L 0.003 0.049 0.203 0.440 0.281 0.024 0.001 99 R 0.001 0.027 0.133 0.361 0.337 0.137 0.003 100 L 0.001 0.001 0.002 0.022 0.161 0.640 0.175 101 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.414 0.548 102 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.216 0.767 103 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.269 0.697 104 T 0.001 0.003 0.016 0.072 0.230 0.476 0.203 105 S 0.004 0.035 0.109 0.228 0.334 0.241 0.050 106 Q 0.052 0.165 0.204 0.208 0.196 0.136 0.039 107 R 0.103 0.252 0.244 0.215 0.126 0.051 0.009 108 R 0.079 0.164 0.266 0.259 0.162 0.062 0.007 109 N 0.312 0.344 0.188 0.090 0.041 0.021 0.003 110 E 0.049 0.190 0.268 0.261 0.167 0.056 0.009 111 L 0.015 0.036 0.084 0.206 0.377 0.258 0.023 112 E 0.058 0.228 0.308 0.261 0.110 0.033 0.003 113 S 0.136 0.370 0.253 0.148 0.066 0.024 0.003 114 G 0.019 0.061 0.141 0.288 0.329 0.153 0.009 115 M 0.018 0.035 0.109 0.287 0.347 0.189 0.015 116 R 0.264 0.445 0.200 0.070 0.017 0.004 0.001 117 S 0.185 0.343 0.255 0.151 0.053 0.011 0.001 118 Y 0.078 0.163 0.229 0.278 0.189 0.058 0.004 119 P 0.184 0.368 0.263 0.126 0.047 0.012 0.001 120 F 0.029 0.048 0.105 0.290 0.357 0.158 0.013 121 M 0.082 0.221 0.267 0.254 0.138 0.036 0.003 122 M 0.123 0.265 0.226 0.187 0.133 0.058 0.009 123 R 0.026 0.090 0.173 0.268 0.251 0.161 0.030 124 M 0.017 0.031 0.057 0.148 0.306 0.362 0.079 125 A 0.047 0.137 0.209 0.248 0.202 0.127 0.030 126 V 0.051 0.072 0.102 0.174 0.241 0.283 0.076 127 T 0.026 0.030 0.048 0.111 0.208 0.390 0.188 128 I 0.032 0.044 0.069 0.140 0.234 0.337 0.144 129 S 0.074 0.117 0.147 0.191 0.220 0.194 0.056 130 A 0.090 0.150 0.162 0.220 0.203 0.134 0.040 131 D 0.184 0.220 0.195 0.180 0.123 0.077 0.021 132 D 0.247 0.269 0.214 0.151 0.079 0.034 0.006 133 T 0.143 0.170 0.193 0.228 0.176 0.077 0.012 134 P 0.312 0.267 0.185 0.132 0.072 0.028 0.005 135 K 0.320 0.253 0.202 0.135 0.064 0.023 0.003 136 R 0.234 0.250 0.179 0.180 0.105 0.046 0.006 137 K 0.049 0.095 0.142 0.226 0.269 0.189 0.030 138 P 0.055 0.115 0.158 0.230 0.242 0.165 0.035 139 D 0.069 0.269 0.280 0.209 0.112 0.053 0.008 140 P 0.036 0.142 0.255 0.291 0.200 0.068 0.008 141 L 0.159 0.401 0.279 0.116 0.034 0.010 0.001 142 P 0.009 0.049 0.117 0.257 0.357 0.177 0.035 143 L 0.004 0.012 0.027 0.103 0.311 0.462 0.081 144 L 0.013 0.156 0.332 0.340 0.130 0.027 0.001 145 T 0.030 0.232 0.350 0.263 0.105 0.019 0.001 146 A 0.004 0.011 0.023 0.105 0.368 0.455 0.035 147 L 0.005 0.020 0.113 0.396 0.343 0.116 0.007 148 E 0.207 0.572 0.183 0.033 0.005 0.001 0.001 149 K 0.156 0.381 0.268 0.143 0.044 0.008 0.001 150 V 0.006 0.040 0.173 0.380 0.311 0.085 0.006 151 N 0.194 0.454 0.231 0.089 0.027 0.005 0.001 152 V 0.031 0.088 0.147 0.340 0.305 0.081 0.008 153 A 0.137 0.366 0.293 0.150 0.045 0.008 0.001 154 P 0.038 0.137 0.211 