# TARGET T0324 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2280 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.522 0.343 0.102 0.027 0.005 0.001 0.001 2 T 0.219 0.451 0.235 0.081 0.013 0.002 0.001 3 Y 0.001 0.007 0.046 0.276 0.502 0.165 0.003 4 Q 0.012 0.085 0.254 0.366 0.227 0.052 0.004 5 A 0.001 0.001 0.004 0.024 0.160 0.669 0.141 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.316 0.665 7 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.168 0.805 8 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.157 0.816 9 D 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.350 0.593 10 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.050 0.311 0.629 11 D 0.001 0.007 0.020 0.054 0.113 0.329 0.476 12 G 0.002 0.007 0.024 0.077 0.182 0.338 0.370 13 T 0.002 0.005 0.009 0.025 0.090 0.422 0.448 14 L 0.004 0.007 0.012 0.043 0.149 0.426 0.360 15 T 0.008 0.024 0.046 0.104 0.192 0.388 0.237 16 N 0.011 0.054 0.121 0.239 0.263 0.227 0.085 17 S 0.012 0.032 0.063 0.137 0.261 0.359 0.136 18 Q 0.041 0.146 0.202 0.246 0.206 0.129 0.031 19 P 0.128 0.230 0.218 0.176 0.132 0.086 0.030 20 A 0.031 0.090 0.166 0.239 0.241 0.188 0.046 21 Y 0.018 0.024 0.035 0.089 0.223 0.408 0.203 22 T 0.013 0.071 0.168 0.290 0.251 0.178 0.029 23 T 0.035 0.141 0.282 0.289 0.178 0.065 0.011 24 V 0.006 0.013 0.026 0.064 0.222 0.503 0.167 25 M 0.002 0.004 0.008 0.039 0.185 0.539 0.223 26 R 0.010 0.091 0.262 0.347 0.198 0.080 0.011 27 E 0.010 0.084 0.259 0.398 0.206 0.039 0.003 28 V 0.002 0.006 0.016 0.083 0.303 0.518 0.071 29 L 0.005 0.032 0.112 0.300 0.398 0.144 0.009 30 A 0.164 0.442 0.257 0.100 0.031 0.006 0.001 31 T 0.147 0.303 0.285 0.190 0.063 0.011 0.001 32 Y 0.040 0.110 0.251 0.339 0.202 0.055 0.003 33 G 0.349 0.328 0.180 0.093 0.039 0.011 0.001 34 K 0.270 0.232 0.220 0.179 0.082 0.016 0.001 35 P 0.469 0.309 0.126 0.060 0.026 0.009 0.001 36 F 0.079 0.110 0.181 0.305 0.232 0.087 0.006 37 S 0.322 0.326 0.202 0.102 0.037 0.010 0.001 38 P 0.360 0.336 0.187 0.086 0.025 0.005 0.001 39 A 0.575 0.263 0.096 0.044 0.017 0.004 0.001 40 Q 0.110 0.233 0.284 0.225 0.111 0.034 0.003 41 A 0.079 0.074 0.115 0.260 0.290 0.167 0.014 42 Q 0.099 0.268 0.304 0.224 0.082 0.021 0.001 43 K 0.141 0.292 0.282 0.181 0.075 0.025 0.003 44 T 0.035 0.054 0.091 0.207 0.301 0.267 0.045 45 F 0.041 0.076 0.166 0.266 0.260 0.162 0.029 46 P 0.273 0.342 0.192 0.103 0.052 0.030 0.009 47 M 0.204 0.290 0.229 0.152 0.086 0.034 0.006 48 A 0.097 0.187 0.203 0.212 0.172 0.110 0.020 49 A 0.040 0.055 0.092 0.199 0.288 0.266 0.060 50 E 0.096 0.219 0.282 0.238 0.119 0.041 0.005 51 Q 0.136 0.313 