# TARGET T0323 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.263 0.227 0.209 0.164 0.092 0.041 0.004 2 R 0.090 0.090 0.124 0.217 0.264 0.190 0.024 3 Y 0.141 0.215 0.188 0.198 0.152 0.092 0.013 4 F 0.069 0.044 0.076 0.165 0.267 0.302 0.077 5 S 0.257 0.277 0.185 0.136 0.084 0.048 0.013 6 T 0.184 0.222 0.230 0.198 0.112 0.046 0.009 7 D 0.130 0.139 0.156 0.204 0.219 0.137 0.015 8 S 0.196 0.228 0.223 0.200 0.109 0.039 0.004 9 P 0.370 0.361 0.160 0.071 0.027 0.010 0.001 10 E 0.100 0.139 0.200 0.240 0.211 0.100 0.010 11 V 0.055 0.087 0.138 0.257 0.283 0.163 0.018 12 K 0.266 0.297 0.201 0.136 0.070 0.026 0.003 13 T 0.209 0.270 0.239 0.177 0.079 0.024 0.002 14 I 0.063 0.080 0.108 0.213 0.283 0.225 0.027 15 V 0.090 0.124 0.178 0.240 0.224 0.128 0.016 16 A 0.203 0.322 0.217 0.143 0.076 0.033 0.006 17 Q 0.070 0.176 0.211 0.255 0.189 0.087 0.012 18 D 0.038 0.118 0.230 0.273 0.227 0.101 0.012 19 S 0.259 0.408 0.206 0.084 0.030 0.011 0.002 20 R 0.029 0.095 0.202 0.315 0.268 0.082 0.008 21 L 0.009 0.021 0.053 0.166 0.381 0.340 0.030 22 F 0.077 0.304 0.307 0.209 0.080 0.022 0.002 23 Q 0.100 0.325 0.308 0.183 0.065 0.017 0.001 24 F 0.017 0.033 0.064 0.183 0.374 0.305 0.024 25 I 0.029 0.063 0.161 0.320 0.280 0.132 0.015 26 E 0.307 0.380 0.189 0.081 0.030 0.011 0.002 27 I 0.198 0.300 0.250 0.164 0.069 0.018 0.002 28 A 0.103 0.134 0.180 0.261 0.210 0.098 0.013 29 G 0.277 0.261 0.199 0.138 0.083 0.037 0.006 30 E 0.293 0.261 0.178 0.152 0.082 0.029 0.004 31 V 0.199 0.189 0.171 0.201 0.157 0.072 0.011 32 Q 0.207 0.229 0.202 0.180 0.117 0.055 0.010 33 L 0.106 0.100 0.132 0.223 0.241 0.165 0.032 34 P 0.137 0.190 0.201 0.224 0.167 0.070 0.012 35 T 0.228 0.250 0.205 0.174 0.100 0.038 0.007 36 K 0.221 0.229 0.191 0.176 0.119 0.055 0.009 37 P 0.150 0.231 0.213 0.202 0.135 0.060 0.009 38 N 0.098 0.197 0.219 0.241 0.167 0.065 0.013 39 P 0.034 0.058 0.085 0.189 0.275 0.284 0.075 40 F 0.019 0.025 0.034 0.082 0.217 0.439 0.184 41 Q 0.021 0.053 0.122 0.236 0.287 0.218 0.063 42 S 0.019 0.041 0.078 0.152 0.255 0.345 0.109 43 L 0.005 0.006 0.008 0.030 0.092 0.375 0.484 44 V 0.003 0.006 0.012 0.039 0.107 0.368 0.465 45 S 0.019 0.044 0.086 0.177 0.240 0.275 0.159 46 S 0.011 0.015 0.027 0.067 0.185 0.386 0.309 47 I 0.005 0.005 0.010 0.031 0.080 0.366 0.502 48 V 0.015 0.021 0.045 0.095 0.195 0.393 0.235 49 E 0.019 0.054 0.081 0.178 0.255 0.274 0.140 50 Q 0.010 0.019 0.035 0.095 0.248 0.420 0.175 51 Q 0.021 0.051 0.079 0.144 0.223 0.361 0.119 52 L 0.024 0.067 0.118 0.244 0.267 0.208 0.073 53 S 0.034 0.094 0.098 0.178 0.257 0.256 0.084 54 I 0.009 0.038 0.112 0.248 0.355 0.214 0.025 55 K 0.085 0.289 0.289 0.219 0.085 0.028 0.003 56 A 0.010 0.043 0.128 0.279 0.335 0.176 0.029 