# TARGET T0323 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1244 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.001 0.002 0.023 0.038 0.924 2 R 0.109 0.015 0.012 0.067 0.075 0.721 3 Y 0.119 0.026 0.044 0.100 0.165 0.546 4 F 0.087 0.030 0.082 0.091 0.287 0.422 5 S 0.059 0.011 0.073 0.080 0.400 0.377 6 T 0.027 0.010 0.058 0.110 0.391 0.404 7 D 0.012 0.011 0.025 0.147 0.328 0.476 8 S 0.008 0.005 0.037 0.281 0.316 0.354 9 P 0.004 0.002 0.081 0.636 0.177 0.099 10 E 0.007 0.004 0.109 0.719 0.111 0.051 11 V 0.011 0.003 0.079 0.771 0.087 0.048 12 K 0.013 0.003 0.045 0.820 0.061 0.058 13 T 0.012 0.003 0.028 0.831 0.053 0.073 14 I 0.011 0.003 0.038 0.832 0.050 0.064 15 V 0.008 0.002 0.040 0.826 0.066 0.058 16 A 0.009 0.003 0.037 0.804 0.068 0.080 17 Q 0.006 0.003 0.018 0.766 0.061 0.146 18 D 0.005 0.002 0.011 0.522 0.112 0.346 19 S 0.001 0.001 0.016 0.927 0.030 0.026 20 R 0.002 0.001 0.019 0.946 0.022 0.011 21 L 0.001 0.001 0.010 0.968 0.013 0.007 22 F 0.001 0.001 0.008 0.975 0.008 0.007 23 Q 0.001 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 24 F 0.001 0.001 0.008 0.980 0.006 0.005 25 I 0.001 0.001 0.009 0.979 0.007 0.004 26 E 0.001 0.001 0.011 0.971 0.012 0.005 27 I 0.001 0.001 0.010 0.937 0.025 0.026 28 A 0.003 0.002 0.019 0.723 0.110 0.142 29 G 0.007 0.002 0.056 0.186 0.359 0.389 30 E 0.023 0.006 0.063 0.045 0.372 0.491 31 V 0.112 0.048 0.057 0.048 0.320 0.415 32 Q 0.104 0.049 0.028 0.051 0.233 0.535 33 L 0.087 0.028 0.014 0.020 0.212 0.640 34 P 0.069 0.030 0.018 0.018 0.314 0.551 35 T 0.027 0.022 0.019 0.019 0.435 0.478 36 K 0.020 0.016 0.011 0.009 0.404 0.539 37 P 0.010 0.023 0.006 0.020 0.264 0.677 38 N 0.003 0.018 0.001 0.034 0.117 0.826 39 P 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 40 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 46 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 47 I 0.002 0.001 0.007 0.974 0.013 0.004 48 V 0.002 0.001 0.010 0.969 0.013 0.006 49 E 0.003 0.001 0.047 0.915 0.027 0.007 50 Q 0.005 0.001 0.053 0.843 0.062 0.035 51 Q 0.008 0.004 0.060 0.619 0.138 0.171 52 L 0.014 0.012 0.010 0.442 0.148 0.373 53 S 0.012 0.008 0.003 0.281 0.055 0.641 54 I 0.001 0.001 0.008 0.981 0.005 0.006 55 K 0.001 0.001 0.012 0.980 0.006 0.002 56 A 0.001 0.001 0.017 0.974 0.007 0.001 57 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 58 S 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.004 59 A 0.001 0.001 0.008 0.978 0.008 0.006 60 I 0.001 0.001 0.007 0.979 0.007 0.006 61 Y 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 62 G 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 63 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 64 V 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 65 E 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 66 Q 0.001 0.001 0.007 0.985 0.007 0.001 67 L 0.001 0.001 0.004 0.974 0.013 0.009 68 V 0.001 0.001 0.005 0.932 0.024 0.037 69 G 0.001 0.002 0.008 0.078 0.259 0.652 70 G 0.004 0.004 0.065 0.043 0.422 0.463 71 A 0.024 0.026 0.084 0.023 0.545 0.298 72 L 0.033 0.049 0.040 0.039 0.397 0.441 73 E 0.026 0.031 0.005 0.030 0.233 0.675 74 K 0.012 0.012 0.001 0.028 0.100 0.847 75 P 0.001 0.001 0.013 0.972 0.010 0.005 76 E 0.001 0.001 0.027 0.956 0.013 