0.291 0.177 0.065 0.017 0.002 52 A 0.030 0.044 0.086 0.211 0.335 0.265 0.030 53 M 0.033 0.045 0.098 0.225 0.336 0.241 0.023 54 T 0.175 0.320 0.266 0.162 0.059 0.016 0.002 55 E 0.104 0.238 0.289 0.230 0.105 0.031 0.003 56 L 0.034 0.051 0.113 0.234 0.336 0.211 0.020 57 G 0.154 0.251 0.231 0.191 0.114 0.053 0.006 58 I 0.201 0.205 0.206 0.210 0.135 0.039 0.004 59 A 0.328 0.308 0.195 0.107 0.047 0.014 0.001 60 A 0.425 0.286 0.162 0.088 0.031 0.008 0.001 61 S 0.542 0.265 0.111 0.055 0.022 0.005 0.001 62 E 0.312 0.322 0.204 0.114 0.041 0.007 0.001 63 F 0.044 0.121 0.270 0.352 0.177 0.035 0.001 64 D 0.565 0.322 0.083 0.023 0.006 0.001 0.001 65 H 0.165 0.329 0.291 0.156 0.047 0.010 0.001 66 F 0.024 0.036 0.089 0.311 0.393 0.142 0.005 67 Q 0.085 0.278 0.339 0.207 0.071 0.017 0.001 68 A 0.469 0.379 0.114 0.030 0.007 0.002 0.001 69 Q 0.084 0.184 0.254 0.258 0.162 0.055 0.003 70 Y 0.031 0.044 0.094 0.243 0.361 0.213 0.013 71 E 0.113 0.273 0.308 0.210 0.076 0.019 0.001 72 D 0.315 0.429 0.183 0.058 0.013 0.003 0.001 73 V 0.035 0.084 0.164 0.313 0.278 0.118 0.008 74 M 0.033 0.050 0.099 0.226 0.328 0.242 0.022 75 A 0.147 0.292 0.285 0.186 0.073 0.016 0.001 76 S 0.292 0.386 0.202 0.087 0.026 0.005 0.001 77 H 0.050 0.138 0.217 0.282 0.219 0.089 0.005 78 Y 0.039 0.078 0.186 0.325 0.284 0.083 0.004 79 D 0.448 0.373 0.132 0.038 0.008 0.001 0.001 80 Q 0.287 0.360 0.217 0.102 0.027 0.006 0.001 81 I 0.031 0.063 0.138 0.287 0.323 0.149 0.009 82 E 0.117 0.324 0.289 0.167 0.073 0.025 0.004 83 L 0.017 0.060 0.127 0.280 0.338 0.163 0.014 84 Y 0.014 0.094 0.213 0.335 0.251 0.086 0.007 85 P 0.103 0.341 0.291 0.158 0.076 0.026 0.004 86 G 0.018 0.166 0.322 0.301 0.141 0.047 0.006 87 I 0.001 0.002 0.009 0.074 0.356 0.494 0.065 88 T 0.006 0.093 0.315 0.366 0.172 0.045 0.003 89 S 0.031 0.321 0.381 0.198 0.057 0.011 0.001 90 L 0.001 0.006 0.024 0.115 0.367 0.457 0.031 91 F 0.001 0.004 0.023 0.164 0.501 0.293 0.015 92 E 0.026 0.404 0.391 0.144 0.029 0.005 0.001 93 Q 0.012 0.194 0.422 0.310 0.056 0.005 0.001 94 L 0.001 0.005 0.034 0.202 0.500 0.254 0.005 95 P 0.027 0.192 0.390 0.307 0.079 0.003 0.001 96 S 0.295 0.512 0.155 0.033 0.005 0.001 0.001 97 E 0.106 0.510 0.300 0.076 0.008 0.001 0.001 98 L 0.001 0.004 0.040 0.294 0.518 0.142 0.002 99 R 0.001 0.022 0.111 0.313 0.394 0.146 0.014 100 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.076 0.589 0.326 101 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.302 0.682 102 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.160 0.825 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.166 0.823 104 