57 A 0.001 0.004 0.009 0.044 0.240 0.592 0.109 58 S 0.006 0.103 0.307 0.381 0.163 0.036 0.003 59 A 0.017 0.210 0.385 0.287 0.079 0.020 0.002 60 I 0.001 0.005 0.011 0.051 0.260 0.592 0.080 61 Y 0.001 0.003 0.020 0.151 0.448 0.357 0.020 62 G 0.012 0.296 0.445 0.186 0.051 0.009 0.001 63 R 0.005 0.050 0.261 0.468 0.189 0.027 0.001 64 V 0.001 0.003 0.007 0.047 0.329 0.577 0.036 65 E 0.010 0.096 0.284 0.402 0.177 0.030 0.002 66 Q 0.196 0.521 0.192 0.066 0.019 0.006 0.001 67 L 0.022 0.119 0.330 0.369 0.136 0.023 0.001 68 V 0.040 0.084 0.158 0.332 0.305 0.078 0.003 69 G 0.359 0.352 0.155 0.084 0.039 0.010 0.001 70 G 0.453 0.334 0.136 0.056 0.016 0.004 0.001 71 A 0.328 0.271 0.197 0.136 0.053 0.014 0.001 72 L 0.311 0.250 0.191 0.135 0.084 0.028 0.003 73 E 0.349 0.247 0.175 0.142 0.064 0.019 0.002 74 K 0.250 0.265 0.197 0.158 0.094 0.032 0.003 75 P 0.150 0.178 0.202 0.237 0.162 0.064 0.008 76 E 0.434 0.331 0.130 0.066 0.028 0.010 0.001 77 Q 0.143 0.250 0.266 0.204 0.100 0.033 0.005 78 L 0.061 0.084 0.126 0.243 0.296 0.171 0.019 79 Y 0.090 0.206 0.233 0.245 0.149 0.066 0.010 80 R 0.321 0.371 0.182 0.080 0.031 0.013 0.002 81 V 0.076 0.180 0.239 0.264 0.171 0.060 0.009 82 S 0.065 0.104 0.146 0.209 0.260 0.191 0.024 83 D 0.133 0.225 0.244 0.249 0.118 0.028 0.002 84 E 0.370 0.416 0.142 0.050 0.017 0.005 0.001 85 A 0.058 0.144 0.263 0.323 0.161 0.047 0.003 86 L 0.035 0.041 0.081 0.207 0.370 0.246 0.019 87 R 0.231 0.323 0.225 0.143 0.060 0.016 0.002 88 Q 0.393 0.300 0.159 0.094 0.037 0.014 0.002 89 A 0.088 0.133 0.158 0.232 0.235 0.136 0.017 90 G 0.125 0.198 0.221 0.199 0.155 0.088 0.014 91 V 0.068 0.060 0.090 0.210 0.273 0.241 0.058 92 S 0.073 0.114 0.144 0.229 0.255 0.157 0.028 93 K 0.075 0.153 0.194 0.229 0.204 0.118 0.027 94 R 0.021 0.070 0.135 0.244 0.264 0.204 0.063 95 K 0.002 0.010 0.022 0.072 0.229 0.509 0.155 96 I 0.001 0.017 0.069 0.200 0.368 0.300 0.046 97 E 0.007 0.087 0.242 0.379 0.210 0.071 0.005 98 Y 0.001 0.004 0.015 0.085 0.321 0.493 0.081 99 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.539 0.403 100 R 0.001 0.015 0.139 0.416 0.309 0.113 0.006 101 H 0.001 0.041 0.200 0.418 0.263 0.073 0.004 102 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.085 0.657 0.250 103 C 0.001 0.001 0.004 0.051 0.281 0.602 0.061 104 E 0.003 0.176 0.410 0.298 0.094 0.017 0.001 105 H 0.003 0.036 0.180 0.453 0.269 0.058 0.002 106 V 0.001 0.009 0.022 0.111 0.468 0.375 0.014 107 E 0.023 0.114 0.281 0.372 0.173 0.036 0.002 108 S 0.328 0.471 0.138 0.050 0.011 0.002 0.001 109 G 0.117 0.357 0.328 0.155 0.037 0.006 0.001 110 R 0.254 0.388 0.232 0.093 0.027 0.005 0.001 111 L 0.067 0.156 0.246 0.281 0.195 0.052 0.003 112 D 0.077 0.199 0.231 0.261 0.181 0.048 