# TARGET T0324 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4841 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.010 0.049 0.052 0.065 0.118 0.021 0.570 2 T 0.101 0.004 0.044 0.052 0.061 0.166 0.018 0.554 3 Y 0.029 0.002 0.128 0.069 0.101 0.091 0.005 0.574 4 Q 0.014 0.002 0.181 0.149 0.194 0.197 0.005 0.258 5 A 0.014 0.001 0.505 0.110 0.168 0.079 0.004 0.120 6 L 0.003 0.001 0.754 0.124 0.098 0.008 0.001 0.013 7 M 0.001 0.001 0.842 0.070 0.068 0.002 0.001 0.017 8 F 0.001 0.001 0.781 0.077 0.103 0.005 0.001 0.032 9 D 0.001 0.001 0.490 0.141 0.255 0.021 0.001 0.091 10 I 0.002 0.001 0.366 0.055 0.194 0.099 0.002 0.281 11 D 0.004 0.001 0.034 0.010 0.032 0.658 0.005 0.257 12 G 0.197 0.004 0.044 0.036 0.022 0.157 0.057 0.483 13 T 0.302 0.003 0.029 0.010 0.021 0.514 0.007 0.113 14 L 0.069 0.015 0.123 0.152 0.168 0.182 0.009 0.282 15 T 0.044 0.037 0.048 0.180 0.338 0.131 0.005 0.216 16 N 0.031 0.023 0.044 0.107 0.253 0.100 0.010 0.431 17 S 0.066 0.032 0.031 0.036 0.086 0.142 0.013 0.593 18 Q 0.051 0.014 0.008 0.012 0.029 0.528 0.008 0.350 19 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.984 20 A 0.017 0.095 0.008 0.011 0.021 0.332 0.004 0.512 21 Y 0.086 0.389 0.020 0.010 0.018 0.094 0.008 0.374 22 T 0.041 0.625 0.008 0.005 0.016 0.047 0.004 0.253 23 T 0.028 0.752 0.004 0.004 0.006 0.043 0.003 0.161 24 V 0.016 0.908 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.054 25 M 0.012 0.945 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.030 26 R 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 27 E 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 28 V 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 29 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 30 A 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 31 T 0.083 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.014 32 Y 0.211 0.650 0.010 0.001 0.001 0.001 0.110 0.017 33 G 0.534 0.087 0.045 0.004 0.002 0.005 0.223 0.100 34 K 0.069 0.039 0.619 0.016 0.011 0.037 0.013 0.195 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 F 0.017 0.008 0.066 0.006 0.013 0.073 0.005 0.812 37 S 0.132 0.011 0.043 0.009 0.005 0.105 0.005 0.691 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 39 A 0.008 0.014 0.010 0.013 0.042 0.226 0.001 0.687 40 Q 0.225 0.104 0.009 0.006 0.011 0.282 0.007 0.357 41 A 0.095 0.792 0.004 0.007 0.008 0.013 0.002 0.079 42 Q 0.122 0.761 0.011 0.009 0.014 0.015 0.007 0.060 43 K 0.179 0.628 0.021 0.015 0.013 0.013 0.031 0.101 44 T 0.239 0.447 0.022 0.013 0.018 0.012 0.077 0.171 45 F 0.204 0.217 0.062 0.042 0.049 0.030 0.028 0.367 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 47 M 0.020 0.038 0.024 0.018 0.045 0.110 0.005 0.740 48 A 0.131 0.074 0.016 0.008 0.011 0.122 0.009 0.628 49 A 0.109 0.152 0.012 0.007 0.014 0.096 0.007 0.603 50 E 0.117 0.351 0.018 0.008 0.015 0.081 0.006 0.404 51 Q 0.056 0.584 0.012 0.007 0.010 0.081 