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.053 0.448 0.492 105 S 0.001 0.003 0.026 0.142 0.364 0.385 0.080 106 Q 0.014 0.140 0.239 0.263 0.203 0.110 0.032 107 R 0.045 0.199 0.244 0.258 0.164 0.077 0.012 108 R 0.027 0.113 0.212 0.293 0.243 0.103 0.009 109 N 0.241 0.313 0.237 0.126 0.059 0.020 0.004 110 E 0.064 0.275 0.337 0.211 0.081 0.028 0.004 111 L 0.006 0.011 0.032 0.154 0.389 0.373 0.035 112 E 0.035 0.169 0.299 0.295 0.148 0.050 0.005 113 S 0.152 0.415 0.267 0.116 0.036 0.012 0.002 114 G 0.022 0.089 0.198 0.333 0.258 0.095 0.005 115 M 0.011 0.021 0.074 0.237 0.419 0.222 0.015 116 R 0.227 0.408 0.245 0.094 0.021 0.004 0.001 117 S 0.282 0.375 0.199 0.096 0.034 0.013 0.002 118 Y 0.047 0.107 0.216 0.304 0.239 0.081 0.006 119 P 0.225 0.415 0.219 0.092 0.035 0.012 0.002 120 F 0.022 0.029 0.072 0.229 0.368 0.245 0.034 121 M 0.044 0.178 0.249 0.246 0.177 0.094 0.011 122 M 0.063 0.235 0.269 0.225 0.139 0.058 0.011 123 R 0.015 0.053 0.131 0.265 0.309 0.188 0.039 124 M 0.003 0.006 0.014 0.052 0.184 0.515 0.226 125 A 0.013 0.059 0.146 0.279 0.262 0.189 0.052 126 V 0.008 0.018 0.049 0.119 0.238 0.407 0.160 127 T 0.005 0.012 0.019 0.043 0.139 0.447 0.336 128 I 0.006 0.009 0.016 0.051 0.167 0.471 0.281 129 S 0.018 0.038 0.070 0.158 0.271 0.315 0.130 130 A 0.029 0.066 0.118 0.227 0.297 0.215 0.049 131 D 0.146 0.284 0.247 0.180 0.092 0.040 0.010 132 D 0.192 0.311 0.240 0.158 0.072 0.023 0.004 133 T 0.195 0.174 0.186 0.212 0.162 0.063 0.008 134 P 0.460 0.269 0.144 0.079 0.035 0.012 0.002 135 K 0.315 0.264 0.209 0.130 0.059 0.019 0.003 136 R 0.162 0.272 0.237 0.187 0.093 0.043 0.006 137 K 0.036 0.090 0.143 0.229 0.270 0.197 0.034 138 P 0.020 0.060 0.128 0.237 0.271 0.224 0.061 139 D 0.042 0.119 0.169 0.208 0.195 0.180 0.086 140 P 0.020 0.067 0.120 0.211 0.264 0.244 0.074 141 L 0.045 0.143 0.236 0.245 0.197 0.106 0.028 142 P 0.007 0.023 0.048 0.103 0.237 0.437 0.145 143 L 0.002 0.005 0.009 0.035 0.155 0.494 0.299 144 L 0.009 0.067 0.195 0.319 0.248 0.144 0.020 145 T 0.007 0.067 0.234 0.383 0.240 0.063 0.005 146 A 0.002 0.004 0.010 0.055 0.261 0.595 0.073 147 L 0.003 0.015 0.060 0.242 0.459 0.209 0.012 148 E 0.094 0.428 0.306 0.127 0.036 0.008 0.001 149 K 0.055 0.243 0.358 0.253 0.077 0.014 0.001 150 V 0.005 0.024 0.097 0.279 0.388 0.194 0.012 151 N 0.215 0.453 0.210 0.081 0.031 0.010 0.001 152 V 0.023 0.059 0.158 0.336 0.333 0.087 0.003 153 A 0.157 0.410 0.254 0.122 0.046 0.011 0.001 154 P 0.026 0.111 0.221 0.366 0.219 0.054 0.003 155 Q 0.035 0.176 0.229 0.257 0.209 0.084 0.009 156 N 0.004 0.030 0.132 0.348 0.350 0.123 0.013 157 A 0.001 0.001 0.007 0.038 0.167 