# TARGET T0323 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.016 0.083 0.044 0.105 0.125 0.083 0.524 2 R 0.040 0.017 0.094 0.112 0.140 0.142 0.130 0.325 3 Y 0.073 0.022 0.061 0.048 0.076 0.125 0.127 0.466 4 F 0.096 0.024 0.040 0.024 0.041 0.130 0.133 0.512 5 S 0.114 0.041 0.029 0.015 0.020 0.143 0.121 0.516 6 T 0.022 0.050 0.013 0.005 0.006 0.138 0.042 0.724 7 D 0.070 0.413 0.008 0.003 0.004 0.066 0.043 0.393 8 S 0.230 0.588 0.003 0.001 0.001 0.029 0.056 0.091 9 P 0.044 0.245 0.008 0.003 0.003 0.047 0.470 0.179 10 E 0.026 0.706 0.005 0.002 0.003 0.023 0.149 0.086 11 V 0.035 0.872 0.004 0.001 0.002 0.014 0.023 0.050 12 K 0.029 0.772 0.019 0.007 0.009 0.022 0.038 0.104 13 T 0.075 0.614 0.027 0.005 0.009 0.035 0.080 0.154 14 I 0.147 0.330 0.047 0.007 0.007 0.049 0.258 0.156 15 V 0.175 0.254 0.037 0.005 0.006 0.075 0.187 0.261 16 A 0.031 0.146 0.017 0.003 0.003 0.079 0.090 0.630 17 Q 0.020 0.346 0.008 0.001 0.001 0.046 0.106 0.472 18 D 0.084 0.828 0.003 0.001 0.001 0.008 0.047 0.030 19 S 0.034 0.739 0.005 0.001 0.001 0.023 0.083 0.114 20 R 0.009 0.935 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 0.035 21 L 0.016 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.008 22 F 0.009 0.943 0.005 0.001 0.001 0.003 0.026 0.012 23 Q 0.015 0.913 0.008 0.001 0.001 0.005 0.033 0.025 24 F 0.082 0.636 0.053 0.002 0.002 0.014 0.164 0.047 25 I 0.152 0.299 0.114 0.009 0.008 0.037 0.229 0.153 26 E 0.098 0.064 0.066 0.005 0.005 0.060 0.073 0.629 27 I 0.073 0.023 0.024 0.003 0.004 0.081 0.032 0.760 28 A 0.084 0.009 0.036 0.005 0.005 0.097 0.037 0.725 29 G 0.100 0.006 0.012 0.005 0.008 0.098 0.022 0.748 30 E 0.047 0.003 0.019 0.005 0.008 0.086 0.023 0.807 31 V 0.011 0.002 0.044 0.027 0.029 0.138 0.031 0.719 32 Q 0.021 0.002 0.038 0.020 0.038 0.112 0.056 0.714 33 L 0.096 0.002 0.029 0.031 0.026 0.098 0.038 0.679 34 P 0.033 0.002 0.030 0.021 0.029 0.098 0.022 0.765 35 T 0.046 0.006 0.013 0.006 0.011 0.115 0.026 0.778 36 K 0.028 0.025 0.013 0.011 0.015 0.170 0.027 0.711 37 P 0.015 0.044 0.005 0.002 0.002 0.069 0.032 0.832 38 N 0.040 0.564 0.002 0.002 0.001 0.019 0.323 0.049 39 P 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 40 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.002 0.778 0.001 0.001 0.001 0.002 0.210 0.005 42 S 0.001 0.150 0.001 0.001 0.001 0.001 0.847 0.001 43 L 0.001 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 44 V 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 45 S 0.002 0.908 0.005 0.001 0.002 0.004 0.065 0.012 46 S 0.005 0.925 0.004 0.001 0.001 0.005 0.050 0.008 47 I 0.021 0.896 0.018 0.002 0.002 0.005 0.041 0.014 48 V 0.120 0.616 0.016 0.004 0.008 0.034 0.099 0.103 49 E 0.035 0.204 0.019 0.005 0.007 0.047 0.483 0.201 50 Q 0.006 0.722 0.012 0.004 0.006 0.026 0.072 0.153 51 Q 0.012 0.814 0.011 0.005 0.008 0.028 0.012 0.109 52 L 0.012 0.693 0.024 0.016 0.008 0.037 0.057 0.152 53 S 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 54 I 0.061 0.675 0.006 0.001 0.001 0.004 0.235 0.017 55 K 0.008 0.841 0.004 0.003 0.001 0.010 0.095 0.038 56 A 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.022 