0.003 77 Q 0.001 0.001 0.045 0.933 0.018 0.002 78 L 0.001 0.001 0.042 0.926 0.023 0.006 79 Y 0.002 0.002 0.035 0.915 0.032 0.015 80 R 0.003 0.003 0.032 0.534 0.145 0.284 81 V 0.003 0.005 0.004 0.090 0.115 0.783 82 S 0.003 0.021 0.002 0.061 0.057 0.855 83 D 0.001 0.001 0.082 0.903 0.009 0.005 84 E 0.001 0.001 0.099 0.892 0.008 0.001 85 A 0.001 0.001 0.091 0.900 0.008 0.001 86 L 0.001 0.001 0.014 0.973 0.008 0.003 87 R 0.001 0.001 0.018 0.958 0.013 0.009 88 Q 0.002 0.001 0.032 0.908 0.037 0.020 89 A 0.002 0.001 0.028 0.826 0.048 0.096 90 G 0.006 0.008 0.013 0.036 0.162 0.775 91 V 0.010 0.018 0.011 0.031 0.198 0.732 92 S 0.012 0.011 0.008 0.046 0.193 0.730 93 K 0.001 0.001 0.038 0.876 0.059 0.026 94 R 0.001 0.001 0.047 0.898 0.043 0.010 95 K 0.001 0.001 0.031 0.948 0.015 0.005 96 I 0.001 0.001 0.011 0.975 0.007 0.006 97 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 98 Y 0.001 0.001 0.007 0.987 0.004 0.002 99 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 100 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 101 H 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 102 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 103 C 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 104 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 105 H 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.002 106 V 0.001 0.001 0.003 0.985 0.008 0.003 107 E 0.001 0.001 0.003 0.976 0.017 0.004 108 S 0.001 0.001 0.004 0.925 0.044 0.025 109 G 0.002 0.001 0.011 0.150 0.282 0.555 110 R 0.008 0.007 0.041 0.049 0.380 0.515 111 L 0.048 0.039 0.059 0.057 0.298 0.499 112 D 0.057 0.043 0.090 0.110 0.344 0.358 113 F 0.011 0.005 0.476 0.251 0.177 0.080 114 T 0.020 0.003 0.490 0.238 0.185 0.064 115 E 0.022 0.008 0.501 0.232 0.187 0.051 116 L 0.018 0.015 0.290 0.166 0.407 0.104 117 E 0.014 0.013 0.146 0.143 0.504 0.181 118 G 0.010 0.011 0.047 0.057 0.519 0.357 119 A 0.020 0.022 0.011 0.023 0.431 0.492 120 E 0.013 0.014 0.007 0.034 0.209 0.723 121 A 0.003 0.005 0.033 0.697 0.116 0.146 122 T 0.002 0.001 0.021 0.889 0.048 0.038 123 T 0.001 0.001 0.010 0.960 0.018 0.010 124 V 0.001 0.001 0.005 0.980 0.007 0.006 125 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 126 E 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.001 127 K 0.001 0.001 0.006 0.982 0.008 0.002 128 L 0.001 0.001 0.011 0.971 0.015 0.001 129 T 0.002 0.001 0.014 0.945 0.034 0.005 130 A 0.001 0.001 0.020 0.863 0.068 0.047 131 I 0.006 0.024 0.022 0.359 0.287 0.302 132 K 0.009 0.006 0.014 0.136 0.277 0.559 133 G 0.017 0.015 0.026 0.121 0.355 0.466 134 I 0.024 0.034 0.034 0.268 0.281 0.359 135 G 0.024 0.012 0.021 0.391 0.169 0.383 136 Q 0.004 0.002 0.017 0.890 0.041 0.046 137 W 0.003 0.002 0.015 0.943 0.022 0.015 138 T 0.002 0.001 0.011 0.968 0.010 0.008 139 A 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.002 140 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 141 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 142 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 143 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 144 M 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 145 F 0.002 0.001 0.009 0.975 0.009 0.005 146 S 0.001 0.002 0.010 0.949 0.021 0.017 147 