# TARGET T0324 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2280 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.973 2 T 0.251 0.082 0.004 0.003 0.006 0.024 0.629 3 Y 0.281 0.007 0.002 0.001 0.020 0.004 0.686 4 Q 0.349 0.001 0.002 0.001 0.470 0.034 0.145 5 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 6 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 9 D 0.583 0.002 0.001 0.001 0.014 0.003 0.397 10 I 0.217 0.008 0.006 0.001 0.241 0.125 0.402 11 D 0.061 0.020 0.023 0.003 0.281 0.480 0.134 12 G 0.078 0.005 0.035 0.004 0.331 0.421 0.126 13 T 0.153 0.051 0.040 0.012 0.266 0.103 0.375 14 L 0.313 0.084 0.063 0.018 0.121 0.177 0.224 15 T 0.193 0.038 0.074 0.023 0.148 0.262 0.263 16 N 0.112 0.033 0.033 0.025 0.178 0.182 0.437 17 S 0.023 0.014 0.021 0.061 0.333 0.139 0.409 18 Q 0.008 0.005 0.010 0.478 0.211 0.032 0.255 19 P 0.001 0.001 0.007 0.928 0.017 0.018 0.027 20 A 0.002 0.001 0.005 0.970 0.005 0.007 0.010 21 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.003 0.003 22 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 25 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 28 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 31 T 0.001 0.001 0.003 0.929 0.003 0.063 0.002 32 Y 0.001 0.001 0.003 0.389 0.006 0.595 0.005 33 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.063 0.835 0.086 34 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.239 0.006 0.746 35 P 0.026 0.042 0.003 0.001 0.045 0.012 0.872 36 F 0.016 0.030 0.001 0.001 0.060 0.003 0.889 37 S 0.008 0.009 0.001 0.003 0.011 0.001 0.967 38 P 0.001 0.001 0.045 0.934 0.002 0.016 0.003 39 A 0.001 0.001 0.025 0.962 0.001 0.011 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.054 0.934 0.001 0.008 0.003 41 A 0.001 0.001 0.016 0.965 0.001 0.013 0.004 42 Q 0.002 0.001 0.022 0.923 0.004 0.042 0.007 43 K 0.001 0.001 0.017 0.849 0.005 0.118 0.009 44 T 0.001 0.001 0.018 0.689 0.020 0.229 0.042 45 F 0.005 0.005 0.008 0.166 0.260 0.095 0.462 46 P 0.006 0.006 0.018 0.116 0.111 0.132 0.609 47 M 0.007 0.009 0.018 0.305 0.263 0.088 0.309 48 A 0.009 0.013 0.018 0.436 0.064 0.044 0.415 49 A 0.001 0.001 0.016 0.946 0.003 0.012 0.021 50 E 0.001 0.001 0.011 0.975 0.001 0.006 0.006 51 Q 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.005 0.003 52 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.005 0.003 53 M 0.001 0.001 0.005 0.981 0.002 0.007 0.003 54 T 0.001 0.001 0.008 0.959 0.003 0.025 0.003 55 E 0.001 0.001 0.011 0.846 0.006 0.130 0.005 56 L 0.002 0.002 0.006 0.529 0.024 0.393 0.044 57 G 0.003 0.006 0.008 0.083 0.085 0.316 0.499 58 I 0.009 0.016 0.014 0.039 0.140 0.037 0.746 59 A 0.018 0.016 0.029 0.048 0.062 0.034 0.793 60 A 0.003 0.002 0.289 0.508 0.030 0.080 0.087 61 S 0.002 0.002 0.262 0.557 0.022 0.110 0.046 62 E 0.002 0.002 0.244 0.561 0.023 0.110 0.058 63 F 0.002 0.002 0.041 0.846 0.017 0.032 0.060 64 D 0.001 0.001 0.028 0.901 0.011 0.035 0.023 65 H 0.002 0.001 0.019 0.939 0.006 0.023 0.010 66 F 0.001 0.001 0.006 0.967 0.002 0.013 0.009 67 Q 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.008 0.005 68 A 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.011 0.003 69 Q 0.001 0.001 0.003 0.978 0.002 0.013 0.004 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 71 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 72 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.002 