57 A 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.011 58 S 0.007 0.885 0.002 0.001 0.001 0.004 0.078 0.022 59 A 0.007 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 0.025 60 I 0.007 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.006 61 Y 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 62 G 0.003 0.936 0.003 0.001 0.001 0.003 0.034 0.021 63 R 0.005 0.948 0.007 0.001 0.001 0.003 0.026 0.010 64 V 0.056 0.793 0.019 0.002 0.001 0.007 0.103 0.018 65 E 0.130 0.383 0.094 0.008 0.006 0.030 0.204 0.145 66 Q 0.121 0.131 0.059 0.005 0.005 0.064 0.077 0.538 67 L 0.179 0.050 0.045 0.005 0.005 0.095 0.055 0.566 68 V 0.092 0.024 0.016 0.005 0.006 0.098 0.037 0.721 69 G 0.036 0.010 0.007 0.002 0.004 0.071 0.014 0.856 70 G 0.063 0.027 0.012 0.009 0.009 0.098 0.039 0.743 71 A 0.137 0.057 0.016 0.007 0.007 0.107 0.051 0.618 72 L 0.069 0.064 0.015 0.006 0.006 0.105 0.030 0.705 73 E 0.033 0.100 0.013 0.005 0.004 0.077 0.024 0.744 74 K 0.127 0.674 0.007 0.002 0.002 0.024 0.028 0.135 75 P 0.109 0.787 0.004 0.001 0.001 0.013 0.016 0.068 76 E 0.051 0.639 0.023 0.004 0.005 0.024 0.072 0.182 77 Q 0.145 0.576 0.013 0.003 0.004 0.033 0.050 0.176 78 L 0.125 0.099 0.019 0.003 0.004 0.035 0.602 0.113 79 Y 0.047 0.346 0.013 0.003 0.004 0.056 0.215 0.317 80 R 0.025 0.351 0.007 0.002 0.003 0.060 0.040 0.513 81 V 0.012 0.541 0.007 0.003 0.002 0.050 0.031 0.354 82 S 0.023 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 83 D 0.031 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 84 E 0.014 0.918 0.019 0.001 0.001 0.005 0.017 0.025 85 A 0.095 0.790 0.029 0.001 0.001 0.011 0.026 0.047 86 L 0.287 0.080 0.281 0.003 0.003 0.033 0.212 0.101 87 R 0.677 0.032 0.020 0.001 0.001 0.024 0.021 0.224 88 Q 0.072 0.003 0.005 0.001 0.001 0.027 0.034 0.858 89 A 0.003 0.009 0.014 0.002 0.003 0.146 0.017 0.807 90 G 0.016 0.029 0.013 0.004 0.009 0.121 0.019 0.789 91 V 0.036 0.112 0.017 0.011 0.003 0.080 0.034 0.708 92 S 0.046 0.861 0.005 0.001 0.002 0.008 0.031 0.045 93 K 0.033 0.880 0.003 0.001 0.001 0.009 0.021 0.051 94 R 0.004 0.840 0.012 0.005 0.003 0.010 0.071 0.054 95 K 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 96 I 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 97 E 0.001 0.859 0.003 0.001 0.001 0.001 0.129 0.005 98 Y 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 99 I 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 100 R 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 101 H 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.014 102 V 0.007 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.005 103 C 0.017 0.939 0.004 0.001 0.001 0.003 0.026 0.011 104 E 0.026 0.489 0.027 0.005 0.003 0.024 0.235 0.191 105 H 0.026 0.151 0.106 0.005 0.006 0.052 0.524 0.129 106 V 0.562 0.054 0.079 0.007 0.005 0.036 0.162 0.095 107 E 0.394 0.009 0.008 0.003 0.003 0.044 0.015 0.526 108 S 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.046 0.003 0.940 109 G 0.012 0.011 0.014 0.004 0.010 0.162 0.015 0.772 110 R 0.040 0.015 0.023 0.026 0.015 0.164 0.057 0.661 111 L 0.028 