# TARGET T0324 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4841 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.001 0.001 0.032 0.962 2 T 0.072 0.007 0.001 0.001 0.050 0.869 3 Y 0.166 0.003 0.002 0.001 0.104 0.724 4 Q 0.576 0.001 0.002 0.001 0.085 0.336 5 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 6 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 M 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 8 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 9 D 0.776 0.004 0.001 0.001 0.084 0.134 10 I 0.220 0.006 0.013 0.006 0.532 0.222 11 D 0.058 0.007 0.036 0.011 0.733 0.155 12 G 0.051 0.005 0.071 0.025 0.774 0.073 13 T 0.196 0.030 0.084 0.073 0.471 0.146 14 L 0.406 0.061 0.074 0.094 0.234 0.131 15 T 0.434 0.055 0.053 0.110 0.192 0.156 16 N 0.240 0.024 0.027 0.099 0.310 0.300 17 S 0.073 0.014 0.015 0.148 0.296 0.454 18 Q 0.028 0.009 0.018 0.403 0.204 0.337 19 P 0.007 0.004 0.028 0.786 0.102 0.073 20 A 0.003 0.002 0.029 0.903 0.042 0.021 21 Y 0.002 0.001 0.012 0.963 0.013 0.009 22 T 0.001 0.001 0.005 0.978 0.008 0.007 23 T 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 24 V 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 25 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 26 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 28 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 29 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 30 A 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.002 31 T 0.001 0.001 0.005 0.972 0.011 0.011 32 Y 0.001 0.001 0.008 0.909 0.018 0.065 33 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.060 0.932 34 K 0.003 0.002 0.003 0.003 0.116 0.873 35 P 0.017 0.014 0.007 0.007 0.169 0.787 36 F 0.037 0.039 0.011 0.020 0.149 0.744 37 S 0.039 0.014 0.005 0.034 0.117 0.790 38 P 0.017 0.002 0.089 0.614 0.119 0.158 39 A 0.020 0.002 0.099 0.736 0.089 0.054 40 Q 0.032 0.003 0.144 0.672 0.111 0.038 41 A 0.053 0.008 0.082 0.695 0.095 0.068 42 Q 0.057 0.008 0.063 0.683 0.112 0.078 43 K 0.061 0.006 0.039 0.601 0.131 0.162 44 T 0.053 0.008 0.025 0.381 0.156 0.377 45 F 0.063 0.015 0.012 0.155 0.201 0.555 46 P 0.039 0.008 0.012 0.166 0.166 0.609 47 M 0.024 0.005 0.028 0.667 0.108 0.168 48 A 0.023 0.003 0.030 0.766 0.089 0.089 49 A 0.020 0.003 0.022 0.867 0.044 0.043 50 E 0.018 0.002 0.018 0.897 0.028 0.037 51 Q 0.014 0.001 0.019 0.920 0.025 0.020 52 A 0.011 0.001 0.019 0.923 0.026 0.020 53 M 0.010 0.002 0.020 0.919 0.027 0.022 54 T 0.010 0.001 0.020 0.923 0.023 0.024 55 E 0.006 0.001 0.019 0.906 0.030 0.037 56 L 0.006 0.002 0.021 0.826 0.039 0.106 57 G 0.007 0.002 0.008 0.101 0.105 0.777 58 I 0.025 0.010 0.031 0.186 0.165 0.583 59 A 0.040 0.014 0.052 0.216 0.192 0.487 60 A 0.015 0.003 0.220 0.478 0.151 0.133 61 S 0.018 0.002 0.150 0.551 0.152 0.127 62 E 0.022 0.003 0.102 0.657 0.108 0.107 63 F 0.021 0.004 0.045 0.712 0.083 0.135 64 D 0.015 0.003 0.048 0.753 0.080 0.100 65 H 0.010 0.002 0.048 0.837 0.057 0.046 66 F 0.007 0.001 0.027 0.893 0.033 0.039 67 Q 0.006 0.001 0.018 0.917 0.026 0.032 68 A 0.004 0.001 0.019 0.918 0.029 0.030 