0.295 0.247 0.067 0.004 155 Q 0.026 0.167 0.247 0.305 0.186 0.064 0.005 156 N 0.003 0.039 0.124 0.294 0.343 0.179 0.017 157 A 0.001 0.001 0.003 0.022 0.121 0.514 0.339 158 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.308 0.642 159 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.184 0.790 160 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.031 0.230 0.729 161 G 0.001 0.003 0.009 0.030 0.089 0.309 0.559 162 D 0.001 0.004 0.012 0.041 0.151 0.393 0.399 163 S 0.004 0.028 0.072 0.146 0.278 0.324 0.148 164 V 0.020 0.087 0.170 0.240 0.229 0.194 0.059 165 S 0.070 0.168 0.190 0.216 0.199 0.117 0.039 166 D 0.019 0.060 0.117 0.195 0.252 0.258 0.099 167 E 0.005 0.023 0.064 0.172 0.326 0.322 0.088 168 Q 0.043 0.190 0.245 0.243 0.163 0.088 0.027 169 T 0.016 0.048 0.103 0.208 0.268 0.286 0.071 170 A 0.006 0.009 0.018 0.058 0.219 0.505 0.185 171 Q 0.028 0.111 0.218 0.325 0.198 0.099 0.022 172 A 0.068 0.186 0.226 0.232 0.185 0.090 0.012 173 A 0.010 0.044 0.082 0.207 0.358 0.264 0.036 174 N 0.012 0.090 0.188 0.260 0.237 0.189 0.023 175 V 0.001 0.003 0.015 0.071 0.233 0.529 0.150 176 D 0.001 0.008 0.033 0.145 0.349 0.381 0.083 177 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.368 0.580 178 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.187 0.800 179 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.229 0.735 180 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.052 0.314 0.622 181 V 0.002 0.011 0.034 0.095 0.235 0.428 0.195 182 W 0.011 0.050 0.119 0.220 0.281 0.254 0.065 183 G 0.044 0.135 0.181 0.237 0.243 0.138 0.021 184 M 0.087 0.164 0.217 0.250 0.187 0.086 0.009 185 D 0.237 0.270 0.210 0.167 0.084 0.028 0.003 186 P 0.344 0.284 0.174 0.120 0.056 0.019 0.002 187 N 0.370 0.271 0.167 0.117 0.056 0.019 0.002 188 A 0.453 0.290 0.137 0.076 0.033 0.011 0.002 189 D 0.312 0.270 0.197 0.142 0.060 0.018 0.002 190 H 0.227 0.246 0.213 0.177 0.104 0.031 0.003 191 Q 0.228 0.282 0.221 0.166 0.078 0.023 0.002 192 K 0.166 0.315 0.268 0.176 0.057 0.015 0.001 193 V 0.022 0.041 0.080 0.217 0.356 0.256 0.027 194 A 0.063 0.191 0.266 0.247 0.164 0.061 0.008 195 H 0.028 0.073 0.127 0.231 0.273 0.225 0.042 196 R 0.021 0.058 0.097 0.199 0.289 0.289 0.046 197 F 0.016 0.041 0.099 0.227 0.333 0.247 0.036 198 Q 0.104 0.306 0.268 0.181 0.097 0.037 0.006 199 K 0.074 0.212 0.271 0.269 0.131 0.040 0.004 200 P 0.032 0.070 0.117 0.265 0.333 0.170 0.014 201 L 0.272 0.411 0.221 0.075 0.018 0.003 0.001 202 D 0.299 0.339 0.226 0.103 0.028 0.005 0.001 203 I 0.069 0.083 0.111 0.215 0.341 0.175 0.007 204 L 0.145 0.247 0.315 0.220 0.064 0.007 0.001 205 E 0.561 0.358 0.066 0.013 0.002 0.001 0.001 206 L 0.243 0.247 0.280 0.184 0.042 0.004 0.001 207 F 0.219 0.158 0.203 0.267 0.133 0.019 0.001 208 K 0.689 0.248 0.051 0.010 0.002 0.001 0.001