0.042 0.022 0.015 0.009 0.097 0.028 0.760 112 D 0.152 0.522 0.016 0.007 0.010 0.028 0.047 0.219 113 F 0.201 0.494 0.023 0.008 0.006 0.032 0.044 0.193 114 T 0.049 0.270 0.095 0.026 0.021 0.042 0.148 0.349 115 E 0.269 0.282 0.027 0.010 0.011 0.058 0.042 0.302 116 L 0.484 0.078 0.033 0.008 0.009 0.074 0.061 0.254 117 E 0.074 0.076 0.008 0.003 0.006 0.079 0.037 0.716 118 G 0.040 0.049 0.004 0.001 0.003 0.055 0.087 0.760 119 A 0.013 0.082 0.006 0.006 0.004 0.129 0.210 0.550 120 E 0.028 0.721 0.003 0.002 0.002 0.027 0.071 0.146 121 A 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 122 T 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 123 T 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 124 V 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 125 I 0.016 0.051 0.011 0.001 0.001 0.002 0.915 0.004 126 E 0.014 0.496 0.009 0.003 0.002 0.016 0.365 0.094 127 K 0.096 0.366 0.025 0.003 0.007 0.033 0.067 0.404 128 L 0.136 0.137 0.033 0.020 0.015 0.113 0.101 0.445 129 T 0.046 0.022 0.028 0.015 0.020 0.101 0.061 0.706 130 A 0.088 0.007 0.010 0.003 0.004 0.117 0.018 0.752 131 I 0.215 0.009 0.039 0.013 0.011 0.157 0.084 0.472 132 K 0.034 0.005 0.028 0.004 0.008 0.150 0.022 0.748 133 G 0.018 0.011 0.044 0.003 0.008 0.105 0.028 0.784 134 I 0.031 0.036 0.084 0.013 0.008 0.096 0.127 0.605 135 G 0.099 0.371 0.028 0.007 0.007 0.056 0.194 0.237 136 Q 0.018 0.646 0.014 0.003 0.004 0.042 0.073 0.200 137 W 0.002 0.918 0.005 0.003 0.003 0.008 0.021 0.039 138 T 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 139 A 0.001 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 140 E 0.001 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.154 0.001 141 M 0.002 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.002 142 F 0.010 0.601 0.055 0.007 0.011 0.006 0.302 0.009 143 M 0.032 0.378 0.067 0.013 0.014 0.020 0.441 0.036 144 M 0.100 0.217 0.078 0.012 0.014 0.059 0.274 0.246 145 F 0.178 0.080 0.038 0.018 0.019 0.095 0.119 0.454 146 S 0.089 0.020 0.021 0.007 0.009 0.150 0.078 0.626 147 L 0.015 0.007 0.025 0.007 0.010 0.193 0.056 0.686 148 G 0.050 0.013 0.031 0.009 0.015 0.176 0.056 0.650 149 R 0.183 0.017 0.020 0.009 0.011 0.152 0.071 0.538 150 L 0.029 0.010 0.045 0.009 0.016 0.140 0.067 0.684 151 D 0.028 0.019 0.168 0.017 0.041 0.144 0.104 0.479 152 V 0.014 0.013 0.133 0.019 0.026 0.138 0.065 0.593 153 L 0.032 0.032 0.346 0.035 0.031 0.101 0.059 0.364 154 S 0.156 0.210 0.138 0.015 0.026 0.089 0.100 0.266 155 V 0.046 0.258 0.110 0.017 0.024 0.106 0.096 0.344 156 G 0.043 0.619 0.022 0.007 0.013 0.043 0.048 0.206 157 D 0.024 0.805 0.008 0.003 0.004 0.018 0.085 0.053 158 V 0.004 0.892 0.008 0.004 0.005 0.011 0.041 0.035 159 G 0.005 0.927 0.004 0.002 0.004 0.003 0.044 0.010 160 L 0.006 0.904 0.002 0.001 0.001 0.003 0.077 0.005 161 Q 0.003 0.874 0.004 0.002 0.002 0.002 0.106 0.007 162 R 0.003 0.962 0.002 0.001 0.002 0.002 0.019 0.008 163 G 0.020 0.896 0.011 0.002 0.003 0.006 0.049 0.012 164 A 0.058 0.655 0.036 0.013 0.010 0.015 0.169 0.044 165 K 0.109 0.352 0.031 0.012 0.015 0.044 0.125 0.312 166 W 0.126 0.100 0.048 0.012 