L 0.001 0.003 0.014 0.790 0.056 0.135 148 G 0.001 0.001 0.003 0.017 0.108 0.871 149 R 0.010 0.015 0.049 0.030 0.308 0.589 150 L 0.023 0.007 0.112 0.028 0.432 0.397 151 D 0.048 0.006 0.182 0.025 0.432 0.306 152 V 0.311 0.024 0.045 0.028 0.215 0.376 153 L 0.516 0.076 0.011 0.021 0.091 0.284 154 S 0.458 0.026 0.010 0.030 0.212 0.263 155 V 0.170 0.019 0.034 0.143 0.306 0.328 156 G 0.048 0.009 0.028 0.135 0.313 0.467 157 D 0.011 0.003 0.157 0.619 0.149 0.061 158 V 0.008 0.002 0.064 0.750 0.109 0.067 159 G 0.008 0.003 0.040 0.872 0.051 0.026 160 L 0.009 0.001 0.009 0.960 0.013 0.009 161 Q 0.011 0.001 0.008 0.952 0.016 0.011 162 R 0.010 0.001 0.009 0.950 0.021 0.009 163 G 0.006 0.001 0.009 0.960 0.017 0.007 164 A 0.004 0.001 0.017 0.955 0.019 0.005 165 K 0.005 0.001 0.024 0.941 0.024 0.006 166 W 0.007 0.001 0.017 0.928 0.031 0.016 167 L 0.007 0.003 0.014 0.878 0.052 0.045 168 Y 0.012 0.006 0.023 0.509 0.181 0.269 169 G 0.017 0.012 0.034 0.170 0.358 0.409 170 N 0.018 0.018 0.030 0.091 0.423 0.419 171 G 0.017 0.017 0.022 0.033 0.508 0.402 172 E 0.016 0.013 0.023 0.039 0.466 0.443 173 G 0.017 0.020 0.020 0.039 0.462 0.443 174 D 0.012 0.027 0.017 0.098 0.348 0.498 175 G 0.008 0.013 0.005 0.105 0.157 0.712 176 K 0.001 0.001 0.007 0.957 0.014 0.021 177 K 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.004 178 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.002 179 L 0.003 0.001 0.004 0.986 0.003 0.003 180 I 0.004 0.001 0.004 0.984 0.005 0.003 181 Y 0.002 0.001 0.004 0.985 0.006 0.003 182 H 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.004 183 G 0.001 0.001 0.010 0.975 0.009 0.005 184 K 0.001 0.001 0.065 0.908 0.023 0.004 185 A 0.001 0.001 0.051 0.878 0.050 0.020 186 W 0.002 0.004 0.042 0.696 0.085 0.171 187 A 0.004 0.008 0.007 0.080 0.208 0.693 188 P 0.004 0.004 0.005 0.042 0.181 0.764 189 Y 0.010 0.004 0.066 0.456 0.282 0.182 190 E 0.012 0.001 0.056 0.584 0.268 0.079 191 T 0.050 0.005 0.087 0.598 0.196 0.065 192 V 0.207 0.008 0.048 0.605 0.083 0.050 193 A 0.294 0.003 0.050 0.526 0.078 0.048 194 C 0.359 0.002 0.045 0.529 0.034 0.031 195 L 0.371 0.001 0.028 0.553 0.020 0.026 196 Y 0.446 0.006 0.025 0.435 0.025 0.062 197 L 0.441 0.014 0.015 0.329 0.052 0.150 198 W 0.452 0.009 0.015 0.189 0.099 0.235 199 K 0.136 0.012 0.034 0.144 0.244 0.430 200 A 0.055 0.015 0.100 0.142 0.373 0.315 201 A 0.041 0.010 0.168 0.153 0.363 0.265 202 G 0.022 0.008 0.048 0.031 0.384 0.509 203 T 0.026 0.015 0.050 0.047 0.262 0.601 204 F 0.038 0.040 0.072 0.080 0.238 0.531 205 A 0.017 0.011 0.180 0.190 0.327 0.275 206 E 0.012 0.002 0.261 0.383 0.240 0.102 207 E 0.024 0.003 0.262 0.399 0.238 0.074 208 Y 0.041 0.020 0.155 0.357 0.267 0.160 209 R 0.030 0.016 0.090 0.364 0.185 0.316 210 S 0.023 0.027 0.081 0.421 0.144 0.305 211 L 0.003 0.002 0.175 0.596 0.105 0.119 212 E 0.001 0.001 0.195 0.739 0.043 0.022 213 E 0.001 0.001 0.160 0.789 0.037 0.011 214 L 0.002 0.004 0.111 0.822 0.038 0.022 215 L 0.003 0.003 0.066 0.828 0.053 0.046 216 H 0.004 0.006 0.042 0.763 0.095 0.090 217 H 0.004 0.004 0.047 0.654 0.129 0.161 218 G 0.006 0.003 0.059 0.175 0.287 0.470 219 N 0.006 0.005 0.091 0.112 0.262 0.524 220 Q 0.012 0.013 0.031 0.044 0.158 0.741 221 C 0.002 0.001 0.001 0.002 0.033 0.961