0.007 0.244 52 A 0.043 0.809 0.005 0.005 0.007 0.022 0.006 0.103 53 M 0.036 0.893 0.005 0.004 0.009 0.007 0.004 0.041 54 T 0.026 0.907 0.005 0.004 0.007 0.008 0.007 0.036 55 E 0.051 0.865 0.008 0.004 0.004 0.008 0.015 0.045 56 L 0.105 0.781 0.017 0.006 0.006 0.007 0.028 0.050 57 G 0.237 0.402 0.026 0.011 0.010 0.019 0.059 0.237 58 I 0.108 0.259 0.180 0.018 0.029 0.048 0.018 0.339 59 A 0.043 0.167 0.031 0.012 0.026 0.132 0.012 0.577 60 A 0.092 0.176 0.031 0.006 0.016 0.074 0.014 0.590 61 S 0.096 0.250 0.021 0.006 0.007 0.123 0.014 0.483 62 E 0.197 0.187 0.018 0.004 0.006 0.150 0.021 0.416 63 F 0.161 0.415 0.031 0.006 0.013 0.055 0.011 0.306 64 D 0.042 0.434 0.016 0.006 0.013 0.104 0.008 0.378 65 H 0.058 0.534 0.012 0.005 0.008 0.065 0.008 0.311 66 F 0.064 0.772 0.007 0.002 0.006 0.038 0.007 0.104 67 Q 0.041 0.825 0.009 0.003 0.005 0.025 0.007 0.085 68 A 0.031 0.842 0.004 0.002 0.002 0.018 0.006 0.094 69 Q 0.058 0.824 0.004 0.001 0.002 0.018 0.009 0.083 70 Y 0.049 0.859 0.005 0.001 0.002 0.007 0.008 0.068 71 E 0.023 0.826 0.009 0.002 0.004 0.018 0.008 0.110 72 D 0.022 0.837 0.005 0.002 0.002 0.014 0.006 0.112 73 V 0.021 0.908 0.004 0.001 0.002 0.007 0.004 0.052 74 M 0.008 0.950 0.003 0.001 0.003 0.005 0.003 0.027 75 A 0.011 0.942 0.004 0.002 0.003 0.004 0.004 0.029 76 S 0.040 0.893 0.006 0.004 0.003 0.005 0.014 0.035 77 H 0.132 0.731 0.014 0.006 0.006 0.006 0.031 0.074 78 Y 0.088 0.613 0.062 0.015 0.023 0.020 0.024 0.155 79 D 0.069 0.343 0.054 0.028 0.031 0.065 0.035 0.374 80 Q 0.146 0.149 0.046 0.014 0.018 0.050 0.032 0.544 81 I 0.297 0.123 0.053 0.012 0.016 0.070 0.030 0.399 82 E 0.106 0.067 0.156 0.036 0.025 0.095 0.034 0.481 83 L 0.034 0.040 0.056 0.011 0.016 0.050 0.012 0.781 84 Y 0.106 0.066 0.118 0.035 0.089 0.146 0.008 0.432 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 G 0.011 0.018 0.006 0.005 0.012 0.295 0.002 0.650 87 I 0.459 0.072 0.012 0.002 0.004 0.043 0.012 0.395 88 T 0.046 0.527 0.024 0.005 0.010 0.037 0.004 0.347 89 S 0.032 0.597 0.008 0.003 0.008 0.059 0.003 0.290 90 L 0.025 0.864 0.002 0.001 0.002 0.013 0.002 0.090 91 F 0.012 0.952 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.027 92 E 0.025 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 93 Q 0.263 0.605 0.004 0.002 0.001 0.001 0.090 0.035 94 L 0.389 0.424 0.028 0.006 0.008 0.004 0.058 0.083 95 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 96 S 0.008 0.032 0.016 0.023 0.029 0.050 0.010 0.831 97 E 0.574 0.009 0.019 0.005 0.003 0.030 0.077 0.283 98 L 0.416 0.008 0.274 0.019 0.009 0.058 0.020 0.195 99 R 0.006 0.001 0.802 0.069 0.030 0.024 0.002 0.066 100 L 0.003 0.001 0.434 0.056 0.109 0.027 0.001 0.370 101 G 0.001 0.001 0.917 0.040 0.037 0.002 0.001 0.004 102 I 0.001 0.001 0.876 0.038 0.033 0.005 0.001 0.047 103 V 0.001 0.001 0.953 0.015 0.023 0.002 0.001 0.008 104 T 0.001 0.001 0.674 0.050 0.085 0.048 0.001 0.141 105 S 0.005 0.001 0.253 0.031 