69 Q 0.006 0.001 0.014 0.917 0.030 0.033 70 Y 0.005 0.001 0.007 0.946 0.018 0.023 71 E 0.004 0.001 0.009 0.955 0.015 0.016 72 D 0.004 0.001 0.009 0.952 0.018 0.016 73 V 0.004 0.001 0.008 0.958 0.015 0.015 74 M 0.005 0.001 0.007 0.956 0.016 0.016 75 A 0.005 0.001 0.016 0.939 0.024 0.016 76 S 0.006 0.001 0.017 0.908 0.036 0.032 77 H 0.010 0.003 0.025 0.862 0.043 0.057 78 Y 0.012 0.003 0.059 0.786 0.093 0.047 79 D 0.012 0.002 0.080 0.666 0.152 0.089 80 Q 0.026 0.004 0.133 0.415 0.244 0.177 81 I 0.103 0.020 0.068 0.225 0.300 0.284 82 E 0.145 0.055 0.040 0.133 0.195 0.432 83 L 0.114 0.063 0.024 0.095 0.197 0.507 84 Y 0.037 0.015 0.013 0.044 0.508 0.383 85 P 0.004 0.003 0.120 0.274 0.500 0.099 86 G 0.003 0.002 0.094 0.438 0.372 0.089 87 I 0.002 0.002 0.032 0.903 0.051 0.010 88 T 0.003 0.003 0.012 0.950 0.017 0.016 89 S 0.002 0.003 0.010 0.959 0.016 0.011 90 L 0.001 0.001 0.032 0.954 0.009 0.004 91 F 0.001 0.001 0.080 0.891 0.022 0.005 92 E 0.001 0.001 0.084 0.857 0.045 0.012 93 Q 0.002 0.002 0.074 0.777 0.069 0.076 94 L 0.006 0.011 0.030 0.192 0.256 0.505 95 P 0.006 0.006 0.070 0.041 0.744 0.132 96 S 0.004 0.001 0.111 0.015 0.798 0.072 97 E 0.011 0.001 0.048 0.003 0.808 0.128 98 L 0.412 0.015 0.006 0.001 0.394 0.172 99 R 0.758 0.002 0.001 0.001 0.033 0.206 100 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 101 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 102 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 104 T 0.542 0.003 0.001 0.003 0.084 0.368 105 S 0.082 0.003 0.006 0.010 0.269 0.631 106 Q 0.023 0.008 0.023 0.048 0.380 0.517 107 R 0.016 0.009 0.043 0.333 0.306 0.293 108 R 0.007 0.003 0.046 0.729 0.118 0.097 109 N 0.003 0.001 0.049 0.848 0.063 0.035 110 E 0.004 0.002 0.042 0.892 0.039 0.022 111 L 0.007 0.002 0.029 0.897 0.037 0.028 112 E 0.006 0.002 0.023 0.914 0.032 0.023 113 S 0.003 0.001 0.023 0.918 0.035 0.020 114 G 0.001 0.001 0.025 0.923 0.029 0.021 115 M 0.002 0.001 0.047 0.888 0.047 0.015 116 R 0.002 0.002 0.052 0.829 0.075 0.039 117 S 0.004 0.003 0.043 0.715 0.102 0.132 118 Y 0.009 0.005 0.019 0.249 0.247 0.472 119 P 0.016 0.006 0.020 0.120 0.238 0.599 120 F 0.077 0.020 0.068 0.231 0.274 0.331 121 M 0.131 0.013 0.117 0.176 0.314 0.249 122 M 0.227 0.007 0.144 0.152 0.270 0.200 123 R 0.470 0.015 0.078 0.079 0.178 0.179 124 M 0.615 0.010 0.026 0.045 0.180 0.125 125 A 0.615 0.002 0.011 0.029 0.165 0.179 126 V 0.875 0.002 0.003 0.015 0.046 0.058 127 T 0.932 0.004 0.001 0.018 0.017 0.028 128 I 0.907 0.010 0.001 0.025 0.011 0.045 129 S 0.741 0.007 0.002 0.026 0.076 0.147 130 A 0.282 0.009 0.029 0.048 0.282 0.350 131 D 0.139 0.010 0.043 0.022 0.428 0.358 132 D 0.055 0.024 0.067 0.018 0.575 0.262 133 T 0.027 0.023 0.028 0.016 0.529 0.376 134 P 0.020 0.029 0.043 0.020 0.559 0.328 135 K 0.017 0.031 0.050 0.030 0.510 0.361 136 R 0.025 0.031 0.033 0.021 0.539 0.351 137 K 0.020 0.033 0.019 0.025 0.419 0.483 138 P 0.016 0.037 0.009 0.033 0.244 0.662 139 D 0.008 0.013 0.003 0.069 0.136 0.771 140 P 0.001 0.001 0.004 0.912 0.028 0.054 141 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.010 