73 V 0.001 0.001 0.003 0.972 0.002 0.019 0.004 74 M 0.001 0.001 0.007 0.962 0.003 0.020 0.006 75 A 0.001 0.001 0.046 0.861 0.008 0.073 0.011 76 S 0.001 0.001 0.063 0.687 0.011 0.219 0.018 77 H 0.003 0.003 0.095 0.488 0.035 0.325 0.051 78 Y 0.010 0.009 0.125 0.245 0.208 0.145 0.259 79 D 0.008 0.001 0.186 0.115 0.125 0.430 0.135 80 Q 0.024 0.003 0.210 0.124 0.094 0.455 0.090 81 I 0.161 0.016 0.040 0.054 0.157 0.045 0.528 82 E 0.262 0.045 0.025 0.028 0.053 0.043 0.545 83 L 0.222 0.070 0.011 0.022 0.069 0.019 0.588 84 Y 0.060 0.016 0.004 0.008 0.047 0.009 0.856 85 P 0.011 0.004 0.047 0.170 0.175 0.552 0.041 86 G 0.007 0.008 0.026 0.198 0.090 0.578 0.093 87 I 0.001 0.002 0.015 0.880 0.009 0.015 0.078 88 T 0.001 0.001 0.003 0.975 0.003 0.003 0.016 89 S 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.003 0.002 90 L 0.001 0.001 0.018 0.974 0.001 0.005 0.001 91 F 0.001 0.001 0.056 0.929 0.001 0.012 0.001 92 E 0.001 0.001 0.058 0.699 0.002 0.237 0.003 93 Q 0.001 0.001 0.058 0.465 0.009 0.454 0.013 94 L 0.003 0.010 0.009 0.054 0.587 0.035 0.303 95 P 0.005 0.008 0.061 0.059 0.049 0.087 0.731 96 S 0.002 0.001 0.085 0.049 0.056 0.795 0.013 97 E 0.012 0.002 0.039 0.003 0.079 0.823 0.041 98 L 0.164 0.003 0.002 0.001 0.108 0.005 0.717 99 R 0.413 0.002 0.001 0.001 0.185 0.006 0.394 100 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 101 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 102 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 V 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 104 T 0.409 0.002 0.002 0.001 0.065 0.011 0.511 105 S 0.047 0.005 0.001 0.001 0.689 0.011 0.247 106 Q 0.024 0.022 0.010 0.016 0.531 0.044 0.354 107 R 0.021 0.011 0.051 0.122 0.186 0.177 0.432 108 R 0.006 0.004 0.093 0.611 0.052 0.112 0.122 109 N 0.004 0.001 0.049 0.834 0.033 0.051 0.027 110 E 0.007 0.002 0.029 0.900 0.007 0.034 0.020 111 L 0.010 0.002 0.011 0.934 0.005 0.017 0.021 112 E 0.011 0.001 0.011 0.936 0.007 0.014 0.021 113 S 0.008 0.001 0.014 0.937 0.006 0.026 0.008 114 G 0.006 0.001 0.020 0.920 0.006 0.038 0.011 115 M 0.010 0.007 0.052 0.849 0.016 0.050 0.016 116 R 0.007 0.002 0.086 0.593 0.018 0.266 0.029 117 S 0.005 0.002 0.075 0.435 0.054 0.408 0.023 118 Y 0.010 0.005 0.029 0.142 0.436 0.159 0.218 119 P 0.010 0.007 0.054 0.047 0.154 0.428 0.300 120 F 0.051 0.027 0.180 0.106 0.127 0.199 0.309 121 M 0.126 0.035 0.226 0.084 0.115 0.117 0.298 122 M 0.205 0.006 0.225 0.109 0.133 0.168 0.154 123 R 0.309 0.025 0.132 0.050 0.102 0.179 0.203 124 M 0.456 0.014 0.022 0.006 0.067 0.021 0.415 125 A 0.448 0.002 0.007 0.009 0.334 0.025 0.176 126 V 0.962 0.001 0.003 0.004 0.007 0.008 0.015 127 T 0.982 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 128 I 0.975 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 0.010 129 S 0.768 0.003 0.001 0.003 0.009 0.005 0.210 130 A 0.095 0.003 0.158 0.020 0.090 0.296 0.338 131 D 0.021 0.004 0.193 0.012 0.197 0.427 0.147 132 D 0.017 0.018 0.292 0.014 0.177 0.265 0.216 133 T 0.024 0.019 0.031 0.006 0.362 0.035 0.523 134 P 0.022 0.027 0.040 0.009 0.101 0.115 0.686 135 K 0.037 0.028 0.038 0.007 0.237 0.179 0.475 136 R 0.056 0.045 0.025 0.009 0.228 0.131 0.506 137 K 0.037 0.027 0.005 0.003 0.296 0.021 0.611 138 P 0.021 0.047 0.005 0.005 0.151 0.053 0.718 139 D 0.008 0.026 0.002 0.005 0.156 0.026 0.777 140 P 0.001 0.004 0.019 