0.100 0.085 0.003 0.522 106 Q 0.009 0.001 0.022 0.003 0.011 0.671 0.002 0.282 107 R 0.053 0.002 0.006 0.002 0.004 0.566 0.005 0.362 108 R 0.062 0.031 0.011 0.004 0.008 0.213 0.005 0.665 109 N 0.018 0.071 0.006 0.004 0.007 0.209 0.005 0.680 110 E 0.069 0.172 0.004 0.003 0.008 0.303 0.008 0.434 111 L 0.078 0.749 0.005 0.004 0.012 0.030 0.005 0.118 112 E 0.014 0.876 0.005 0.004 0.009 0.017 0.003 0.072 113 S 0.019 0.860 0.003 0.003 0.005 0.013 0.005 0.091 114 G 0.064 0.854 0.002 0.002 0.004 0.006 0.007 0.062 115 M 0.031 0.911 0.004 0.002 0.006 0.005 0.006 0.036 116 R 0.062 0.817 0.006 0.003 0.005 0.009 0.027 0.071 117 S 0.284 0.442 0.024 0.004 0.004 0.008 0.109 0.125 118 Y 0.425 0.244 0.066 0.017 0.009 0.010 0.058 0.170 119 P 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.977 120 F 0.019 0.032 0.082 0.026 0.060 0.100 0.006 0.676 121 M 0.096 0.068 0.072 0.025 0.037 0.189 0.011 0.502 122 M 0.142 0.112 0.043 0.028 0.031 0.157 0.016 0.470 123 R 0.202 0.137 0.089 0.028 0.034 0.131 0.019 0.361 124 M 0.166 0.155 0.090 0.066 0.081 0.118 0.026 0.298 125 A 0.052 0.119 0.109 0.130 0.125 0.081 0.020 0.363 126 V 0.053 0.064 0.121 0.133 0.187 0.066 0.019 0.356 127 T 0.074 0.048 0.220 0.176 0.274 0.045 0.011 0.153 128 I 0.019 0.031 0.274 0.276 0.233 0.030 0.007 0.132 129 S 0.012 0.030 0.180 0.246 0.259 0.037 0.006 0.231 130 A 0.020 0.016 0.151 0.119 0.234 0.042 0.006 0.412 131 D 0.018 0.009 0.046 0.057 0.117 0.148 0.009 0.595 132 D 0.069 0.007 0.025 0.024 0.044 0.109 0.023 0.700 133 T 0.157 0.011 0.028 0.034 0.045 0.216 0.010 0.498 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 135 K 0.022 0.009 0.030 0.058 0.118 0.192 0.007 0.564 136 R 0.249 0.022 0.018 0.013 0.026 0.134 0.032 0.506 137 K 0.543 0.024 0.058 0.044 0.056 0.054 0.009 0.212 138 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 139 D 0.015 0.006 0.025 0.024 0.074 0.185 0.002 0.668 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 141 L 0.016 0.006 0.002 0.004 0.009 0.226 0.001 0.735 142 P 0.034 0.009 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.881 143 L 0.026 0.539 0.006 0.004 0.010 0.144 0.002 0.271 144 L 0.004 0.946 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.038 145 T 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 146 A 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 147 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 148 E 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 149 K 0.043 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 150 V 0.130 0.785 0.007 0.002 0.001 0.001 0.061 0.013 151 N 0.559 0.073 0.030 0.005 0.003 0.005 0.178 0.145 152 V 0.050 0.034 0.765 0.016 0.012 0.011 0.022 0.089 153 A 0.012 0.010 0.053 0.023 0.029 0.095 0.004 0.774 154 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 155 Q 0.006 0.002 0.074 0.023 0.041 0.389 0.003 0.463 156 N 0.625 0.002 0.066 0.010 0.007 0.127 0.018 0.146 157 A 0.435 0.015 0.234 