0.013 0.106 0.151 0.443 167 L 0.078 0.041 0.061 0.026 0.028 0.151 0.139 0.477 168 Y 0.085 0.015 0.020 0.009 0.016 0.115 0.037 0.704 169 G 0.050 0.009 0.015 0.011 0.016 0.113 0.047 0.739 170 N 0.087 0.012 0.014 0.011 0.015 0.139 0.037 0.685 171 G 0.081 0.016 0.012 0.009 0.014 0.135 0.046 0.689 172 E 0.050 0.028 0.007 0.005 0.007 0.133 0.017 0.752 173 G 0.072 0.111 0.011 0.007 0.009 0.111 0.026 0.653 174 D 0.039 0.349 0.005 0.006 0.007 0.071 0.023 0.499 175 G 0.018 0.912 0.002 0.001 0.002 0.006 0.023 0.036 176 K 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 177 K 0.005 0.922 0.006 0.006 0.006 0.004 0.030 0.020 178 L 0.007 0.928 0.003 0.003 0.005 0.004 0.038 0.012 179 L 0.041 0.673 0.013 0.004 0.007 0.007 0.239 0.016 180 I 0.029 0.797 0.010 0.012 0.008 0.009 0.087 0.046 181 Y 0.072 0.475 0.017 0.010 0.014 0.031 0.084 0.296 182 H 0.107 0.158 0.039 0.020 0.015 0.059 0.333 0.269 183 G 0.426 0.105 0.011 0.009 0.011 0.047 0.065 0.327 184 K 0.174 0.015 0.005 0.002 0.003 0.057 0.019 0.726 185 A 0.009 0.018 0.008 0.004 0.005 0.112 0.022 0.823 186 W 0.045 0.036 0.008 0.002 0.004 0.092 0.015 0.798 187 A 0.069 0.037 0.014 0.008 0.004 0.102 0.297 0.469 188 P 0.033 0.395 0.012 0.002 0.002 0.054 0.205 0.297 189 Y 0.020 0.844 0.003 0.001 0.001 0.018 0.038 0.076 190 E 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 191 T 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 192 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 193 A 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 194 C 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 195 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 196 Y 0.001 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 197 L 0.004 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.052 0.003 198 W 0.029 0.851 0.010 0.002 0.002 0.005 0.082 0.019 199 K 0.055 0.217 0.011 0.005 0.004 0.034 0.528 0.146 200 A 0.023 0.299 0.013 0.004 0.004 0.053 0.381 0.223 201 A 0.035 0.543 0.008 0.003 0.006 0.053 0.057 0.294 202 G 0.048 0.456 0.017 0.011 0.013 0.072 0.044 0.340 203 T 0.051 0.526 0.015 0.011 0.011 0.061 0.037 0.288 204 F 0.074 0.721 0.015 0.006 0.007 0.025 0.034 0.118 205 A 0.131 0.524 0.020 0.008 0.010 0.034 0.073 0.199 206 E 0.087 0.217 0.050 0.020 0.015 0.058 0.213 0.340 207 E 0.076 0.256 0.032 0.014 0.016 0.067 0.119 0.420 208 Y 0.127 0.182 0.035 0.013 0.017 0.082 0.046 0.498 209 R 0.051 0.109 0.017 0.016 0.018 0.089 0.031 0.669 210 S 0.073 0.217 0.008 0.006 0.009 0.061 0.038 0.588 211 L 0.146 0.267 0.014 0.011 0.011 0.075 0.071 0.405 212 E 0.151 0.173 0.020 0.017 0.015 0.092 0.082 0.451 213 E 0.153 0.086 0.023 0.011 0.014 0.090 0.097 0.527 214 L 0.076 0.039 0.035 0.014 0.019 0.142 0.063 0.610 215 L 0.085 0.021 0.026 0.011 0.018 0.131 0.069 0.639 216 H 0.083 0.019 0.018 0.009 0.012 0.129 0.052 0.679 217 H 0.125 0.027 0.016 0.010 0.018 0.130 0.045 0.629 218 G 0.080 0.021 0.017 0.012 0.026 0.113 0.045 0.686 219 N 0.038 0.019 0.036 0.039 0.067 0.147 0.054 0.600 220 Q 0.025 0.017 0.040 0.054 0.096 0.120 0.068 0.579 221 C 0.039 0.019 0.039 0.083 0.096 0.099 0.064 0.561