0.577 0.211 158 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.424 0.532 159 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.293 0.642 160 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.206 0.774 161 G 0.001 0.001 0.005 0.031 0.136 0.429 0.398 162 D 0.001 0.003 0.014 0.063 0.221 0.502 0.197 163 S 0.002 0.015 0.046 0.117 0.265 0.414 0.142 164 V 0.023 0.074 0.140 0.225 0.264 0.218 0.057 165 S 0.035 0.108 0.159 0.195 0.197 0.207 0.099 166 D 0.038 0.058 0.088 0.165 0.245 0.274 0.131 167 E 0.058 0.127 0.187 0.229 0.199 0.159 0.041 168 Q 0.145 0.257 0.239 0.182 0.111 0.052 0.014 169 T 0.033 0.044 0.080 0.158 0.248 0.321 0.116 170 A 0.017 0.021 0.035 0.115 0.295 0.392 0.126 171 Q 0.043 0.237 0.303 0.238 0.110 0.055 0.013 172 A 0.043 0.150 0.196 0.264 0.224 0.107 0.016 173 A 0.007 0.036 0.094 0.194 0.322 0.265 0.082 174 N 0.022 0.203 0.304 0.283 0.117 0.053 0.018 175 V 0.001 0.002 0.011 0.071 0.317 0.468 0.130 176 D 0.001 0.005 0.036 0.164 0.368 0.337 0.089 177 F 0.001 0.001 0.003 0.012 0.060 0.428 0.495 178 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.205 0.771 179 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.045 0.235 0.711 180 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.330 0.615 181 V 0.001 0.005 0.021 0.100 0.272 0.463 0.139 182 W 0.002 0.019 0.072 0.209 0.362 0.299 0.038 183 G 0.044 0.143 0.218 0.260 0.213 0.107 0.014 184 M 0.118 0.174 0.221 0.244 0.172 0.067 0.005 185 D 0.249 0.280 0.229 0.155 0.067 0.019 0.002 186 P 0.464 0.277 0.143 0.078 0.029 0.008 0.001 187 N 0.533 0.248 0.120 0.066 0.026 0.007 0.001 188 A 0.626 0.229 0.085 0.040 0.015 0.004 0.001 189 D 0.499 0.282 0.138 0.060 0.017 0.003 0.001 190 H 0.278 0.298 0.226 0.137 0.049 0.011 0.001 191 Q 0.355 0.286 0.191 0.111 0.045 0.011 0.001 192 K 0.257 0.322 0.227 0.128 0.051 0.014 0.002 193 V 0.049 0.067 0.146 0.294 0.296 0.136 0.011 194 A 0.074 0.204 0.268 0.241 0.142 0.064 0.007 195 H 0.027 0.074 0.150 0.247 0.291 0.185 0.027 196 R 0.025 0.104 0.194 0.282 0.256 0.128 0.012 197 F 0.019 0.039 0.100 0.244 0.368 0.217 0.013 198 Q 0.177 0.371 0.262 0.128 0.048 0.013 0.001 199 K 0.067 0.253 0.303 0.240 0.106 0.030 0.002 200 P 0.012 0.027 0.063 0.218 0.387 0.272 0.021 201 L 0.170 0.356 0.264 0.151 0.049 0.010 0.001 202 D 0.068 0.275 0.374 0.217 0.055 0.010 0.001 203 I 0.028 0.025 0.047 0.181 0.404 0.301 0.014 204 L 0.062 0.151 0.302 0.318 0.142 0.024 0.001 205 E 0.405 0.458 0.106 0.025 0.005 0.001 0.001 206 L 0.148 0.215 0.301 0.240 0.082 0.015 0.001 207 F 0.109 0.092 0.170 0.301 0.250 0.073 0.004 208 K 0.628 0.248 0.085 0.030 0.008 0.002 0.001