0.009 142 P 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 143 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 144 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 145 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 146 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 147 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 148 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 149 K 0.001 0.001 0.005 0.981 0.008 0.006 150 V 0.001 0.001 0.009 0.936 0.011 0.043 151 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.979 152 V 0.005 0.010 0.001 0.001 0.043 0.939 153 A 0.030 0.013 0.004 0.001 0.204 0.749 154 P 0.005 0.002 0.801 0.012 0.149 0.032 155 Q 0.012 0.001 0.739 0.010 0.205 0.034 156 N 0.073 0.001 0.719 0.009 0.179 0.020 157 A 0.661 0.016 0.013 0.011 0.116 0.182 158 L 0.895 0.012 0.001 0.004 0.018 0.071 159 F 0.913 0.005 0.001 0.003 0.032 0.046 160 I 0.811 0.011 0.001 0.003 0.043 0.132 161 G 0.327 0.015 0.003 0.004 0.219 0.431 162 D 0.112 0.016 0.005 0.007 0.256 0.605 163 S 0.034 0.013 0.010 0.022 0.282 0.640 164 V 0.012 0.006 0.167 0.370 0.316 0.129 165 S 0.005 0.005 0.107 0.509 0.262 0.112 166 D 0.003 0.005 0.051 0.802 0.083 0.056 167 E 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.006 168 Q 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.003 169 T 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.002 170 A 0.001 0.001 0.009 0.981 0.008 0.002 171 Q 0.001 0.001 0.019 0.971 0.007 0.003 172 A 0.001 0.001 0.018 0.961 0.012 0.009 173 A 0.001 0.001 0.017 0.872 0.019 0.091 174 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.987 175 V 0.054 0.004 0.001 0.001 0.056 0.884 176 D 0.296 0.003 0.001 0.001 0.077 0.623 177 F 0.943 0.004 0.001 0.001 0.007 0.045 178 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 179 L 0.977 0.001 0.002 0.001 0.005 0.015 180 A 0.916 0.004 0.003 0.003 0.015 0.059 181 V 0.630 0.007 0.009 0.003 0.124 0.227 182 W 0.288 0.011 0.014 0.008 0.285 0.395 183 G 0.078 0.024 0.014 0.006 0.386 0.492 184 M 0.054 0.031 0.011 0.012 0.352 0.540 185 D 0.027 0.024 0.010 0.015 0.396 0.528 186 P 0.013 0.014 0.042 0.075 0.492 0.365 187 N 0.011 0.008 0.118 0.136 0.489 0.237 188 A 0.019 0.010 0.229 0.180 0.434 0.127 189 D 0.034 0.015 0.202 0.167 0.377 0.206 190 H 0.050 0.016 0.141 0.124 0.365 0.305 191 Q 0.098 0.016 0.089 0.093 0.286 0.418 192 K 0.149 0.016 0.044 0.049 0.271 0.472 193 V 0.247 0.010 0.025 0.044 0.295 0.379 194 A 0.412 0.013 0.015 0.047 0.159 0.354 195 H 0.709 0.009 0.008 0.024 0.079 0.170 196 R 0.809 0.019 0.004 0.018 0.047 0.103 197 F 0.530 0.029 0.007 0.016 0.119 0.298 198 Q 0.169 0.018 0.005 0.006 0.257 0.545 199 K 0.023 0.004 0.003 0.004 0.205 0.761 200 P 0.002 0.001 0.233 0.627 0.099 0.038 201 L 0.002 0.001 0.166 0.747 0.066 0.018 202 D 0.001 0.002 0.148 0.807 0.038 0.004 203 I 0.001 0.001 0.040 0.951 0.007 0.002 204 L 0.001 0.001 0.073 0.915 0.009 0.002 205 E 0.001 0.001 0.097 0.873 0.021 0.008 206 L 0.002 0.001 0.062 0.798 0.038 0.099 207 F 0.006 0.016 0.018 0.719 0.050 0.192 208 K 0.001 0.001 0.001 0.029 0.033 0.935