0.003 113 F 0.069 0.110 0.191 0.301 0.243 0.081 0.005 114 T 0.428 0.378 0.131 0.047 0.013 0.003 0.001 115 E 0.155 0.281 0.289 0.188 0.072 0.015 0.001 116 L 0.039 0.062 0.136 0.311 0.335 0.112 0.004 117 E 0.156 0.313 0.281 0.179 0.059 0.011 0.001 118 G 0.439 0.402 0.113 0.035 0.008 0.002 0.001 119 A 0.105 0.163 0.263 0.291 0.144 0.030 0.002 120 E 0.445 0.373 0.126 0.040 0.012 0.002 0.001 121 A 0.065 0.235 0.323 0.272 0.092 0.013 0.001 122 T 0.537 0.331 0.097 0.029 0.006 0.001 0.001 123 T 0.253 0.495 0.191 0.048 0.010 0.002 0.001 124 V 0.005 0.019 0.077 0.268 0.466 0.159 0.007 125 I 0.014 0.088 0.228 0.345 0.258 0.064 0.004 126 E 0.258 0.538 0.148 0.043 0.010 0.003 0.001 127 K 0.011 0.079 0.337 0.419 0.128 0.024 0.001 128 L 0.005 0.009 0.020 0.096 0.411 0.430 0.028 129 T 0.028 0.135 0.281 0.309 0.194 0.049 0.005 130 A 0.184 0.361 0.254 0.134 0.047 0.019 0.001 131 I 0.020 0.048 0.098 0.249 0.330 0.225 0.031 132 K 0.031 0.149 0.235 0.271 0.206 0.091 0.016 133 G 0.073 0.141 0.204 0.277 0.212 0.083 0.010 134 I 0.030 0.046 0.058 0.126 0.271 0.359 0.110 135 G 0.018 0.043 0.071 0.193 0.312 0.291 0.073 136 Q 0.019 0.153 0.269 0.308 0.186 0.056 0.010 137 W 0.006 0.027 0.085 0.243 0.373 0.223 0.044 138 T 0.001 0.005 0.007 0.026 0.122 0.478 0.360 139 A 0.001 0.006 0.016 0.073 0.221 0.467 0.216 140 E 0.005 0.040 0.109 0.237 0.263 0.258 0.088 141 M 0.001 0.003 0.006 0.031 0.132 0.411 0.417 142 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.256 0.700 143 M 0.001 0.006 0.019 0.065 0.130 0.345 0.433 144 M 0.002 0.007 0.019 0.067 0.159 0.379 0.367 145 F 0.001 0.002 0.006 0.031 0.143 0.413 0.405 146 S 0.001 0.005 0.014 0.042 0.130 0.386 0.422 147 L 0.004 0.018 0.040 0.113 0.251 0.351 0.223 148 G 0.025 0.121 0.177 0.245 0.223 0.152 0.056 149 R 0.021 0.063 0.117 0.218 0.278 0.210 0.093 150 L 0.044 0.117 0.187 0.217 0.189 0.166 0.080 151 D 0.065 0.101 0.121 0.184 0.224 0.208 0.098 152 V 0.018 0.013 0.022 0.056 0.127 0.356 0.408 153 L 0.013 0.015 0.020 0.048 0.126 0.339 0.440 154 S 0.016 0.024 0.045 0.069 0.115 0.270 0.462 155 V 0.013 0.030 0.044 0.098 0.161 0.271 0.384 156 G 0.010 0.042 0.075 0.137 0.189 0.277 0.271 157 D 0.004 0.018 0.045 0.108 0.249 0.355 0.221 158 V 0.007 0.030 0.068 0.159 0.223 0.332 0.181 159 G 0.002 0.008 0.024 0.094 0.214 0.377 0.281 160 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.294 0.672 161 Q 0.001 0.009 0.036 0.153 0.289 0.380 0.132 162 R 0.002 0.024 0.101 0.224 0.276 0.278 0.095 163 G 0.001 0.001 0.004 0.020 0.109 0.507 0.358 164 A 0.001 0.002 0.007 0.047 0.215 0.591 0.138 165 K 0.011 0.119 0.245 0.282 0.216 0.112 0.016 166 W 0.019 0.074 0.163 0.312 0.276 0.139 0.016 167 L 0.009 0.028 0.065 0.181 0.365 0.324 0.028 