0.036 0.047 0.044 0.007 0.181 158 L 0.010 0.004 0.805 0.068 0.058 0.012 0.002 0.042 159 F 0.006 0.006 0.520 0.089 0.114 0.036 0.002 0.227 160 I 0.003 0.004 0.729 0.054 0.131 0.014 0.002 0.063 161 G 0.004 0.012 0.380 0.061 0.116 0.079 0.004 0.344 162 D 0.033 0.007 0.266 0.026 0.061 0.144 0.012 0.452 163 S 0.059 0.008 0.076 0.011 0.022 0.250 0.007 0.566 164 V 0.101 0.009 0.045 0.007 0.015 0.307 0.010 0.506 165 S 0.045 0.014 0.017 0.003 0.006 0.619 0.006 0.290 166 D 0.146 0.061 0.014 0.004 0.009 0.275 0.009 0.482 167 E 0.029 0.135 0.014 0.003 0.011 0.257 0.004 0.548 168 Q 0.021 0.072 0.002 0.001 0.003 0.594 0.003 0.305 169 T 0.024 0.630 0.001 0.001 0.002 0.269 0.001 0.071 170 A 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 171 Q 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 172 A 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 173 A 0.101 0.860 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.003 174 N 0.838 0.021 0.003 0.002 0.001 0.001 0.122 0.011 175 V 0.033 0.022 0.882 0.011 0.008 0.008 0.009 0.028 176 D 0.008 0.029 0.373 0.074 0.077 0.061 0.010 0.368 177 F 0.009 0.006 0.360 0.019 0.034 0.051 0.005 0.516 178 G 0.003 0.002 0.932 0.026 0.015 0.007 0.001 0.013 179 L 0.001 0.001 0.936 0.021 0.013 0.005 0.001 0.022 180 A 0.002 0.002 0.805 0.043 0.081 0.008 0.002 0.057 181 V 0.003 0.003 0.705 0.055 0.084 0.031 0.001 0.117 182 W 0.006 0.005 0.236 0.050 0.085 0.093 0.005 0.519 183 G 0.042 0.004 0.127 0.024 0.061 0.105 0.015 0.623 184 M 0.140 0.004 0.098 0.016 0.033 0.138 0.021 0.549 185 D 0.062 0.004 0.025 0.023 0.027 0.152 0.007 0.700 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 187 N 0.008 0.003 0.007 0.008 0.028 0.379 0.002 0.566 188 A 0.268 0.007 0.006 0.003 0.006 0.176 0.008 0.525 189 D 0.110 0.088 0.008 0.006 0.012 0.176 0.004 0.595 190 H 0.154 0.128 0.015 0.009 0.021 0.129 0.009 0.535 191 Q 0.128 0.213 0.019 0.017 0.021 0.163 0.016 0.424 192 K 0.212 0.127 0.014 0.017 0.032 0.102 0.030 0.466 193 V 0.177 0.146 0.056 0.034 0.058 0.077 0.016 0.436 194 A 0.062 0.141 0.115 0.077 0.103 0.106 0.016 0.381 195 H 0.111 0.149 0.151 0.122 0.142 0.059 0.022 0.243 196 R 0.111 0.086 0.236 0.058 0.102 0.059 0.021 0.327 197 F 0.080 0.055 0.321 0.092 0.108 0.055 0.012 0.277 198 Q 0.031 0.033 0.140 0.048 0.068 0.179 0.014 0.488 199 K 0.059 0.017 0.042 0.012 0.034 0.133 0.008 0.695 200 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 201 L 0.008 0.005 0.006 0.002 0.007 0.267 0.002 0.703 202 D 0.054 0.020 0.002 0.001 0.002 0.504 0.003 0.414 203 I 0.090 0.556 0.002 0.002 0.006 0.046 0.002 0.296 204 L 0.009 0.873 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.102 205 E 0.016 0.889 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.078 206 L 0.067 0.892 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.026 207 F 0.080 0.869 0.003 0.002 0.003 0.002 0.013 0.029 208 K 0.051 0.785 0.019 0.007 0.008 0.011 0.020 0.099