0.740 0.041 0.051 0.143 141 L 0.001 0.001 0.012 0.962 0.007 0.009 0.010 142 P 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.002 0.004 143 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 145 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 148 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 149 K 0.001 0.001 0.002 0.918 0.004 0.074 0.002 150 V 0.001 0.001 0.003 0.350 0.012 0.625 0.008 151 N 0.001 0.001 0.002 0.011 0.057 0.783 0.145 152 V 0.005 0.015 0.001 0.001 0.135 0.004 0.840 153 A 0.021 0.008 0.002 0.001 0.024 0.001 0.943 154 P 0.015 0.007 0.645 0.034 0.051 0.177 0.071 155 Q 0.020 0.001 0.537 0.012 0.078 0.291 0.061 156 N 0.102 0.002 0.314 0.013 0.203 0.199 0.167 157 A 0.879 0.009 0.010 0.006 0.013 0.013 0.070 158 L 0.975 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 159 F 0.988 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 160 I 0.951 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.037 161 G 0.634 0.004 0.005 0.003 0.095 0.031 0.229 162 D 0.164 0.016 0.009 0.005 0.270 0.054 0.481 163 S 0.049 0.017 0.017 0.014 0.359 0.102 0.442 164 V 0.016 0.007 0.086 0.261 0.214 0.217 0.200 165 S 0.011 0.006 0.059 0.491 0.093 0.173 0.167 166 D 0.012 0.004 0.032 0.677 0.033 0.049 0.193 167 E 0.001 0.001 0.006 0.974 0.002 0.012 0.005 168 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 169 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 171 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 172 A 0.001 0.001 0.002 0.962 0.002 0.033 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.419 0.003 0.574 0.002 174 N 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.946 0.025 175 V 0.030 0.003 0.001 0.001 0.049 0.006 0.912 176 D 0.270 0.002 0.002 0.001 0.318 0.005 0.403 177 F 0.958 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.029 178 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 179 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 180 A 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 181 V 0.591 0.004 0.001 0.001 0.041 0.008 0.353 182 W 0.251 0.012 0.006 0.003 0.267 0.070 0.390 183 G 0.066 0.026 0.008 0.002 0.284 0.114 0.500 184 M 0.036 0.024 0.009 0.003 0.357 0.081 0.489 185 D 0.013 0.021 0.005 0.004 0.313 0.033 0.611 186 P 0.010 0.010 0.061 0.034 0.224 0.305 0.356 187 N 0.011 0.014 0.151 0.072 0.148 0.327 0.278 188 A 0.009 0.007 0.259 0.109 0.162 0.163 0.292 189 D 0.014 0.010 0.217 0.152 0.099 0.216 0.292 190 H 0.034 0.016 0.189 0.164 0.131 0.208 0.259 191 Q 0.076 0.008 0.104 0.159 0.172 0.180 0.300 192 K 0.246 0.018 0.054 0.082 0.158 0.093 0.351 193 V 0.466 0.013 0.015 0.026 0.060 0.017 0.403 194 A 0.550 0.011 0.018 0.050 0.116 0.023 0.231 195 H 0.868 0.005 0.012 0.030 0.017 0.028 0.040 196 R 0.906 0.006 0.005 0.029 0.007 0.009 0.039 197 F 0.794 0.021 0.004 0.016 0.021 0.009 0.135 198 Q 0.399 0.015 0.004 0.011 0.211 0.029 0.331 199 K 0.099 0.013 0.001 0.002 0.304 0.005 0.576 200 P 0.002 0.001 0.261 0.661 0.005 0.047 0.023 201 L 0.001 0.001 0.252 0.690 0.005 0.046 0.005 202 D 0.001 0.001 0.304 0.652 0.003 0.030 0.009 203 I 0.002 0.001 0.096 0.877 0.001 0.019 0.004 204 L 0.002 0.001 0.078 0.897 0.002 0.017 0.003 205 E 0.003 0.001 0.097 0.848 0.004 0.044 0.003 206 L 0.003 0.001 0.056 0.776 0.009 0.139 0.016 207 F 0.018 0.030 0.028 0.419 0.021 0.112 0.372 208 K 0.002 0.001 0.003 0.014 0.002 0.006 0.972