168 Y 0.056 0.146 0.227 0.283 0.210 0.074 0.004 169 G 0.186 0.306 0.229 0.172 0.082 0.023 0.002 170 N 0.217 0.255 0.237 0.192 0.081 0.017 0.001 171 G 0.555 0.264 0.113 0.050 0.015 0.003 0.001 172 E 0.542 0.272 0.112 0.052 0.017 0.004 0.001 173 G 0.565 0.234 0.109 0.063 0.023 0.006 0.001 174 D 0.375 0.259 0.181 0.119 0.053 0.012 0.001 175 G 0.406 0.329 0.158 0.077 0.025 0.005 0.001 176 K 0.237 0.317 0.246 0.147 0.045 0.007 0.001 177 K 0.605 0.313 0.064 0.014 0.003 0.001 0.001 178 L 0.091 0.268 0.314 0.220 0.089 0.016 0.001 179 L 0.020 0.055 0.132 0.299 0.364 0.125 0.006 180 I 0.117 0.360 0.299 0.159 0.052 0.012 0.001 181 Y 0.206 0.386 0.246 0.118 0.034 0.010 0.001 182 H 0.023 0.047 0.089 0.217 0.370 0.233 0.020 183 G 0.038 0.059 0.150 0.298 0.293 0.145 0.016 184 K 0.361 0.344 0.164 0.083 0.033 0.013 0.003 185 A 0.230 0.267 0.227 0.159 0.082 0.031 0.004 186 W 0.058 0.074 0.110 0.215 0.277 0.221 0.045 187 A 0.098 0.157 0.186 0.211 0.206 0.122 0.021 188 P 0.124 0.195 0.204 0.237 0.160 0.069 0.012 189 Y 0.034 0.053 0.087 0.186 0.298 0.270 0.073 190 E 0.019 0.036 0.067 0.140 0.269 0.340 0.130 191 T 0.016 0.030 0.048 0.117 0.259 0.367 0.164 192 V 0.012 0.022 0.038 0.112 0.231 0.356 0.230 193 A 0.007 0.008 0.012 0.032 0.093 0.360 0.488 194 C 0.005 0.008 0.011 0.027 0.071 0.304 0.575 195 L 0.015 0.021 0.038 0.097 0.181 0.384 0.265 196 Y 0.010 0.017 0.037 0.102 0.225 0.375 0.234 197 L 0.020 0.020 0.023 0.048 0.114 0.382 0.393 198 W 0.032 0.041 0.058 0.119 0.208 0.375 0.168 199 K 0.063 0.120 0.142 0.211 0.234 0.187 0.043 200 A 0.073 0.082 0.108 0.187 0.250 0.246 0.054 201 A 0.072 0.093 0.123 0.193 0.241 0.232 0.046 202 G 0.131 0.213 0.216 0.203 0.148 0.077 0.012 203 T 0.145 0.224 0.222 0.210 0.140 0.052 0.006 204 F 0.176 0.217 0.217 0.189 0.134 0.060 0.006 205 A 0.130 0.183 0.211 0.244 0.169 0.058 0.005 206 E 0.301 0.284 0.199 0.132 0.065 0.017 0.001 207 E 0.398 0.320 0.160 0.085 0.030 0.007 0.001 208 Y 0.278 0.246 0.212 0.168 0.076 0.018 0.001 209 R 0.464 0.259 0.154 0.090 0.029 0.004 0.001 210 S 0.741 0.182 0.054 0.019 0.004 0.001 0.001 211 L 0.835 0.124 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 212 E 0.894 0.090 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 213 E 0.798 0.148 0.041 0.011 0.001 0.001 0.001 214 L 0.834 0.128 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 215 L 0.798 0.157 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 216 H 0.677 0.190 0.091 0.035 0.006 0.001 0.001 217 H 0.747 0.180 0.049 0.019 0.005 0.001 0.001 218 G 0.669 0.210 0.077 0.032 0.010 0.002 0.001 219 N 0.663 0.187 0.085 0.048 0.013 0.002 0.001 220 Q 0.683 0.190 0.072 0.039 0.013 0.002 0.001 221 C 0.715 0.155 0.064 0.042 0.019 0.005 0.001